View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11827_high_8 (Length: 702)

Name: NF11827_high_8
Description: NF11827
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11827_high_8
NF11827_high_8
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (17-690)||(1218964-1219637)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 642; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 642; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 690
Target Start/End: Complemental strand, 1219637 - 1218964
Alignment:
Q  17 acataaaagtttgacagctgtggattcgaaaccatactggtgtaagcaattggagtaagattcttgaaaagcgacgactcgttacctataactaatgaac 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1219637 acataaaagtttgacagctgtggattcgaaaccatactggtgtaagcaattggagtaagattcttgaaaagcgatgactcgttacctataactaatgaac 1219538  T
Q  117 cagaagctccactatctgttgttggtaaacagtatgagaaaactcctccaaatgtagtattggtttgagatatcattgataggttacttcttcctaatcc 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1219537 cagaagctccactatctgttgttggtaaacagtatgagaaaactcctccaaatgtagtattggtttgagatatcattgataggttacttcttcctaatcc 1219438  T
Q  217 cattataccggaaactccaccaaataaaccattgttgttcctaccacaaccaaaaacaaaattactcactgaaatacctccaaaactaaggtgttcaaca 316  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1219437 cattataccggaaactccaccaaacaaacctttgttgttcctaccacaaccaaaaacaaaattactcactgaaatacctccaaaactaaggtgttcaaca 1219338  T
Q  317 cctagctctccatcagtaaatgatccatcaccatagctaacagtgtagttacaactagatggattattactttcacatgcttctgtatttcctgtagtac 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  1219337 cctagctctccatcagtaaatgatccatcaccatagctaacagtgtagttacaactagatggattattactttcacatgcttctgtatttccggtagtaa 1219238  T
Q  417 attgaagagtttgacatgttgatgaattgcatagtaatgagttataggaagaggagttagaagggttgaaaacaggtccttgttgactataacatgacat 516  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1219237 attgaagattttgacatgttgatgaattgcatagtaatgagttataggaagaggagttagaagggttgaaaacaggtccttgttgactataacatgacat 1219138  T
Q  517 acatggatcacattggacccatgttaagtcacttccggtatcgattatcacagtcatgttctgattacccaatcctattgtcactatgtagtttaaagtc 616  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  1219137 acatggatcacattggacccatgttaagtcacttccggtatcgattatcacagtcatgttctgattacccaatcctattgtcacaatgtagtttaaagtc 1219038  T
Q  617 tccaaatttataccagaagctaatggaatttggatttctgaagattgttctgaactattatgaccagagacctt 690  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  1219037 tccaaatttataccagaagctaatggaatttggatttctgaagattgttctgaactattatggccagagacctt 1218964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University