View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11811_high_3 (Length: 698)

Name: NF11811_high_3
Description: NF11811
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11811_high_3
NF11811_high_3
[»] scaffold0400 (1 HSPs)
scaffold0400 (1-682)||(2266-2944)
[»] scaffold0365 (1 HSPs)
scaffold0365 (1-682)||(2910-3588)


Alignment Details
Target: scaffold0400 (Bit Score: 578; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0400
Description:

Target: scaffold0400; HSP #1
Raw Score: 578; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 682
Target Start/End: Original strand, 2266 - 2944
Alignment:
Q  1 agttggttttgccaccggttttcgctaaatgtaccaaggttttggatgcaagggatcaaatagttgcaagagatttgtattgggaagctttaaattgtga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| | | ||||||    
T  2266 agttggttttgccaccggttttcgctaaatgtaccaaggttttggatgcaagggatcaaattgttgcaagggatttgtattgggaagctatgatttgtga 2365  T
Q  101 agaagggttggataagattgaggagatgttggtgaagagtattgagaaaaacccttttgtaggagagccatatgtggtgttgagtcaagtttatttgaca 200  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2366 agaagggttggagaagattgaggagttgttggtgaagagtattgagaaaaacccttttgtgggagagccatatgtggtgttgagtcaagtttatttgaca 2465  T
Q  201 aagggtagatttgaagatgctgagaaagaagctgagagaggattgactcttttgcttgaatggggatgtcattgggataaaagggtttcttgggaaggtt 300  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2466 aagggtagatttgaagagggtgagaaagaagctgagagaggattgactcttttgcttgaatggggatgtcattgggataaaaggatttcttgggaaggtt 2565  T
Q  301 ggattgcatggactagagttttgttaatgaaggcaaaagagaaatcttggccaaatacttcatggggtatcctcaatttgggtcttgtaaagtaagttaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2566 ggattgcatggactagagttttgttaatgaaggcaaaagagaaatcttggccaaatacttcatggggtatcctcaatttaggtcttgtaaagtaagttaa 2665  T
Q  401 tgttattccaacatatttccctccacccaagagaaaataatccagttcgtgtcacaagta-ttgttaggtaaagtaacttatatgcagctttgtatatca 499  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  2666 tgttattccaacatatttccctccacccaagagaaaataatccatttcgtgtcacaagtatttgttaggtaaggtaacttatatgcagctttgcatatca 2765  T
Q  500 aaataattcttgctttgaattatagaattgtgtttataggtgaatgaaatatacagcctgtatatttcgttctataagtgtttagtgatccttgatatct 599  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2766 aaataattcttgctttgaactatagaattgtgtttataggtgaatgaaatatacagtctgtatatttcgttctataattgtttagtgatccttgatatct 2865  T
Q  600 tgtgctagaaagggtgtactccttccttagtatgaaacttgtggacgtgaaccataataaggtgaattttattttgttgttac 682  Q
    ||||||||||| |||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2866 tgtgctagaaatggtgtac----tccttagtatgaaacttgtggacgtgaaccataataaggtgaattttattttgtttttac 2944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365 (Bit Score: 578; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0365
Description:

Target: scaffold0365; HSP #1
Raw Score: 578; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 682
Target Start/End: Original strand, 2910 - 3588
Alignment:
Q  1 agttggttttgccaccggttttcgctaaatgtaccaaggttttggatgcaagggatcaaatagttgcaagagatttgtattgggaagctttaaattgtga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| | | ||||||    
T  2910 agttggttttgccaccggttttcgctaaatgtaccaaggttttggatgcaagggatcaaattgttgcaagggatttgtattgggaagctatgatttgtga 3009  T
Q  101 agaagggttggataagattgaggagatgttggtgaagagtattgagaaaaacccttttgtaggagagccatatgtggtgttgagtcaagtttatttgaca 200  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3010 agaagggttggagaagattgaggagttgttggtgaagagtattgagaaaaacccttttgtgggagagccatatgtggtgttgagtcaagtttatttgaca 3109  T
Q  201 aagggtagatttgaagatgctgagaaagaagctgagagaggattgactcttttgcttgaatggggatgtcattgggataaaagggtttcttgggaaggtt 300  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3110 aagggtagatttgaagagggtgagaaagaagctgagagaggattgactcttttgcttgaatggggatgtcattgggataaaaggatttcttgggaaggtt 3209  T
Q  301 ggattgcatggactagagttttgttaatgaaggcaaaagagaaatcttggccaaatacttcatggggtatcctcaatttgggtcttgtaaagtaagttaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3210 ggattgcatggactagagttttgttaatgaaggcaaaagagaaatcttggccaaatacttcatggggtatcctcaatttaggtcttgtaaagtaagttaa 3309  T
Q  401 tgttattccaacatatttccctccacccaagagaaaataatccagttcgtgtcacaagta-ttgttaggtaaagtaacttatatgcagctttgtatatca 499  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  3310 tgttattccaacatatttccctccacccaagagaaaataatccatttcgtgtcacaagtatttgttaggtaaggtaacttatatgcagctttgcatatca 3409  T
Q  500 aaataattcttgctttgaattatagaattgtgtttataggtgaatgaaatatacagcctgtatatttcgttctataagtgtttagtgatccttgatatct 599  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3410 aaataattcttgctttgaactatagaattgtgtttataggtgaatgaaatatacagtctgtatatttcgttctataattgtttagtgatccttgatatct 3509  T
Q  600 tgtgctagaaagggtgtactccttccttagtatgaaacttgtggacgtgaaccataataaggtgaattttattttgttgttac 682  Q
    ||||||||||| |||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3510 tgtgctagaaatggtgtac----tccttagtatgaaacttgtggacgtgaaccataataaggtgaattttattttgtttttac 3588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University