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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11809_low_2 (Length: 924)

Name: NF11809_low_2
Description: NF11809
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11809_low_2
NF11809_low_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (12-908)||(113243-114143)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 739; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 739; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 908
Target Start/End: Complemental strand, 114143 - 113243
Alignment:
Q  12 cagagacgaagggatataaccaggtctagttgttgtgaccggtcacccccaatttacaaacaa-ttttttctttatttattgaaacaagattctgttttg 110  Q
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T  114143 cagagacgaagggatataaccaggtctagttgttgtgaccggtcacccccaatttacaaacaagttttttctttatttattgaaacaagattctgttttg 114044  T
Q  111 tttcttgtgttcttgaataatgaatgacattaattaagattaggatgagggagagaatgaatccgaaaatgacgtaggaagagcgtgttttgcgtagcta 210  Q
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T  114043 tttcttgtgttcttgaataatgaatgacattaa----gattaggatgagggagagaatgaatccgaaaatgacgtaggaagagcgtgttttgcgtagcta 113948  T
Q  211 tatatgggaggctttaaaaaggtcatgttatgttcacatgtt----------------agttacacttacttatcaatagtaaaaaattgttctaaaatg 294  Q
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T  113947 t----gcgaggctttaaaaaggtcatgttatgttcacatgtttactatactaataactagttacacttacttatcaatagtaaaaaattgttctaaaatg 113852  T
Q  295 agtattgttttatattttccttttaatttgttttattaaattctacctcaaattaatattataggtatcacttgcaagtttgttatacacttgctcataa 394  Q
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T  113851 agtattgttttatattttcattttaatttgttttattaaattctacctcaaattaatattataggtatcacttgcaagtttgttatacacttgctcataa 113752  T
Q  395 caaatgtttatgatacactattatgcatttatatatgatagttgttaacacaatgtaatgatttataaggataatattataaaattgttacacacttatt 494  Q
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T  113751 caaatgtttatgatacactattatgcatttatatatgatagttgttaacacaatg-----atttataaggataatattataaaattgttacacacttatt 113657  T
Q  495 tatttactattttctaaatttttatgatagaaaatttaattgtgacattgatataggatcaaatttgtaacatttaccatttatccaacacaactacgtg 594  Q
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T  113656 tatttactattttctaaatttttatgatagaaaatctaattgtaacattgatataggatcgaatttgtaacatttaccatttctccagcacaactacgtg 113557  T
Q  595 gtaaagtataattacttcatcttagagaaatatgtgaccggattgtatctatgcgggtgacatctaaataagtttcttcatattcaacttcataatttcg 694  Q
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T  113556 gtaaagtataattacttcatcttagagaaatatgtgatcagattgtatctatgcgggtgacatctgaataagtttcttcatattcaacttcataatttcg 113457  T
Q  695 tttgcaatcttcaatcacgagtcttactttaaaatttccccaccactctattaaacattctctttagttttgtaatactactcaacaccaacggtttata 794  Q
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T  113456 tttgcaatcttcagtcacgagtcttgctttaaaatttccccaccactctattaaacattctctttagttttgtaatactactcaacaccaatggtttata 113357  T
Q  795 atccttggatagttccgaggattgttattcacaattgatttgatctcctatttcatgacatgcctcatattttatcttttataatgtcgtcaaaaccaaa 894  Q
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T  113356 atccttggatagttccgaggattgttattcacaattgatttgatctcctatttcatgacttgcctcatattttatctttcataatgtcgtcaaaaccaaa 113257  T
Q  895 agggtttgctatct 908  Q
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T  113256 agggtttgctatct 113243  T

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