View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11817_high_3 (Length: 701)

Name: NF11817_high_3
Description: NF11817
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11817_high_3
NF11817_high_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (18-691)||(184477-185150)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 646; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 646; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 691
Target Start/End: Complemental strand, 185150 - 184477
Alignment:
Q  18 acaatgttcttggatgtcctcatattgtgaataatattcatttggtttcaggtggtggttgacaatggaaaatctgatcgaataactatcgttgacaatt 117  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  185150 acaatgttgttggatgtcctcatattgtgaataatgttcatttggttttaggtggtggttgacaatggaaaatctgatcgaataactatcgttgacaatt 185051  T
Q  118 ctgcattactgtcatcgcaacatgcagttacagagtaccgagtgatttcatcatcgtctcatggttggttaaattctgagttttaagtcaccttaacttt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  185050 ctgcattactgtcatcgcaacatgcagttacagagtaccgagtgatttcatcatcgtctcatggttggttaaattctgagttttaagtcaccttaacttt 184951  T
Q  218 agagattgacatttgtgattgtcccattaagtgtgggtgaacttgtgttttatagcacaacatgattctgggttcaggttcttttttcccttttgcagtg 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  184950 agagattgacatttgtgattgtcccattaagtgtgggtgaacttgtgttttatagcacaacatgattctgggttcaggttcttttttcccttttgcagtg 184851  T
Q  318 tctttgacattttaaacttatctttagtttcgtcctctcaagcactaattaacatccctcctagtggaatttctgaaatgcatgcttccaaactagtcga 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  184850 tctttgacattttaaacttatctttagtttcgtcctctcaagcactaattaacatccctcctagtggaatttctgaaatgcatgcttccaaactagtcga 184751  T
Q  418 atttacaaaatgatttattacataatttagtttaataatttcatatcatcacatgttattcaaaaaagcatgcacaaaagtgaactgataactacataaa 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  184750 atttacaaaatgatttattacataatttagtttaataatttcatatcatcacatgttattcaaaaaagcatacacaaaagtgaactgatagctacataaa 184651  T
Q  518 aagcaggatttcaatttaatttcatgtttgggaaatagaatatagtctgggcacaagtaattaaaccaatagatgatgtcctacatgatttttatcacag 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  184650 aagcaggatttcaatttaatttcatatttgggaaatagaatatagtctgggcacaagtaattaaaccaatagatgatgtcctacatgatttttatcacag 184551  T
Q  618 cagacctaattgcaaatgttcgagcctaagatatattgaaaatttgtgatgcatccttccctctcccccctttg 691  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  184550 cagacctaattgcaaatgttcgagcctaggatatattgaaaatttgtgatgcatccttccctctcccccctttg 184477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University