View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11825_high_10 (Length: 449)

Name: NF11825_high_10
Description: NF11825
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11825_high_10
NF11825_high_10
[»] chr5 (22 HSPs)
chr5 (17-434)||(11048635-11049052)
chr5 (17-434)||(10216727-10217144)
chr5 (19-432)||(10604568-10604981)
chr5 (19-432)||(10611526-10611939)
chr5 (25-432)||(10564843-10565250)
chr5 (19-432)||(10716920-10717333)
chr5 (19-432)||(10740679-10741092)
chr5 (19-432)||(10746995-10747408)
chr5 (19-434)||(10763113-10763528)
chr5 (25-372)||(10580880-10581226)
chr5 (19-432)||(19605845-19606258)
chr5 (19-432)||(10558718-10559131)
chr5 (19-424)||(7192829-7193234)
chr5 (25-323)||(10588416-10588714)
chr5 (36-428)||(9836325-9836717)
chr5 (19-424)||(10652182-10652587)
chr5 (163-424)||(10660209-10660470)
chr5 (88-308)||(9825040-9825261)
chr5 (163-324)||(10550708-10550869)
chr5 (171-308)||(9850832-9850969)
chr5 (19-84)||(10660065-10660130)
chr5 (291-324)||(10745864-10745897)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (31-432)||(12948460-12948861)
chr6 (19-432)||(12899386-12899799)
chr6 (19-432)||(12957894-12958307)
chr6 (31-432)||(12932095-12932496)
chr6 (31-432)||(12907006-12907407)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (31-432)||(17923395-17923796)
[»] scaffold0692 (1 HSPs)
scaffold0692 (19-278)||(7263-7522)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (177-324)||(31467300-31467447)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (164-221)||(39898820-39898877)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 402; Significance: 0; HSPs: 22)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 402; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 434
Target Start/End: Original strand, 11048635 - 11049052
Alignment:
Q  17 gaacattacttgcctttagatcacaatgaataatcaattgctcacattcttgatgcagataatgtaatgcagaagcaacatcgataatgatgtttaacct 116  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11048635 gaacattacttggctttagatcacaatgaataatcaattgctcacattcttgatgcagataatgtaatgcagaagcaacatcgataatgatgtttaacct 11048734  T
Q  117 atgaccaaggtccaatgtttttggatgctctgaatttaaaatctcaggatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagct 216  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  11048735 atcaccaaggtccaatgtttttggatgctctgaatttaaaatctcaggatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagtgct 11048834  T
Q  217 ttaaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaaccttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatga 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11048835 ttaaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaaccttaactaagtttcggtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatga 11048934  T
Q  317 aactcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagcaacaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcc 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11048935 aactcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagcaacaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcc 11049034  T
Q  417 tgatccaatcaagttttt 434  Q
    ||||||||||||||||||    
T  11049035 tgatccaatcaagttttt 11049052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 434
Target Start/End: Original strand, 10216727 - 10217144
Alignment:
Q  17 gaacattacttgcctttagatcacaatgaataatcaattgctcacattcttgatgcagataatgtaatgcagaagcaacatcgataatgatgtttaacct 116  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10216727 gaacattgcttggctttagatcacaatgaataatcaattgctcacattcttgatgcagataatgtaatgccgaagcaacatcgataatgatgtttaacct 10216826  T
Q  117 atgaccaaggtccaatgtttttggatgctctgaatttaaaatctcaggatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagct 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10216827 atgaccaaggtccaatgtttttggatgctctgaatttaaaatctcaggatgcaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaataaaaaactagagct 10216926  T
Q  217 ttaaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaaccttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatga 316  Q
    |||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  10216927 ttaaattcttgacctttgtagtttgtactagaacaacatgttaaaaccttaactgagtttcggtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaataa 10217026  T
Q  317 aactcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagcaacaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcc 416  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || || |||||| |||| |||| |||    
T  10217027 aactcttgctagctccattcttttggaggtttaggaccttcacagcaacaacattaacttctgacacaagattcccgctatacacacaaccaaaacttcc 10217126  T
Q  417 tgatccaatcaagttttt 434  Q
    ||||||||||||||||||    
T  10217127 tgatccaatcaagttttt 10217144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 19 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 10604981 - 10604568
Alignment:
Q  19 acattacttgcctttagatcacaatgaataatcaattgctcacattcttgatgcagataatgtaatgcagaagcaacatcgataatgatgtttaacctat 118  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| || || |    
T  10604981 acattgcttggctttagatcacaatgaatgactaattgctcacattcttgatgaagataatgcaatgcagaagcaacatcaaaaatgatgttaaatcttt 10604882  T
Q  119 gaccaaggtccaatgtttttggatgctctgaatttaaaatctcaggatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagcttt 218  Q
     |||||||||||| ||| ||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10604881 taccaaggtccaacgttgttggaggctctgcatttaaaatctcaggatgcaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagcttt 10604782  T
Q  219 aaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaaccttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaa 318  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||| || | |||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10604781 aaattcttgacctttgtaatctgtactagaacaacatgttaaaacttgaactaaattccggtgtcttatagttttgagtgcattacattcaacaatgaaa 10604682  T
Q  319 ctcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagcaacaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctg 418  Q
     |||||   ||||| || ||||||||||| | ||| || |||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||     
T  10604681 ttcttgtgtgctcccttcttttggaggttcaggacctttacagcaactacattatcttctgacacaagatttcctctgtacacagaaccaaaacttccta 10604582  T
Q  419 atccaatcaagttt 432  Q
    ||||||||||||||    
T  10604581 atccaatcaagttt 10604568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 19 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 10611939 - 10611526
Alignment:
Q  19 acattacttgcctttagatcacaatgaataatcaattgctcacattcttgatgcagataatgtaatgcagaagcaacatcgataatgatgtttaacctat 118  Q
    ||||| |||| ||||| |||||||||||  | ||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||    
T  10611939 acattgcttggctttatatcacaatgaaggaccaattgctcacattcattatgaagataatgtaatgcagaaccaacatccataatgatgtttaatctat 10611840  T
Q  119 gaccaaggtccaatgtttttggatgctctgaatttaaaatctcaggatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagcttt 218  Q
    |||  ||||||||||||  || |||||||  |||||||| ||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10611839 gactgaggtccaatgttgctgtatgctcttcatttaaaaccttgggatgcaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagggcttt 10611740  T
Q  219 aaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaaccttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaa 318  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| |||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10611739 aaattcttgacctttgtaatctgtactagaacaacatgttaaaatcttaactaaatttcggtgtctaataaattttagtgcattacattcaacaatgaaa 10611640  T
Q  319 ctcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagcaacaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctg 418  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||  ||| |||| |||||    
T  10611639 ctcttgtgagctccattgttttggaggttgaagacctttatagcaacaacattgtcttctgacacaagatttcctctgtacacatcaccaaaacttcctg 10611540  T
Q  419 atccaatcaagttt 432  Q
    |||| |||||||||    
T  10611539 atccgatcaagttt 10611526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 25 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 10565250 - 10564843
Alignment:
Q  25 cttgcctttagatcacaatgaataatcaattgctcacattcttgatgcagataatgtaatgcagaagcaacatcgataatgatgtttaacctatgaccaa 124  Q
    |||| |||||||||||||||||| | |||||  |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||| |||    
T  10565250 cttggctttagatcacaatgaatgaccaattcttcacattctctatgaagataatgtaatgcagaagcaacatcgataataatgtataatctatgagcaa 10565151  T
Q  125 ggtccaatgtttttggatgctctgaatttaaaatctcaggatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattc 224  Q
     |||||||||| ||||  | |||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  10565150 agtccaatgttgttgggggttctgcatttaaaatctcaggatgcaaccattgatctaagcttccatttttcatgtactcaaaaaccagagctttaaattc 10565051  T
Q  225 ttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaaccttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttg 324  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10565050 ttgacctttgtaatctgtacttgaacaacaggttaaaaccttaactaaatttcggtgtcgaatatttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttg 10564951  T
Q  325 ctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagcaacaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctgatccaa 424  Q
      |||||| || ||||||||||| | ||| || || |||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||  ||| |||| ||||||||| |    
T  10564950 tgagctcccttcttttggaggttcaggacctttacggcaacaacattatcttctgacacaagatttcctttgtacacaagaccaaaacttcctgatccta 10564851  T
Q  425 tcaagttt 432  Q
    ||||||||    
T  10564850 tcaagttt 10564843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 19 - 432
Target Start/End: Original strand, 10716920 - 10717333
Alignment:
Q  19 acattacttgcctttagatcacaatgaataatcaattgctcacattcttgatgcagataatgtaatgcagaagcaacatcgataatgatgtttaacctat 118  Q
    ||||| |||| ||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||  || |||||||| ||||||||||| ||||    
T  10716920 acattgcttggcttaagatcacaatgaatgattaattgttcacattcttggtgaagataatgtaatgcagtggcgacatcgatcatgatgtttaatctat 10717019  T
Q  119 gaccaaggtccaatgtttttggatgctctgaatttaaaatctcaggatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagcttt 218  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10717020 gaccaaggtccaatgttcttggatgatctgcatttaaaatctcaagatgcaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagcttt 10717119  T
Q  219 aaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaaccttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaa 318  Q
    |||   || ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||  |||| |||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10717120 aaaagtttgacctttgtaatctgtactagaacaacatgttaatatcttcactagatttcggtgtctgatattttttagtgcattacattcaacaatgaaa 10717219  T
Q  319 ctcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagcaacaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctg 418  Q
    ||||||  |||||| || |||| |||||| ||||| || || |||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||    
T  10717220 ctcttgtgagctcccttctttttgaggttcaagacctttacggcaacaacattgtcttctgacacaagatttcctttgtacacagaaccaaaacttcctg 10717319  T
Q  419 atccaatcaagttt 432  Q
    ||||||||||||||    
T  10717320 atccaatcaagttt 10717333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 19 - 432
Target Start/End: Original strand, 10740679 - 10741092
Alignment:
Q  19 acattacttgcctttagatcacaatgaataatcaattgctcacattcttgatgcagataatgtaatgcagaagcaacatcgataatgatgtttaacctat 118  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||  | |||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||  || |||||| | ||||||||||| ||||    
T  10740679 acattgcttggctttagatcacaatgaaggaccaattgttcacattcttggtgaagataatgtaatgcagtggcgacatcgttcatgatgtttaatctat 10740778  T
Q  119 gaccaaggtccaatgtttttggatgctctgaatttaaaatctcaggatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagcttt 218  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10740779 gaccaaggtccaatgttcttggatgatctgcatttaaaatctcaagatgcaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaacaagagcttt 10740878  T
Q  219 aaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaaccttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaa 318  Q
    |||   || ||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10740879 aaaagtttgacctttgtaatctgtactagaacaacatgtcaaaatcttaactaaatttcggtgtctaatatttttgagtgcattacattcaacaatgaaa 10740978  T
Q  319 ctcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagcaacaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctg 418  Q
    ||||||  |||||| || |||| |||||| ||||| || || |||||||||||  |||| | ||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||    
T  10740979 ctcttgtgagctcccttctttttgaggttcaagacctttacggcaacaacattgtcttctgtcacaagatttcctttgtacacagaaccaaaacttcctg 10741078  T
Q  419 atccaatcaagttt 432  Q
    |||| |||||||||    
T  10741079 atccgatcaagttt 10741092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 19 - 432
Target Start/End: Original strand, 10746995 - 10747408
Alignment:
Q  19 acattacttgcctttagatcacaatgaataatcaattgctcacattcttgatgcagataatgtaatgcagaagcaacatcgataatgatgtttaacctat 118  Q
    ||||| |||| ||| |||||||| ||||| |  ||||||||||||||||| || |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| || |    
T  10746995 acattgcttggcttgagatcacagtgaatgactaattgctcacattcttggtgaagataatgtaatgttgaagcaacatcgataatgatgtttaatctgt 10747094  T
Q  119 gaccaaggtccaatgtttttggatgctctgaatttaaaatctcaggatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagcttt 218  Q
    | |||||||| || |||||||||||||||  |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  10747095 ggccaaggtctaacgtttttggatgctcttcatttaaaaactcaggatgcaaccattgttctaagcttccattttttatgtaataaaaaactagagcttt 10747194  T
Q  219 aaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaaccttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaa 318  Q
    ||| || | | ||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  10747195 aaactcctgaactttgtaatctatactagaacaacacgttaaaatcttaactaaatttcggtgtctaatgttcttgagtacattacattcaacaatgaaa 10747294  T
Q  319 ctcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagcaacaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctg 418  Q
    ||||||  |||||| || ||||| ||||| | |||||| || |||||| |||||  ||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| |||||    
T  10747295 ctcttgtgagctcccttcttttgaaggtttaggacttttacggcaacagcattattttcggacacaagatttcctttgtacactgaaccaaaacttcctg 10747394  T
Q  419 atccaatcaagttt 432  Q
    |||| |||||||||    
T  10747395 atccgatcaagttt 10747408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 19 - 434
Target Start/End: Original strand, 10763113 - 10763528
Alignment:
Q  19 acattacttgcctttagatcacaatgaataatcaattgctcacattcttgatgcagataatgtaatgcagaagcaacatcgataatgatgtttaacctat 118  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |  || |    
T  10763113 acattgcttggctttagatcacaatgaaggaccaattgctcacattctcgatgaagataatgtaatgcagaagcaacatcaataatgatattcagtcttt 10763212  T
Q  119 gaccaaggtccaatgtttttggatgctctgaatttaaaatctcaggatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagcttt 218  Q
    || |||| ||||||||| |||||  ||||| ||||||| ||  ||| || | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10763213 gatcaagatccaatgttgttggagtctctgcatttaaattcctagggtgcagccatcgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaaccagagcttt 10763312  T
Q  219 aaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaaccttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaa 318  Q
    |||||||| |||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||| || | ||||  ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10763313 aaattcttgacctttataatcagtactagaacaacatgttaaaatcttaactaaattccggtgttgaatattttttagtgcattacattcaacaatgaaa 10763412  T
Q  319 ctcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagcaacaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctg 418  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||  |||| ||||||||||||||||||||||||  |||  ||| |||||    
T  10763413 ctcttgtgagctccattgttttggaggttgaagacttttatagcaacaatattgtcttctgacacaagatttcctctgtacacatcaccagaacttcctg 10763512  T
Q  419 atccaatcaagttttt 434  Q
    |||| |||| ||||||    
T  10763513 atccgatcaggttttt 10763528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 25 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 10581226 - 10580880
Alignment:
Q  25 cttgcctttagatcacaatgaataatcaattgctcacattcttgatgcagataatgtaatgcagaagcaacatcgataatgatgtttaacctatgaccaa 124  Q
    |||| ||||||||||||| |||  | |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  10581226 cttggctttagatcacaacgaaggaccaattgctcacattctcgatgaagataatgtaatgcagaagcaacatccataatgatgtttaatctatgaccaa 10581127  T
Q  125 ggtccaatgtttttggatgctctgaatttaaaatctcaggatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattc 224  Q
    ||| ||||||| || || | |||| | ||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  10581126 ggttcaatgttgttagaggttctgcacttaaa-tctgaggatgcaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaataaaaaactaaagctttaaattc 10581028  T
Q  225 ttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaaccttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttg 324  Q
    ||  |||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||| ||||| |||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10581027 ttggcctttgtaatttgtactagaacaacatgttagaaccttgactaaattttggtgtctaatatttttgagtgcattacattcaacaataaaactcttg 10580928  T
Q  325 ctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagcaacaacatta 372  Q
      |||||| || ||||||||||| ||||| || || ||||||||||||    
T  10580927 tgagctcctttcttttggaggttcaagacctttactgcaacaacatta 10580880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 19 - 432
Target Start/End: Original strand, 19605845 - 19606258
Alignment:
Q  19 acattacttgcctttagatcacaatgaataatcaattgctcacattcttgatgcagataatgtaatgcagaagcaacatcgataatgatgtttaacctat 118  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||  | ||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||| |||||||| || ||| ||||| || |    
T  19605845 acattgcttggctttagatcacaatgaaggaccaattgctcacattcatgatgaaggtaatgtaatgcagaagaaacatcgacaaggatatttaatcttt 19605944  T
Q  119 gaccaaggtccaatgtttttggatgctctgaatttaaaatctcaggatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagcttt 218  Q
    |  |||  | ||||||| ||||||| |||| ||| |   || | ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  19605945 gctcaaacttcaatgttcttggatgatctgcattcattgtcccgggatgcaaccattgttctaagcttccatttctcatgtactcaaaaactagagcttt 19606044  T
Q  219 aaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaaccttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaa 318  Q
     ||||||  |||||||| |||  ||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||  |||||||| |||||||| ||||||||||||  ||| |||    
T  19606045 gaattctagacctttgttatcaatactagaacaacaagttaaaatcttaactaaatttcgatgtctaatatttttgagagcattacattcagtaataaaa 19606144  T
Q  319 ctcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagcaacaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctg 418  Q
    ||||||  |||||| || ||||  ||||| | ||| || ||||||| ||| ||| |||| |||| |||||||||| | ||||| |||||||| |||||||    
T  19606145 ctcttgtgagctcccttcttttcaaggttcaggaccttaacagcaataactttatcttctgacataagatttcctttatacacggaaccgaagcctcctg 19606244  T
Q  419 atccaatcaagttt 432  Q
    ||||||||||||||    
T  19606245 atccaatcaagttt 19606258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 19 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 10559131 - 10558718
Alignment:
Q  19 acattacttgcctttagatcacaatgaataatcaattgctcacattcttgatgcagataatgtaatgcagaagcaacatcgataatgatgtttaacctat 118  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |  || |    
T  10559131 acattgcttggctttagatcacaatgaaggaccaattgctcacattctcgatgaagataatgtaatgcagaagcaacatcaataatgatattcagtcttt 10559032  T
Q  119 gaccaaggtccaatgtttttggatgctctgaatttaaaatctcaggatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagcttt 218  Q
    ||  ||| ||||||| | |||| ||||||  ||| |  |||   | ||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10559031 gattaagatccaatgctcttggttgctctacattcatcatccttgaatgcaaccagttttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagcttt 10558932  T
Q  219 aaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaaccttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaa 318  Q
     ||||| | ||||||||||||  ||||||||||||| ||||||| |||||| |  ||||  |||||||| ||||| ||||||||||||||   ||| |||    
T  10558931 gaattcctgacctttgtaatcaatactagaacaacaagttaaaatcttaaccagatttcgatgtctaatattttttagtgcattacattcggtaataaaa 10558832  T
Q  319 ctcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagcaacaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctg 418  Q
    ||||||  ||||||||| ||||  ||||  | ||| |||||||||| ||| ||| |||| |||| |||||||||| | ||||| ||||| || |||||||    
T  10558831 ctcttgtgagctccattcttttcaaggtccaggaccttcacagcaataactttatcttctgacataagatttcctttatacaccgaaccaaagcctcctg 10558732  T
Q  419 atccaatcaagttt 432  Q
    ||||||||||||||    
T  10558731 atccaatcaagttt 10558718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 19 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 7193234 - 7192829
Alignment:
Q  19 acattacttgcctttagatcacaatgaataatcaattgctcacattcttgatgcagataatgtaatgcagaagcaacatcgataatgatgtttaacctat 118  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||  |||| || ||||||||| || | |||| ||| | |  ||| || || || |    
T  7193234 acattgcttggctttagatcacaatgaatgatcgattgctcacattcaagatgaaggtaatgtaatacaaaggcaatatcaacagcgatattcaatcttt 7193135  T
Q  119 gaccaaggtccaatgtttttggatgctctgaatttaaa-atctcaggatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctt 217  Q
    || |||||||||| ||| || ||| ||||  ||| |   |||| |||||||| |||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||| |||||    
T  7193134 gatcaaggtccaacgttctttgattctctacattcactgatct-aggatgtagccattgttctaagcttccgttgttcatgtattcaaagactaaagctt 7193036  T
Q  218 taaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaaccttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaa 317  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| || |||| |||||| || ||||  |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  7193035 taaattcttgacctttgtaatctgtactggaacaacatgtcaaaatcttaaccaaatttcgatgtctaatattttttagtgcattacattcagcaatgaa 7192936  T
Q  318 actcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagcaacaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcct 417  Q
    |||||||  |||||| || ||||| ||||| | ||| ||||| |||||||| ||| |||| ||  ||||||||||| ||||||||||||| || | ||||    
T  7192935 actcttgtgagctcccttcttttgaaggttcatgaccttcacggcaacaactttatcttctgattcaagatttcctttgtacacagaaccaaagcttcct 7192836  T
Q  418 gatccaa 424  Q
    |||||||    
T  7192835 gatccaa 7192829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 25 - 323
Target Start/End: Original strand, 10588416 - 10588714
Alignment:
Q  25 cttgcctttagatcacaatgaataatcaattgctcacattcttgatgcagataatgtaatgcagaagcaacatcgataatgatgtttaacctatgaccaa 124  Q
    |||| ||||| |||||||||||  | ||  ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||| |||||| |||    
T  10588416 cttggctttatatcacaatgaaggaccacctgctcacattcatgatgaagataatgtagtgcagaagcaatatcgatagtgatatttaatctatgaacaa 10588515  T
Q  125 ggtccaatgtttttggatgctctgaatttaaaatctcaggatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattc 224  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||| | | ||   ||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10588516 ggtccaacgttcttggatgctctgaattcacattccatggatgaagccattgttctaaacttccatttttcatgtaatcaaaaactaaagctttaaattc 10588615  T
Q  225 ttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaaccttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaactctt 323  Q
    || |||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||| |||  | || ||||  |||||||  || |||||||||||||||||  |||| ||||||||    
T  10588616 ttgacctttataatcagtaccagaacaacatgttaaaatcttggccaaatttcgatgtctaacattcttgagtgcattacattcggcaataaaactctt 10588714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 36 - 428
Target Start/End: Original strand, 9836325 - 9836717
Alignment:
Q  36 atcacaatgaataatcaattgctcacattcttgatgcagataatgtaatgcagaagcaacatcgataatgatgtttaacctatgaccaaggtccaatgtt 135  Q
    |||||||||||| | || ||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||   ||| ||||  || ||| |||||| |||||||    
T  9836325 atcacaatgaatgaccacttgctcacattcacaatgaagataatgtaatgcagaagcaatatcaatggagatatttagtctttgaacaaggttcaatgtt 9836424  T
Q  136 tttggatgctctgaatttaaaatctcaggatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattcttcacctttgt 235  Q
     | |||| ||||||||  |   ||   ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |    
T  9836425 ctaggatactctgaatccactgtccagggataaagccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactaaagctttaaattctccacctttat 9836524  T
Q  236 aatctgtactagaacaacaggttaaaaccttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttgctagctccatt 335  Q
    ||||  ||||||||||||| |||| |||||| || || ||||  |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||   |||||| ||    
T  9836525 aatcaatactagaacaacatgttataaccttgaccaaatttcgatgtctaatatttttgagtgcattacattcagcaataaaactcttatgagctccctt 9836624  T
Q  336 gttttggaggttgaagactttcacagcaacaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctgatccaatcaa 428  Q
     |||| |||||| |  || || | ||||||||| ||| |||  || |||| ||||||| |||| || | ||| |||| |||||||||||||||    
T  9836625 ctttttgaggttcagaacctttatagcaacaactttatcttgtgatacaatatttcctttgtatacggtaccaaaacttcctgatccaatcaa 9836717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 19 - 424
Target Start/End: Original strand, 10652182 - 10652587
Alignment:
Q  19 acattacttgcctttagatcacaatgaataatcaattgctcacattcttgatgcagataatgtaatgcagaagcaacatcgataatgatgtttaacctat 118  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| | |  |||||||||||| ||||| || ||||||||| |||||||||  || | |||||| || |  |  |    
T  10652182 acattacttggctttagatcacaatgaatgaccgcttgctcacattcatgatgaaggtaatgtaatacagaagcaatgtcaacaatgatattcagtcgtt 10652281  T
Q  119 gaccaaggtccaatgtttttggatgctctgaatttaaaatctcaggatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagcttt 218  Q
    || ||||||||||  || || ||  | ||| ||| |  ||  | ||||||| ||||||||||| | |||| || |||||||| ||||| |||| ||| ||    
T  10652282 gatcaaggtccaacattctttgaatccctgcattcattatacctggatgtagccattgttctaggtttccgttgttcatgtattcaaacactaaagcctt 10652381  T
Q  219 aaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaaccttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaa 318  Q
    ||| |||| |||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| || ||||  || || || ||||| ||||||||||||||||||| |||     
T  10652382 aaactcttgacctttgtaatcggtactcgaacaacatgtcaaaaccttaaccaaatttctatgcctcatattttttagtgcattacattcaacaacgaag 10652481  T
Q  319 ctcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagcaacaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctg 418  Q
    ||||||  || ||| || ||||| ||||| | ||| || |  |||||||| ||| |||| ||  ||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||     
T  10652482 ctcttgtgagatccctttttttgaaggttcaggacctttatggcaacaactttatcttctgatgcaagatttcctttgtacacagaaccaaaacttccta 10652581  T
Q  419 atccaa 424  Q
    ||||||    
T  10652582 atccaa 10652587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 163 - 424
Target Start/End: Original strand, 10660209 - 10660470
Alignment:
Q  163 ggatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaa 262  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| |||| ||| ||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| || ||||    
T  10660209 ggatgtagccattgttctaggcttccattgttcatgtattcaaacactaaagccttaaactcttgacctttgtaatctgtacttgaacaacatgtcaaaa 10660308  T
Q  263 ccttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagc 362  Q
    |||| || || ||||  || || || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||| || ||||| ||||| |  || || |  ||    
T  10660309 ccttgaccaaatttctatgcctcatattttttagtgcattacattcaacaatgaagctcttgtgagctcccttattttgaaggttcagaacctttatggc 10660408  T
Q  363 aacaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctgatccaa 424  Q
    |||||  ||| |||| ||  ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||| ||||||    
T  10660409 aacaaatttatcttctgatgcaagatttcctttgtagacagaaccaaaacctcctaatccaa 10660470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 88 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 9825261 - 9825040
Alignment:
Q  88 gaagcaacatcgataatgatgtttaacctatgaccaaggtccaatgtttttggatgctctgaatttaaaatctcaggatgtaaccattgttctaagcttc 187  Q
    ||||||||||| |||||||| || || || ||| |||| ||||||||| | |||||||||  |||    |||   ||||  |||||||||||||||||||    
T  9825261 gaagcaacatcaataatgatattcaatctttgatcaagatccaatgttctaggatgctctacattctctatccttggattcaaccattgttctaagcttc 9825162  T
Q  188 c-atttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaaccttaactaagtttcagtgtctaa 286  Q
    | ||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||  |||||||| |||| ||||||| |||||| || ||||  |||||||    
T  9825161 ccattttgcatgtactcaaaaactagagctttgaattcttgccctttgtaatcgatactagaaaaacatgttaaaatcttaaccaaatttcgatgtctaa 9825062  T
Q  287 tgtttttgagtgcattacattc 308  Q
    | ||||||||| ||||||||||    
T  9825061 tatttttgagttcattacattc 9825040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 163 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 10550869 - 10550708
Alignment:
Q  163 ggatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaa 262  Q
    ||||| ||||| | ||||||| |||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||| ||    |||||||||||||| || |||||||| || ||||    
T  10550869 ggatgcaaccaattttctaagtttccatttctcatgtactcaaatacaagagctttaaactcacttcctttgtaatctgtgctggaacaacaagtcaaaa 10550770  T
Q  263 ccttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttg 324  Q
      |||||||  |||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10550769 ttttaactagatttctgtgcctaatattttttagtgcattacattcagcaatgaaactcttg 10550708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 171 - 308
Target Start/End: Original strand, 9850832 - 9850969
Alignment:
Q  171 ccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagc-tttaaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaaccttaac 269  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||| ||| ||||| |  |||||||||||  ||||||||||| | ||||||| ||||||    
T  9850832 ccattgttctaagcttccatttatcatgtactaaaaaactagagcttttgaattcatgccctttgtaatcgatactagaacaagaagttaaaatcttaac 9850931  T
Q  270 taagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattc 308  Q
     || ||||  ||||||||  ||||||| |||||||||||    
T  9850932 caaatttcgatgtctaat-attttgagggcattacattc 9850969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 19 - 84
Target Start/End: Original strand, 10660065 - 10660130
Alignment:
Q  19 acattacttgcctttagatcacaatgaataatcaattgctcacattcttgatgcagataatgtaat 84  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| | |  |||||||||||| ||||| || |||||||||    
T  10660065 acattacttggctttagatcacaatgaatgaccgcttgctcacattcgtgatgaaggtaatgtaat 10660130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 291 - 324
Target Start/End: Original strand, 10745864 - 10745897
Alignment:
Q  291 tttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttg 324  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10745864 tttgagtgtattacattcaacaatgaaactcttg 10745897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 31 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 12948861 - 12948460
Alignment:
Q  31 tttagatcacaatgaataatcaattgctcacattcttgatgcagataatgtaatgcagaagcaacatcgataatgatgtttaacctatgaccaaggtcca 130  Q
    ||||||||||||||||  |  ||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| ||    
T  12948861 tttagatcacaatgaaggactaattgctcacattatcgatgaagataatgtaatgcagaagcaacatcgataatgatgtttaatctacgacgaaggttca 12948762  T
Q  131 atgtttttggatgctctgaatttaaaatctcaggatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattcttcacc 230  Q
    ||||| ||||| | | || ||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||    
T  12948761 atgttgttggaggatttgcattcaaagtctcaggatgtaaccactgttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttaaattcttggcc 12948662  T
Q  231 tttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaaccttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttgctagct 330  Q
    ||||| || ||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  12948661 tttgttatttgtgctagaacaacatgttaaaaccttaaccaaatttcggtgtctaatattttttagtgcattacattcaacaatgaaactcttgtgagct 12948562  T
Q  331 ccattgttttggaggttgaagactttcacagcaacaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctgatccaatcaagt 430  Q
    || || || |||||||| |||||||| || |||||||||||| |||| || |||| |||||||||||| || ||||| |||| ||||||||| |||||||    
T  12948561 ccctttttctggaggttcaagacttttactgcaacaacattatcttctgaaacaatatttcctctgtatacggaaccaaaacttcctgatccgatcaagt 12948462  T
Q  431 tt 432  Q
    ||    
T  12948461 tt 12948460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 19 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 12899799 - 12899386
Alignment:
Q  19 acattacttgcctttagatcacaatgaataatcaattgctcacattcttgatgcagataatgtaatgcagaagcaacatcgataatgatgtttaacctat 118  Q
    ||||| |||| ||||| |||||||||||  |  ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  12899799 acattgcttggctttatatcacaatgaaagactaattgctcacattctcgatgaagataatgtaatgcagaagcaacatcgatgatgatgtttaatctat 12899700  T
Q  119 gaccaaggtccaatgtttttggatgctctgaatttaaaatctcaggatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagcttt 218  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| | | || ||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12899699 gaccaaggttcaatgttgttggaggatttgcattcaaagtctcgggatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagcttt 12899600  T
Q  219 aaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaaccttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaa 318  Q
    |||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||| ||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  12899599 aaattcttgacctttgtaatttgtgctagaacaacatgttaaaaccttaaccaaatttcggtgtcgaatgtttttgagtgcattacattctaaaatgaaa 12899500  T
Q  319 ctcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagcaacaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctg 418  Q
    ||||||  ||| || || ||||| || || ||||| || || |||||||||||| |||| || || | |||||||||||| || ||||| |||| |||||    
T  12899499 ctcttgtgagcaccctttttttgcagattcaagacctttactgcaacaacattatcttctgaaactatatttcctctgtatacggaaccaaaacttcctg 12899400  T
Q  419 atccaatcaagttt 432  Q
    |||| |||||||||    
T  12899399 atccgatcaagttt 12899386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 19 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 12958307 - 12957894
Alignment:
Q  19 acattacttgcctttagatcacaatgaataatcaattgctcacattcttgatgcagataatgtaatgcagaagcaacatcgataatgatgtttaacctat 118  Q
    ||||| |||| |||||||||||| ||||  || || |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  12958307 acattgcttggctttagatcacagtgaaggattaactgctcacattctcgatgaagataatgtaatgcagaagcaacatcgatgatgatgtttaatctat 12958208  T
Q  119 gaccaaggtccaatgtttttggatg-ctctgaatttaaaatctcaggatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctt 217  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| | ||| | ||| ||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  12958207 gaccaaggttcaatgttgttggaggactc-gcattcaaaatttgaggatgtaaccactgttctaagcttccattttccatgtattcaaaaactagagctt 12958109  T
Q  218 taaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaaccttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaa 317  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||| |||| || |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12958108 taaattcttgacctttgtaatttgtgctagaacaacatgttaaaaccctaaccaaatttcggtgtctaatatttttgagtgcgttacattcaacaatgaa 12958009  T
Q  318 actcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagcaacaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcct 417  Q
    |||||||  |||||| || || |||||||| |||||||| |  |||||||||||| |||| || |||| |||||||||||| || ||||| |||| ||||    
T  12958008 actcttgtgagctccctttttctggaggttcaagacttttattgcaacaacattatcttctgaaacaatatttcctctgtatacggaaccaaaacttcct 12957909  T
Q  418 gatccaatcaagttt 432  Q
    ||||| |||||||||    
T  12957908 gatccgatcaagttt 12957894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 31 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 12932496 - 12932095
Alignment:
Q  31 tttagatcacaatgaataatcaattgctcacattcttgatgcagataatgtaatgcagaagcaacatcgataatgatgtttaacctatgaccaaggtcca 130  Q
    ||||||||||||||||  || || |||||||||||| |||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  12932496 tttagatcacaatgaaggattaactgctcacattctcgatgaaggtaatgcaatgcagaagcaacatcgatgatgatgtttaatctatgaccaaggttca 12932397  T
Q  131 atgtttttggatgctctgaatttaaaatctcaggatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattcttcacc 230  Q
    ||||| ||||| | | || ||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  12932396 atgttgttggaggatttgcattcaaagtctcaggatgtaaccactgttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagtgctttaaattcttgacc 12932297  T
Q  231 tttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaaccttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttgctagct 330  Q
    |||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  12932296 tttgtaatttgtgctagaacaacatgttaaaaccttaaccaaatttcggtgtctaatatttttgagtgcgttacattcaacaatgaaactcttgtgagct 12932197  T
Q  331 ccattgttttggaggttgaagactttcacagcaacaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctgatccaatcaagt 430  Q
    || || ||||| || || ||||| || || |||||||||||| |||| ||||| | ||||||| |||| || ||||| |||| ||||||||| |||| ||    
T  12932196 ccctttttttgcagattcaagacctttactgcaacaacattatcttctgacactatatttcctttgtaaacggaaccaaaacttcctgatccgatcatgt 12932097  T
Q  431 tt 432  Q
    ||    
T  12932096 tt 12932095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 31 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 12907407 - 12907006
Alignment:
Q  31 tttagatcacaatgaataatcaattgctcacattcttgatgcagataatgtaatgcagaagcaacatcgataatgatgtttaacctatgaccaaggtcca 130  Q
    |||||||||||||| |  || || |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| ||    
T  12907407 tttagatcacaatggaggattaactgctcacattctcgatgaagataatgtaatgcagaagcaacatcgatgatgatgtttaatctaagaccaaggttca 12907308  T
Q  131 atgtttttggatgctctgaatttaaaatctcaggatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattcttcacc 230  Q
    ||||| ||||| | | || ||| ||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  12907307 atgttgttggaggatttgcattcaaagtttcaggatgtaaccactgttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttaaattcttgacc 12907208  T
Q  231 tttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaaccttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttgctagct 330  Q
    |||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||  |||     
T  12907207 tttgtaatttgtgctagaacaacatgttaaaaccttaaccaaatttctgtgtctaatatttttgagtgcgttacattcaacaatgaaacttttgtgagcg 12907108  T
Q  331 ccattgttttggaggttgaagactttcacagcaacaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctgatccaatcaagt 430  Q
    || ||  |||||||||| ||||| || || |||||||||||| |||| || |||| ||||||| |||| || ||||| |||| ||||||||| |||| ||    
T  12907107 ccctttgtttggaggttcaagacctttactgcaacaacattatcttctgaaacaatatttcctttgtatacggaaccaaaacttcctgatccgatcatgt 12907008  T
Q  431 tt 432  Q
    ||    
T  12907007 tt 12907006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 31 - 432
Target Start/End: Original strand, 17923395 - 17923796
Alignment:
Q  31 tttagatcacaatgaataatcaattgctcacattcttgatgcagataatgtaatgcagaagcaacatcgataatgatgtttaacctatgaccaaggtcca 130  Q
    ||||||||||||||||  || || |||||||||||| |||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  17923395 tttagatcacaatgaaggattaactgctcacattctcgatgaaggtaatgcaatgcagaagcaacatcgatgatgatgtttaatctatgaccaaggttca 17923494  T
Q  131 atgtttttggatgctctgaatttaaaatctcaggatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattcttcacc 230  Q
    ||||| ||||| | | || ||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  17923495 atgttgttggaggatttgcattcaaagtctcaggatgtaaccactgttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttaaattcttgacc 17923594  T
Q  231 tttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaaccttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttgctagct 330  Q
    |||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||  ||||    
T  17923595 tttgtaatttgtgctagaacaacatgttaaaaccttaaccaaatttcggtgtctaatatttttgagtgcgttacattcaacaacgaaactcttgtgagct 17923694  T
Q  331 ccattgttttggaggttgaagactttcacagcaacaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctgatccaatcaagt 430  Q
    || || || |||||||| |||||||| || |||||||||||| |||| || |||| |||||||||||| || ||||| |||| ||||||||| |||| ||    
T  17923695 ccctttttatggaggttcaagactttaactgcaacaacattatcttctgaaacaatatttcctctgtatacggaaccaaaacttcctgatccgatcatgt 17923794  T
Q  431 tt 432  Q
    ||    
T  17923795 tt 17923796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0692 (Bit Score: 152; Significance: 2e-80; HSPs: 1)
Name: scaffold0692
Description:

Target: scaffold0692; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 19 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 7522 - 7263
Alignment:
Q  19 acattacttgcctttagatcacaatgaataatcaattgctcacattcttgatgcagataatgtaatgcagaagcaacatcgataatgatgtttaacctat 118  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||  || ||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  7522 acattgcttggctttagatcacaatgaagtattaattgctcacattctcgatgaagttaatgtaatgcagaagcaacatcgatgatgatgtttaatctat 7423  T
Q  119 gaccaaggtccaatgtttttggatgctctgaatttaaaatctcaggatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagcttt 218  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| | | || ||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7422 gaccaaggttcaatgttattggaggatttgcattcaaagtctcaggatgtaaccactgttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagcttt 7323  T
Q  219 aaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaaccttaactaagtttca 278  Q
    |||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||| |||| || |||||    
T  7322 aaattcttgacctttgtaatttgtgctagaacaacatgttaaaaccctaaccaaatttca 7263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 72; Significance: 1e-32; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 177 - 324
Target Start/End: Original strand, 31467300 - 31467447
Alignment:
Q  177 ttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaaccttaactaagttt 276  Q
    |||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||| | ||||| |||||||||| ||||| |  ||||||| |||||| || |||    
T  31467300 ttctaagcttccgtttttcatgtactcgaaaacaagagctttaaattcttgatctttgaaatctgtactggaacagcttgttaaaatcttaaccaaattt 31467399  T
Q  277 cagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttg 324  Q
    | ||||||||| |||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||    
T  31467400 cggtgtctaatatttttgagtgcattgcattcagcaaggaaactcttg 31467447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 164 - 221
Target Start/End: Original strand, 39898820 - 39898877
Alignment:
Q  164 gatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaa 221  Q
    |||| |||||||  ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  ||||||||    
T  39898820 gatgcaaccattcctctaagcttccatttgtcatgtattcaaaaactattgctttaaa 39898877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University