View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11804_low_18 (Length: 245)

Name: NF11804_low_18
Description: NF11804
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11804_low_18
NF11804_low_18
[»] scaffold0634 (1 HSPs)
scaffold0634 (17-245)||(7559-7786)
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (17-245)||(7757465-7757692)
chr5 (17-245)||(8580210-8580437)
chr5 (17-245)||(14394-14621)
chr5 (17-242)||(19228377-19228601)
chr5 (14-242)||(512474-512701)
chr5 (17-245)||(28876784-28877011)
chr5 (17-242)||(38968239-38968465)
chr5 (17-209)||(42942191-42942383)
chr5 (17-242)||(28241504-28241727)
chr5 (17-245)||(42537285-42537517)
chr5 (17-219)||(40624629-40624829)
chr5 (14-109)||(20422215-20422310)
chr5 (17-219)||(8701929-8702129)
chr5 (19-219)||(17658490-17658688)
chr5 (134-162)||(28241252-28241280)
[»] chr3 (21 HSPs)
chr3 (17-245)||(50963095-50963322)
chr3 (17-245)||(596900-597126)
chr3 (17-245)||(50216583-50216812)
chr3 (17-245)||(3501597-3501826)
chr3 (17-245)||(47073912-47074141)
chr3 (17-239)||(42165310-42165530)
chr3 (14-242)||(42756297-42756524)
chr3 (17-245)||(49196152-49196379)
chr3 (17-239)||(4008028-4008249)
chr3 (17-245)||(20917722-20917948)
chr3 (17-245)||(20926684-20926910)
chr3 (17-239)||(3975853-3976074)
chr3 (17-242)||(30255707-30255931)
chr3 (14-245)||(51807110-51807340)
chr3 (17-219)||(44229882-44230081)
chr3 (17-242)||(48888880-48889111)
chr3 (31-235)||(48563093-48563297)
chr3 (14-112)||(42805964-42806054)
chr3 (21-107)||(31045302-31045388)
chr3 (180-245)||(42807498-42807563)
chr3 (193-245)||(2647838-2647890)
[»] chr8 (23 HSPs)
chr8 (17-245)||(41249778-41250005)
chr8 (17-245)||(45064382-45064609)
chr8 (17-245)||(39252150-39252379)
chr8 (17-245)||(39601844-39602083)
chr8 (17-245)||(15036433-15036660)
chr8 (17-245)||(39938921-39939148)
chr8 (17-245)||(34822722-34822952)
chr8 (17-245)||(39846691-39846921)
chr8 (14-245)||(43188190-43188420)
chr8 (17-245)||(25864645-25864871)
chr8 (17-239)||(43211653-43211873)
chr8 (17-242)||(40076955-40077179)
chr8 (17-242)||(42485243-42485466)
chr8 (17-242)||(489334-489557)
chr8 (128-245)||(35026628-35026745)
chr8 (14-98)||(5303923-5304007)
chr8 (16-109)||(24249759-24249852)
chr8 (152-242)||(5304009-5304099)
chr8 (24-109)||(37327080-37327164)
chr8 (54-112)||(2984395-2984453)
chr8 (42-88)||(35026740-35026786)
chr8 (20-76)||(22495216-22495272)
chr8 (134-162)||(489082-489110)
[»] chr4 (27 HSPs)
chr4 (17-245)||(21022593-21022820)
chr4 (17-245)||(40357985-40358212)
chr4 (17-245)||(50274875-50275102)
chr4 (17-245)||(55407492-55407723)
chr4 (17-242)||(48256276-48256501)
chr4 (14-242)||(51683345-51683573)
chr4 (17-245)||(67733-67959)
chr4 (14-230)||(50901637-50901851)
chr4 (17-242)||(1308819-1309042)
chr4 (17-245)||(1089289-1089515)
chr4 (17-245)||(30726446-30726672)
chr4 (130-245)||(8109534-8109649)
chr4 (17-112)||(37021788-37021883)
chr4 (17-242)||(21538167-21538390)
chr4 (17-219)||(46436412-46436612)
chr4 (17-219)||(11083721-11083921)
chr4 (187-245)||(37021936-37021994)
chr4 (17-109)||(10753142-10753234)
chr4 (17-109)||(10966911-10967003)
chr4 (17-109)||(14297401-14297493)
chr4 (17-109)||(14315650-14315742)
chr4 (24-107)||(4720080-4720163)
chr4 (130-221)||(41933439-41933529)
chr4 (123-161)||(37021898-37021936)
chr4 (134-162)||(1308567-1308595)
chr4 (133-185)||(10753256-10753308)
chr4 (133-185)||(10967025-10967077)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (14-245)||(21998331-21998561)
chr2 (17-245)||(7185169-7185397)
chr2 (17-245)||(28468782-28469009)
chr2 (17-245)||(45428731-45428959)
chr2 (17-239)||(39947746-39947968)
chr2 (17-219)||(32956059-32956261)
chr2 (21-245)||(45137141-45137364)
chr2 (18-245)||(25964953-25965187)
chr2 (17-196)||(17420757-17420935)
chr2 (134-242)||(42505582-42505690)
chr2 (16-106)||(31367308-31367398)
chr2 (21-106)||(35464313-35464398)
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (17-245)||(17835218-17835444)
chr7 (18-245)||(34738505-34738733)
chr7 (17-245)||(39460669-39460896)
chr7 (17-244)||(47776475-47776702)
chr7 (17-239)||(10517128-10517348)
chr7 (18-245)||(27453325-27453551)
chr7 (17-242)||(36977740-36977966)
chr7 (17-218)||(47672790-47672990)
chr7 (17-242)||(37340448-37340672)
chr7 (17-245)||(15073933-15074159)
chr7 (17-235)||(9494500-9494728)
chr7 (17-245)||(42507732-42507958)
chr7 (16-242)||(17741162-17741386)
chr7 (14-108)||(14689760-14689854)
chr7 (130-219)||(556462-556550)
chr7 (54-107)||(41734441-41734494)
[»] chr1 (21 HSPs)
chr1 (17-245)||(29622129-29622356)
chr1 (17-239)||(52802277-52802499)
chr1 (17-242)||(23275809-23276037)
chr1 (17-245)||(47502456-47502683)
chr1 (17-242)||(35258578-35258801)
chr1 (17-245)||(45825028-45825244)
chr1 (17-242)||(51320858-51321082)
chr1 (54-242)||(22524271-22524457)
chr1 (17-242)||(30890206-30890429)
chr1 (17-242)||(11183322-11183549)
chr1 (17-179)||(19527248-19527409)
chr1 (17-245)||(31783433-31783648)
chr1 (142-245)||(19924898-19925001)
chr1 (21-112)||(11196153-11196244)
chr1 (16-163)||(2425080-2425224)
chr1 (155-239)||(2425528-2425612)
chr1 (17-109)||(19925018-19925110)
chr1 (16-76)||(17514410-17514470)
chr1 (17-109)||(49857648-49857740)
chr1 (54-107)||(38127225-38127278)
chr1 (134-162)||(30890653-30890681)
[»] scaffold0180 (1 HSPs)
scaffold0180 (21-239)||(15332-15548)
[»] scaffold0293 (1 HSPs)
scaffold0293 (17-245)||(433-654)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (14-245)||(24088484-24088716)
chr6 (17-225)||(31768861-31769073)
chr6 (17-112)||(6320268-6320363)
chr6 (156-242)||(6320371-6320457)
chr6 (21-76)||(30424143-30424198)
chr6 (21-105)||(29821737-29821821)
chr6 (17-76)||(3381082-3381141)
[»] scaffold0155 (1 HSPs)
scaffold0155 (17-241)||(8349-8571)
[»] scaffold0101 (1 HSPs)
scaffold0101 (23-245)||(40746-40966)
[»] scaffold0184 (1 HSPs)
scaffold0184 (129-245)||(18111-18227)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (129-245)||(54617-54733)
[»] scaffold0007 (1 HSPs)
scaffold0007 (20-76)||(251183-251239)


Alignment Details
Target: scaffold0634 (Bit Score: 167; Significance: 1e-89; HSPs: 1)
Name: scaffold0634
Description:

Target: scaffold0634; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 7786 - 7559
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  7786 caacaactacattcatttatcaattcctaaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttgaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaatttt 7687  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7686 tttaaaaaaa-tcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtgcacttgatttgcttgcaattcgtgaaa 7588  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  7587 atggatttggtgaagattggagagaaatt 7559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 167; Significance: 1e-89; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 7757692 - 7757465
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  7757692 caacaactacattcatttatcaattcctaaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaatttt 7757593  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7757592 ttttaaaaaa-tcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtgcagttgatttgcttgcaattcgtgaaa 7757494  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||    
T  7757493 atagatttggtgaagattggagagaaatt 7757465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Original strand, 8580210 - 8580437
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    ||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  8580210 caacaactacattcaattatcaatttctaaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttgaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaatttt 8580309  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  8580310 ttttaaaaaa-tcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtgcacttggtttgcttgcaattcgtgaaa 8580408  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8580409 atggatttggtgaagattggagagaaatt 8580437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Original strand, 14394 - 14621
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  14394 caacaactacatttatttatcaattcctaaactacgcatgcaatcatcaaattttcaattttgaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaatttt 14493  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14494 ttttaaaaaa-tcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtgcacttgatttgcttgcaattcgtgaaa 14592  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  14593 atggatttgttgaagattggagagaaatt 14621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 17 - 242
Target Start/End: Original strand, 19228377 - 19228601
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||         
T  19228377 caacaactacattcatttatcaattcataaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatgcaaactactatattttt 19228476  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| | |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  19228477 ttaaaaaaaa-taaacctaaacaaactaacattatcattaaaatgattgatacaacttacttgtgataatgtgcagttgatttgcttgcaattcgtgaaa 19228575  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaa 242  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||    
T  19228576 atgattttggtgaagattggaaagaa 19228601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 14 - 242
Target Start/End: Original strand, 512474 - 512701
Alignment:
Q  14 agacaacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaan 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |     
T  512474 agacaacaactacattcatttatcaattcataaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatgcaaactactct-at 512572  T
Q  114 nnnnnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtg 213  Q
             |||| | |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||| ||    
T  512573 tttttttttaaaaataaacctaaacaaactaacattatcattaaaatgattgatacaacttacttgtgataatgtacagttgatttgcttgcaattcatg 512672  T
Q  214 aaaatgaatttggtgaagattggagagaa 242  Q
    ||||||  |||||||||||||||| ||||    
T  512673 aaaatggctttggtgaagattggaaagaa 512701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 28877011 - 28876784
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    ||||||||||||| | |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||        
T  28877011 caacaactacatttaattatcaatttctaaactacacatgcaatcatcaaattctcaattttgaattcaaccctaaccacatacaaactactctaatttt 28876912  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  || ||||||||||||||||||||||||    
T  28876911 tttaaaaaaa-tcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatggccacttgatttgcttgcaattcgtgaaa 28876813  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  28876812 atggatttggggaagattggagagaaatt 28876784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 17 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 38968465 - 38968239
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaa-nnn 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||        
T  38968465 caacaactacattcatttatcaattcataaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaataaaccctaaccacatgcaaactactctaatttt 38968366  T
Q  116 nnnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaa 215  Q
           ||||   ||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38968365 tttttttaaaaagaaaccttaacaaactaacattatcattaaaatgattgatacaacttacttgtgataatgtgcagttgatttgcttgcaattcgtgaa 38968266  T
Q  216 aatgaatttggtgaagattggagagaa 242  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||    
T  38968265 aatgactttggtgaagattggaaagaa 38968239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 17 - 209
Target Start/End: Original strand, 42942191 - 42942383
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||        
T  42942191 caacaactacattcatttatcaattcctaaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatgcaaactactctaatttt 42942290  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaatt 209  Q
          |||| | |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||    
T  42942291 tttttaaaaaataaacctaaacaaactaacattatcattaaaatgattgatgcaacttacttgtgataatgtgcggttgatttgcttgcaatt 42942383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 17 - 242
Target Start/End: Original strand, 28241504 - 28241727
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||||||||     || || ||||||||||| ||||||||||  |        
T  28241504 caacatctacattcatttatcaatacataaactacacatgcaatgatgaaattgtcaattcatttataaaacctaaccacatgcaaactactc--aattt 28241601  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  28241602 tttttaaaaacttaacataaacaaattaacattaacattaaaatgattggtacaacttacttgtgataatgtgcacttgatttgcttgcaattcgtgaaa 28241701  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaa 242  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||    
T  28241702 atggatttggtgaagattggagagaa 28241727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 42537517 - 42537285
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaa---- 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||        
T  42537517 caacaactacattcatttatcaattcataaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaattaaccctaacaacatgcaaactactctaatttt 42537418  T
Q  113 -nnnnnnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcg 211  Q
                ||| | ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  42537417 tattttttttttaaaataaacctaaacaaaccaacattatcattaaaatgattgatacaacttgcttgtgataatgtgcagttgatttgcttgcaattcg 42537318  T
Q  212 tgaaaatgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    | | ||||  ||||||| |||||||| |||||||    
T  42537317 t-agaatggctttggtgcagattggaaagaaatt 42537285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 17 - 219
Target Start/End: Original strand, 40624629 - 40624829
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||        
T  40624629 caacaactacattcatttatcaattcataaaatacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaattaaccctaa-cacatgcaaactactc-aaaaaa 40624726  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| | |||||||||||| |||||||||||||  ||||||  |    ||||||||||||||| |||    ||||| |||||||||||||||||    
T  40624727 aaattaaaaacttaacctaaacaaactaacattaacattgcaatgatcaatggtacttacttgtgataatgtggggatgattggcttgcaattcgtgaaa 40624826  T
Q  217 atg 219  Q
    |||    
T  40624827 atg 40624829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 14 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 20422310 - 20422215
Alignment:
Q  14 agacaacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactc 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||   | ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  20422310 agacaacaactacattcatttatcaattcatacactacacatccaatcatcaaattgtcaattcctacatcaaccctaaccacatgcaaactactc 20422215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 17 - 219
Target Start/End: Original strand, 8701929 - 8702129
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||     || || ||||||||||| |||||||||| ||        
T  8701929 caactactacattcatttatcaattcataaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattcatttataaaacctaaccacatgcaaactactcaaa--tt 8702026  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| | |||||||||||||||||||||| |||  ||||||| | |  ||||||||||||||| |||    |||||  ||||||||||||||||    
T  8702027 tttttaaaaacttaacctaaacaaattaacattaagattgcaatgattaatagtacttacttgtgataatgtggggatgattaacttgcaattcgtgaaa 8702126  T
Q  217 atg 219  Q
    |||    
T  8702127 atg 8702129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 19 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 17658688 - 17658490
Alignment:
Q  19 acaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnnnn 118  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||| || ||||||||||||     ||||| |||||||||||||||||||||| ||          
T  17658688 acaactacattcatttatcaataaataaactacacatgcaatgatgaaattgtcaattcatttatcaaacctaaccacatacaaactactcaaa--tttt 17658591  T
Q  119 nnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaaat 218  Q
        |||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |    |||||| |||||||| |||    |||||  ||||||||||||||||||    
T  17658590 ttaaaaaacttaacctaaacaaattaacattaacattgcaatgattaatggtacttacctgtgataatgtggggatgattgtcttgcaattcgtgaaaat 17658491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 134 - 162
Target Start/End: Original strand, 28241252 - 28241280
Alignment:
Q  134 taaacaaattaacattaacattaaaatga 162  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  28241252 taaacaaattaacattaacattaaaatga 28241280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 167; Significance: 1e-89; HSPs: 21)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 50963322 - 50963095
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  50963322 caacaactacattcatttatcaattcctaaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaatttt 50963223  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||    
T  50963222 tttaaaaaaa-tcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtacacttgatttgcttgcaattcgtgaaa 50963124  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  50963123 atggatttggtgaagattggagagaaatt 50963095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 597126 - 596900
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||        
T  597126 caacaactacattcatttatcaattcctaaactacacatgcaatcatcaaattgtcaatatttaaatcaaccctaaccacatgcaaactactctaattta 597027  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  597026 aaaa--aaaaatcaacctaaacaaattaacattatgattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 596929  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    ||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  596928 atggatttggtgaagattggagaaaaatt 596900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Original strand, 50216583 - 50216812
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||        
T  50216583 caacaactacattcatttatcaattcctaaattacacatgcaatcatcaaattatcaattttaaaatcaaccctaaccacatgcaaactactctaattta 50216682  T
Q  117 nnnnnnaaaag-tcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaa 215  Q
          ||||  |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  50216683 aaaataaaaaaatcaacctaaacaaatttacattatcattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtgcagttgatttgcttgcaattcgtgaa 50216782  T
Q  216 aatgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  50216783 aatggatttggtgaagattggagagaaatt 50216812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Original strand, 3501597 - 3501826
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    ||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  3501597 caacaactacattcaattatcaatttctaaactacacatgcaatcatcaaattctcaattttgaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaatttt 3501696  T
Q  117 nnnnnn-aaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaa 215  Q
           |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3501697 tttttttaaaaatcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtgcacttgatttgcttgcaattcgtgaa 3501796  T
Q  216 aatgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    |||| ||||||||||||||| | |||||||    
T  3501797 aatggatttggtgaagattgaaaagaaatt 3501826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Original strand, 47073912 - 47074141
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         
T  47073912 caacaactacattcatttatcaattcctaaactacacatgcattcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctatttat 47074011  T
Q  117 nnnnnn-aaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaa 215  Q
           |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||| |||||||||    
T  47074012 tttttttaaaaatcaacctaaacaaattaacattatcattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtgcggttgatttgcttgctattcgtgaa 47074111  T
Q  216 aatgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  47074112 aatggatttggtgaagattgaagagaaatt 47074141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 17 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 42165530 - 42165310
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  42165530 caacaactacattcatttatcaattcctaaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaa--tt 42165433  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  42165432 ttttttaaaaatcaacctaaacaaattaacattatgattaaaatgatggacacaacttacttgtgataatgtgcagttgatttgcttgcaattcgtgaaa 42165333  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggaga 239  Q
        |||||||||||||||||||    
T  42165332 gaatatttggtgaagattggaga 42165310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 14 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 42756524 - 42756297
Alignment:
Q  14 agacaacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaan 113  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  42756524 agacaacaactacatccatttatcaattcataaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatgcaaactactctaat 42756425  T
Q  114 nnnnnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtg 213  Q
             |||| | |||||||||||| ||||||||  |||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  42756424 ttttttttaaaaa-taaacctaaacaaactaacattattattaaaatgattgatacaactgacttgtgataatgtgcagttgatttgcttgcaattcgtg 42756326  T
Q  214 aaaatgaatttggtgaagattggagagaa 242  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  42756325 aaaatgactttggtgaagattggaaagaa 42756297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Original strand, 49196152 - 49196379
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||        
T  49196152 caacaactacattcatttatcaattcataaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccttaaccacatgcaaactactctaatttt 49196251  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| | |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  49196252 tttttaaaaa-taaacctaaacaaactaacattatcattaaagtgattgatacaacttacttgtgataatgtgcagttgattttcttgcaattcgtgaaa 49196350  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  49196351 atgactttggtgaagattagagagaaatt 49196379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 17 - 239
Target Start/End: Original strand, 4008028 - 4008249
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  4008028 caacaactacattcatttatcaattcctaaactacacatgcaatcatcgaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaatttt 4008127  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  4008128 ttttaaaaaa-tcaacctaaacaaattaacattatgattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtgcagttgatttgcttgctattcgtgaaa 4008226  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggaga 239  Q
        |||||||||||||||||||    
T  4008227 gaagatttggtgaagattggaga 4008249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Original strand, 20917722 - 20917948
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||        
T  20917722 caacaactacattcatttatcaattcataaactatacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatgcaaactactctaatttt 20917821  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| | |||||||||||| ||||| || |||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  20917822 ttttaaaaaa-taaacctaaacaaactaaca-tatcattaagatgattgatacaacttacttgtgataatgtgcgattgatttgcttgcaattcgtgaaa 20917919  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||||    
T  20917920 atggctttggtgaagattggagagaaatt 20917948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Original strand, 20926684 - 20926910
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||        
T  20926684 caacaactacattcatttatcaattcataaactatacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatgcaaactactctaatttt 20926783  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| | |||||||||||| ||||| || |||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  20926784 ttttaaaaaa-taaacctaaacaaactaaca-tatcattaagatgattgatacaacttacttgtgataatgtgcgattgatttgcttgcaattcgtgaaa 20926881  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||||    
T  20926882 atggctttggtgaagattggagagaaatt 20926910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 17 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 3976074 - 3975853
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    ||||||||||||||| ||  |||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  3976074 caacaactacattcaattgccaatttctaaactacacatgcaatcatcaaattgtcaatttttaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaatttt 3975975  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  3975974 tttaaaaaaa-tcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtgcacttgatttgcttgcaattcgtgaaa 3975876  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggaga 239  Q
        |||||||||||||||||||    
T  3975875 gaagatttggtgaagattggaga 3975853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 17 - 242
Target Start/End: Original strand, 30255707 - 30255931
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||        
T  30255707 caacaactacattcatttagcaattcacaaactaaacatgcaatcatcaaattgtcaactttaaaatcaaccctaaccacatgcaaactactctaatttt 30255806  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| | |||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30255807 tttttaaaaa-taaacctaaacaaactaaccttatcattaaaatgattgatacaacttacttgtgataatgtgcagttgatttgcttgcaattcgtgaaa 30255905  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaa 242  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||    
T  30255906 atgactttggtgaagattggaaagaa 30255931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 14 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 51807340 - 51807110
Alignment:
Q  14 agacaacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaan 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||     
T  51807340 agacaacaactacattcatttatcaatttctaaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaatcataaccacatgcaaactactctaat 51807241  T
Q  114 nnnnnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtg 213  Q
             |||| | |||||||||||| | |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| |||    
T  51807240 ttttttttaaaaa-taaacctaaacaaactgacattatcattaaaatgattgatacaacttacttgtgataatgtacagttgatttgcttgcaatttgtg 51807142  T
Q  214 aaaatgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    ||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  51807141 aaaataactttggtgaagattggagagaaatt 51807110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 17 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 44230081 - 44229882
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |        
T  44230081 caacaactacattcatttatcaattcctaaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatgcaaactactctgatttt 44229982  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          ||   | |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44229981 tttttaaa---taaacctaaacaaactaacattatcattaaaatgattgatacaacttacttgtgataatgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 44229885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 17 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 48889111 - 48888880
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaa---- 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||        
T  48889111 caacaactacattcatttatcaattcataaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatgcaaactactctaatttt 48889012  T
Q  113 --nnnnnnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattc 210  Q
                  || | ||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  48889011 ttatttttatttttaaataaacttaaacaaactaacattatcattaaaatgattgatacaacttacttgtgataatgtgcagttgatttgcttgcaattc 48888912  T
Q  211 gtgaaaatgaatttggtgaagattggagagaa 242  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  48888911 gtgaaaatgactttggtgaagattggaaagaa 48888880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 31 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 48563297 - 48563093
Alignment:
Q  31 atttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnnnnnnnnaaaagtca 130  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||           ||| | |    
T  48563297 atttatcaattcatagactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccttaaccacatgcaaactactctaatttttttttttaaaataa 48563198  T
Q  131 acctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaaatgaatttggtgaa 230  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||    
T  48563197 acctaaacaaactaacattatcattaaaatgattgatacaacttacttatgataatgtgcagttgatttgcttgcaatttgtgaaaatgattttgatgaa 48563098  T
Q  231 gattg 235  Q
    |||||    
T  48563097 gattg 48563093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 14 - 112
Target Start/End: Original strand, 42805964 - 42806054
Alignment:
Q  14 agacaacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42805964 agacaacaactacattcatttatcaattcataaactatacatgcaattatcaa--------ttttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaa 42806054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 21 - 107
Target Start/End: Original strand, 31045302 - 31045388
Alignment:
Q  21 aactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactac 107  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||     || |||||||||||||| ||||||||    
T  31045302 aactacattcgtttatcaatttataaactacacatgcaatcatcaaaatgtcaattcattcataaaccctaaccacatgcaaactac 31045388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 180 - 245
Target Start/End: Original strand, 42807498 - 42807563
Alignment:
Q  180 tgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaaatgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    |||||| ||||  ||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  42807498 tgataatgtgcggttgatttgcttgcaatttgtgaaaatggctttggtgaagattggagagaaatt 42807563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 193 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 2647890 - 2647838
Alignment:
Q  193 ttgatttgcttgcaattcgtgaaaatgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||    |||||| ||||||||||||||||||    
T  2647890 ttgatttgcttgcaattcgtgaaagaagatttggcgaagattggagagaaatt 2647838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 159; Significance: 9e-85; HSPs: 23)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Original strand, 41249778 - 41250005
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||        
T  41249778 caacaactacattcatttatcaattcctaaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatctaccctaaccacatgcaaactactctaatttt 41249877  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  41249878 taaaaaaaaa-tcaacctaaacaaattaacattatcattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtgcacttgatttgcttgcaattcgtgaaa 41249976  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  41249977 atggatttggtgaagattggagagaaatt 41250005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 45064609 - 45064382
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    ||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  45064609 caacaactacattcaattatcaatttctaaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttgaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaatttt 45064510  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  45064509 tttaaaaaaa-tcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtgcacttgatttgcttgcaattcgtgaaa 45064411  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  45064410 atggatttggtgaagattggagagaaatt 45064382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 39252379 - 39252150
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||        
T  39252379 caacaactacattcatttattaattcctaaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaacc-taaccacatacaaactactctaatttt 39252281  T
Q  117 nnnnnn--aaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtga 214  Q
            |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  39252280 ttttttttaaaaatcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgcgcacttgatttgcttgcaattcgtga 39252181  T
Q  215 aaatgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39252180 aaatgaatttggtgaagattggagagaaatt 39252150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 39602083 - 39601844
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  39602083 caacaactacattcatttatcaattcctaaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaattta 39601984  T
Q  117 nnnnnnaaaag-----------tcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgc 205  Q
          ||||            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  39601983 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaatcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtgcagttgatttgcttgc 39601884  T
Q  206 aattcgtgaaaatgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  39601883 aattcgtgaaaatgaatttggcgaagattggagagaaatt 39601844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Original strand, 15036433 - 15036660
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||        
T  15036433 caacaactacattcatttatcaattcctgaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttgaaatcaaccctaaccacatacaaaccactctaatttt 15036532  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  15036533 tttaaaaaaa-taaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttatttgtgataatgtgcacttgatttgcttgcaattcgcgaaa 15036631  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  15036632 atggatttggtgaagattggagagaaatt 15036660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Original strand, 39938921 - 39939148
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||        
T  39938921 caacaactacattcatttatcaattcctaaactatacatgtaatcatcaaattatcaattttaaaatcaaccctaaccacatgtaaactactctaatttt 39939020  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  39939021 ttttaaaaaa-tcaacctaaacaaattaacattatcattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtgcaattgatttgctttcaattcgtgaaa 39939119  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    ||| | |||||||||||||||||||||||    
T  39939120 atggacttggtgaagattggagagaaatt 39939148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Original strand, 34822722 - 34822952
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||        
T  34822722 caacaactacattcatttatcaattcataaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatgcaaactactctaatttt 34822821  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaact--tacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtga 214  Q
          |||| | |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||  |||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||    
T  34822822 tttttaaaaaataaacctaaacaaactaacattatcattaaaatgattgatacaacttatacttgtgataatgtgcagttaatttgcttgcaattcgtga 34822921  T
Q  215 aaatgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    |||    ||||||||||||||||||||||||    
T  34822922 aaaaagttttggtgaagattggagagaaatt 34822952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Original strand, 39846691 - 39846921
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||         
T  39846691 caacaactacattcatttatcaattcctaaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatgcaaactactctattttt 39846790  T
Q  117 nnnnnn--aaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtga 214  Q
            |||| | |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  39846791 tttttataaaaaataaacctaaacaaactaacattatcattaaaatgattgatacaacttacttgtgataatgtgcaattggtttgcttgcaatttgtga 39846890  T
Q  215 aaatgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  39846891 aaatggctttggtgaagattggagagaaatt 39846921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 14 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 43188420 - 43188190
Alignment:
Q  14 agacaacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaan 113  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||     
T  43188420 agacaacaactacattcatttattaattcctaaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccataaccacatgcaaactactctaat 43188321  T
Q  114 nnnnnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtg 213  Q
             |||| | |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||| ||    
T  43188320 ttttttttaaaaa-taaacctaaacaaactaacattatcattaaaatgattgatacaacttacttgtgacaatatgcagttgatttgcttgcaattcttg 43188222  T
Q  214 aaaatgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  43188221 aaaatgactttggtgaagattggagagaaatt 43188190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Original strand, 25864645 - 25864871
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||        
T  25864645 caacaactacattcatttatcaattcataa-ctacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatgcaaactactctaatatt 25864743  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| | |||||||||||| |||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||| | |||||||| |||||||||||||||    
T  25864744 tttttaaaaa-taaacctaaacaaactaacattatcattaaaatgattaatacaacttacttgtgataatgtgtagttgatttgattgcaattcgtgaaa 25864842  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  25864843 atgactttggtgaagattagagagaaatt 25864871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 17 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 43211873 - 43211653
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||        
T  43211873 caacaactacattcatttatcaattcctaaactacacatgcaatcatcgaattgtcaattttaaaatcaaccctaagcacatacaaactactctaa--tt 43211776  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| |||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  43211775 ttttaaaaaaatcaaccaaaacaaattaacattatgattaaaatgattgacacaacttacttgtggtaatgtgcagttgatttgcttgcaattcgtgaaa 43211676  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggaga 239  Q
        |||||||||||||||||||    
T  43211675 gaagatttggtgaagattggaga 43211653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 17 - 242
Target Start/End: Original strand, 40076955 - 40077179
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||        
T  40076955 caacagctacattcatttatcaattcataaactacacatataatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatgcaaactactctaatttt 40077054  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| | |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  40077055 ttttaaaaaa-taaacctaaacaaactaacattatcattaaaatgattgatacaacttacttctgataatgtgcacttgatttgcttgcaattcgtgaaa 40077153  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaa 242  Q
    |||  |||| ||||||||||| ||||    
T  40077154 atggctttgttgaagattggaaagaa 40077179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 17 - 242
Target Start/End: Original strand, 42485243 - 42485466
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||||||||     || || ||||||||||| ||||||||||  |        
T  42485243 caacatctacattcatttatcaatacataaactacacatgcaatgatgaaattgtcaattcatttataaaacctaaccacatgcaaactactc--aattt 42485340  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  42485341 ttttaaaaaacttaacataaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtgcacttgatttgcttgcaattcgtgaaa 42485440  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaa 242  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||    
T  42485441 atggatttggtgaagattggagagaa 42485466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 17 - 242
Target Start/End: Original strand, 489334 - 489557
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||||||||      | || ||||||||||| ||||||||||  |        
T  489334 caacatctacattcatttatcaatacataaactacacatgcaatgatgaaattgtcaattcatttgtaaaacctaaccacatgcaaactactc--aattt 489431  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  489432 tttttaaaaatttaacataaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtgcacttgatttgcttgcaattcgtgaaa 489531  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaa 242  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||    
T  489532 atggatttggtgaagatcggagagaa 489557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 128 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 35026745 - 35026628
Alignment:
Q  128 tcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaaatgaatttggt 227  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35026745 tcaacctaaacaaattaacattatcattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtgtagttaatttgcttgcaattcgtgaaaatgaatttggt 35026646  T
Q  228 gaagattggagagaaatt 245  Q
    |||||||| |||||||||    
T  35026645 gaagattgtagagaaatt 35026628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 14 - 98
Target Start/End: Original strand, 5303923 - 5304007
Alignment:
Q  14 agacaacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacat 98  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5303923 agacaacaactacattcatttatcaattcataaactacacatgcaatcatgaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacat 5304007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 16 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 24249852 - 24249759
Alignment:
Q  16 acaacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactc 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  24249852 acaacaactacattcatttatcaattcataaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattcctatatcaaccctaaccacatgcaaactactc 24249759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 152 - 242
Target Start/End: Original strand, 5304009 - 5304099
Alignment:
Q  152 cattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaaatgaatttggtgaagattggagagaa 242  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||    
T  5304009 cattaaaatgattgatacaacttacttgtgataatgtgcagttgatttgcttgcaattcgtgaaaatggctttggtgaagattggaaagaa 5304099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 24 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 37327164 - 37327080
Alignment:
Q  24 tacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactc 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||    
T  37327164 tacattcatttatcaattcataaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaattaaccctaa-cacatgcaaactactc 37327080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 54 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 2984453 - 2984395
Alignment:
Q  54 atgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  2984453 atgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatgcaaactactctaa 2984395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 42 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 35026786 - 35026740
Alignment:
Q  42 cataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaacc 88  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35026786 cataaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaacc 35026740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 22495272 - 22495216
Alignment:
Q  20 caactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaatt 76  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||| ||||||||    
T  22495272 caactacattcatttatcaattcgtaaactacacatgcaaccatcaaaatgtcaatt 22495216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 134 - 162
Target Start/End: Original strand, 489082 - 489110
Alignment:
Q  134 taaacaaattaacattaacattaaaatga 162  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  489082 taaacaaattaacattaacattaaaatga 489110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 159; Significance: 9e-85; HSPs: 27)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Original strand, 21022593 - 21022820
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||        
T  21022593 caacaactacattcatttatcaattcctaaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttgaaatcaaccctaaccacatacaaactactc-aatttt 21022691  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  21022692 tttaaaaaaaatcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtgcacttgatttgcttgcaattcgtgaaa 21022791  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  21022792 atggatttggtgaagattggagagcaatt 21022820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Original strand, 40357985 - 40358212
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    ||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  40357985 caacaactacattcaattatcaatttctaaactacacatgcaatcatcaaattctcaattttgaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaatttt 40358084  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  40358085 ttttaaaaaa-tcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtgcacttgatttgcttgcaattcgtgaaa 40358183  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  40358184 atggatttggtgaagattggagagaaatt 40358212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 50275102 - 50274875
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||        
T  50275102 caacaactacattcatttatcaattcctaaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaattaaccctaaccacatgcaaactactctaatttt 50275003  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  50275002 tttttaaaaatt-aacctaaacaaattaacattatcattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtgcagttgatttgcttgcaattcgtgaaa 50274904  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  50274903 atggatttggtgaagattggagagaaatt 50274875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Original strand, 55407492 - 55407723
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaa---n 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||        
T  55407492 caacaactacattcatttatcaattcataaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatgcaaactactctaatttt 55407591  T
Q  114 nnnnnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtg 213  Q
              ||| | |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  55407592 ttttttttttaaaataaacctaaacaaactaacattatcattaaaatgattgatacaacttacttgtgataatgtgcagttgatttgcttgcaattcgtg 55407691  T
Q  214 aaaatgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  55407692 aaaatggttttggtgaagattggagagaaatt 55407723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 17 - 242
Target Start/End: Original strand, 48256276 - 48256501
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||        
T  48256276 caacaactacattcatttatcaattcataaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaattaaccctaaccacatgcaaactactctaatttt 48256375  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| | ||||||| |||| ||| |||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  48256376 ttttaaaaaaataaacctaagcaaactaatattatcattaaaatgattgatacaatttacttgtgataatgtgcagttgatttgtttgcaattcgtgaaa 48256475  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaa 242  Q
    |||  |||||||||||||||| ||||    
T  48256476 atggctttggtgaagattggaaagaa 48256501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 14 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 51683573 - 51683345
Alignment:
Q  14 agacaacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaa- 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  51683573 agacaacaactacattcatttatcaattcataaaatacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatgcaaactactctaat 51683474  T
Q  113 nnnnnnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgt 212  Q
              |||| | |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  51683473 ttttttttttaaaaataaacctaaacaaactaacattatcattaaaatgattgatataacttacttgtgataatgtgtagttgatttgcttgcaattcgt 51683374  T
Q  213 gaaaatgaatttggtgaagattggagagaa 242  Q
    |||||||  |||||||||||||||| ||||    
T  51683373 gaaaatg-gtttggtgaagattggaaagaa 51683345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 67959 - 67733
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||        
T  67959 caacaactacatttatttatcaattcataaactacacatgcaatcattaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatgcaaactactctaatttt 67860  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| | |||||||||||| |||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||  ||||||| ||||||||||||||||    
T  67859 ttttaaaaaa-taaacctaaacaaactaacatt-tcattaaaatgattgatacaacttacttgtgataatgtgcggttgattttcttgcaattcgtgaaa 67762  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  67761 atgactttggtgaagatttgagagaaatt 67733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 14 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 50901851 - 50901637
Alignment:
Q  14 agacaacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaan 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||     
T  50901851 agacaacaactacattcatttatcaattcctaaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatgtaaactactctaa- 50901753  T
Q  114 nnnnnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtg 213  Q
             |||| | |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||  |    
T  50901752 -ttttttttaaaaataaacctaaacaaactaacattatcattaaaatgattgatgcaacttacttgtgataatgtgcgattgatttgcttgcaattcacg 50901654  T
Q  214 aaaatgaatttggtgaa 230  Q
     ||||| ||||||||||    
T  50901653 gaaatggatttggtgaa 50901637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 17 - 242
Target Start/End: Original strand, 1308819 - 1309042
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||||||||     || || ||||||||||| ||||||||||  |        
T  1308819 caacatctacattcatttatcaatacataaactacacatgcaatgatgaaattgtcaattcatttataaaacctaaccacatgcaaactactc--aattt 1308916  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1308917 ttttaaaaaacttaacataaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtgcacttgatttgcttgcaattcgtgaaa 1309016  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaa 242  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||    
T  1309017 atggatttggtgaagattggagagaa 1309042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Original strand, 1089289 - 1089515
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||  |||||| || ||||||||||||     || || ||||||||||| ||||||||||  |        
T  1089289 caacatctacattcatttatcaatacataaactacacttgcaatgatgaaattgtcaattcatttataaaacctaaccacatgcaaactactc--aattt 1089386  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1089387 tttaaaaaaacttaacataaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtgcacttgatttgcttgcaattcgtgaaa 1089486  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1089487 atggatttggtgaagattggagagaaatt 1089515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Original strand, 30726446 - 30726672
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||| || ||||||||||||     || || |||||||| || ||||||||||  |        
T  30726446 caacaactacattcatttatcaatacataaactacacgtgcaatgatgaaattgtcaattcatttataaaacctaaccaaatgcaaactactc--aattt 30726543  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30726544 tttttaaaaacttaacataaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtgcacttgatttgcttgcaattcgtgaaa 30726643  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  30726644 atggatttggtgaagattggagagaaatt 30726672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 130 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 8109649 - 8109534
Alignment:
Q  130 aacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaaatgaatttggtga 229  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8109649 aacctaaacaaactaacattatcattaaaatgattgatacaacttacttgtgataatgtgcagttgatttgcttgcaattcgtgaaaatgaatttggtga 8109550  T
Q  230 agattggagagaaatt 245  Q
    ||||||||||||||||    
T  8109549 agattggagagaaatt 8109534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 17 - 112
Target Start/End: Original strand, 37021788 - 37021883
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaa 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  37021788 caacaactacattcatttatcaattcctaaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaactctaaccacatacaaactactctaa 37021883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 17 - 242
Target Start/End: Original strand, 21538167 - 21538390
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||  ||||||||||||||     || |||||||||||||| |||||||||   |        
T  21538167 caacaactacattcatttatcaattcataaactacccatgcaatgttcaaattgtcaattcattcataaaccctaaccacatgcaaactactt--atatt 21538264  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| | || ||||||||| ||||||||  ||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||   ||||||||||||||||||||||||    
T  21538265 tttaaaaaaacttaaactaaacaaactaacattatgattaaaatgattgatgcaacttacttgtgataatgtgtggttgatttgcttgcaattcgtgaaa 21538364  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaa 242  Q
    |||  ||||||||  || ||||||||    
T  21538365 atggctttggtgagaatgggagagaa 21538390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 17 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 46436612 - 46436412
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | |||||||||| ||        
T  46436612 caacaactacattcgtttattaattcataaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaattaaccctaa-cacgtgcaaactactc-aaaaaa 46436515  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| | |||||||||||| |||||||||||||  ||||||| |    ||||||||||||||| |||    ||||| |||||||||||||||||    
T  46436514 aaattaaaaacttaacctaaacaaactaacattaacattgcaatgattaatggtacttacttgtgataatgtggggatgattggcttgcaattcgtgaaa 46436415  T
Q  217 atg 219  Q
    |||    
T  46436414 atg 46436412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 17 - 219
Target Start/End: Original strand, 11083721 - 11083921
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||     || |||||||||||||| ||||||||||  |        
T  11083721 caacaactacattcatttatcaatacataaactacacatgcaatgatcaaattgtcaattcattcataaaccctaaccacatgcaaactactc--aattt 11083818  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| | |||||||||||| ||||||||| |||  ||||||| |    ||||||||||||||| |||    ||||| |||||||||||||||||    
T  11083819 tttttcaaaacttaacctaaacaaactaacattaagattgcaatgattaatggtacttacttgtgataatgtggggatgattggcttgcaattcgtgaaa 11083918  T
Q  217 atg 219  Q
    |||    
T  11083919 atg 11083921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 187 - 245
Target Start/End: Original strand, 37021936 - 37021994
Alignment:
Q  187 gtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaaatgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37021936 gtgcagttgatttgcttgctattcgtgaaaatgaatttggtgaagattggagagaaatt 37021994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 17 - 109
Target Start/End: Original strand, 10753142 - 10753234
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactc 109  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||     || |||||||||||||| ||||||||||    
T  10753142 caacatctacattcatttatcaattcataaactacacatgcaatgttcaaattgtcaattcattcataaaccctaaccacatgcaaactactc 10753234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 17 - 109
Target Start/End: Original strand, 10966911 - 10967003
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactc 109  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||     || |||||||||||||| ||||||||||    
T  10966911 caacatctacattcatttatcaattcataaactacacatgcaatgttcaaattgtcaattcattcataaaccctaaccacatgcaaactactc 10967003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 17 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 14297493 - 14297401
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactc 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||     || || ||||||||||| ||||||||||    
T  14297493 caacaactacattcatttatcaattcataaactacacatgcaatgatgaaattgtcaattcattcataaaacctaaccacatgcaaactactc 14297401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 17 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 14315742 - 14315650
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactc 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||     || || ||||||||||| ||||||||||    
T  14315742 caacaactacattcatttatcaattcataaactacacatgcaatgatgaaattgtcaattcattcataaaacctaaccacatgcaaactactc 14315650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 24 - 107
Target Start/End: Original strand, 4720080 - 4720163
Alignment:
Q  24 tacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactac 107  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| | |  | |||||||||||||| ||||||||    
T  4720080 tacattcatttaccaattcataaactacacacgcaatcatcaaaatgtcaattcttacgtaaaccctaaccacatgcaaactac 4720163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 130 - 221
Target Start/End: Original strand, 41933439 - 41933529
Alignment:
Q  130 aacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaaatgaa 221  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||| | ||||| |  | ||||||||||||||| ||| |  ||| |||||||||| |||||||||||||    
T  41933439 aacctaaacaaactaacattaagattacattgattaattctacttacttgtgataatgtggagatga-ttgcttgcaaatcgtgaaaatgaa 41933529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 123 - 161
Target Start/End: Original strand, 37021898 - 37021936
Alignment:
Q  123 aaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatg 161  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37021898 aaaaatcaacctaaacaaattaacattatcattaaaatg 37021936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 134 - 162
Target Start/End: Original strand, 1308567 - 1308595
Alignment:
Q  134 taaacaaattaacattaacattaaaatga 162  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1308567 taaacaaattaacattaacattaaaatga 1308595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 133 - 185
Target Start/End: Original strand, 10753256 - 10753308
Alignment:
Q  133 ctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataa 185  Q
    ||||||||| ||||||||  ||||||||||||||  |||||||||||| ||||    
T  10753256 ctaaacaaactaacattatgattaaaatgattgatgcaacttacttgtcataa 10753308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 133 - 185
Target Start/End: Original strand, 10967025 - 10967077
Alignment:
Q  133 ctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataa 185  Q
    ||||||||| ||||||||  ||||||||||||||  |||||||||||| ||||    
T  10967025 ctaaacaaactaacattatgattaaaatgattgatgcaacttacttgtcataa 10967077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 158; Significance: 3e-84; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 14 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 21998561 - 21998331
Alignment:
Q  14 agacaacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaan 113  Q
    ||||||||| || ||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  21998561 agacaacaaataaattcaattatcaattactaaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaat 21998462  T
Q  114 nnnnnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtg 213  Q
             |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  21998461 ttttttaaaaaaa-tcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtacaattgatttgcttgcaattcgtg 21998363  T
Q  214 aaaatgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21998362 aaaatggatttggtgaagattggagagaaatt 21998331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 7185397 - 7185169
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         
T  7185397 caacaactacattcatttatcaattcctaaacaacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctattttt 7185298  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7185297 ttttttaaaaatcaacctaaacaaatcaacattaacattaaaattattgacacaacttacttgtgataatgcgcacttgatttgcttgcaattcgtgaaa 7185198  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  7185197 atggatttggtgaagattggagagaaatt 7185169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 28469009 - 28468782
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||| |||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  28469009 caacaattacattcaattatcaatttctaaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaatttt 28468910  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  28468909 tttaaaaaaa-tcaacctaaacaaattaacattaacattcaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtgcacttgatttgcttgcaattcgtgaaa 28468811  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  28468810 atggatttggtgaagattggagagaaatt 28468782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 45428959 - 45428731
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    ||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  45428959 caacaactacattcaattatcaatttctaaactacacatgcaatcatcaaattgtcattttttaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaatttt 45428860  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  45428859 ttttttaaaaatcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtgcacttgatttgcttgcaattcgtgaaa 45428760  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    ||| |||||| ||||||| ||||||||||    
T  45428759 atggatttggagaagatttgagagaaatt 45428731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 17 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 39947968 - 39947746
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  39947968 caacaactacattcatttatcaattcctaaactacacatgcaatcatcgaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaatttt 39947869  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| |||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  39947868 tttaaaaaaaatcaacctaaacatattaacattatgattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtgccgttgatttgcttgcaattcgtgaaa 39947769  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggaga 239  Q
        |||||||||||||||||||    
T  39947768 gaagatttggtgaagattggaga 39947746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 17 - 219
Target Start/End: Original strand, 32956059 - 32956261
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||        
T  32956059 caacaagtacattcatttatcaattcctaaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaacccaaaccacatacaaactactctaatttt 32956158  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||    
T  32956159 ttttaaaaaaatcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattggcacaacttacttgtgataatgtgcagttgatttgcttgctatttgtgaaa 32956258  T
Q  217 atg 219  Q
    |||    
T  32956259 atg 32956261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 21 - 245
Target Start/End: Original strand, 45137141 - 45137364
Alignment:
Q  21 aactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnnnnnn 120  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||            
T  45137141 aactacattcatttatcaattcctaaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccttaaccacatgcaaactactctaatttttttt 45137240  T
Q  121 nnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaaatga 220  Q
      |||| | |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||     
T  45137241 taaaaa-taaacctaaacaaactaacactatcattaaaatgattgatacaacttacttgtgataatgtgcagttgatttgcttgcaatttgtgaaaatgg 45137339  T
Q  221 atttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
     ||||||||||||||||||||||||    
T  45137340 ctttggtgaagattggagagaaatt 45137364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 18 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 25965187 - 25964953
Alignment:
Q  18 aacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactcta------ 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||          
T  25965187 aacaactacattcatttatcaattcctaaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatgcaaactactctatttttt 25965088  T
Q  112 --annnnnnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaatt 209  Q
      |          |||| | |||||||||||| ||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  25965087 ttattttttttttaaaa-taaacctaaacaaactaacattatgattaaaatgattgatacaacttacttgtgataatgtgcagttgatttgcttgcaatt 25964989  T
Q  210 cgtgaaaatgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  25964988 cgtgaaaatggctttggtgaagattggagagaaatt 25964953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 17 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 17420935 - 17420757
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    ||||||||||||||| | |||||||  ||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||        
T  17420935 caacaactacattcaatgatcaatttctaaactacacatgcaatcatcaaattctcaattttgaaatcaaccctaaccacatgcaaactactctaatttt 17420836  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattga 196  Q
          |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  17420835 tctaaaaaaa-tcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtgcacttga 17420757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 134 - 242
Target Start/End: Original strand, 42505582 - 42505690
Alignment:
Q  134 taaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaaatgaatttggtgaagat 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  42505582 taaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtgcacttgatttgcttgcaattcgtgaaaatggatttggtgaagat 42505681  T
Q  234 tggagagaa 242  Q
    |||||||||    
T  42505682 tggagagaa 42505690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 16 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 31367398 - 31367308
Alignment:
Q  16 acaacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaacta 106  Q
    ||||||| || |||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||| | ||||||   | ||||||||||||||||| |||||||    
T  31367398 acaacaaataaattcatttataaattcataaactatatatgcaatcatcaaaatatcaattcctacatcaaccctaaccacatgcaaacta 31367308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 21 - 106
Target Start/End: Original strand, 35464313 - 35464398
Alignment:
Q  21 aactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaacta 106  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||   | || || ||||||||||| |||||||    
T  35464313 aactacattcatttataaattcataaactacacatgcaatcatcagaatgtcaattcatacataaatcctaaccacatgcaaacta 35464398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 155; Significance: 2e-82; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 17835444 - 17835218
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||        
T  17835444 caacaactacattcatttatcaattcctaaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccttaaccacatacaaactactctaatttt 17835345  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17835344 tttaaaaaaa-tcaacataaacaaattaacattaacattaaaatgattga-acaacttacttgtgataatgtgcacttgatttgcttgcaattcgtgaaa 17835247  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  17835246 atggatttggtgaagattggagagaaatt 17835218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 18 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 34738733 - 34738505
Alignment:
Q  18 aacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnnn 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||         
T  34738733 aacaactacattcatttatcaattcctaaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatgcaaactactctaattttt 34738634  T
Q  118 nnnnn-aaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||    
T  34738633 ttttttaaaaatcaacctaaacaaattaacattatcattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtgcagatgatttgcttgcaattcgtgaaa 34738534  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||    
T  34738533 atagatttggtgaagattggagagaaatt 34738505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 39460896 - 39460669
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||        
T  39460896 caacaactacattcatttatcaattcataaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatgcaaactactctaatttt 39460797  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| | |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  39460796 ttttaaaaaa-taaacctaaacaaactaacattatcattaaaatgattgatacaacttacttgtgataatgtgcagttgatttgcttgcaattcgtgaaa 39460698  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    |||| ||||||||| ||| ||||||||||    
T  39460697 atgactttggtgaacattagagagaaatt 39460669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 17 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 47776702 - 47776475
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||        
T  47776702 caacaactacattcatttatcaattcctaaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatgcaaactactctaatttt 47776603  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| | |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  47776602 tttttaaaaaataaacctaaacaaactaacattatcattaaaatgattgatacaccttacttgtgataatgtgcagttgatttgcttgcaatttgtgaaa 47776503  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaaat 244  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||    
T  47776502 atgactttggtgaagattggagagaaat 47776475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 17 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 10517348 - 10517128
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  10517348 caacaactacattcatttatcaattcctaaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaa--tt 10517251  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10517250 tttttaaaaaatcaacctaaacaaattaacattatgattaaaatgattgacacagcttacttgtgataatgtgcagttgatttgcttgcaattcgtgaaa 10517151  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggaga 239  Q
        |||||||||||||||||||    
T  10517150 gaagatttggtgaagattggaga 10517128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 18 - 245
Target Start/End: Original strand, 27453325 - 27453551
Alignment:
Q  18 aacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnnn 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||         
T  27453325 aacaactacattcatttatcaattcctaaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttgaaatcaactctaaccacatgcaaactactctaattttt 27453424  T
Q  118 nnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaaa 217  Q
         |||| | |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27453425 tttttaaaa-taaacctaaacaaactaacattatcattaaaatgattgatacaacttacttgtgataatgtgcaattgatttgcttgcaatttgtgaaaa 27453523  T
Q  218 tgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||||    
T  27453524 tggctttggtgaagattggagagaaatt 27453551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 17 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 36977966 - 36977740
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactc-taannn 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |        
T  36977966 caacaactacattcatttatcaattcataaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatgcaaactactcagatttt 36977867  T
Q  116 nnnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaa 215  Q
           |||| | |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||    
T  36977866 ttttaaaaaaaataaacctaaacaaactaacattatcattaaaatgattgatacaacttacttgtgataatgtacagttgatttgcttgcaattcgtgaa 36977767  T
Q  216 aatgaatttggtgaagattggagagaa 242  Q
    ||||  |||||||||||||||| ||||    
T  36977766 aatggctttggtgaagattggaaagaa 36977740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 17 - 218
Target Start/End: Original strand, 47672790 - 47672990
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||        
T  47672790 caacaactacattcatttatcaattcatagattatacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatgcaaactactataatttt 47672889  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| | |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  47672890 tttttaaaaa-taaacctaaacaaactaacattatcattaaaatgattgatacaacttacttgtgataatgtgcagttgatttgcttgcaattcgtgaaa 47672988  T
Q  217 at 218  Q
    ||    
T  47672989 at 47672990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 17 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 37340672 - 37340448
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||        
T  37340672 caacaagtacattcatttttcaattcataaactacacatgaaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaatcctaaccacatccaaactactataatttt 37340573  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| | |||||||||||| ||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  37340572 tttaaaaaaa-taaacctaaacaaactaacattattgttaaaatgattgatacaacttacttgtgataatgtgctgttgatttgcttgcaattcgtgaaa 37340474  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaa 242  Q
    |||  |||||||||||||||| ||||    
T  37340473 atggctttggtgaagattggaaagaa 37340448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Original strand, 15073933 - 15074159
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||||||||     || || ||||||||||| ||||||||||  |        
T  15073933 caacaactacattcatttatcaatacataaactacacatgcaatgatgaaattgtcaattcatttataaaacctaaccacatgcaaactactc--aattt 15074030  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| | ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  15074031 ttttaaaaaacttaacataaacaaattaatattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtgcacttgatttgcttacaattcgtgaaa 15074130  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  15074131 atggatttggtgaagattggagagaaatt 15074159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 17 - 235
Target Start/End: Original strand, 9494500 - 9494728
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||        
T  9494500 caacaactacattcatttatcaattcataaattacacatgcaaccatcaaattttcaattttaaaatcaacccaaaccacatgcaaactactctaatttt 9494599  T
Q  117 nnnnnn----------aaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgca 206  Q
                    |||| | |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |    
T  9494600 tttattttatttttttaaaaataaacctaaacaaactaacattatcattaaaatgattgatacaacttacttgtgataatgtgcagttgatttgcttgga 9494699  T
Q  207 attcgtgaaaatgaatttggtgaagattg 235  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||    
T  9494700 attcgtgaaaatggctttggtgaagattg 9494728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Original strand, 42507732 - 42507958
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||| ||||     || || ||||||||||| ||||||| ||  |        
T  42507732 caacaactacattcatttatcaatacataaactacacatgcaatgatgaaattgttaattcatttataaaacctaaccacatgcaaactagtc--aattt 42507829  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  42507830 ttttaaaaaacttaacataaacaaattaacattaacattaaaatgtttgacacaagttacttgtgataatgtgcacttgatttgcttgcaattcgtgaaa 42507929  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  42507930 atggatttggtgaagattggagagaaatt 42507958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 16 - 242
Target Start/End: Original strand, 17741162 - 17741386
Alignment:
Q  16 acaacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannn 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||     || |||||||||||||| |||||||||| ||       
T  17741162 acaacaactacattcatttatcaattcataaactacacatgcaatcttcaaaatgtcaattcattcataaaccctaaccacatgcaaactactcaaaaaa 17741261  T
Q  116 nnnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaa 215  Q
           ||| |  |||||||||||| ||||||||| |||| ||||| | |  | |||||||| |||||| |||    ||||| ||||| ||||||||||    
T  17741262 ataaattaaatg--aacctaaacaaactaacattaagattacaatgactaatgctacttacttttgataatgtggggatgattggcttgtaattcgtgaa 17741359  T
Q  216 aatgaatttggtgaagattggagagaa 242  Q
    ||||  ||||||||  ||| |||||||    
T  17741360 aatggctttggtgagaattagagagaa 17741386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 14 - 108
Target Start/End: Original strand, 14689760 - 14689854
Alignment:
Q  14 agacaacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactact 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||| || ||||||||||||     ||||| | |||||||||||||||||||    
T  14689760 agacaacaactacattcatttatcaataaataaactacacatgcaatgatgaaattgtcaattcatttatcaaacttaaccacatacaaactact 14689854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 130 - 219
Target Start/End: Original strand, 556462 - 556550
Alignment:
Q  130 aacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaaatg 219  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| | ||||| |  | |||||| |||||||| ||| |  ||| |||||||||| |||||||||||    
T  556462 aacctaaacaaactaacattaacattacattgattaatgctacttacctgtgataatgtggagatga-ttgcttgcaaatcgtgaaaatg 556550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 54 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 41734494 - 41734441
Alignment:
Q  54 atgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactac 107  Q
    |||||||||||||||| ||||||  || ||||||||||||||| | ||||||||    
T  41734494 atgcaatcatcaaattttcaattccaacatcaaccctaaccacgtgcaaactac 41734441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 155; Significance: 2e-82; HSPs: 21)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Original strand, 29622129 - 29622356
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    ||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  29622129 caacaactacattcaattatcaatttctaaactacacatgcaatcatcaaattctcaattttgaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaatttt 29622228  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  29622229 tttaaaaaaa-tcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtgcacttgatttgcttgcaattcgtgaaa 29622327  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  29622328 atggatttggtgaagattggagagaaatt 29622356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 17 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 52802499 - 52802277
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||        
T  52802499 caacaactacattcatttatcaattcttaaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatgcaaactactctaatttt 52802400  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  52802399 tttaaaaaaaatcaacctaaacaaattaacattatcattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtgcagttgatttgcttgcaattcgtgaaa 52802300  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggaga 239  Q
    || | |||||||| |||||||||    
T  52802299 ataactttggtgacgattggaga 52802277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 17 - 242
Target Start/End: Original strand, 23275809 - 23276037
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||        
T  23275809 caacaactacattcatttatcaattcataaactacacatgcaatcatcaaattgtcaatttaaaaatcaaccctaaccacatgcaaactactctaatttt 23275908  T
Q  117 nnnnnna---aaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtg 213  Q
              ||| | |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  23275909 ttttttttttaaaataaacctaaacaaactaacattatcattaaaatgattgatacaacttacttgtgataacgtgcagttgatttgcttgcaattcgtg 23276008  T
Q  214 aaaatgaatttggtgaagattggagagaa 242  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  23276009 aaaatgactttggtgaagattggaaagaa 23276037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 47502683 - 47502456
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||        
T  47502683 caacaactacattcatttatcaattcctaaattacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaactctaaccacatgcaaactactctaatttt 47502584  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| | |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||    
T  47502583 ttttaaaaaa-taaacctaaacaaactaacattatcattaaaatgattgatacaacttacttgtgataatgtgcagttgatttgtttgcaattcgtaaaa 47502485  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  47502484 atgattttggtgaagattggagagaaatt 47502456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 17 - 242
Target Start/End: Original strand, 35258578 - 35258801
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||        
T  35258578 caacaactaaattcatttatcaattcataaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatgcaaactactctaa--tt 35258675  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| | |||||||||||| ||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||| |||||    
T  35258676 ttttttaaaaataaacctaaacaaactaacattattattaaaatgattgatacaacttacttgtgataatgtgcagttgatatgcttgcaattcatgaaa 35258775  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaa 242  Q
    ||   |||||||||||||||| ||||    
T  35258776 atagctttggtgaagattggaaagaa 35258801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 45825244 - 45825028
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||        
T  45825244 caacaactacattcatttatcaattcataaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatgcaaactactctaatttt 45825145  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
               | ||   ||| ||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  45825144 tt---------ttaa---aaataaactaacattatcattaaaatgattgatacaacttacttgtgataatatgcgattgatttgctggcaattcgtgaaa 45825057  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  45825056 atgattttggtgaagattggagagaaatt 45825028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 17 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 51321082 - 51320858
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||         
T  51321082 caacaactacattcatttatcaattcataaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatgcaaactactcta---tt 51320986  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgat--tgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtga 214  Q
           ||| | |||||||||||| |||||||| ||||||||||||  | |  ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  51320985 tttttttaaaataaacctaaacaaactaacattatcattaaaatgattattattcaacttacttgtgataatgtgcagttgatttgcttccaattcgtga 51320886  T
Q  215 aaatgaatttggtgaagattggagagaa 242  Q
    |||||  |||||||||||||||| ||||    
T  51320885 aaatggttttggtgaagattggaaagaa 51320858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 54 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 22524457 - 22524271
Alignment:
Q  54 atgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnnnnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaaca 153  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||          |||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  22524457 atgcaatcatcaaattatcaattttaaaatcaaccctaaccacatgcaaaccactctaattttttta--aaaaatcaacctaaacaaattaacattatca 22524360  T
Q  154 ttaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaaatgaatttggtgaagattggagagaa 242  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  22524359 ttaaaatgattgacacaacttacttgtgataatttgcagttgatttgcttgcaattcgtgaaaatcgatttggtgaagattggagagaa 22524271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 17 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 30890429 - 30890206
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||||||||     || || ||||||||||| ||||||||||  |        
T  30890429 caacatctacattcatttatcaatacataaactacacatgcaatgatgaaattgtcaattcatttataaaacctaaccacatgcaaactactc--aattt 30890332  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30890331 ttttaaaaaacttaacataaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtgcacttgatttgcttgcaattcgtgaaa 30890232  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaa 242  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||    
T  30890231 atggatttggtgaagattggagagaa 30890206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 17 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 11183549 - 11183322
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaa--nn 114  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||        
T  11183549 caacaactacattaatttatcaattcataaactacacatgtaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaactctaaccacatgcaaactactctaatttt 11183450  T
Q  115 nnnnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtga 214  Q
              || | |||||||||||| |||||| | ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  11183449 tcttttttttaaataaacctaaacaaactaacataatcattaaaataattgatacaacttacttgtgataatgtgcagttgatttgcttgcaattcgtga 11183350  T
Q  215 aaatgaatttggtgaagattggagagaa 242  Q
    ||||   |||||||||||||||| ||||    
T  11183349 aaattgctttggtgaagattggaaagaa 11183322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 17 - 179
Target Start/End: Original strand, 19527248 - 19527409
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||        
T  19527248 caacaactacattcatttatcaattcataaaatacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccataaccacatgcaaactactctaatttt 19527347  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttg 179  Q
          |||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19527348 ttttttaaaa-tcaacttaaacaaattaacattatcattaaaatgattgacacaacttacttg 19527409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Original strand, 31783433 - 31783648
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaa---n 113  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  31783433 caacaactacatttatttatcaattcctaaactacacatacaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaatttt 31783532  T
Q  114 nnnnnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtg 213  Q
             |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                || ||||| |||||||||||||||||||||    
T  31783533 ttttttataaaaaataaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgac----------------aatgtgcacttgatttgcttgcaattcgtg 31783616  T
Q  214 aaaatgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  31783617 aaaatggatttggtgaagattgaagagaaatt 31783648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 142 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 19925001 - 19924898
Alignment:
Q  142 ttaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaaatgaatttggtgaagattggagaga 241  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  19925001 ttaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgcgcacttgatttgcttgcaattcgtgaaaatggatttggtgaagattggagaga 19924902  T
Q  242 aatt 245  Q
    ||||    
T  19924901 aatt 19924898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 21 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 11196244 - 11196153
Alignment:
Q  21 aactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaa 112  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11196244 aactacattaatttatcaattcataaactacacatgcaatcatcaaaatgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatgcaaactactctaa 11196153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 16 - 163
Target Start/End: Original strand, 2425080 - 2425224
Alignment:
Q  16 acaacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannn 115  Q
    ||||||||||||||||| ||| |  ||||||   ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||       
T  2425080 acaacaactacattcatctataacatcataata-acacatgcaatcatcaaattatcaattttaaaatcaactctaaccacatacaaactactctaa--t 2425176  T
Q  116 nnnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgat 163  Q
           |||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  2425177 ttttttaaaaaatcaacctaaacaaattaacattatgattaaaatgat 2425224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 155 - 239
Target Start/End: Original strand, 2425528 - 2425612
Alignment:
Q  155 taaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaaatgaatttggtgaagattggaga 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||    
T  2425528 taaaatgattgacacaacttacttgtgataatgcgcagttgatttgcttgcaattcgtgaaagaagatttggtgaagattggaga 2425612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 19925110 - 19925018
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactc 109  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||||||||     || || ||||||||||| ||||||||||    
T  19925110 caacatctacattcatttatcaatacataaactacacatgcaatgatgaaattgtcaattcatttataaaacctaaccacatgcaaactactc 19925018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Original strand, 17514410 - 17514470
Alignment:
Q  16 acaacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaatt 76  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | | |||| ||||| ||||||||    
T  17514410 acaacaactatattcatttatcaattcataaactacacacgtaatcttcaaaatgtcaatt 17514470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 17 - 109
Target Start/End: Original strand, 49857648 - 49857740
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactc 109  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||     || || ||||||||||| ||||||||||    
T  49857648 caacaactacattcatttatcaaaacataaactacacatgcaatgataaaattatcaattcatttataaaacctaaccacatgcaaactactc 49857740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 54 - 107
Target Start/End: Original strand, 38127225 - 38127278
Alignment:
Q  54 atgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactac 107  Q
    |||||||||||||||| ||||||  || ||||||||||||||| | ||||||||    
T  38127225 atgcaatcatcaaattttcaattccaacatcaaccctaaccacgtgcaaactac 38127278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 134 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 30890681 - 30890653
Alignment:
Q  134 taaacaaattaacattaacattaaaatga 162  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30890681 taaacaaattaacattaacattaaaatga 30890653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0180 (Bit Score: 132; Significance: 1e-68; HSPs: 1)
Name: scaffold0180
Description:

Target: scaffold0180; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 21 - 239
Target Start/End: Original strand, 15332 - 15548
Alignment:
Q  21 aactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnnnnnn 120  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            
T  15332 aactacattcatttatcaatttctaaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaa--tttttt 15429  T
Q  121 nnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaaatga 220  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||        
T  15430 taaaaaatcaacctaaacaaattaacattatgattaaaatgattgacacaacttacttatgataatgtgcagttgatttgcttgcaattcgtgaaagaag 15529  T
Q  221 atttggtgaagattggaga 239  Q
    |||||||||||||||||||    
T  15530 atttggtgaagattggaga 15548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0293 (Bit Score: 128; Significance: 3e-66; HSPs: 1)
Name: scaffold0293
Description:

Target: scaffold0293; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Original strand, 433 - 654
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    ||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  433 caacaactacattcaattatcaatttctaaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttgaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaatttt 532  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| |||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  533 ttaaaaaaaa-tcaacctaaacaaatta------acattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtgcacttgatttgcttgcaattcgtgaaa 625  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    ||| |||||| ||||||| ||||||||||    
T  626 atggatttggagaagatttgagagaaatt 654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 115; Significance: 2e-58; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 14 - 245
Target Start/End: Original strand, 24088484 - 24088716
Alignment:
Q  14 agacaacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactcta-a 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||      
T  24088484 agacaacaactacattcatttatcaattcataaactacacatgcaattatcaaattgtcaattttaaaatcaacactaaccacatgcaaactactctatt 24088583  T
Q  113 nnnnnnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgt 212  Q
              |||| | |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||  |||  ||||||||||||||||||||    
T  24088584 ttttttttttaaaaataaacctaaacaaactaacattatcattaaaatgattgatacaacttatttgtgataatttgcggttgatttgcttgcaattcgt 24088683  T
Q  213 gaaaatgaatttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    |||||| | |||  |||| ||||||||||||||    
T  24088684 gaaaataactttaatgaaaattggagagaaatt 24088716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 17 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 31769073 - 31768861
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaa----tcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaa 112  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| ||||||    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31769073 caacaactacattcatttgtcaattcctaaaccacacatgcaagcaatcatcaaattgtcgattttaaaatcaaccctaaccacatgcaaactactctaa 31768974  T
Q  113 nnnnnnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgt 212  Q
              |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||  |    
T  31768973 tttttaaaaaaaaaatcaacctaaacaaattaacattatcattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtgcaatctatttgcttgcaatttat 31768874  T
Q  213 gaaaatgaatttg 225  Q
    ||||||| |||||    
T  31768873 gaaaatggatttg 31768861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 17 - 112
Target Start/End: Original strand, 6320268 - 6320363
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaa 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6320268 caacaactacattcatttatcaattcataaactacacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatgcaaactactctaa 6320363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 156 - 242
Target Start/End: Original strand, 6320371 - 6320457
Alignment:
Q  156 aaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaaatgaatttggtgaagattggagagaa 242  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||    
T  6320371 aaaatgattgatacaacttacttgtgataatgtgcagttgatttgcttgcaattcgtgaaaatggctttggtgaagattggaaagaa 6320457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 21 - 76
Target Start/End: Original strand, 30424143 - 30424198
Alignment:
Q  21 aactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaatt 76  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||| ||||||||    
T  30424143 aactacattcatttatcaattcctaaactatacatgcaatcatcaaaatgtcaatt 30424198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 21 - 105
Target Start/End: Original strand, 29821737 - 29821821
Alignment:
Q  21 aactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaact 105  Q
    |||||||||||||| | |||||||||| |||| || || | |||||| ||||||||   | ||||||||||||||||||||||||    
T  29821737 aactacattcatttctaaattcataaattacacatacatttatcaaaatgtcaattcctagatcaaccctaaccacatacaaact 29821821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 3381141 - 3381082
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaatt 76  Q
    ||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||||||||    
T  3381141 caacaactatattcattcatcaatgcataaactacacatgcaatgatgaaattgtcaatt 3381082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0155 (Bit Score: 110; Significance: 2e-55; HSPs: 1)
Name: scaffold0155
Description:

Target: scaffold0155; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 17 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 8571 - 8349
Alignment:
Q  17 caacaactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||        
T  8571 caacaactacattcatttatcaattcataaactatacatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatgcaaactactctaa--tt 8474  T
Q  117 nnnnnnaaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaa 216  Q
          |||| | |||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||  ||||||||||||||||| |||   ||||||||||||||||||| ||||    
T  8473 tttttaaaaattaaacctaaacaaactaacattatcattaaaataattgatgcaacttacttgtgataatgtgtggttgatttgcttgcaattcgcgaaa 8374  T
Q  217 atgaatttggtgaagattggagaga 241  Q
    | |  ||||||||  ||||||||||    
T  8373 acggctttggtgagaattggagaga 8349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0101 (Bit Score: 110; Significance: 2e-55; HSPs: 1)
Name: scaffold0101
Description:

Target: scaffold0101; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 23 - 245
Target Start/End: Original strand, 40746 - 40966
Alignment:
Q  23 ctacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaattttaaaatcaaccctaaccacatacaaactactctaannnnnnnnnn 122  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||||||||     || || ||||||||||| ||||||||||  |              
T  40746 ctacattcatttatcaatacataaactacacatgcaatgatgaaattgtcaattcatttataaaacctaaccacatgcaaactactc--aatttttttaa 40843  T
Q  123 aaaagtcaacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaaatgaat 222  Q
    |||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  40844 aaaacttaacataaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtgcacttgatttgcttgcaattcgtgaaaatggat 40943  T
Q  223 ttggtgaagattggagagaaatt 245  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  40944 ttggtgaagattggagagaaatt 40966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0184 (Bit Score: 101; Significance: 4e-50; HSPs: 1)
Name: scaffold0184
Description:

Target: scaffold0184; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 129 - 245
Target Start/End: Original strand, 18111 - 18227
Alignment:
Q  129 caacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaaatgaatttggtg 228  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18111 caacctaaacaaattaacattatcattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtgcacttgatttgcttgcaattcgtgaaaatggatttggtg 18210  T
Q  229 aagattggagagaaatt 245  Q
    |||||||||||||||||    
T  18211 aagattggagagaaatt 18227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 101; Significance: 4e-50; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 129 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 54733 - 54617
Alignment:
Q  129 caacctaaacaaattaacattaacattaaaatgattgacacaacttacttgtgataacgtgcaattgatttgcttgcaattcgtgaaaatgaatttggtg 228  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  54733 caacctaaacaaattaacattatcattaaaatgattgacacaacttacttgtgataatgtgcacttgatttgcttgcaattcgtgaaaatggatttggtg 54634  T
Q  229 aagattggagagaaatt 245  Q
    |||||||||||||||||    
T  54633 aagattggagagaaatt 54617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 76
Target Start/End: Original strand, 251183 - 251239
Alignment:
Q  20 caactacattcatttatcaattcataaactacagatgcaatcatcaaattgtcaatt 76  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| || |||||    
T  251183 caactacattcatttatcaattcataaactacacatgcaattatcaaaatgccaatt 251239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University