View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11801_low_1 (Length: 859)

Name: NF11801_low_1
Description: NF11801
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11801_low_1
NF11801_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (19-853)||(39967916-39968750)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 799; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 799; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 853
Target Start/End: Complemental strand, 39968750 - 39967916
Alignment:
Q  19 acattagtctcgaacaagttaggtttagggttattcaattttttgtatttagatttcaatgtcaagtcactattttgggctgtgaaatcataatgtatag 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39968750 acattagtctcgaacaagttaggtttagggttattcaattttttgtatttagatttcaatgtcaagtcactattttgggctgtgaaatcataatgtatag 39968651  T
Q  119 tttgtgtttgttctgcattcctgataattgaattaaaagtagaattgtgcttgtcaatgagagttgactccaccagtaggactgtacaccgtcaacagat 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39968650 tttgtgtttgttctgcattcctgataattgaattaaaagtagaattgtgcttgtcaatgagagttgactccaccagtaggactgtacaccgtcaacagat 39968551  T
Q  219 aggtattcggtttgattcctagtttggataaacttttctacaagcctttatcggggggaaatgttgaaatcagattgttataattacaagtattataact 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39968550 aggtattcggtttgattcctagtttggataaacttttctacaagcctttataggggggaaatgttgaaatcagattgttataattacaagtattataact 39968451  T
Q  319 aatggctttttataagttgaaatcaacttatgcacgccaggctttttagaagtcccgtcatctcaatctttgtaagcatccattaacgtacaataaccta 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  39968450 aatggctttttataagttgaaatcaacttatgcatgccaggctttttagaagtcccgtcatctcaatctttgtaagcatccattaacgtacaataactta 39968351  T
Q  419 ttttacaaggttgggattagatgcttattccaattgagaaaccgtcacaggccaaaatgattctttctctttgcacgctttttcttgcctctttaaatga 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||    
T  39968350 ttttacaaggttgggattagatgcttattccaattgagaaaccgtcacaggccaaaatgattctttctctttgcatgcttctccttgcctctttaaatga 39968251  T
Q  519 ttttattttaatttcagggtgaatcaagtgttttacaagattcggctttcctcaatgctgttgtgaaggtgaagttttactctttttattcctgcttaca 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39968250 ttttattttaatttcagggtgaatcaagtgttttacaagattcggctttcctcaatgctgttgtgaaggtgaagttttactctttttattcctgcttaca 39968151  T
Q  619 aattaattttattttgtttcagagacccttaacggttgcacctcaaattcaaaatccgaacgcaaatatttcctttatgccatgcctcaattatgtctga 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39968150 aattaattttattttgtttcagagacccttaacggttgcacctcaaatttaaaatccgaacgcaaatatttcctttatgccatgcctcaattatgtctga 39968051  T
Q  719 catctgtgtttctgttgttggatcttgtccttgaagctttcatggcatgtctctaggttgtttaatggtttcaaagttcaacattattgattgtctttgt 818  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39968050 catctgtgtttctgttgttggatcttgtccttgaagctttcatggcatgtctctaggttgtttaatgatttcaaagttcaacattattgattgtctttgt 39967951  T
Q  819 cgctttgtcccatatctgatcatcattcatctcac 853  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39967950 cgctttgtcccatatctgatcatcattcatttcac 39967916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University