View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11819_low_26 (Length: 296)

Name: NF11819_low_26
Description: NF11819
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11819_low_26
NF11819_low_26
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (1-206)||(2436704-2436909)
chr8 (26-276)||(2004557-2004801)
chr8 (29-278)||(2011555-2011798)
chr8 (26-278)||(1964896-1965142)
chr8 (1-278)||(1963232-1963497)
chr8 (1-267)||(2007912-2008172)
chr8 (1-279)||(2018315-2018581)
chr8 (1-269)||(2014932-2015188)
chr8 (51-267)||(1968843-1969053)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (1-278)||(5902405-5902673)
chr1 (1-270)||(5905897-5906157)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (199-239)||(2806-2846)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 2436909 - 2436704
Alignment:
Q  1 ccatgatggaataaccatcccttgatccttggttctctctatgaacccacatggtaaaaattgcaaagggtcaacatcattttgtgctgaaactgaaaag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2436909 ccatgatggaataaccatcccttgatccttggttctctctatgaacccacatggtaaaaattgcaaagggtcaacatcattttgtgctgaaactgaaaag 2436810  T
Q  101 tatgctgcactagatgaactactatttggtgctcttacaacccataagaatttctgattactcgattccagaccgaaagccagctgaacaatttgttctt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2436809 tatgctgcactagatgaactactatttggtgctcttacaacccataagaatttctgattactcgattccagaccgaaagccagctcaacaatttgttctt 2436710  T
Q  201 gtgaaa 206  Q
    ||||||    
T  2436709 gtgaaa 2436704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 26 - 276
Target Start/End: Original strand, 2004557 - 2004801
Alignment:
Q  26 tccttggttctctctatgaacccacatggtaaaaattgcaaagggtcaacatcattttgtgctgaaactgaaaagtatgctgcactagatgaactactat 125  Q
    |||||||||||||| | ||||||  |||| ||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||||      | ||| ||||||||||||||||||||     
T  2004557 tccttggttctctccaagaacccggatggcaaaaactgccaagtgtcagcatcattttgtgctgaaa------aatatcctgcactagatgaactactac 2004650  T
Q  126 ttggtgctcttacaacccataagaatttctgattactcgattccagaccgaaagccagctgaacaatttgttcttgtgaaagtgtaccgccactcccaaa 225  Q
    |||||||||  | |||||| |||||| ||| ||||||| |||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2004651 ttggtgctcgcaaaacccacaagaatatcttattactcaattccaaacccaaagccagctcaacaatttgttcttgtgaaagtgtaccgccactcccaaa 2004750  T
Q  226 agaaacatacaaaattgaacaaggatgttgtttatccaaccatgtgagaca 276  Q
    ||| |||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||| |||||    
T  2004751 agacacatacaaaactgaacaaggttgctgtttatccaaccatgttagaca 2004801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 29 - 278
Target Start/End: Original strand, 2011555 - 2011798
Alignment:
Q  29 ttggttctctctatgaacccacatggtaaaaattgcaaagggtcaacatcattttgtgctgaaactgaaaagtatgctgcactagatgaactactatttg 128  Q
    ||||||||||| |  |||||| ||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||  ||    ||||||||| |||||||||||||| |||    
T  2011555 ttggttctctccaaaaacccagatggtaaaaattgtaaagcatcaacatcattttgtgctgaaa--ga----tatgctgcattagatgaactactacttg 2011648  T
Q  129 gtgctcttacaacccataagaatttctgattactcgattccagaccgaaagccagctgaacaatttgttcttgtgaaagtgtaccgccactcccaaaaga 228  Q
    ||||||  |||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||    
T  2011649 gtgctcgcacaacccataggaatttctgattactcaattccaaacccaaagccagctcaacaatttgttcgtgtgaaagtgtaccaccactaccgaaaga 2011748  T
Q  229 aacatacaaaattgaacaaggatgttgtttatccaaccatgtgagacact 278  Q
     |||||||||| ||||||||  |||||||| || |||||||  |||||||    
T  2011749 cacatacaaaactgaacaagattgttgtttgtctaaccatgacagacact 2011798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 26 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 1965142 - 1964896
Alignment:
Q  26 tccttggttctctctatgaacccacatggtaaaaattgcaaagggtcaacatcattttgtgctgaaactgaaaagtatgctgcactagatgaactactat 125  Q
    ||||| |||||||| |  |||||| |||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||  ||    ||||||||||||||||||||||||     
T  1965142 tccttcgttctctccaaaaacccagatggtaaaaatttcaaagggtcaccgtcattttgtgctgaaa--ga----tatgctgcactagatgaactactac 1965049  T
Q  126 ttggtgctcttacaacccataagaatttctgattactcgattccagaccgaaagccagctgaacaatttgttcttgtgaaagtgtaccgccactcccaaa 225  Q
    |||||||||  |||||||||| |||||||||||||||| |||| |  || | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||    
T  1965048 ttggtgctcacacaacccataggaatttctgattactcaattctaaccccagagccagctgaacaatttgttcgtgtgaaagtgtaccaccactcccgaa 1964949  T
Q  226 agaaacatacaaaattgaacaaggatgttgtttatccaaccatgtgagacact 278  Q
    ||| |||||||||| ||||||||  |||||||| || |||||||  |||||||    
T  1964948 agacacatacaaaactgaacaagattgttgtttgtctaaccatgacagacact 1964896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 1963497 - 1963232
Alignment:
Q  1 ccatgatggaataaccatcccttgatccttggttctctctatgaacccacatggtaaaaattgcaaagggtcaacatcattttgtgctgaaactgaaaag 100  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |  |||||| |||||||||| || ||||| |||||||||         ||  ||||||      
T  1963497 ccatgatggaacaaccatcccttgttccttggttctctccaaaaacccagatggtaaaaactgtaaaggatcaacatca---------gatgctgaaaga 1963407  T
Q  101 tatgctgcactagatgaactactatttggtgctcttacaacccataagaatttctgattactcgattccagaccgaaagccagctgaacaatttgttctt 200  Q
    ||||| ||| | | || ||||||   ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| ||||||| || | ||||||||||||    
T  1963406 tatgcagcatttgctgtactact---tggagctcttacaacccataagaatttatgattactcaattccaaacccaaagccaactcatcaatttgttctt 1963310  T
Q  201 gtgaaagtgtaccgccactcccaaaagaaacatacaaaattgaacaaggatgttgtttatccaaccatgtgagacact 278  Q
    | |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||| ||||||||||| |||||||    
T  1963309 gcgaaagtgtgccaccactaccaaaagaaacatacaaaactgaacaaggacattgtttgtccaaccatgtcagacact 1963232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 267
Target Start/End: Original strand, 2007912 - 2008172
Alignment:
Q  1 ccatgatggaataaccatcccttgatccttggttctctctatgaacccacatggtaaaaattgcaaagggtcaacatcattttgtgctgaaactgaaaag 100  Q
    |||||||| |||||| |  ||||  |||||||||||||| | ||||||| |||||||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||  ||        
T  2007912 ccatgatgtaataacaaaacctttctccttggttctctccaagaacccagatggtaaaaactgcaaagtgtcaatatcattttctgctgaaa--ga---- 2008005  T
Q  101 tatgctgcactagatgaactactatttggtgctcttacaacccataagaatttctgattactcgattccagaccgaaagccagctgaacaatttgttctt 200  Q
    ||| |||||||||||||||| ||| | |||||||  | |||||| ||||||||   ||||||| |||||| ||| ||||| ||||  |||||||| || |    
T  2008006 tatcctgcactagatgaactgctactcggtgctcgcaaaacccacaagaattttgtattactcaattccaaacccaaagctagctccacaatttgctcct 2008105  T
Q  201 gtgaaagtgtaccgccactcccaaaagaaacatacaaaattgaacaaggatgttgtttatccaacca 267  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||||| || ||||||||||||||    
T  2008106 gtgaaagtgtacctccactcccaaaagatacatacaaaaccgaacaaggttgctgtttatccaacca 2008172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 279
Target Start/End: Original strand, 2018315 - 2018581
Alignment:
Q  1 ccatgatggaataaccatcccttgatccttggttctctctatgaacccacatggtaaaaattgcaaagggtcaacatcattttgtgctgaaactgaaaag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||| | ||||||  | ||||||||||| |||||||||||||||         ||  ||||||      
T  2018315 ccatgatggaataaccatcccttgttccttttttctctccaagaaccctgaaggtaaaaattgtaaagggtcaacatca---------gatgctgaaaga 2018405  T
Q  101 tatgctgcactagatgaactactatttggtgctcttacaacccataagaatttctgattactcgattccagaccgaaagccagctgaacaatttgttctt 200  Q
    ||||| ||| | | || | ||||   ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| |||||||||| |  |||||||||||    
T  2018406 tatgcagcattggctgtattact---tggtgatcttacaacccataagaatttatgattactcaattccaaacccaaagccagctcattaatttgttctt 2018502  T
Q  201 gtgaaagtgtaccgccactcccaaaagaaacatacaaaattgaacaaggatgttgtttatccaaccatgtgagacactt 279  Q
    | |||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  || ||||| ||||||||||  ||||||||    
T  2018503 gcgaaagtgtgccaccactcccaaaagaaacatacaaaactgaacaagtttgctgtttgtccaaccatgccagacactt 2018581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 269
Target Start/End: Original strand, 2014932 - 2015188
Alignment:
Q  1 ccatgatggaataaccatcccttgatccttggttctctctatgaacccacatggtaaaaattgcaaagggtcaacatcattttgtgctgaaactgaaaag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| | ||||||  | ||||||||||| |||||||||||||||         ||  ||||||      
T  2014932 ccatgatggaataaccatcccttgttcctttgttctctccaagaaccctgaaggtaaaaattgtaaagggtcaacatca---------gatgctgaaaga 2015022  T
Q  101 tatgctgcactagatgaactactatttggtgctcttacaacccataagaatttctgattactcgattccagaccgaaagccagctgaacaatttgttctt 200  Q
    ||||| ||| | | || | ||||   ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| |||||||||| |  |||||||||||    
T  2015023 tatgcagcattggctgtattact---tggtgatcttacaacccataagaatttatgattactcaattccaaacccaaagccagctcattaatttgttctt 2015119  T
Q  201 gtgaaagtgtaccgccactcccaaaagaaacatacaaaattgaacaaggatgttgtttatccaaccatg 269  Q
    | |||||||| || |||||||| ||||| ||||||| || |||||||||  ||||||| ||||||||||    
T  2015120 gcgaaagtgttccaccactcccgaaagacacatacagaactgaacaaggccgttgtttgtccaaccatg 2015188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 51 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 1969053 - 1968843
Alignment:
Q  51 atggtaaaaattgcaaagggtcaacatcattttgtgctgaaactgaaaagtatgctgcactagatgaactactatttggtgctcttacaacccataagaa 150  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||  ||    ||| |||||||||||||||| ||| | |||||||  | ||||||  ||||    
T  1969053 atggtaaaaactgcaaagtgtcaatatcattttctgctgaaa--ga----tatcctgcactagatgaactgctactcggtgctcgcaaaacccacgagaa 1968960  T
Q  151 tttctgattactcgattccagaccgaaagccagctgaacaatttgttcttgtgaaagtgtaccgccactcccaaaagaaacatacaaaattgaacaagga 250  Q
    ||| | ||||||| |||||| ||| ||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||| |||||     
T  1968959 ttttttattactcaattccaaacctaaagccagctccacaatttgttcgtgtgaaagtgtaccaccactcccgaaagatacatacaaaactgagcaaggc 1968860  T
Q  251 tgttgtttatccaacca 267  Q
    || ||||||||||||||    
T  1968859 tgctgtttatccaacca 1968843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 120; Significance: 2e-61; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 5902673 - 5902405
Alignment:
Q  1 ccatgatggaataaccatcccttgatccttggttctctctatgaacccacatggtaaaaattgcaaagggtcaacatcattttgtgctgaaactgaaaag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||  ||||||||| |||||| | ||||||||||||| ||||||||  ||        
T  5902673 ccatgatggaataaccatcccttgctccttggttctctccaagaacccaggtggtaaaaactgcaaaagatcaacatcattttctgctgaaa--ga---- 5902580  T
Q  101 tatgctgcactagatgaactactatttggtgctcttacaacccataagaatttctgattactcgattccagaccgaaagccagctgaacaatttgttctt 200  Q
    |||||  |||| | |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| | ||||| || | ||||||||||||    
T  5902579 tatgcaccactggctgaactact---tggtgctcttacaacccataagaatttatgattactcaattccaaaccaatagccaactcatcaatttgttctt 5902483  T
Q  201 gtgaaagtgtaccgccactcccaaaagaaacatacaaaattgaacaaggatgttgtttatccaaccatgtgagacact 278  Q
    ||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||    
T  5902482 gtgaaagtgcaccaccacttccaaaagaaacatacaaaactgaacaaggttgttgtttatgtaaccatgtcagacact 5902405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 5906157 - 5905897
Alignment:
Q  1 ccatgatggaataaccatcccttgatccttggttctctctatgaacccacatggtaaaaattgcaaagggtcaacatcattttgtgctgaaactgaaaag 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | ||||||| |||||||||  ||| || | |||||||| |||||||||||||  ||        
T  5906157 ccatgatggaataaccattccttgctccttggttctctccaagaacccagatggtaaaacctgcgaaagatcaacatcgttttgtgctgaaa--ga---- 5906064  T
Q  101 tatgctgcactagatgaactactatttggtgctcttacaacccataagaatttctgattactcgattccagaccgaaagccagctgaacaatttgttctt 200  Q
    |||||  |||  | |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| | ||| |||| | || |||||||||    
T  5906063 tatgcaccacatgctgaactact---tggtgctcttacaacccataagaatttatgattactcaattccaaaccaatagctagctcatcagtttgttctt 5905967  T
Q  201 gtgaaagtgtaccgccactcccaaaagaaacatacaaaattgaacaaggatgttgtttatccaaccatgt 270  Q
    ||||||||| ||| || || ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  5905966 gtgaaagtgcaccaccgcttccaaaagaaacatacaaaactgaacaaggctgctgtttatctaaccatgt 5905897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 199 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 2846 - 2806
Alignment:
Q  199 ttgtgaaagtgtaccgccactcccaaaagaaacatacaaaa 239  Q
    |||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||    
T  2846 ttgtgaaagtgttccaccacttccaaaagaaacatacaaaa 2806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University