View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11800_high_1 (Length: 801)

Name: NF11800_high_1
Description: NF11800
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11800_high_1
NF11800_high_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (5-783)||(32505790-32506578)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 612; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 612; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 783
Target Start/End: Original strand, 32505790 - 32506578
Alignment:
Q  5 ctgttacatcttaatggaatattgtatctacaagtatttcgacgttcaagtcaattttttattaagatgaatgtaacgaaatgaaatgtgtacttttctc 104  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32505790 ctgttacatcttaatggaatgttgtatctacaagtatttcgactttcaagtcaattttttattaagatgaatgtaacgaaatgaaatgtgtacttttctc 32505889  T
Q  105 ctagtgcaaaatgtccgttgtcctcgagggatttgtgctgtaatcggcacatcaccctctaattttcatcatgtggtaattgattgatggggagcaatat 204  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  32505890 ctagtgcaaaatgtctgttgtcctcgagggatttgcgctgtgatcggcacatcaccctctaattttcatcatgtggtaattaattgat-gggagcaatat 32505988  T
Q  205 aacttgcatgcaccctcacagtagagtttctatcctacaatggacccgagcacgtaacacgtgtaccatgcattcacacatacaattgttactgatgatt 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32505989 aacttgcatgcaccctcacagtagagtttctatcctacaatggacccgagcacgtaacacgtgtaccatgcattcacacatacaattgttactgatgatt 32506088  T
Q  305 aaccgtagat---atgatgtactagactttactgattaataataatataagtgttccatgctccaccacaagtacgcatcaatctccaaatcaatggctc 401  Q
    ||||||||||   |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32506089 aaccgtagatatgatgatgtagtagactttactgattaataataatataagtgttccatgctccaccacaagtatgcatcaatctccaaatcaatggctc 32506188  T
Q  402 ataatcttcc--nnnnnnnnnntggtccagctacccaatcaattaagtgggcaagaagtaatttcagacattaaattcataagatttaaattggtcccgt 499  Q
    ||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  32506189 ataatcttccaaaaaaaaaaaatggtccagctacccaatcaattaagtgggcaagaagtaatttcagacattaaattcataagaattaaattggtcccgt 32506288  T
Q  500 tccaaaagaaaaatacacccatttataaaattgaacatagtccccactttcttgattcacaactatgccttaatgtc------aacnnnnnnnnnctaca 593  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||          |||||    
T  32506289 tccaaaagaaaaatacacccatttataaaattgaacatagtccccactttcttgattcacaactatgccttaatgtcaaaaaaaaaaaaaaaaaactaca 32506388  T
Q  594 ttccaaaattactctattcccttattagcattttccattctttatttatgttgaagaacgtgaactttctatttatattgcctaagagtcagaaccataa 693  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32506389 ttccaaaattactctattcccttattagcattttccattctttatttatgttgaagaacgtgaactttctatttatattgcctaagagtcagaaccataa 32506488  T
Q  694 gataataatgtccctagagtctacacatgtagatgttttttgactctaatctagaggcannnnnnnagatctaagtttttacgatatcta 783  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| ||||||||    
T  32506489 gataataatgtccctagagtctacacatgtagatgttttttgactctaatctagaggcatttttttagatctaagtttttaagatatcta 32506578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University