View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11802_high_2 (Length: 649)

Name: NF11802_high_2
Description: NF11802
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11802_high_2
NF11802_high_2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (2-625)||(26536887-26537511)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 548; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 548; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 625
Target Start/End: Original strand, 26536887 - 26537511
Alignment:
Q  2 cagtagtaacttaagaaaatgagaaaaattcaaagtaatcacatatgttggtgtcgtatcagacacagacactctaacatatgtcagacacagacacgag 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |    
T  26536887 cagtagtaacttaagaaaatgagaaaaattcaaagtaatcacatatgttggtgtcgtatcagacacagacactctaacatatgtcagacatagacaccgg 26536986  T
Q  102 acacaacaccatatttgtcagacacaaacacctggcacaacatcacatttgtcacagacgacacaatacagattcaatcaaaactatacaagtgctaaag 201  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26536987 acacaacaccatatctgtcagacacagacacctggcacaacatcacatttgtcacagacgacacaatacagattcaatcaaaactatataagtgctaaag 26537086  T
Q  202 agaaatcaacggtaaaagcaagaacaaaagaaaaccttatctgggtcagttggcaatggagactgtcctgattcagagacacatttgttgaaattcttcc 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  26537087 agaaatcaacggtaaaagcaagaacaaaagaaaaccttatctgggtcagttggcaatggagactgtcctgattcagagacacatttgttgaaattctttc 26537186  T
Q  302 tcctgaaaggccttccattggaaaggggcataatgggcagttgtgaaaatggtgtgtggaaagtgaaaccttgatgtagttgcacatgattattgaatga 401  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  26537187 tcctgaaaggccttccattggaaaggggcataatgggcagttgtgaaaatggtgtgtgcaaagtgaaaccttgatgaagttgcacatggttattgaatga 26537286  T
Q  402 agggtttgatttatatgaaatgatgaaaagtggttgggctatttgttgagtcagcaaaatcatannnnnnnaaac-aaaaagaattaattaatatccttt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26537287 agggtttgatttatatgaaatgatgaaaagtggttgggctatttgttgagtcagcaaaatcatatttttttaaacaaaaaagaattaattaatatccttt 26537386  T
Q  501 ctgggtattcttaattttggtcttaaacaataaaaacatgtaaaatcaatgtttgggttgcctttgatttttagaaaacaaagatataggcaacattatc 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  26537387 ctgggtattcttaattttggtcttaaacaataaaaacatgtaaaatcaatgtttgggttgcctttgatttttagaaaacaaagatataggcaacattgtc 26537486  T
Q  601 gtaccttgttgttatggagtgtgtg 625  Q
    ||||||||| |||||||||||||||    
T  26537487 gtaccttgtggttatggagtgtgtg 26537511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University