View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11821_low_6 (Length: 563)

Name: NF11821_low_6
Description: NF11821
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11821_low_6
NF11821_low_6
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (10-548)||(34497712-34498251)
chr3 (10-548)||(27609242-27609781)
chr3 (10-548)||(31504482-31505031)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 504; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 504; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 548
Target Start/End: Original strand, 34497712 - 34498251
Alignment:
Q  10 atgctctgcacattgcttttcatctttcaagagctttgctgataaactttcatcttcttctgctgtgtttccccttttagaagtcccagccaacggacga 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34497712 atgctctgcacattgcttttcatctttcaagagctttgctgataaactttcatcttcttctgctgtgtttccccttttagaagtcccagccaacggacga 34497811  T
Q  110 ttcacaatcttattctgtttataaatagaccgtcataactattgacttttgaataaatagtagagtaatttaataaacctgatatttttcccattaagac 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  34497812 ttcacaatcttattctgtttataacaagaccgtcataactattgacttttgaataaatagtagagtaatttaataaacctgatatttttcccattaagat 34497911  T
Q  210 ttgtaataaacattgaagtgaccaagtatgaagtgacaattaatttaaaaattaagtctaactatgaacaaaaacatacgttctttatacgcgcaagaat 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34497912 ttgtaataaacattgaagtgaccaagtatgaagtgacaattaatttaaaaattaagtctaactatgaacaaaaacatacgttctttatacgcgcaagaat 34498011  T
Q  310 ctctggacttgaagcaaccaaaatacatcccctagcctgtatagaaaagacatgatcatcagcagatgaaaaagatgaaccgtgactttcccaaatgaaa 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  34498012 ctctggacttgaagcaaccaaaatacatcccctagcctgtatagaaaagacatgatcatcagcggatgaaaaagatgaaccgtaactttctcaaatgaaa 34498111  T
Q  410 tatttttgtgttgcacagaaataaacctg-aaataagtcatatatggacttggattcacaactctcaatgctctataaacttcaaatggatcagcgaagg 508  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34498112 tatttttgtgttgcatagaaataaacctgaaaataagtcatatatggacttggattcacaactctcaatgctctataaacttcaaatggatcagcgaagg 34498211  T
Q  509 ttctcctttcaaatctctgacttaatacaatctggaaaat 548  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34498212 ttctcctttcaaatctctgacttaatacaatctggaaaat 34498251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 488; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 548
Target Start/End: Original strand, 27609242 - 27609781
Alignment:
Q  10 atgctctgcacattgcttttcatctttcaagagctttgctgataaactttcatcttcttctgctgtgtttccccttttagaagtcccagccaacggacga 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27609242 atgctctgcacattgcttttcatctttcaagagctttgctgataaactttcatcttcttctgctgtgtttccccttttagaagtcccagccaacggacga 27609341  T
Q  110 ttcacaatcttattctgtttataaatagaccgtcataactattgacttttgaataaatagtagagtaatttaataaacctgatatttttcccattaagac 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  27609342 ttcacaatcttattctgtttataacaagaccgtcataactattgatttttgaataaatattagagtaatttaataaaccttatatttttcccattaagat 27609441  T
Q  210 ttgtaataaacattgaagtgaccaagtatgaagtgacaattaatttaaaaattaagtctaactatgaacaaaaacatacgttctttatacgcgcaagaat 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27609442 ttgtaataaacattgaagtgaccaagtatgaagtgacaattaatttaaaaattaagtctaactatgaacaaaaacatacgttctttatacgtgcaagaat 27609541  T
Q  310 ctctggacttgaagcaaccaaaatacatcccctagcctgtatagaaaagacatgatcatcagcagatgaaaaagatgaaccgtgactttcccaaatgaaa 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  27609542 ctctggacttgaagcaaccaaaatacatcccctagcctgtatagaaaagacatgatcatcagcggatgaaaaagatgaaccgttactttctcaaatgaaa 27609641  T
Q  410 tatttttgtgttgcacagaaataaacctg-aaataagtcatatatggacttggattcacaactctcaatgctctataaacttcaaatggatcagcgaagg 508  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27609642 tatttttgtgttgcatagaaataaacctgaaaataagtcatatatggacttggattcacaactctcaatgctctataaacttcaaatggatcagcgaagg 27609741  T
Q  509 ttctcctttcaaatctctgacttaatacaatctggaaaat 548  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27609742 ttctcctttcaaatctctgacttaatacaatctggaaaat 27609781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 391; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 31505031 - 31504482
Alignment:
Q  10 atgctctgcacattgcttttcatctttcaagagctttgctgataaactttcatcttcttctgctgtgtttccccttttagaagtcccagccaacggacga 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||     
T  31505031 atgctctgcacattgcttttcatctttcaagagctttgctgataaattttcatcctcttctggtgtgttgccccttttagcagtcccagccaacggacgg 31504932  T
Q  110 ttcacaatcttattctgtttataaatagaccgtcataactattgacttttgaataaatagtagagtaatttaataaacctgatatttttcccatt-aaga 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  31504931 ttcacaatcttattctgtttataacaagaccgtgataactattcactttagaataaatggtagagtaatttaataaacctgatatttttcccatttaaga 31504832  T
Q  209 cttgtaataaacattgaagtgaccaagtat---gaagtgacaa---ttaatttaaaaattaagtctaactatgaacaaaaacatacgttctttatacgcg 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  31504831 cttgtaataaacattgaagtgaccaagtattatgaagtaacaacaattaatttaaaaattaagtctaactatgaacaaaaacatacattctttatacgtg 31504732  T
Q  303 caagaatctctggacttgaagcaaccaaaatacatcccctagcctgtatag-aaaagacatgatcatcagcagatgaaaaagatgaaccgtgactttccc 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||  |||||||||    
T  31504731 caagaatctctggacttgaagcaaccaaaatacatcccctagcctgtatagaaaaagacatgatcatcagtggatgaaaaagatgaaccacgactttccc 31504632  T
Q  402 aaatgaaatattttt--gtgttgcacagaaataaacctg-aaataagtcatatatggacttggattcacaactctcaatgctctataaacttcaaatgga 498  Q
    | |||||||||||||  ||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31504631 acatgaaatatttttacgtgtttcatagaaataaacctgcaaataagtcatatatggacttggattcacaactctcaatgctctataaacttcaaatgga 31504532  T
Q  499 tcagcgaaggttctcctttcaaatctctgacttaatacaatctggaaaat 548  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  31504531 tcagcgaaggttctcctttcaaatctctgactcaacacaatctggaaaat 31504482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University