View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11806_low_2 (Length: 580)

Name: NF11806_low_2
Description: NF11806
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11806_low_2
NF11806_low_2
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (1-562)||(7713475-7714036)
chr7 (1-531)||(7731152-7731685)
chr7 (1-531)||(7726992-7727525)
chr7 (25-562)||(7699154-7699691)
chr7 (1-531)||(7739310-7739843)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (1-275)||(12908070-12908344)
chr3 (464-510)||(12907817-12907863)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 382; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 382; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 562
Target Start/End: Original strand, 7713475 - 7714036
Alignment:
Q  1 attatgatcaaacgaactctttgcaaacttgttcagcccagtagggatcgcaccacacagctggttaaagctgacattaaactgcgaaagagacggtatg 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| |    
T  7713475 attatgctcaaacgaactctttgcaaacttgctcaacccagtagggatcgcaccacagagctggttaaagctaacattgaactgcgaaagagactgtagg 7713574  T
Q  101 gagccaaacgacgccggaataacaccggataactggttgttagacaaatcaaactcctgtaagccctccaactggcctagaaaagtggggatcggaccac 200  Q
      | | | ||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||| ||| || | || || ||||| ||| |||||    ||||| || ||||    
T  7713575 ttgtcgagcgacgccggaatagcaccggataacttgttgttggacaaatcaacctcttggaggcgcttcaacttgcccagaaattcagggattggcccac 7713674  T
Q  201 taagactgttggaaccaaggtcaagtttttgtagtcttttcagtttgctgaaagagttaggaattggcccagttactttcggcatttcggccaatgagag 300  Q
    |||| |||||||| |||||||| || |||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7713675 taaggctgttggagccaaggtcgagattttctagtcttttgagtttgctgaaagagttagggattggcccagttactttcggcatttcggccaatgagag 7713774  T
Q  301 gaagttaagataagggaggtcgccaaactctgctggaagcgtaccggaaagaccccagccacggctgatggtgacgacggtgactcggccaggataaggt 400  Q
     | | ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7713775 catgctaagataagggaggtcgccaaactccgctggaagtgtaccggaaagaccccagccacggccgatggtgacgccggtgactcggccaggataaggt 7713874  T
Q  401 ctgccgcaaccgacgaagttccagtcacaacattcagtgttgttgtcccagtcgtcaagacggccgttagggccgccaaaatggtctctgattttgagga 500  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7713875 ctgccgcaacctacgaagttccagtcacaacattcagtgttgttgtcccagtcgtcaagacggccgttagggccgccaaaatggtctctgattttgagga 7713974  T
Q  501 gggcggctttgtcgtcggcgttgcagaagaagtcatcacttgcgtttgatttggagaagtag 562  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7713975 gggcggctttgtcgtcggcgttgcagaagaagtcatcacttgcgtttgatttggagaagtag 7714036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 531
Target Start/End: Original strand, 7731152 - 7731685
Alignment:
Q  1 attatgatcaaacgaactctttgcaaacttgttcagcccagtagggatcgcaccacacagctggttaaagctgacattaaactgcgaaagagacggtatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7731152 attatgatcaaacgaactctttgcaaacttgctcaatccagtagggatagcaccacacagttggttaaagctgacattaaactgcgaaagagacggtatg 7731251  T
Q  101 gagccaaacgacgccggaataacaccggataactggttgttagacaaatcaaactcctgtaagccctccaactggcctagaaaagtggggatcggaccac 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7731252 gagccgaacgacgccggaataacaccggataactggttgttagacaaatcaaactcctgtaagcccttcaactggcctagaaaagtggggatcggcccac 7731351  T
Q  201 taagactgttggaaccaaggtcaagtttttgtagtcttttcagtttgctgaaagagttaggaattggcccagttactttcggcatttcggccaatgagag 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7731352 taagactgttggaaccaaggtcaagtttttgtagtcttttgagtttgctaaaagagttagggattggcccagttactttcggcatttcggctaatgagag 7731451  T
Q  301 gaagttaagataagggaggtcgccaaactctgctggaagcgtaccggaaagaccccagccacggctgatggtgacgacggtgactcggccaggataaggt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    |||    
T  7731452 gaagttaagataagggaggtcgccaaactctactggaagcgtaccggaaagaccccagccacggctgatggtgacgacggtgattcggccaggtaggggt 7731551  T
Q  401 ctgccgcaaccgacgaagttccagtc---acaacattcagtgttgttgtcccagtcgtcaagacggccgttagggccgccaaaatggtctctgattttga 497  Q
     | || || ||||||||| |||||||   |||||| || ||   ||||||||| |||  ||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  7731552 ttaccacacccgacgaagctccagtcgctacaacagtctgtaccgttgtcccaatcggaaaggcggccgttggggccgccgaaatggtctctgattttga 7731651  T
Q  498 ggagggcggctttgtcgtcggcgttgcagaagaa 531  Q
    |||||| ||||||||| | |||||||||| ||||    
T  7731652 ggagggtggctttgtcattggcgttgcaggagaa 7731685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 356; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 531
Target Start/End: Original strand, 7726992 - 7727525
Alignment:
Q  1 attatgatcaaacgaactctttgcaaacttgttcagcccagtagggatcgcaccacacagctggttaaagctgacattaaactgcgaaagagacggtatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7726992 attatgatcaaacgaactctttgcaaacttgttcaacccagtaggtatcgcaccacacagttggttaaagctgacattaaactgcgaaagagacggtatg 7727091  T
Q  101 gagccaaacgacgccggaataacaccggataactggttgttagacaaatcaaactcctgtaagccctccaactggcctagaaaagtggggatcggaccac 200  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7727092 gagccgaacgacgcgggaataacaccggataactggttgttagacaaatcaaactcctgtaagcccttcaactggcctagaaaagtggggatcggcccac 7727191  T
Q  201 taagactgttggaaccaaggtcaagtttttgtagtcttttcagtttgctgaaagagttaggaattggcccagttactttcggcatttcggccaatgagag 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||    
T  7727192 taagactgttggaaccaaggtcaagtttttgtagtcttttgagtttgctgaaagagttagggattggtccggttactttgggcatttcagccaatgagag 7727291  T
Q  301 gaagttaagataagggaggtcgccaaactctgctggaagcgtaccggaaagaccccagccacggctgatggtgacgacggtgactcggccaggataaggt 400  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    |||    
T  7727292 gaagttaagatatgggaggtcgccaaactctgctggaagcgtaccagaaagaccccagccacggctgatggtgacgacggtgattcggccaggtaggggt 7727391  T
Q  401 ctgccgcaaccgacgaagttccagtc---acaacattcagtgttgttgtcccagtcgtcaagacggccgttagggccgccaaaatggtctctgattttga 497  Q
     |||| || ||||||||| |||||||   |||||| || ||  |||||||||| |||   || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  7727392 ttgccacacccgacgaagctccagtcgctacaacagtctgtactgttgtcccaatcggagaggcggccgttggggccgccgaaatggtctctgattttga 7727491  T
Q  498 ggagggcggctttgtcgtcggcgttgcagaagaa 531  Q
    |||| | ||||||||| | ||| |||||| ||||    
T  7727492 ggagagtggctttgtcattggcattgcaggagaa 7727525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 562
Target Start/End: Original strand, 7699154 - 7699691
Alignment:
Q  25 aaacttgttcagcccagtagggatcgcaccacacagctggttaaagctgacattaaactgcgaaagagacggtatggagccaaacgacgccggaataaca 124  Q
    |||||| |||| ||||| ||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||| |  ||| |  ||||||||||||       
T  7699154 aaacttcttcaacccagcaggaattgcaccacagagctggttaaagctaacattaaactgcgaaagagattgtaggttgccgagtgacgccggaatagtg 7699253  T
Q  125 ccggataactggttgttagacaaatcaaactcctgtaagccctccaactggcctagaaaagtggggatcggaccactaagactgttggaaccaaggtcaa 224  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || || || ||||| ||||||||| | |||||| || |||||||| ||||||||||||||||| |    
T  7699254 ccggataacttgttgttagacaaatcaacctcctttaggcgcttcaacttgcctagaaaggaggggattggcccactaaggctgttggaaccaaggtcta 7699353  T
Q  225 gtttttgtagtcttttcagtttgctgaaagagttaggaattggcccagttactttcggcatttcggccaatgagaggaagttaagataagggaggtcgcc 324  Q
    | |||||||||||||  |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||| |||    
T  7699354 gattttgtagtctttggagtttgctaaaagagttagggattggcccagttactttcggcatttcggccaatgagagcatgctaagataagggaggttgcc 7699453  T
Q  325 aaactctgctggaagcgtaccggaaagaccccagccacggctgatggtgacgacggtgactcggccaggataaggtctgccgcaaccgacgaagttccag 424  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7699454 aaactccgctggaagcgtaccggaaagaccccagccacggctgatggtgacgacggtgactcggccaggataaggtctgccgcaaccgacgaagctccag 7699553  T
Q  425 tcacaacattcagtgttgttgtcccagtcgtcaagacggccgttagggccgccaaaatggtctctgattttgaggagggcggctttgtcgtcggcgttgc 524  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| || || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7699554 tcacaacattcggtgttgttgtcccagtcgtcgaggcggcctttgggaccaccgaaatggtctctgattttgaggagggcggctttgtcgtcggcgttgc 7699653  T
Q  525 agaagaagtcatcacttgcgtttgatttggagaagtag 562  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7699654 agaagaagtcatcacttgcgtttgatttggagaagtag 7699691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 1 - 531
Target Start/End: Original strand, 7739310 - 7739843
Alignment:
Q  1 attatgatcaaacgaactctttgcaaacttgttcagcccagtagggatcgcaccacacagctggttaaagctgacattaaactgcgaaagagacggtatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||  ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |    
T  7739310 attatgatcaaacgaactctttgcaaatttgctcaatccagtagggatagcaccacacagttggttaaagctgacgttaaactgggaaagagacggtagg 7739409  T
Q  101 gagccaaacgacgccggaataacaccggataactggttgttagacaaatcaaactcctgtaagccctccaactggcctagaaaagtggggatcggaccac 200  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||  ||||    
T  7739410 gagccgaacgacgccggaataacaccggttaacttattgttagacaaatcaaactcctgtaagcccttcaactggcctaggaaagtggggatcgacccac 7739509  T
Q  201 taagactgttggaaccaaggtcaagtttttgtagtcttttcagtttgctgaaagagttaggaattggcccagttactttcggcatttcggccaatgagag 300  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7739510 taagactgttggaaccaaggtcgagtttttgtagtctttggagtttgctgaaagagttaggaattggcccagttactttgggcatttcggccaatgagag 7739609  T
Q  301 gaagttaagataagggaggtcgccaaactctgctggaagcgtaccggaaagaccccagccacggctgatggtgacgacggtgactcggccaggataaggt 400  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    |||    
T  7739610 gaagttaagatatggaaggtcgccaaactccgctggtagcgtaccggaaagaccccagccacggctgatggtgacgacggtgattcggccaggtaggggt 7739709  T
Q  401 ctgccgcaaccgacgaagttccagtc---acaacattcagtgttgttgtcccagtcgtcaagacggccgttagggccgccaaaatggtctctgattttga 497  Q
     | || || ||||||||| |||||||   |||||| || ||   ||||||||| |||  ||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  7739710 ttaccacacccgacgaagctccagtcgctacaacagtctgtaccgttgtcccaatcggaaaggcggccgttggggccgccgaaatggtctctgattttga 7739809  T
Q  498 ggagggcggctttgtcgtcggcgttgcagaagaa 531  Q
    |||||| ||||||||| | |||||||||| ||||    
T  7739810 ggagggtggctttgtcattggcgttgcaggagaa 7739843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 87; Significance: 2e-41; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 12908344 - 12908070
Alignment:
Q  1 attatgatcaaacgaactctttgcaaacttgttcagcccagtagggatcgcaccacacagctggttaaagctgacattaaactgcgaaagagacggtatg 100  Q
    |||||| ||||||  ||||||  | ||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| |||||| |||| ||||| ||||| || |||||||||| |    
T  12908344 attatgctcaaacatactcttctccaacttcttcaacccagtaggtatcgcaccacacagatggttagagctaacattcaactgggagagagacggtagg 12908245  T
Q  101 gagccaaacgacgccggaataacaccggataactggttgttagacaaatcaaactcctgtaagccctccaactggcctagaaaagtggggatcggaccac 200  Q
    | | | | |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | ||||| || |||| ||||||| || ||||||||||| ||||    
T  12908244 gtggcgagcgacgctggaataacaccggataacttgttgttagacaaatcaacctcttctaagcgcttcaaccggcctaggaaggtggggatcgggccac 12908145  T
Q  201 taagactgttggaaccaaggtcaagtttttgtagtcttttcagtttgctgaaagagttaggaattggcccagtta 275  Q
    ||||  |||||||   ||| |  ||  || | | | |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  12908144 taaggttgttggagttaagtttgaggcttcgcaattttttgagtttgctgaaagagttagggattggcccagtta 12908070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 464 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 12907863 - 12907817
Alignment:
Q  464 ccgttagggccgccaaaatggtctctgattttgaggagggcggcttt 510  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||    
T  12907863 ccgttagggccgccgaaatggtctcttattttgaggagagcagcttt 12907817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University