View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11810_low_4 (Length: 586)

Name: NF11810_low_4
Description: NF11810
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11810_low_4
NF11810_low_4
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (1-570)||(12258728-12259301)
chr2 (32-570)||(14702856-14703394)
chr2 (30-570)||(12245586-12246126)
chr2 (30-569)||(11998858-11999395)
chr2 (30-495)||(7541749-7542214)
chr2 (30-327)||(12234380-12234677)
chr2 (71-434)||(43624996-43625359)
chr2 (75-297)||(16657742-16657964)
chr2 (72-434)||(16662214-16662576)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (33-500)||(35131974-35132442)
chr4 (75-434)||(30774836-30775195)
chr4 (450-502)||(9336494-9336546)
[»] chr7 (30 HSPs)
chr7 (119-401)||(27831144-27831426)
chr7 (102-532)||(17267425-17267855)
chr7 (105-532)||(17259722-17260154)
chr7 (128-500)||(6789030-6789402)
chr7 (176-433)||(8581285-8581542)
chr7 (71-369)||(8616330-8616628)
chr7 (183-482)||(7878066-7878365)
chr7 (176-495)||(8569834-8570153)
chr7 (197-434)||(8545217-8545454)
chr7 (197-505)||(29582188-29582496)
chr7 (128-426)||(8575918-8576216)
chr7 (71-434)||(8585927-8586290)
chr7 (198-482)||(8590174-8590458)
chr7 (221-434)||(8609501-8609714)
chr7 (74-498)||(3146784-3147208)
chr7 (170-495)||(8537559-8537884)
chr7 (174-279)||(8383200-8383305)
chr7 (212-341)||(8636705-8636834)
chr7 (118-199)||(8659182-8659263)
chr7 (107-497)||(10494631-10495024)
chr7 (197-434)||(29578019-29578256)
chr7 (118-270)||(1301208-1301360)
chr7 (81-375)||(8646520-8646814)
chr7 (310-396)||(27846566-27846652)
chr7 (450-495)||(8653964-8654009)
chr7 (107-300)||(8654168-8654361)
chr7 (174-270)||(8601722-8601818)
chr7 (450-501)||(13333968-13334019)
chr7 (450-502)||(8666932-8666984)
chr7 (308-364)||(39985300-39985356)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (174-516)||(12528006-12528348)
chr8 (71-377)||(43744457-43744763)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (124-498)||(15594555-15594928)
chr1 (114-502)||(34467049-34467440)
chr1 (302-431)||(52549398-52549527)
chr1 (124-364)||(4678831-4679071)
chr1 (102-191)||(52549264-52549353)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (61-434)||(28219502-28219875)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 529; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 529; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 570
Target Start/End: Original strand, 12258728 - 12259301
Alignment:
1 atccaagagctttgaggagattgaaaacag----tgagagtgcaaaaagatcactttcttatcttgttgttgcaactattgagatagattctttatgtga 96  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
12258728 atccaagagctttgaggagattgaaaacagcttgtgagagtgcaaaaagatcactttcttatcttgttgttgcaactattgagatagattctttatgtga 12258827  T
97 tggcattgatttttctgcgtcaatcaatcgtgccaagtttgaggaaataaatatggaacttttcaatgaatgcatgaagactgttgagagttgtcttacc 196  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
12258828 tggcattgatttttctgcatcaatcaatcgtgccaagtttgaggaaataaatttggaacttttcaatgaatgcatgaagactgttgagagttgtcttacg 12258927  T
197 gatgctaacacggacaagagtaatgtagatgatgttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgcagcagctattacaggattttttcaagg 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
12258928 gatgctaacacggacaagagtaatgtagatgatgttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgcagcagctattacaggattttttcaagg 12259027  T
297 ggaaagagttgtgcaagagcattaatcctgatgaggctgtagcttttggggcggctattcaggctgctttgttaagtgaagatatccagaatgttccaaa 396  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
12259028 ggaaagagttgtgcaagagcattaatcctgatgaggctgtagcttttggggcggctattcaggctgctttgttaagtgaagatatccagaatgttccaaa 12259127  T
397 gttggggatgcgggatgttacacctttgtctcttggtaggtctttagtaggagatatcatggatgtggtgattcctaggaacacttgcattcctgtcaag 496  Q
    ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
12259128 gttggagctgcaggatgttacacctttgtctcttggtaggtctttagtaggagatatcatggatgtggtgattcctaggaacacttgcattcctgtcaag 12259227  T
497 aagacagaaagatatattacaactgaagataaccaaccggaggacttaattgaggtttacgagggtgagagaac 570  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
12259228 aagacagaaagatatattacaactgaagataactaaccggaggacttaattgaggtttacgagggtgagagaac 12259301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 32 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 14703394 - 14702856
Alignment:
32 gagagtgcaaaaagatcactttcttatcttgttgttgcaactattgagatagattctttatgtgatggcattgatttttctgcgtcaatcaatcgtgcca 131  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||  |  ||||| || ||||||||| ||||| |||||| | |  ||||||| |||||| | || |||||| | ||||    
14703394 gagagggcaaaaagaacactttctttccaagttgtcgccactattgaggtagatgctttatttcaatgcattgacttttcttcatcgatcaatagggcca 14703295  T
132 agtttgaggaaataaatatggaacttttcaatgaatgcatgaagactgttgagagttgtcttaccgatgctaacacggacaagagtaatgtagatgatgt 231  Q
    ||||||| ||||| ||||||||  |||| ||||| ||  |||||| |||||||||||||||||  |||||||| | |||||||||||  |||||||||||    
14703294 agtttgaagaaatgaatatggacttttttaatgagtgtgtgaagattgttgagagttgtcttattgatgctaagatggacaagagtagagtagatgatgt 14703195  T
232 tgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgcagcagctattacaggattttttcaaggggaaagagttgtgcaagagcattaatcctgatgag 331  Q
    ||| ||||| |||||||||||| |||||| |||||| |||||  |||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||     
14703194 tgttcttgtcggtgggtcttctcggattcccaaagtacagcaattattacaggactttttccaggggaaggagttgtgcaacagcattaaccctgatgaa 14703095  T
332 gctgtagcttttggggcggctattcaggctgctttgttaagtgaagatatccagaatgttccaaagttggggatgcgggatgttacacctttgtctcttg 431  Q
    |||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||  || |||||||||| ||||||| | | | |||| |||||||||||||||| |    
14703094 gctgtagcttatggggcagctgttcaggctgctttgttgagtgaagacgtcaagaatgttccgaagttggtgcttcaggatattacacctttgtctctag 14702995  T
432 gtaggtctttagtaggagatatcatggatgtggtgattcctaggaacacttgcattcctgtcaagaagacagaaagatatattacaactgaagataacca 531  Q
    |||||   ||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||| ||||||  |||||| ||    
14702994 gtagggaattattcggaggtatcatggatgtggtgattcctaggaacacttgcattcctgtcaaaaagacaaaacgatatatcacaactagagataatca 14702895  T
532 accggaggacttaattgaggtttacgagggtgagagaac 570  Q
    | |  | ||||| |||||| |||| ||||||||||||||    
14702894 atcttatgacttgattgagatttatgagggtgagagaac 14702856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 30 - 570
Target Start/End: Original strand, 12245586 - 12246126
Alignment:
30 gtgagagtgcaaaaagatcactttcttatcttgttgttgcaactattgagatagattctttatgtgatggcattgatttttctgcgtcaatcaatcgtgc 129  Q
    ||||||| |||||||||  |||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||| | | ||||||||||||||| | || |||||||| ||    
12245586 gtgagagggcaaaaagaatactttcgtttcttgttgttgcaactattgaggtagattctttatttcaaggcattgatttttcttcatccatcaatcgggc 12245685  T
130 caagtttgaggaaataaatatggaacttttcaatgaatgcatgaagactgttgagagttgtcttaccgatgctaacacggacaagagtaatgtagatgat 229  Q
     |||||||||||| | ||| | || ||| | ||||| || || |||||||||||||||||| |||  ||||| || | ||||||||||| | ||||||||    
12245686 aaagtttgaggaattgaatttagatcttcttaatgattgtataaagactgttgagagttgtattatggatgcaaagatggacaagagtactatagatgat 12245785  T
230 gttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgcagcagctattacaggattttttcaaggggaaagagttgtgcaagagcattaatcctgatg 329  Q
     |||| ||||| ||||| ||||||||||||| |||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||| |    
12245786 tttgtacttgttggtggatcttctaggattcccaaagtccaacagctattacaggactttttcaacgggaaggaattgtgcaagagcattaaccctgacg 12245885  T
330 aggctgtagcttttggggcggctattcaggctgctttgttaagtgaagatatccagaatgttccaaagttggggatgcgggatgttacacctttgtctct 429  Q
    ||||||| |||| |||||| ||| |||| ||||||||||| ||| ||||| |  ||||||||||||| |||| | ||| ||||||||| ||||||||  |    
12245886 aggctgttgcttatggggcagctgttcaagctgctttgttgagtaaagatgttaagaatgttccaaatttggtgttgcaggatgttactcctttgtccat 12245985  T
430 tggtaggtctttagtaggagatatcatggatgtggtgattcctaggaacacttgcattcctgtcaagaagacagaaagatatattacaactgaagataac 529  Q
    |||||||||  || |||| ||| |||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||  |  |||| |||||  ||||||||||    
12245986 tggtaggtcaataataggggatgtcatgagtgtggtgattccaaggaacacttgcattcctgtgaagaagacacgagaatattttacagttgaagataac 12246085  T
530 caaccggaggacttaattgaggtttacgagggtgagagaac 570  Q
    ||| |      ||| ||| ||||||||||||||||||||||    
12246086 caatccagttccttgattaaggtttacgagggtgagagaac 12246126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 30 - 569
Target Start/End: Complemental strand, 11999395 - 11998858
Alignment:
30 gtgagagtgcaaaaagatcactttcttatcttgttgttgcaactattgagatagattctttatgtgatggcattgatttttctgcgtcaatcaatcgtgc 129  Q
    ||||||| |||||||||  ||| || | |||||||||||||||||||||| |||||||||||| | | ||||||||||||||| | || |||||||| ||    
11999395 gtgagagggcaaaaagaatactatcatttcttgttgttgcaactattgaggtagattctttatttcaaggcattgatttttcttcatccatcaatcgggc 11999296  T
130 caagtttgaggaaataaatatggaacttttcaatgaatgcatgaagactgttgagagttgtcttaccgatgctaacacggacaagagtaatgtagatgat 229  Q
     |||||||||||| | ||| | || ||| | ||||| || || |||||||||||||||||| |||  ||||| || | ||||||||||| | ||||||||    
11999295 aaagtttgaggaattgaatttagatcttcttaatgattgtataaagactgttgagagttgtattatggatgcaaagatggacaagagtactatagatgat 11999196  T
230 gttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgcagcagctattacaggattttttcaaggggaaagagttgtgcaagagcattaatcctgatg 329  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||||||||| | |||||| || ||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
11999195 gttgtacttgttggtggatcttctaggatcc-caaagtccaacagctattacatgactttttcaacgggaaggagttgtgcaagagcattaaccctgatg 11999097  T
330 aggctgtagcttttggggcggctattcaggctgctttgttaagtgaagatatccagaatgttccaaagttggggatgcgggatgttacacctttgtctct 429  Q
    |||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||| |  ||||||||||||| |||| | ||| ||||||||| |||||||||||    
11999096 aggctgtagcttatggggcagctgttcaagctgctttgttgagtgaagatgttaagaatgttccaaatttggtgttgcaggatgttactcctttgtctct 11998997  T
430 tggtaggtctttagtaggagatatcatggatgtggtgattcctaggaacacttgcattcctgtcaagaagacagaaagatatattacaactgaagataac 529  Q
    |||||||   | || ||| | |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  |  |||| |||||  || |||||||    
11998996 tggtaggaagtaag-aggtggtatcatgagtgtggtgattcctaggaacacttgcattcatgtgaagaagacacgagaatatgttacatttgcagataac 11998898  T
530 caaccggaggacttaattgaggtttacgagggtgagagaa 569  Q
    ||| |  |   ||| ||||||||||| |||||||||||||    
11998897 caatcacattccttgattgaggtttatgagggtgagagaa 11998858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 30 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 7542214 - 7541749
Alignment:
30 gtgagagtgcaaaaagatcactttcttatcttgttgttgcaactattgagatagattctttatgtgatggcattgatttttctgcgtcaatcaatcgtgc 129  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||| |||||||||||| | | |||||||| |||||| | || |||||| | ||    
7542214 gtgagagggcaaaaagatcactttctttccttgttgttgccactattgaggtagattctttatttcaaggcattgacttttcttcatcgatcaatagggc 7542115  T
130 caagtttgaggaaataaatatggaacttttcaatgaatgcatgaagactgttgagagttgtcttaccgatgctaacacggacaagagtaatgtagatgat 229  Q
    |||||||||||| || |||||||| ||||| || || || |||| || |||||  || |||||||  |||||||| | ||||||||| |   ||||||||    
7542114 caagtttgaggagatgaatatggatctttttaacgagtgtatgacgattgttggaagctgtcttattgatgctaatatggacaagagcatgatagatgat 7542015  T
230 gttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgcagcagctattacaggattttttcaaggggaaagagttgtgcaagagcattaatcctgatg 329  Q
    ||||||||||| || |||||||| ||||||| || ||| || ||||||||| |||| |||||||| || || || |||||||||||||||||||||||||    
7542014 gttgtccttgtcggcgggtcttcgaggattcccatagtacatcagctattaaaggactttttcaatggaaaggacttgtgcaagagcattaatcctgatg 7541915  T
330 aggctgtagcttttggggcggctattcaggctgctttgttaagtgaagatatccagaatgttccaaagttggggatgcgggatgttacacctttgtctct 429  Q
    ||||||| |||| |||||| ||| |||||||||| ||||| |||| ||   |  |||| | ||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||    
7541914 aggctgttgcttatggggcagctgttcaggctgcattgttgagtggaggcgttaagaacgctccaaagttggtgctgcaggatgttacacctttgtctct 7541815  T
430 tggtaggtctttagtaggagatatcatggatgtggtgattcctaggaacacttgcattcctgtcaa 495  Q
    ||| |||    |  |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
7541814 tggcaggggagtgataggagatataatggatgtggtgattcctcggaacacttgcattcctgtcaa 7541749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 30 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 12234677 - 12234380
Alignment:
30 gtgagagtgcaaaaagatcactttcttatcttgttgttgcaactattgagatagattctttatgtgatggcattgatttttctgcgtcaatcaatcgtgc 129  Q
    ||||||| |||||||||||| | ||||  |||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||| | || |||||| | ||    
12234677 gtgagagggcaaaaagatcattgtctttccttgttgttgcaaccattgaggtagattctttatttgaaggcattgatttttcttcatcgatcaatagggc 12234578  T
130 caagtttgaggaaataaatatggaacttttcaatgaatgcatgaagactgttgagagttgtcttaccgatgctaacacggacaagagtaatgtagatgat 229  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||| | | ||| || ||||||| |||||||||||||||||  |||||||| | |||||| ||||  || |||||     
12234577 caagtttgaggaaatgaatatggatcttcttattgagtgtatgaagattgttgagagttgtcttagtgatgctaagatggacaaaagtagggtggatgaa 12234478  T
230 gttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgcagcagctattacaggattttttcaaggggaaagagttgtgcaagagcattaatcctga 327  Q
    ||||||||| | || ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||    
12234477 gttgtccttattggcgggtcctctaggattcccaaagtgcagcaactattgcaggattttttcaaggggaaggagctgtgcaagagtattaaccctga 12234380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 71 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 43625359 - 43624996
Alignment:
71 actattgagatagattctttatgtgatggcattgatttttctgcgtcaatcaatcgtgccaagtttgaggaaataaatatggaacttttcaatgaatgca 170  Q
    ||||||||| ||||||||||||    ||| ||||| || | | | ||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| || ||      
43625359 actattgaggtagattctttattccgtggtattgacttcttttcatcaatcactcgtgccaaatttgatgaaataaatatggatcttttcaacgagtgtt 43625260  T
171 tgaagactgttgagagttgtcttaccgatgctaacacggacaagagtaatgtagatgatgttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgca 270  Q
    |||| |||||| ||||||||||||  ||||| ||   ||||||||||  | |  | |||||||||||||| || || || ||||| ||||  |||||  |    
43625259 tgaaaactgttaagagttgtcttattgatgccaagttggacaagagtgctatccacgatgttgtccttgttggcggctcctctagaattccaaaagtaaa 43625160  T
271 gcagctattacaggattttttcaaggggaaagagttgtgcaagagcattaatcctgatgaggctgtagcttttggggcggctattcaggctgctttgtta 370  Q
     ||||| || ||||| |||||||||||||| || |  ||| | ||||| || |||||||||||||| |||| ||| || ||| | ||||||||| | ||     
43625159 acagctgttgcaggagtttttcaaggggaaggaatcatgcgaaagcataaaccctgatgaggctgttgcttatggtgcagctgtccaggctgctattttg 43625060  T
371 agtgaagatatccagaatgttccaaagttggggatgcgggatgttacacctttgtctcttggta 434  Q
    ||| |||  ||  ||||||||||||| |||| | |||| |||||||| |||||||| |||||||    
43625059 agtaaaggcattaagaatgttccaaaattggtgctgcgagatgttacccctttgtcacttggta 43624996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 75 - 297
Target Start/End: Original strand, 16657742 - 16657964
Alignment:
75 ttgagatagattctttatgtgatggcattgatttttctgcgtcaatcaatcgtgccaagtttgaggaaataaatatggaacttttcaatgaatgcatgaa 174  Q
    ||||| |||||||||||| | | || ||||| |||||| | |||||||  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||    
16657742 ttgaggtagattctttatttcagggaattgacttttcttcatcaatcacccgtgccaagtttgaggaaattaatatggatcttttcaatgagtgtatgaa 16657841  T
175 gactgttgagagttgtcttaccgatgctaacacggacaagagtaatgtagatgatgttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgcagcag 274  Q
     |||||||||| |||||||   ||| | || | | |||   || || | ||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||||| |||||||||| |     
16657842 aactgttgagaattgtcttcgtgattcaaagatgcacattggtgatattgatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgcaggat 16657941  T
275 ctattacaggattttttcaaggg 297  Q
    ||||| || || |||||||||||    
16657942 ctattgcaagactttttcaaggg 16657964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 72 - 434
Target Start/End: Original strand, 16662214 - 16662576
Alignment:
72 ctattgagatagattctttatgtgatggcattgatttttctgcgtcaatcaatcgtgccaagtttgaggaaataaatatggaacttttcaatgaatgcat 171  Q
    |||||||||| |||| |||||  || | |||||| || ||| | ||| ||| ||||| ||||||||| ||||| |||||||  ||||| || || || ||    
16662214 ctattgagattgattatttatacgaggacattgacttctctacatcactcactcgtgtcaagtttgaagaaatcaatatgggcctttttaacgagtgtat 16662313  T
172 gaagactgttgagagttgtcttaccgatgctaacacggacaagagtaatgtagatgatgttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgcag 271  Q
    ||||| ||||||||||||| ||   ||| | || | ||||||| |   |||| ||||| |||| ||||| || || || ||||||||||  |||||||||    
16662314 gaagattgttgagagttgttttgtggattcaaagatggacaaggggggtgtacatgatattgttcttgtcgggggctcgtctaggattccaaaagtgcag 16662413  T
272 cagctattacaggattttttcaaggggaaagagttgtgcaagagcattaatcctgatgaggctgtagcttttggggcggctattcaggctgctttgttaa 371  Q
     |  |||| |   | || ||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||| |||||| ||| | || |||||| |||| |    
16662414 gaattattgcgtaacttcttcaatgggaaggagttgtgcaagagcatcaaccctgatgaggctgttgcttatggggcagctgtgcaagctgctgtgttga 16662513  T
372 gtgaagatatccagaatgttccaaagttggggatgcgggatgttacacctttgtctcttggta 434  Q
    ||||||  ||  || |||||||||| |||| | |||| || ||||| || ||||| |||||||    
16662514 gtgaaggcattaaggatgttccaaacttggtgctgcgagacgttaccccattgtcacttggta 16662576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 213; Significance: 1e-116; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 33 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 35132442 - 35131974
Alignment:
33 agagtgcaaaaagatcactttcttatcttgttgttgcaactattgagatagattctttatgtgatggcattgatttttctgcgtcaatcaatcgtgccaa 132  Q
    |||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||| | ||||||  |||||||||||| | | ||||||||||||||| | ||||||||||| |||||    
35132442 agagggcaaagagatcactttctttccttgttgttgccaatattgaagtagattctttatttcaaggcattgatttttcttcatcaatcaatcgcgccaa 35132343  T
133 gtttgaggaaataaatatggaacttttcaatgaatgcatgaagactgttgagagttgtcttaccgatgctaacacggacaagagtaatg-tagatgatgt 231  Q
    |||||||||||| |||   || ||||| ||||| || ||||| || || ||||||||||| |  |||||||| | ||||||||| || | ||||||||||    
35132342 gtttgaggaaatgaatgcagacctttttaatgagtgtatgaataccgtagagagttgtctcattgatgctaagatggacaagagcaagggtagatgatgt 35132243  T
232 tgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgcagcagctattacaggattttttcaaggggaaagagttgtgcaagagcattaatcctgatgag 331  Q
    ||| ||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||  | |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||    
35132242 tgttcttgttggagggtcttctaggattcccaaagtgcagcagctattgcaaaactttttcaaagggaaggagttgtgcaagagcattaaccccgatgag 35132143  T
332 gctgtagcttttggggcggctattcaggctgctttgttaagtgaagatatccagaatgttccaaagttggggatgcgggatgttacacctttgtctcttg 431  Q
    |||||||||| |||||| ||  |||||||||||||||| ||| |||  ||  | |||||||||||||||| | | | |||||||||||||||||||||||    
35132142 gctgtagcttatggggcagcagttcaggctgctttgttgagtaaaggcataaaaaatgttccaaagttggtgttacaggatgttacacctttgtctcttg 35132043  T
432 gtaggtctttagtaggagatatcatggatgtggtgattcctaggaacacttgcattcctgtcaagaaga 500  Q
    |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
35132042 gtaggtcaatagtaggagatatcatgaatgtggtgattcctaggaacacttgcattcctgtcaagaaga 35131974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 75 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 30775195 - 30774836
Alignment:
75 ttgagatagattctttatgtgatggcattgatttttctgcgtcaatcaatcgtgccaagtttgaggaaataaatatggaacttttcaatgaatgcatgaa 174  Q
    |||||||||||  ||||| | | | |||||| |||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| || ||  |    
30775195 ttgagatagataatttatttcaagacattgacttttcttcatcaatcactcgtgtcaagtttgaggaaatcaatatggacctttttaatgagtgtataca 30775096  T
175 gactgttgagagttgtcttaccgatgctaacacggacaagagtaatgtagatgatgttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgcagcag 274  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| | ||    |||||||||| |||||||||| |||| ||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||| |     
30775095 gactgttgagagttgtcttactgattcaaaggtagacaagagtagtgtagatgatattgttcttgtcggtggttcttctaggattcccaaagtgcaggaa 30774996  T
275 ctattacaggattttttcaaggggaaagagttgtgcaagagcattaatcctgatgaggctgtagcttttggggcggctattcaggctgctttgttaagtg 374  Q
    ||||| |   |||| ||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| || |||   ||||| ||| | ||||||||| | || ||||    
30774995 ctattgcgtaatttcttcaatgggaaggatttgtgcaagagcatcaatcctgatgaggcagttgctcacggggcagctgtccaggctgctctattgagtg 30774896  T
375 aagatatccagaatgttccaaagttggggatgcgggatgttacacctttgtctcttggta 434  Q
    |||  ||  ||||||  |||||||||| | |||| ||||| || |||||||| |||||||    
30774895 aaggcattaagaatgccccaaagttggtgctgcgagatgtcacccctttgtcacttggta 30774836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 450 - 502
Target Start/End: Original strand, 9336494 - 9336546
Alignment:
450 atatcatggatgtggtgattcctaggaacacttgcattcctgtcaagaagaca 502  Q
    ||||||||  ||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||    
9336494 atatcatgagtgtggtgattcctagaaacacttccatacctgtcaagaagaca 9336546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 131; Significance: 1e-67; HSPs: 30)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 119 - 401
Target Start/End: Original strand, 27831144 - 27831426
Alignment:
119 atcaatcgtgccaagtttgaggaaataaatatggaacttttcaatgaatgcatgaagactgttgagagttgtcttaccgatgctaacacggacaagagta 218  Q
    |||| |||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| || ||  |||| | |||||||||||    
27831144 atcactcgtgcaaagtttgaggaaatcaatatggaccttttcaatgaatgtatggagactgttgagagttgtctcactgactctaagatggacaagagta 27831243  T
219 atgtagatgatgttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgcagcagctattacaggattttttcaaggggaaagagttgtgcaagagcat 318  Q
     | ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||   ||| ||||||||||| || || ||||||||||||||    
27831244 gtatagatgatgttgtccttgttggtggctcttcaaggattcccaaagtgcagcagctattggcggactttttcaagggaaaggatttgtgcaagagcat 27831343  T
319 taatcctgatgaggctgtagcttttggggcggctattcaggctgctttgttaagtgaagatatccagaatgttccaaagttgg 401  Q
     ||||||||||||||||| |||||||| || ||| | |||||||||||||| ||||| || ||   |||||||||||| ||||    
27831344 caatcctgatgaggctgttgcttttggtgcagctgtgcaggctgctttgttgagtgatgacattatgaatgttccaaacttgg 27831426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 102 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 17267855 - 17267425
Alignment:
102 ttgatttttctgcgtcaatcaatcgtgccaagtttgaggaaataaatatggaacttttcaatgaatgcatgaagactgttgagagttgtcttaccgatgc 201  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||  |||| |||||| ||| ||||||||  |||||||  |||||    
17267855 ttgatttttcttcgtcaatcactcgtgccaagtttgaggaaatcaatatggacctttttgatgagtgcatggagattgttgagaagtgtcttagtgatgc 17267756  T
202 taacacggacaagagtaatgtagatgatgttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgcagcagctattacaggattttttcaaggggaaa 301  Q
    ||| |  |||||||| |  || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||| ||| | || |||||||||||     
17267755 taagattgacaagagcagagttgatgatgttgtccttgttggtgggtcttctaggattccgaaagtgcagcaactattgcagaacttcttcaaggggaag 17267656  T
302 gagttgtgcaagagcattaatcctgatgaggctgtagcttttggggcggctattcaggctgctttgttaagtgaagatatccagaatgttccaaagttgg 401  Q
    || || ||||| || || || |||||||||||||| |||| ||| || ||| ||||||||||||||||||||| |    || ||||||||||||| ||||    
17267655 gaattatgcaaaagtatcaaccctgatgaggctgttgcttatggtgctgctgttcaggctgctttgttaagtggaagcgtcaagaatgttccaaacttgg 17267556  T
402 ggatgcgggatgttacacctttgtctcttggtaggtctttagtaggagatatcatggatgtggtgattcctaggaacacttgcattcctgtcaagaagac 501  Q
     | ||   |||||  ||||  | ||||||||||    |||| ||   ||| |||||  |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||  ||    
17267555 tgttgattgatgtcgcaccactatctcttggtattgatttaatacatgatgtcatgagtgtggtgattcctaggaacacttcaattcctgtcaagattac 17267456  T
502 agaaagatatattacaactgaagataaccaa 532  Q
    | ||| |||||||||| ||| ||||||||||    
17267455 aaaaaaatatattacagctgcagataaccaa 17267425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 105 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 17260154 - 17259722
Alignment:
105 atttttctgcgtcaatcaatcgtgccaagtttgaggaaataaatatggaacttttcaatgaatgcatgaagactgttgagagttgtcttaccgatgctaa 204  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||  |||| |||||| ||| ||||||||  |||||||  |||| |||    
17260154 atttttcttcgtcaatcactcgtgccaagtttgaagaaatcaatatggaccttttttatgagtgcatggagattgttgagaagtgtcttagtgatggtaa 17260055  T
205 cacggacaagagtaatgtagatgatgttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgcagcagctattacaggattttttcaaggggaaagag 304  Q
     |  |||||||| |   | ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| || ||     
17260054 gattgacaagagcagaattgatgatgttgtccttgttggtggatcttctaggattccgaaagtgcagcaactattgcaggatttcttcaagggtaaggaa 17259955  T
305 ttgtgcaagagcattaatcctgatgaggctgtagcttttggggcggctattcaggctgctttgttaagtgaagatatccagaatgttccaaagttgggga 404  Q
    || ||||||||||| || |||||||||||||| |||| ||| || ||| ||||||||||||||||||||| |    || ||||||||||||| |||| |     
17259954 ttatgcaagagcatcaaccctgatgaggctgttgcttatggtgctgctgttcaggctgctttgttaagtggaagcgtcaagaatgttccaaacttggtgt 17259855  T
405 tgcgggatgttacacctttgtctcttggtaggtctttagt--agga---gatatcatggatgtggtgattcctaggaacacttgcattcctgtcaagaag 499  Q
    ||   |||||  ||||  | |||||||||| |  |||| |  | ||   ||| |||||  |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||      
17259854 tgatcgatgtcgcaccactatctcttggtacggatttaatacatgatccgatgtcatgagtgtggtgattcctaggaacacttcaattcctgtcaagatt 17259755  T
500 acagaaagatatattacaactgaagataaccaa 532  Q
    ||| ||| |||||||||| ||| ||||||||||    
17259754 acaaaaaaatatattacagctgcagataaccaa 17259722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 128 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 6789402 - 6789030
Alignment:
128 gccaagtttgaggaaataaatatggaacttttcaatgaatgcatgaagactgttgagagttgtcttaccgatgctaacacggacaagagtaatgtagatg 227  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||  |||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||   || ||||| | ||||||||||| |||| |||    
6789402 gccaagtttgaggaaatcaatatggatatttttaatgagtgtatgaagaccgttgagagttgtcttgttgacgctaagatggacaagagtattgtaaatg 6789303  T
228 atgttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgcagcagctattacaggattttttcaaggggaaagagttgtgcaagagcattaatcctga 327  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||| || ||||| || ||  |||||| ||| || || ||||||| |||||| || |||||    
6789302 atgttgtccttgttggtgggtcttctagaattcccaaagtgcaacaactattgcaagaagttttcatgggaaaggatttgtgcatgagcatcaaccctga 6789203  T
328 tgaggctgtagcttttggggcggctattcaggctgctttgttaagtgaagatatccagaatgttccaaagttggggatgcgggatgttacacctttgtct 427  Q
    ||||||||| ||||  || || ||| | |||||||||||||| || ||||      ||| ||||||||| |||| | |||  ||||||||||| ||||||    
6789202 tgaggctgttgcttacggtgcagctgtccaggctgctttgttgagcgaaggctctaagagtgttccaaacttggtgctgcaagatgttacaccgttgtct 6789103  T
428 cttggtaggtctttagtaggagatatcatggatgtggtgattcctaggaacacttgcattcctgtcaagaaga 500  Q
    ||||||| | |  || ||||| || |||||  |||||||||||||||||||||||  |||||  |||||||||    
6789102 cttggtaaggcagtaataggaaatgtcatgagtgtggtgattcctaggaacactttgattcccatcaagaaga 6789030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 176 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 8581542 - 8581285
Alignment:
176 actgttgagagttgtcttaccgatgctaacacggacaagagtaatgtagatgatgttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgcagcagc 275  Q
    |||||| | ||||||||| |||||||||| | ||||| | ||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||  ||||||   ||||    
8581542 actgttaatagttgtcttgccgatgctaagatggacaggggtagtgtagatgatgttgtccttgttggtggttcttctaggattcctaaagtgagacagc 8581443  T
276 tattacaggattttttcaaggggaaagagttgtgcaagagcattaatcctgatgaggctgtagcttttggggcggctattcaggctgctttgttaagtga 375  Q
    |||||||||| |||||| ||||||| || || ||||||||||| || |||||||||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||| | |||||    
8581442 tattacaggagtttttccaggggaaggaattatgcaagagcatcaaccctgatgaggctgttgcttatggtgctgctattcaggctgctttggttagtga 8581343  T
376 agatatccagaatgttccaaagttggggatgcgggatgttacacctttgtctcttggt 433  Q
    ||  ||  ||| ||||||||| |||    |||| ||||||||||| ||||| ||||||    
8581342 aggcattaagagtgttccaaacttgattttgcgagatgttacaccattgtcacttggt 8581285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 71 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 8616628 - 8616330
Alignment:
71 actattgagatagattctttatgtgatggcattgatttttctgcgtcaatcaatcgtgccaagtttgaggaaataaatatggaacttttcaatgaatgca 170  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||| ||||| ||||| ||| | ||||||| |||||  |||||||||||||| |||||||| ||||| || || || |    
8616628 actattgagattgattatttatgtgagggcatcgatttctcttcatcaatcactcgtgttaagtttgaggaaatcaatatggacctttttaacgagtgta 8616529  T
171 tgaagactgttgagagttgtcttaccgatgctaacacggacaagagtaatgtagatgatgttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgca 270  Q
    | |||||||||||||||||| |||  ||| |||| |  || ||||||| |||||||||| |||| ||||| ||||| || ||||||||||  ||||||||    
8616528 taaagactgttgagagttgttttaatgattctaagatagagaagagtagtgtagatgatattgttcttgtcggtggctcgtctaggattcctaaagtgca 8616429  T
271 gcagctattacaggattttttcaaggggaaagagttgtgcaagagcattaatcctgatgaggctgtagcttttggggcggctattcaggctgctttgtt 369  Q
    | | |||||    || |||||| | ||||| || |||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||  |||||| ||  ||||||||||||||||    
8616428 ggaactattgagtgactttttcgatgggaaggatttgtgcaagaacatcaatcctgatgaggctgttgctagtggggcagcagttcaggctgctttgtt 8616330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 183 - 482
Target Start/End: Original strand, 7878066 - 7878365
Alignment:
183 agagttgtcttaccgatgctaacacggacaagagtaatgtagatgatgttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgcagcagctattaca 282  Q
    ||||||||||||| |||||||  | ||||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
7878066 agagttgtcttactgatgctatgatggacaagaacaatgtagatgatgttgtacttgttggtggatcatctaggattctcaaagtgcagcagctattgca 7878165  T
283 ggattttttcaaggggaaagagttgtgcaagagcattaatcctgatgaggctgtagcttttggggcggctattcaggctgctttgttaagtgaagatatc 382  Q
    ||| ||||| |||||||| ||  | ||||  ||||| || || ||||| ||||| |||| ||| || ||| ||||||||||| || |  |||| | |||     
7878166 ggacttttttaaggggaaggatatttgcagtagcatcaacccggatgaagctgttgcttatggtgcagctgttcaggctgctctgctttgtgatggtatt 7878265  T
383 cagaatgttccaaagttggggatgcgggatgttacacctttgtctcttggtaggtctttagtaggagatatcatggatgtggtgattcctaggaacactt 482  Q
     |||||||||| || |||| | |||  |||||||| || ||||||||||| | |||  || | |  |||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
7878266 aagaatgttcctaatttggtgttgcaagatgttactccattgtctcttggcacgtcagtacttgacgatatcatggatgtagtgattcctaagaacactt 7878365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 176 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 8570153 - 8569834
Alignment:
176 actgttgagagttgtcttaccgatgctaacacggacaagagtaatgtagatgatgttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgcagcagc 275  Q
    |||||| | ||||||||| | |||||||| | ||| |||| || ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||  ||||||  |||||    
8570153 actgttaatagttgtcttgctgatgctaagatggaaaagaatagtgtagatgatgttgtccttgttggtggttcttctaggattcctaaagtgaggcagc 8570054  T
276 tattacaggattttttcaaggggaaagagttgtgcaagagcattaatcctgatgaggctgtagcttttggggcggctattcaggctgctttgttaagtga 375  Q
    ||||||| || |||||| ||||||| || || ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||  || || ||||||||||||| ||||   |||||    
8570053 tattacaagagtttttccaggggaaggaattatgcaacagcattaaccctgatgaggctgttgcttacggtgcagctattcaggctgttttgcatagtga 8569954  T
376 agatatccagaatgttccaaagttggggatgcgggatgttacacctttgtctcttggtaggtctttagta--ggagatatcatggatgtggtgattccta 473  Q
    |    |  ||| ||||||||| ||||   |||| ||||||||||| ||||| ||||||  ||||  | ||  |||||||| |||  |||||||||||| |    
8569953 aagcgttaagagtgttccaaacttggttttgcgagatgttacaccattgtcacttggt--gtctcaattaggggagatattatgagtgtggtgattccaa 8569856  T
474 ggaacacttgcattcctgtcaa 495  Q
    ||||||||| ||||||||||||    
8569855 ggaacacttccattcctgtcaa 8569834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 197 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 8545454 - 8545217
Alignment:
197 gatgctaacacggacaagagtaatgtagatgatgttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgcagcagctattacaggattttttcaagg 296  Q
    |||||||| | ||||||| ||| ||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||  ||||||   |||||||||||||| ||||| ||||    
8545454 gatgctaagatggacaagggtagtgtagatgatgttgtccttgttggcggttcttctaggattcctaaagtgagacagctattacaggagttttttaagg 8545355  T
297 ggaaagagttgtgcaagagcattaatcctgatgaggctgtagcttttggggcggctattcaggctgctttgttaagtgaagatatccagaatgttccaaa 396  Q
    |||| || || |||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| || ||| | |||||||||||| | |||||||| |   ||||||| |||||    
8545354 ggaaggaattatgcaagagcattaaccctgatgaggctgttgcttatggtgcagctgtccaggctgctttgctgagtgaagacaataagaatgtcccaaa 8545255  T
397 gttggggatgcgggatgttacacctttgtctcttggta 434  Q
      ||| | | || |||||||| |||||||| |||||||    
8545254 catggtgctacgagatgttacccctttgtcacttggta 8545217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 197 - 505
Target Start/End: Original strand, 29582188 - 29582496
Alignment:
197 gatgctaacacggacaagagtaatgtagatgatgttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgcagcagctattacaggattttttcaagg 296  Q
    |||||||||| || |||||||| |||||||||| | |||||| | ||||| |||||||| |||| ||||||||| |||||||| || || ||||||||||    
29582188 gatgctaacatggtcaagagtagtgtagatgatatcgtccttattggtggctcttctagaattcccaaagtgcatcagctattgcaagaatttttcaagg 29582287  T
297 ggaaagagttgtgcaagagcattaatcctgatgaggctgtagcttttggggcggctattcaggctgctttgttaagtgaagatatccagaatgttccaaa 396  Q
    |||| || ||||||| |||||| || |||||||||||||| |||| ||| || ||| | |||||||||||| | | |||||  ||  ||||||||||| |    
29582288 ggaaggatttgtgcatgagcatcaaccctgatgaggctgttgcttatggtgcagctgtgcaggctgctttgctgattgaaggcattgagaatgttccaga 29582387  T
397 gttggggatgcgggatgttacacctttgtctcttggtaggtctttagtaggagatatcatggatgtggtgattcctaggaacacttgcattcctgtcaag 496  Q
     ||     |||  ||| ||||||| ||||| |||||||  ||   |  |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||    
29582388 ttttatcttgcaagatattacacccttgtcacttggtatatcaacaaaaggagatatcatgagtgtggtgattcctaggaacactcccattcctgccaag 29582487  T
497 aagacagaa 505  Q
    | |||||||    
29582488 atgacagaa 29582496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 128 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 8576216 - 8575918
Alignment:
128 gccaagtttgaggaaataaatatggaacttttcaatgaatgcatgaagactgttgagagttgtcttaccgatgctaacacggacaagagtaatgtagatg 227  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | || ||  |  | || ||||| |||||| | | ||||||| | |||||||| | |||||||| || ||||||||    
8576216 gccaagtttgaggaaatgaatatgaacctctttgaaaagtgtatgaatactgttaatatttgtcttgctgatgctaagatggacaagaatagtgtagatg 8576117  T
228 atgttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgcagcagctattacaggattttttcaaggggaaagagttgtgcaagagcattaatcctga 327  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||  ||||||   ||||||||||||||  ||||||||||||| || || || |||||||| || |||||    
8576116 atgttgtccttgttggtggttcttctaggattcctaaagtgagacagctattacaggaggttttcaaggggaaggaattatgtaagagcatcaaccctga 8576017  T
328 tgaggctgtagcttttggggcggctattcaggctgctttgttaagtgaagatatccagaatgttccaaagttggggatgcgggatgttacacctttgtc 426  Q
    ||||||||| |||| ||| || | | | || ||||||||||| |||||||  |   ||||||||||||| |||| | | || ||||||||||| |||||    
8576016 tgaggctgttgcttatggtgctgttgtccaagctgctttgttgagtgaaggcagtaagaatgttccaaacttggtgttacgagatgttacaccgttgtc 8575918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 71 - 434
Target Start/End: Original strand, 8585927 - 8586290
Alignment:
71 actattgagatagattctttatgtgatggcattgatttttctgcgtcaatcaatcgtgccaagtttgaggaaataaatatggaacttttcaatgaatgca 170  Q
    |||||||| || |||| ||||||||| ||| | ||||| ||| | |||||||  |||| ||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| || |    
8585927 actattgaaattgattatttatgtgagggcgtcgatttctcttcatcaatcacgcgtgtcaagtttgaggaaatcaatatggacctttttaatgagtgta 8586026  T
171 tgaagactgttgagagttgtcttaccgatgctaacacggacaagagtaatgtagatgatgttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgca 270  Q
    | || |||||||||||||||||||||||| |||| |  || |||| |  |||||| ||| |||||||||| ||||| || || || |||| |||||| ||    
8586027 taaatactgttgagagttgtcttaccgattctaagatagagaagaatggtgtagacgatattgtccttgtcggtggctcgtccagaattcccaaagtaca 8586126  T
271 gcagctattacaggattttttcaaggggaaagagttgtgcaagagcattaatcctgatgaggctgtagcttttggggcggctattcaggctgctttgtta 370  Q
    | | |||||    || || ||||| |||||||| || ||||||| ||| ||||||||||||||||| |||  |||||| ||  |||||||| ||||| |     
8586127 ggaactattgagtgacttcttcaatgggaaagatttatgcaagaacatcaatcctgatgaggctgttgctagtggggctgcagttcaggcttctttgctg 8586226  T
371 agtgaagatatccagaatgttccaaagttggggatgcgggatgttacacctttgtctcttggta 434  Q
     || ||||  |  |||| |||||||| |||| | |||| |||||||| ||| |||| |||||||    
8586227 tgtaaagactttaagaaagttccaaacttggtgctgcgagatgttacccctctgtcacttggta 8586290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 198 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 8590458 - 8590174
Alignment:
198 atgctaacacggacaagagtaatgtagatgatgttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgcagcagctattacaggattttttcaaggg 297  Q
    ||||||| | ||||||||  | ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| || || ||||| | |||    
8590458 atgctaagatggacaagaacattgtagatgatgttgtacttgttggtggttcttctaggattcccaaagtgcagcagctattgcaagacttttttatggg 8590359  T
298 gaaagagttgtgcaagagcattaatcctgatgaggctgtagcttttggggcggctattcaggctgctttgttaagtgaagatatccagaatgttccaaag 397  Q
    ||| ||  | | ||| ||||| ||||| ||||||||||| |||| ||| || ||| |||| ||||||||| |  |||| |  ||  |||||||||| ||     
8590358 gaaggatctttacaatagcatcaatccagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctttgctttgtgatgggattaagaatgttcctaat 8590259  T
398 ttggggatgcgggatgttacacctttgtctcttggtaggtctttagtagga-gatatcatggatgtggtgattcctaggaacactt 482  Q
    |||| | | |  |||||||| || ||||||||||||| |||  || || || |||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
8590258 ttggtgctacaagatgttactccattgtctcttggtacgtcaata-tatgatgatatcatggatgtagtgattcctaagaacactt 8590174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 221 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 8609714 - 8609501
Alignment:
221 gtagatgatgttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgcagcagctattacaggattttttcaaggggaaagagttgtgcaagagcatta 320  Q
    |||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||  |||||| |||||||| | || || |||||||| || || || ||||| | |||||| |    
8609714 gtagatgatgttgttcttgttggaggttcttctaggattccgaaagtgaagcagctactgcaagactttttcaatggaaaggatttgtgtatgagcatca 8609615  T
321 atcctgatgaggctgtagcttttggggcggctattcaggctgctttgttaagtgaagatatccagaatgttccaaagttggggatgcgggatgttacacc 420  Q
    | ||||||||||| || |||| ||| || ||| | ||||||||||||||  ||||||  ||| |    |||||||| |||| | |||| |||||||||||    
8609614 accctgatgaggcggttgcttatggtgctgctgtccaggctgctttgttgggtgaaggcatcaaatcagttccaaacttggtgctgcgagatgttacacc 8609515  T
421 tttgtctcttggta 434  Q
    |||||| |||||||    
8609514 tttgtcacttggta 8609501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 74 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 3147208 - 3146784
Alignment:
74 attgagatagattctttatgtgatggcattgatttttctgcgtcaatcaatcgtgccaagtttgaggaaataaatatggaacttttcaatgaatgcatga 173  Q
    ||||||||||||||||||| | | ||  |||| || | | | ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| ||  ||     
3147208 attgagatagattctttatttcagggatttgacttattttcatcaatcactcgtgccaagtttgaggaaatcaatatggatcttttcactgagtgtttgg 3147109  T
174 agactgttgagagttgtcttaccgatgctaacacggacaagagtaatgtagatgatgttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgcagca 273  Q
    | |||||| |||||||| |  | ||||   | | |||||| |||  | || ||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||  |||||||| ||    
3147108 aaactgttaagagttgtttcgctgatgtcgaaatggacaaaagtgctatacatgatgtcgtccttgtcggtggctcgtctagaattccaaaagtgcaaca 3147009  T
274 gctattacaggattttttcaaggggaaagagttgtgcaagagcattaatcctgatgaggctgtagcttttggggcggctattcaggctgctttgttaagt 373  Q
     ||||| ||||| |||||    |||||  |  |||| || ||||| || ||||||||||| || |||| ||| || ||| | || ||||||||||| |||    
3147008 actattgcaggaattttttgcagggaagcatctgtgtaacagcatcaaccctgatgaggccgttgcttatggtgcagctgtgcaagctgctttgttgagt 3146909  T
374 gaagatatccagaatgttccaaagttggggatgcgggatgttacacctttgtctcttggta-ggtctttagtaggagatatcatggatgtggtgattcct 472  Q
    |||||  |  | ||||||||||| |||| | |||  |||||| | ||||||||||||||||  |   ||| |||| |||||||||| ||| || ||| ||    
3146908 gaagactttaaaaatgttccaaacttggtggtgcaagatgttgctcctttgtctcttggtatcgaagtta-taggtgatatcatgggtgtcgtaattgct 3146810  T
473 aggaacacttgcattcctgtcaagaa 498  Q
    || |||||| |||||||| |||||||    
3146809 agaaacactagcattcctatcaagaa 3146784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 170 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 8537884 - 8537559
Alignment:
170 atgaagactgttgagagttgtcttaccgatgctaacacggacaagagtaatgtagatgatgttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgc 269  Q
    ||||| |||||| |||||||| |||  |||||||| | |||||  |||| | | ||||||||||| || || ||||| ||||||||||||| ||||||||    
8537884 atgaaaactgttaagagttgttttaatgatgctaagatggacagtagtagtatggatgatgttgtactagttggtggctcttctaggattcccaaagtgc 8537785  T
270 agcagctattacaggattttttcaaggggaaagagttgtgcaagagcattaatcctgatgaggctgtagcttttggggcggctattcaggctgctttgtt 369  Q
    ||   ||  | ||  | ||||||| |||||| ||  | |  || ||||| || |||||||| ||||| |||| ||| || ||| | ||||||||||||||    
8537784 agagtctgctgcaaaactttttcagggggaaggatatttttaaaagcatcaaccctgatgaagctgttgcttatggtgctgctgtccaggctgctttgtt 8537685  T
370 aagtgaagatatccagaatgttccaaagttggggatgcgggatgttacacctttgtctcttggtaggtc-tttagtaggagatatcatggatgtggtgat 468  Q
     || | ||  ||  ||| |||||| || |||| | |||| ||||||| |||| ||||||||||||  ||  ||||| ||||||||||||||| |  ||||    
8537684 gagcggaggcattaagactgttccgaacttggtgctgcgagatgttatacctctgtctcttggtacctcagttagt-ggagatatcatggatatactgat 8537586  T
469 tcctaggaacacttgcattcctgtcaa 495  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||||    
8537585 tccaaggaacacttccattcctgtcaa 8537559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 174 - 279
Target Start/End: Original strand, 8383200 - 8383305
Alignment:
174 agactgttgagagttgtcttaccgatgctaacacggacaagagtaatgtagatgatgttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgcagca 273  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||| | | ||||||||| ||||||||||||||| ||  | ||||| ||||| ||||||| |||||||||  |    
8383200 agactgttgagagctgtcttactgatgctaagatgaacaagagtagtgtagatgatgttgttctcatcggtggttcttcgaggattcccaaagtgcaaga 8383299  T
274 gctatt 279  Q
    ||||||    
8383300 gctatt 8383305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 212 - 341
Target Start/End: Original strand, 8636705 - 8636834
Alignment:
212 aagagtaatgtagatgatgttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgcagcagctattacaggattttttcaaggggaaagagttgtgca 311  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||  || |||||||| |||||||||||  |||| |||| ||| ||  |||| |    
8636705 aagagcaatatagatgatgttgtccttgttggtggctcctctaggattccaaaggtgcagcaactattacaggacatttttaaggcgaaggaactgtgta 8636804  T
312 agagcattaatcctgatgaggctgtagctt 341  Q
    ||||||| ||  ||||||||||||| ||||    
8636805 agagcatcaacgctgatgaggctgttgctt 8636834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 118 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 8659263 - 8659182
Alignment:
118 aatcaatcgtgccaagtttgaggaaataaatatggaacttttcaatgaatgcatgaagactgttgagagttgtcttaccgat 199  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||| |||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||| ||||    
8659263 aatcactcgtgccaggtttgaggaaatgaatatggatctttttaatgagtgtatgaaaactgttgagagttgtcttagcgat 8659182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 107 - 497
Target Start/End: Original strand, 10494631 - 10495024
Alignment:
107 ttttctgcgtcaatcaatcgtgccaagtttgaggaaataaatatggaacttttcaatgaatgcatgaagactgttgagagttgtcttaccgatgctaaca 206  Q
    |||||| | ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| ||  ||||||  || || ||||| | |||||| |||||||| |  ||| | || |    
10494631 ttttcttcatcaatcactcgtgccaaatttgaggaaattaatatagactttttcatcgagtgtatgaatattgttgacagttgtctcagggattcaaaga 10494730  T
207 cggacaagagtaatgtagatgatgttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgcagcagctattacaggattttttcaaggggaaagagtt 306  Q
       |||||| | || | |||||| |||| ||||| ||||| || |||||||||| |||||||||| | ||||| |  || |||||||||||||| || ||    
10494731 tatacaagaatgatattgatgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattcccaaagtgcaggatctattgctagaatttttcaaggggaaggaatt 10494830  T
307 gtgcaagagcattaatcctgatgaggctgtagcttttggggcggctattcaggctgctttgttaagtgaagatatccagaatgttccaaagttggggatg 406  Q
     | || | | || || || ||||||||||| |||| ||| || ||| ||||||||||| | || |||||||   |  ||||||| || || |||| | |     
10494831 attcatgcgtatcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaggctgctattttgagtgaaggctttaagaatgtcccgaacttggtgcta 10494930  T
407 cgggatgttacacctttgtctcttggtaggtctttagta---ggagatatcatggatgtggtgattcctaggaacacttgcattcctgtcaaga 497  Q
    || |||||||| || ||||| |||||||      ||  |   | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
10494931 cgagatgttaccccattgtcacttggtattgaagtaacaaatgaagatatcatggatgtggtgattcctaggaacacttccatccctgtcaaga 10495024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 197 - 434
Target Start/End: Original strand, 29578019 - 29578256
Alignment:
197 gatgctaacacggacaagagtaatgtagatgatgttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgcagcagctattacaggattttttcaagg 296  Q
    |||||| ||| |||| ||||||  ||| ||||  |||||||||| || || || ||||| |||| |||||||| | | ||||| || || ||||||||||    
29578019 gatgcttacatggaccagagtatggtacatgaaattgtccttgttggaggttcatctagaattcccaaagtgcggaaactattgcaagactttttcaagg 29578118  T
297 ggaaagagttgtgcaagagcattaatcctgatgaggctgtagcttttggggcggctattcaggctgctttgttaagtgaagatatccagaatgttccaaa 396  Q
    | |  || ||||||| |||||| || ||||| |||||||| |||| ||| || ||| | |||||||||||||| | ||| |  ||  |||||||||||||    
29578119 gtagggatttgtgcatgagcataaaccctgacgaggctgttgcttatggtgcagctgtgcaggctgctttgttgattgatggcattaagaatgttccaaa 29578218  T
397 gttggggatgcgggatgttacacctttgtctcttggta 434  Q
     ||||   |||| ||| ||||||| ||||| |||||||    
29578219 tttggtcttgcgagatattacacccttgtcgcttggta 29578256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 118 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 1301360 - 1301208
Alignment:
118 aatcaatcgtgccaagtttgaggaaataaatatggaacttttcaatgaatgcatgaagactgttgagagttgtcttaccgatgctaacacggacaagagt 217  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| || |  || || |||||||||||||||| |||| | || |    || ||||    
1301360 aatcactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggatctttttaatgagtgtacaaaaaccgttgagagttgtcttagcgattcaaaaatatgcatgagt 1301261  T
218 aatgtagatgatgttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgca 270  Q
     || | |||||| |||| ||||| ||||| || |||||||||| |||||||||    
1301260 gatatcgatgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattcccaaagtgca 1301208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 81 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 8646814 - 8646520
Alignment:
81 tagattctttatgtgatggcattgatttttctgcgtcaatcaatcgtgccaagtttgaggaaataaatatggaacttttcaatgaatgcatgaagactgt 180  Q
    |||||||||||| | |||||||||| |||  | | ||||||| ||||||||| ||||| | ||| |||||||| || ||||  |||||  || | |||||    
8646814 tagattctttatttaatggcattgactttatttcatcaatcactcgtgccaaatttgacgcaatcaatatggatctgttcatcgaatgtttggaaactgt 8646715  T
181 tgagagttgtcttaccgatgctaacacggacaagagtaatgtagatgatgttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgcagcagctatta 280  Q
    ||||||||||| ||  ||||| || | ||||||||||  | |  |||||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||  ||||| || ||| |  |     
8646714 tgagagttgtcataatgatgccaagatggacaagagttctatccatgatgttgttcttgttggtggctcctctagaattccaaaagtacaacagatgctg 8646615  T
281 caggattttttcaaggggaaagagttgtgcaagagcattaatcctgatgaggctgtagcttttggggcggctattcaggctgctttgttaagtga 375  Q
     |||| |||||||| | ||| || || ||| ||||||| || ||||||| ||| || |||| ||| || ||  ||||||||||||| ||| ||||    
8646614 aaggagtttttcaatgagaaggaattatgcgagagcatcaaccctgatgtggccgttgcttatggcgcagccgttcaggctgctttattatgtga 8646520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 310 - 396
Target Start/End: Original strand, 27846566 - 27846652
Alignment:
310 caagagcattaatcctgatgaggctgtagcttttggggcggctattcaggctgctttgttaagtgaagatatccagaatgttccaaa 396  Q
    ||||||||| || |||||||||||||| |||||||| || ||| | |||||||||||||| ||||| || ||  |||||||||||||    
27846566 caagagcatcaaccctgatgaggctgttgcttttggagcagctgtgcaggctgctttgttgagtgatgacattaagaatgttccaaa 27846652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 450 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 8654009 - 8653964
Alignment:
450 atatcatggatgtggtgattcctaggaacacttgcattcctgtcaa 495  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
8654009 atatcatggatgtggtgattcctaggaacacttccatccctgtcaa 8653964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 107 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 8654361 - 8654168
Alignment:
107 ttttctgcgtcaatcaatcgtgccaagtttgaggaaataaatatggaacttttcaatgaatgcatgaagactgttgagagttgtcttaccgatgctaaca 206  Q
    |||||| | ||||||| |||||| || ||||||||||| ||||||||  |||||||||| || || || | |||||| |||||||| |  ||| | || |    
8654361 ttttcttcatcaatcactcgtgctaaatttgaggaaattaatatggactttttcaatgagtgtatcaatattgttgacagttgtctcagagattcaaaga 8654262  T
207 cggacaagagtaatgtagatgatgttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgcagcagctattacaggattttttcaaggggaa 300  Q
       |||||| | || | ||||||||||| || || ||||| || |||||||||| |||||||||| | ||||| |  || ||||||||||||||    
8654261 tatacaagaatgatattgatgatgttgtactcgtgggtggctcgtctaggattcccaaagtgcaggatctattgctagagtttttcaaggggaa 8654168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 174 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 8601818 - 8601722
Alignment:
174 agactgttgagagttgtcttaccgatgctaacacggacaagagtaatgtagatgatgttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgca 270  Q
    |||||||||| ||||||||||  |||||| | |  || ||||||| ||| ||||||| ||||||||| || || ||||||||||||| |||||||||    
8601818 agactgttgaaagttgtcttagtgatgctcagatcgaaaagagtagtgtggatgatgctgtccttgttggcggttcttctaggattcccaaagtgca 8601722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #28
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 450 - 501
Target Start/End: Original strand, 13333968 - 13334019
Alignment:
450 atatcatggatgtggtgattcctaggaacacttgcattcctgtcaagaagac 501  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
13333968 atatcatgaatgttgtgattcctaggaacacttccatccctgtcaagaagac 13334019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #29
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 450 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 8666984 - 8666932
Alignment:
450 atatcatggatgtggtgattcctaggaacacttgcattcctgtcaagaagaca 502  Q
    ||||||||  ||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||    
8666984 atatcatgagtgtggtgattcctagaaacacttccatacctgtcaagaagaca 8666932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #30
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 308 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 39985356 - 39985300
Alignment:
308 tgcaagagcattaatcctgatgaggctgtagcttttggggcggctattcaggctgct 364  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| || | ||| || ||| |||||||||||    
39985356 tgcaagagcataaatcctgatgaggctgttgcatatggtgctgctgttcaggctgct 39985300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 119; Significance: 2e-60; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 174 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 12528348 - 12528006
Alignment:
174 agactgttgagagttgtcttaccgatgctaacacggacaagagtaatgtagatgatgttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgcagca 273  Q
    |||| ||||| |||||| | ||||||||||| | ||||||||||| |||||||||| |||| ||||| ||||| || |||||||||| ||||||| ||||    
12528348 agaccgttgaaagttgtttgaccgatgctaagatggacaagagtagtgtagatgatattgtacttgttggtggctcgtctaggattcccaaagtgaagca 12528249  T
274 gctattacaggattttttcaaggggaaagagttgtgcaagagcattaatcctgatgaggctgtagcttttggggcggctattcaggctgctttgttaagt 373  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| || ||||| | ||||||||| || |||||||||||||| |||| ||| || ||| |||||||||||||||| |||    
12528248 gctattgcaggagtttttcaagggcaaggagttatacaagagcatcaaccctgatgaggctgttgcttatggtgccgctgttcaggctgctttgttgagt 12528149  T
374 gaagatatccagaatgttccaaagttggggatgcgggatgttacacctttgtctcttggtaggtctttagtaggagatatcatggatgtggtgattccta 473  Q
    ||||  ||  ||| |||||| ||  ||  | |||  ||||||| ||||||||||||||||   ||| ||  ||||||| | ||||||||  |||||||||    
12528148 gaaggcatgaagactgttccgaaagtgacgctgcaagatgttatacctttgtctcttggtttttctataaaaggagatcttatggatgttatgattccta 12528049  T
474 ggaacacttgcattcctgtcaagaagacagaaagatatattac 516  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||| ||||    
12528048 ggaacacttgcatccctgtcaagaagacaggtagatatgttac 12528006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 71 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 43744763 - 43744457
Alignment:
71 actattgagatagattctttatgtgatggcattgatttttctgcgtcaatcaatcgtgccaagtttgaggaaataaatatggaacttttcaatgaatgca 170  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||| | | |  |||||| |||| | |||||||||||||| |||||||| || ||||| || ||      
43744763 actattgaggtagattctttatttgagggcattgatttctttacaacaatcactcgtactaagtttgaggaaatcaatatggatctcttcaacgagtgtt 43744664  T
171 tgaagactgttgagagttgtcttaccgatgctaacacggacaagagtaatgtagatgatgttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgca 270  Q
    |||| | |||||||||||||||||| ||||| || | |||||||||   | || |||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||  ||||| ||    
43744663 tgaaaattgttgagagttgtcttactgatgccaagatggacaagagcgctatacatgatgttgttcttgttggtggctcctctaggattccaaaagtaca 43744564  T
271 gcagctattacaggattttttcaaggggaaagagttgtgcaagagcattaatcctgatgaggctgtagcttttggggcggctattcaggctgctttgtta 370  Q
     || ||||| ||||| |||||    ||||| || ||||| |||| |||||| ||||||||||| || ||| |||| || ||| | ||||||||||||||     
43744563 acaactattgcaggaattttttgcagggaaggatttgtgtaagaacattaaccctgatgaggcagttgctattggtgcagctgtgcaggctgctttgttg 43744464  T
371 agtgaag 377  Q
    |||||||    
43744463 agtgaag 43744457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 99; Significance: 1e-48; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 124 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 15594928 - 15594555
Alignment:
124 tcgtgccaagtttgaggaaataaatatggaacttttcaatgaatgcatgaagactgttgagagttgtcttaccgatgctaacacggacaagagtaatgta 223  Q
    |||| |||||||||| ||||| || |||||  |||| || || || |||||||  |||||||||||||||   |||||||| | | | ||||||| ||||    
15594928 tcgttccaagtttgaagaaatcaacatggacttttttaaggattgtatgaagatagttgagagttgtcttgatgatgctaagatgaataagagtagtgta 15594829  T
224 gatgatgttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgcagcagctattacaggattttttcaaggggaaagagttgtgcaagagcattaatc 323  Q
     ||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||  ||||||||||| |||| || || ||||||| |||||| || |    
15594828 aatgatattgtcattgttggtgggtcttctaggattcccaaagtgcaacaactattgaaggattttttcgagggaaaggaattgtgcatgagcatcaacc 15594729  T
324 ctgatgaggctgtagcttttggggcggctattcaggctgctttgttaagtgaagatatccagaatgttccaaagttggggatgcgggatgttacaccttt 423  Q
    ||||||||||||| |||| ||| || ||| | |||||||||||||| ||||||| | |  | ||||||||||| |||| ||| |  |||||| |||||||    
15594728 ctgatgaggctgttgcttatggtgcagctgtccaggctgctttgttgagtgaaggttttaaaaatgttccaaacttggtgatacaagatgttgcaccttt 15594629  T
424 gtctcttggtaggtctttagtaggagatatcatggatgtggtgattcctaggaacacttgcattcctgtcaagaa 498  Q
    ||||||||||   ||  |   |||||||||| |||||||  |||||  |||||||||| ||||||||||||||||    
15594628 gtctcttggtgtctcacttaaaggagatatc-tggatgttatgattaataggaacactagcattcctgtcaagaa 15594555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 114 - 502
Target Start/End: Original strand, 34467049 - 34467440
Alignment:
114 cgtcaatcaatcgtgccaagtttgaggaaataaatatggaacttttcaatga---atgcatgaagactgttgagagttgtcttaccgatgctaacacgga 210  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  | || || ||   |||||||| || ||||| ||||||||||   |||||||| | |||    
34467049 cgtcaatcactcgtgccaagtttgaggaaatcaatatggacttctttaaagattaatgcatgaggattgttgtgagttgtcttgttgatgctaagatgga 34467148  T
211 caagagtaatgtagatgatgttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgcagcagctattacaggattttttcaaggggaaagagttgtgc 310  Q
    || ||||| |||  |||||| ||||||||| || || ||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||| |||||||| || || ||  | |||    
34467149 cacgagtagtgtgcatgatgctgtccttgtcgggggctcttctaggattcccaaagtgcagcagctattgcgggactttttcaatggtaaggatctatgc 34467248  T
311 aagagcattaatcctgatgaggctgtagcttttggggcggctattcaggctgctttgttaagtgaagatatccagaatgttccaaagttggggatgcggg 410  Q
    || ||||| || |||||||||||||| |||| ||  || ||| | || ||||||||||| ||| |||   |  | ||||||||||| |||| | |||| |    
34467249 aatagcatcaaccctgatgaggctgtcgcttatgtcgcagctgtgcaagctgctttgttgagtaaaggctttaacaatgttccaaacttggtgctgcgag 34467348  T
411 atgttacacctttgtctcttggtaggtctttagtaggagatatcatggatgtggtgattcctaggaacacttgcattcctgtcaagaagaca 502  Q
    |||||||||| ||||| || |||  |    ||| ||  ||| || ||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||| | |||||||    
34467349 atgttacaccattgtcactaggttcgatgatagaagatgatgtcttggttgtggtgattccgaggaacacttccattcctgttaggaagaca 34467440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 302 - 431
Target Start/End: Original strand, 52549398 - 52549527
Alignment:
302 gagttgtgcaagagcattaatcctgatgaggctgtagcttttggggcggctattcaggctgctttgttaagtgaagatatccagaatgttccaaagttgg 401  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||| || ||| |||||||||| ||||| |||||||  || |||||||||||||||||||    
52549398 gagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggttgtagcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttgg 52549497  T
402 ggatgcgggatgttacacctttgtctcttg 431  Q
     | ||| |||||||||||||||||||||||    
52549498 tgctgcaggatgttacacctttgtctcttg 52549527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 124 - 364
Target Start/End: Original strand, 4678831 - 4679071
Alignment:
124 tcgtgccaagtttgaggaaataaatatggaacttttcaatgaatgcatgaagactgttgagagttgtcttaccgatgctaacacggacaagagtaatgta 223  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || || ||| | |||||| ||||||||||||  ||| | || | |  |  ||||||| |     
4678831 tcgtgccaagtttgaggaaattaatatggaccttttcaacgagtgtatggaaactgttaagagttgtcttagtgattcaaagatgcgcgggagtaatatt 4678930  T
224 gatgatgttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgcagcagctattacaggattttttcaaggggaaagagttgtgcaagagcattaatc 323  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| || || ||||||| |||||||||| | ||||| || || ||||| ||| |||| || ||||||||||| || || |    
4678931 gatgatgttgttcttgtgggtggttcatcgaggattcccaaagtgcaggatctattgcaagacttttttaagcggaaggatttgtgcaagagtatcaacc 4679030  T
324 ctgatgaggctgtagcttttggggcggctattcaggctgct 364  Q
    | ||||||||||| |||| ||| || ||||| || ||||||    
4679031 cagatgaggctgttgcttatggtgcagctatccaagctgct 4679071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 102 - 191
Target Start/End: Original strand, 52549264 - 52549353
Alignment:
102 ttgatttttctgcgtcaatcaatcgtgccaagtttgaggaaataaatatggaacttttcaatgaatgcatgaagactgttgagagttgtc 191  Q
    ||||||||||| | || |||||| | ||||||||||||||||| |||||||| ||||| || || || ||||||| |||||| |||||||    
52549264 ttgatttttcttcatcgatcaatagggccaagtttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtc 52549353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 90; Significance: 3e-43; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 61 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 28219875 - 28219502
Alignment:
61 tgttgttgcaactattgagatagattctttatgtgatggcattgatttttctgcgtcaatcaatcgtgccaagtttgaggaaataaatatggaacttttc 160  Q
    |||||| || || |||||| |||||||||||| ||| ||||||||||| | | | ||||| | |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||    
28219875 tgttgtcgccaccattgaggtagattctttatttgaaggcattgatttcttttcatcaattactcgtgctaagtttgaggaaatcaatatggatcttttc 28219776  T
161 aatgaatgcatgaagactgttgagagttgtcttaccgatgctaacacggacaagagtaatgtagatgatgttgtccttgtaggtgggtcttctaggattc 260  Q
    ||||| ||  |||| ||||||||||| ||||| || ||||| || | |||||||||   |||| | |||||||| ||||| || || || ||||| ||||    
28219775 aatgagtgtttgaaaactgttgagaggtgtctcactgatgccaatatggacaagagggctgtacacgatgttgttcttgttggaggctcctctagaattc 28219676  T
261 tcaaagtgcagcagctattacaggattttttcaaggggaaagagttgtgcaagagcattaatcctgatgaggctgtagcttttggggcggctattcaggc 360  Q
      ||||| || || ||| | ||||| |||||    ||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| || ||| | |||||    
28219675 caaaagtacaacaactactgcaggaattttttggagggaaggaattgtgtaagagcattaaccctgatgaggctgttgcttatggtgcagctgtgcaggc 28219576  T
361 tgctttgttaagtgaagatatccagaatgttccaaagttggggatgcgggatgttacacctttgtctcttggta 434  Q
    ||||||||| |||||||   |  | || ||||| ||||||| | |||  |||||||||||||||||||||||||    
28219575 tgctttgttgagtgaaggctttaaaaaagttccgaagttggtgctgcaagatgttacacctttgtctcttggta 28219502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University