View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11825_low_3 (Length: 744)

Name: NF11825_low_3
Description: NF11825
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11825_low_3
NF11825_low_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-725)||(193802-194518)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 651; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 651; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 725
Target Start/End: Original strand, 193802 - 194518
Alignment:
Q  1 actttctagtgcaccaattgatccagattgcaacctaacattctttattatagtacatacatgccactcagattattatatatatatcatctgatcattc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  193802 actttctagtgcaccaattgatccagattgcaacctaacattctttattatagtacatacatgccactcagattattatatatatatcatctgatcattc 193901  T
Q  101 acggaaattaattaacaaattacgagagatgaatgagattaaaggaaaaatggggtgtgataatgatattgtagagcatgtgttccttgtatgttgtatc 200  Q
    | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |    
T  193902 aaggaaattaattaacaaattaagagagatgaatgagattaaagggaaaatggggtgtgataatgatattgtagagcatgtgttccttgtat-------c 193994  T
Q  201 gttcccggcgcaaggacacgtgaaccctctattgaggctggggaagctgttggcctcaaaaggtttggcagtgactttttgcacaccagaaaagctgggg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  193995 gttcccggcgcaaggacacgtgaaccctctattgaggctggggaagctgttggcctcaaaaggtttggcagtgactttttgcacactagaaa-gctgggg 194093  T
Q  301 caaagagatgagaaaagctagagatttagaagaagagaaggaagttgtgataggaaaaggatttattagatttgaatggtttgaagatggttgggatgag 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  194094 caaagagatgagaaaagctagagatttagaagaagagaaggaagttgtgataggaaaaggatttattagatttgaatggtttgaagatggttgggatgag 194193  T
Q  401 aatgaaccaaaacggcttgacttggatgtgtatttgccacagctagagagggttgggaaacaagtcctccctaccataatctcccaacaaaatccacctg 500  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  194194 gatgaaccaaaacggcttgacttggatgtgtatttgccacaactagagatggttgggaaacaagtcctccctaccataatctcccaacaaaatccacctg 194293  T
Q  501 tctcatgtttgattaataatcctttcattctatgggtttctgatgttgctcaatccctttccctcccttctgctttgctttggattcaatcatgtgcttc 600  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  194294 tctcatgtttgattaacaatcctttcattccatgggtttctgatgttgctcaatccctttccctcccttctgctttgctttggattcaatcatgtgcttc 194393  T
Q  601 cttctcttcttactatcattactatcataaattagtttctttcccttctcaatcccatccccatattcatgttcagctgccatgtatgcctctgttgaat 700  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  194394 cttctctacttactatcattactatcataaattagtttctttcccttctcaatcccatccccatattcatgttcagctgccatgtatgcctctgttgaat 194493  T
Q  701 tatgatcaagtccctagcttcttgt 725  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  194494 tatgatcaagtccctagcttcttgt 194518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University