View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11789_high_3 (Length: 718)

Name: NF11789_high_3
Description: NF11789
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11789_high_3
NF11789_high_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-702)||(10506059-10506760)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 661; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 661; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 702
Target Start/End: Original strand, 10506059 - 10506760
Alignment:
Q  1 gagaatgagactatgtccaattttgattatacataacaataacatagtcaaaacaaaatggaaacaaagaaagaatcatttggtttgagaagtgcaacgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10506059 gagaatgagactatgtccaattttgtttatacataacaataacatagtcaaaacaaaatggaaacaaagaaagaatcatttggattgagaagtgcaacgt 10506158  T
Q  101 gaaggaatataactaccattaagaggatgaaatttaagttggcactcaagtttacacccgaatttaaaagaaccaaacggtccaattctccattgagttc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10506159 gaaggaatataactaccattaagaggatgaaatttaagttgacactcaagtttacacccgaatttaaaagaaccaaacggtccaattctccattgagttc 10506258  T
Q  201 tagcatcacccttcaaatcaaacccaacaatatttctcttccatgtatcatcaacatcctcaatctgatcaggagtcaaaggaatagaagaagattgaac 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10506259 tagcatcacccttcaaatcaaacccaacaatatttctcttccatgtatcatcaacatcctcaatctgatcaggagtcaaaggaatagaagaagattgaac 10506358  T
Q  301 aacataatccaaatacctagaactattcttaggaacatcaaaaaggtcagcaaccataaaagctataccttgtccttcatagctaagtttcagttttata 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10506359 aacataatccaaatacctagaactattcttaggaacatcaaaagggtcagcaaccataaaagctataccttgtccttcatagctaagtttcagttttata 10506458  T
Q  401 ttagaaaatgttgcatgtgccttaaaattaccatttttcgccatgacacggatgtttacttgtgtttgaagaaggccagcatagtcatttctgaaaagat 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10506459 ttagaaaatgttgcatgtgccttaaaattaccatttttcgccatgacacggatgtttacttgtgtttgaagaaggccagcatagtcatttctgaaaagat 10506558  T
Q  501 ctaaatgagcatttgctatgcttattgtagggactcttggatgaattactatgtaaccaataaagactactacacctccaattacaactcctgtggctat 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  10506559 ctaaatgagcatttgctatgcttattgtagggactcttggatgaattactatgtaaccaataaagactactacacctccaattacaactcctatggctat 10506658  T
Q  601 tattgtgcatagaattgccaatagccaaataaagatgttggtgttaccattttgatgtgttactagtcnnnnnnngggtgttctatgacgaagttgatga 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||    
T  10506659 tattgtgcatagaattgccaatagccaaataaagatgttggtgttaccattttgatgtgttactagtctttttttgggtgttctatgacgaagttgatga 10506758  T
Q  701 gt 702  Q
    ||    
T  10506759 gt 10506760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University