View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11827_low_27 (Length: 404)

Name: NF11827_low_27
Description: NF11827
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11827_low_27
NF11827_low_27
[»] chr4 (12 HSPs)
chr4 (23-388)||(3755245-3755610)
chr4 (23-360)||(3766801-3767138)
chr4 (19-358)||(3751408-3751747)
chr4 (23-360)||(3780779-3781116)
chr4 (23-360)||(3776466-3776803)
chr4 (84-352)||(3770583-3770840)
chr4 (23-360)||(3762385-3762722)
chr4 (23-359)||(3745596-3745926)
chr4 (23-88)||(3771303-3771368)
chr4 (103-265)||(3844975-3845137)
chr4 (111-274)||(3789014-3789176)
chr4 (198-269)||(3851416-3851487)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (119-283)||(25985493-25985657)
[»] scaffold0433 (1 HSPs)
scaffold0433 (103-265)||(10011-10173)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 318; Significance: 1e-179; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 23 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 3755610 - 3755245
Alignment:
Q  23 aaccctttaactttaggaccagaactgagttctaagcttgttggaaaagctcaaggtttctatgcttctgcatgtaaagatgagcttgatttgcttatgg 122  Q
    ||||||||||||||||||||| |  ||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||  |||||||||||||||    
T  3755610 aaccctttaactttaggaccacagttgaattctaagattgttggaaaagctcaaggattctatgcatctgcatgcaaagatgaagttgatttgcttatgg 3755511  T
Q  123 ctatgaattttgcttttattgaaggaaagtataatggaagtacacttactatattgggaaggaatgctgtttttcataaagttagagagatgcctgtgat 222  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3755510 ctatgaattttgcttttactgaaggaaagtataatggaagtacacttactatattgggaaggaatgctgtttttcataaagttagagagatgcctgtgat 3755411  T
Q  223 tggtggtagtggatttttcagatttgctagaggttatgctgaagctaatactcattggtttgatatcaaatctggggatgctattgttgagtataatgtt 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3755410 tggtggtagtggatttttcagatttgctagaggttatgctgaagctaatactcattggtttgatatcaaatctggggatgctattgttgagtataatgtt 3755311  T
Q  323 tatgtttttcactattgattgttaattattgttgttgtaatgtttaatttatgatttctgtttgat 388  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  3755310 tatgtttttcactattgattgttaattattgttgttgtaatgtttaatttatgatttatgtttgat 3755245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 23 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 3767138 - 3766801
Alignment:
Q  23 aaccctttaactttaggaccagaactgagttctaagcttgttggaaaagctcaaggtttctatgcttctgcatgtaaagatgagcttgatttgcttatgg 122  Q
    ||||||||||||||||||||| |  ||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||  |||||||||||||||    
T  3767138 aaccctttaactttaggaccacagttgaattctaagattgttggaaaagctcaaggattctatgcatctgcatgcaaagatgaagttgatttgcttatgg 3767039  T
Q  123 ctatgaattttgcttttattgaaggaaagtataatggaagtacacttactatattgggaaggaatgctgtttttcataaagttagagagatgcctgtgat 222  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3767038 ctatgaattttgcttttactgaaggaaagtataatggaagtacacttactatattgggaaggaatgctgtttttcataaagttagagagatgcctgtgat 3766939  T
Q  223 tggtggtagtggatttttcagatttgctagaggttatgctgaagctaatactcattggtttgatatcaaatctggggatgctattgttgagtataatgtt 322  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||| |||||||  ||||||||| ||||||    
T  3766938 tggtggtagtggagttttcagatttgctagaggttatgctgaagctaatactcattcgattgatttcaaatctgaggatgcttgtgttgagtacaatgtt 3766839  T
Q  323 tatgtttttcactattgattgttaattattgttgttgt 360  Q
     ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  3766838 catgtttttcactattaattgttaactattgttgttgt 3766801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 19 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 3751747 - 3751408
Alignment:
Q  19 tgataaccctttaactttaggaccagaactgagttctaagcttgttggaaaagctcaaggtttctatgcttctgcatgtaaagatgagcttgatttgctt 118  Q
    |||| ||||||| ||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   |||||||  ||| ||| ||     
T  3751747 tgatgaccctttgactataggaccacaattgagttctaagcttgttggaaaagctcaaggtttctatgcatctgcatcacaagatgattttggttttctc 3751648  T
Q  119 atggctatgaattttgcttttattgaaggaaagtataatggaagtacacttactatattgggaaggaatgctgtttttcataaagttagagagatgcctg 218  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| ||| | || |||| | |||||||||||||     
T  3751647 atggctatgaactttgctttcattgaaggaaagtataatggtagtacaattactatcttggggaggaattctggtattaataaggctagagagatgccta 3751548  T
Q  219 tgattggtggtagtggatttttcagatttgctagaggttatgctgaagctaatactcattggtttgatatcaaatctggggatgctattgttgagtataa 318  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||| ||    
T  3751547 ttattggtggtagtggacttttcagatttgctagaggatatgctaaagctactactcattggtttgatctcaaaactggagatgctattgttgagtacaa 3751448  T
Q  319 tgtttatgtttttcactattgattgttaattattgttgtt 358  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||    
T  3751447 tgtttatgtttttcactattgatttttagttgttgttgtt 3751408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 23 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 3781116 - 3780779
Alignment:
Q  23 aaccctttaactttaggaccagaactgagttctaagcttgttggaaaagctcaaggtttctatgcttctgcatgtaaagatgagcttgatttgcttatgg 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| |   |||| || || | ||| ||||||     
T  3781116 aaccctttaactttaggaccagaactgagttctaagcttgttggaagagctcaaggattctatgcatctgcttcacaagaagaactaggttttcttatga 3781017  T
Q  123 ctatgaattttgcttttattgaaggaaagtataatggaagtacacttactatattgggaaggaatgctgtttttcataaagttagagagatgcctgtgat 222  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||  | || |||||| |||   || ||   ||||| |||||||||||  |    
T  3781016 caatgaattttgctttcattgaaggaaagtataatggtagtactcttactatcgtagggaggaatcctgccattaatttggttagggagatgcctgttgt 3780917  T
Q  223 tggtggtagtggatttttcagatttgctagaggttatgctgaagctaatactcattggtttgatatcaaatctggggatgctattgttgagtataatgtt 322  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  3780916 tggtggtagtggacttttcagatttgctagaggatatgctcaagctaatactcattggattgatttcaaaactggggatgcttgtgttgagtacaatgtt 3780817  T
Q  323 tatgtttttcactattgattgttaattattgttgttgt 360  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  3780816 catgtttttcactattgattgttgattattgttgttgt 3780779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 23 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 3776803 - 3776466
Alignment:
Q  23 aaccctttaactttaggaccagaactgagttctaagcttgttggaaaagctcaaggtttctatgcttctgcatgtaaagatgagcttgatttgcttatgg 122  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||||| ||||| |   | || ||  | | ||| ||||||     
T  3776803 aaccctttaactttaggacccgaattgagttctaaacttgttggtagagctcaaggattctatgcatctgcttcacaggaagaaataggttttcttatga 3776704  T
Q  123 ctatgaattttgcttttattgaaggaaagtataatggaagtacacttactatattgggaaggaatgctgtttttcataaagttagagagatgcctgtgat 222  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||  ||||||| ||||| ||||||  || |  | |||| ||||| || ||||||||  |    
T  3776703 caatgaattttgctttcattgaaggaaagtataatggtagtaccattactatcttggggaggaatcatgctcgtaataaggttagggaaatgcctgttgt 3776604  T
Q  223 tggtggtagtggatttttcagatttgctagaggttatgctgaagctaatactcattggtttgatatcaaatctggggatgctattgttgagtataatgtt 322  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  |||| |||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  3776603 tggtggtagtggacttttcagatttgctagaggttatgctgaagctactactcattggattgatgccaaagctggggatgcttgtgttgagtacaatgtt 3776504  T
Q  323 tatgtttttcactattgattgttaattattgttgttgt 360  Q
     | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3776503 cacgtttttcactattgattgttaattattgttgttgt 3776466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 84 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 3770840 - 3770583
Alignment:
Q  84 atgcttctgcatgtaaagatgagcttgatttgcttatggctatgaattttgcttttattgaaggaaagtataatggaagtacacttactatattgggaag 183  Q
    |||| |||||||| ||||||||  |||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  3770840 atgcatctgcatgcaaagatgaagttgatttgctaatggctatgaattttgtttttactgaaggaaagtataatggaagtaaacttactattttgggaag 3770741  T
Q  184 gaatgctgtttttcataaagttagagagatgcctgtgattggtggtagtggatttttcagatttgctagaggttatgctgaagctaatactcattggttt 283  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||            |||||||||||||||||||||||||    
T  3770740 gaatgttgtttttcataaagtttgagagatgcctatgattggtggtattggacttttcagatt------------tgctgaagctaatactcattggttt 3770653  T
Q  284 gatatcaaatctggggatgctattgttgagtataatgtttatgtttttcactattg-attgttaattatt 352  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||| ||||||    
T  3770652 gatatcaaatctggggatgctgttgtcgagtataatgtttatgttttccattattgaattgttgattatt 3770583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 23 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 3762722 - 3762385
Alignment:
Q  23 aaccctttaactttaggaccagaactgagttctaagcttgttggaaaagctcaaggtttctatgcttctgcatgtaaagatgagcttgatttgcttatgg 122  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||   | || ||  | | ||| ||||||     
T  3762722 aaccctttgactttaggacccgaactgagttctaaacttgttggaagagctcaaggattctatgcatctgcatcacaggaagaaataggttttcttatga 3762623  T
Q  123 ctatgaattttgcttttattgaaggaaagtataatggaagtacacttactatattgggaaggaatgctgtttttcataaagttagagagatgcctgtgat 222  Q
    |  ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||  ||||||| ||||| |||||| | | | || |||| ||||| |||||||||||  |    
T  3762622 cagtgaattttgctttcattgaaggaaagtataatggtagtactattactatcttggggaggaatccagctcttaataaggttagggagatgcctgttgt 3762523  T
Q  223 tggtggtagtggatttttcagatttgctagaggttatgctgaagctaatactcattggtttgatatcaaatctggggatgctattgttgagtataatgtt 322  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||| ||| ||    
T  3762522 tggtggcagtggacttttcagatttgctagaggatatgctcaagctactactcattgggttgatctcaaatctggggatgcatgtattgagtacaatctt 3762423  T
Q  323 tatgtttttcactattgattgttaattattgttgttgt 360  Q
     |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  3762422 catgtttttcattattgattgttaatttttgttgttgt 3762385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 23 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 3745926 - 3745596
Alignment:
Q  23 aaccctttaactttaggaccagaactgagttctaagcttgttggaaaagctcaaggtttctatgcttctgcatgtaaagatgagcttgatttgcttatgg 122  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||  || |||||| ||  |||| | ||||    
T  3745926 aaccctttaactttaggaccaaaaatgagttctaagcttgttggaaaagctcaagggttgtatgcatctgcatcaaaggatgagtttagtttgttcatgg 3745827  T
Q  123 ctatgaattttgcttttattgaaggaaagtataatggaagtacacttactatattgggaaggaatgctgtttttcataaagttagagagatgcctgtgat 222  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||  ||||||| ||||| || ||| ||| | || |||| ||||| || |||||| |  |    
T  3745826 ctatgacttttgctttcattgaaggaaagtataatgggagtactattactatcttggggagaaattctgctcttaataaggttagggaaatgcctattgt 3745727  T
Q  223 tggtggtagtggatttttcagatttgctagaggttatgctgaagctaatactcattggtttgatatcaaatctggggatgctattgttgagtataatgtt 322  Q
    ||||||||  |||  ||| |||||||| ||||| |||||| || |||| ||| ||   | ||||      |||   ||| ||| ||||||||| ||||||    
T  3745726 tggtggtaccggacgttttagatttgcaagaggctatgctcaaactaaaacttatcaatatgat------tctcaagatactactgttgagtacaatgtt 3745633  T
Q  323 tatgtttttcactattgattgttaattattgttgttg 359  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  3745632 tatgttttttactattgattgttaattattgttgttg 3745596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 23 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 3771368 - 3771303
Alignment:
Q  23 aaccctttaactttaggaccagaactgagttctaagcttgttggaaaagctcaaggtttctatgct 88  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  3771368 aaccctttaactttaggaccagaactgagttctaagcttgttggaaaatctcaagggttcgatgct 3771303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 103 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 3845137 - 3844975
Alignment:
Q  103 tgagcttgatttgcttatggctatgaattttgcttttattgaaggaaagtataatggaagtacacttactatattgggaaggaatgctgtttttcataaa 202  Q
    ||||||| |||| ||||||   ||||||||||| ||  ||||||| || ||||||||||| ||| ||||||| |||||||| |||| ||  | | | ||     
T  3845137 tgagcttaattttcttatgataatgaattttgcattatttgaagggaaatataatggaagcacaattactatcttgggaagaaatgatgcatatgaaaag 3845038  T
Q  203 gttagagagatgcctgtgattggtggtagtggatttttcagatttgctagaggttatgctgaa 265  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||  |||| ||||||||||  || |||||||||    
T  3845037 gttagagaaatgcctgtgattggtggaagtgggctttttagatttgctaagggatatgctgaa 3844975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 111 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 3789176 - 3789014
Alignment:
Q  111 atttgcttatggctatgaattttgcttttattgaaggaaagtataatggaagtacacttactatattgggaaggaatgctgtttttcataaagttagaga 210  Q
    |||| ||||||  |||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||| ||  ||||||| |  ||||| |||| || |    |||| ||||||||    
T  3789176 attttcttatgattatgaactttgctttgtttgaaggaaagtataatggaagcaccattactatttcaggaag-aatgttgctaacaataaggttagaga 3789078  T
Q  211 gatgcctgtgattggtggtagtggatttttcagatttgctagaggttatgctgaagctaatact 274  Q
     ||||||||||||||||| |||||| |||| || |||||||  || ||||||||||||| ||||    
T  3789077 aatgcctgtgattggtggaagtggagtttttaggtttgctaagggatatgctgaagctagtact 3789014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 198 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 3851487 - 3851416
Alignment:
Q  198 ataaagttagagagatgcctgtgattggtggtagtggatttttcagatttgctagaggttatgctgaagcta 269  Q
    |||| ||||||||| |||||||||| |||||||| ||| ||||| |||||||||  || |||||||||||||    
T  3851487 ataaggttagagagttgcctgtgatcggtggtagcggagttttccgatttgctaagggatatgctgaagcta 3851416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 53; Significance: 3e-21; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 119 - 283
Target Start/End: Original strand, 25985493 - 25985657
Alignment:
Q  119 atggctatgaattttgcttttattgaaggaaagtataatggaagtacacttactatattgggaaggaatgctgtttttcataaagttagagagatgcctg 218  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||||| || ||  | ||||| ||||| |||||| |||||| | |||| ||||| || ||||||     
T  25985493 atggctatgaattttgctataattgaagggaagtacaatggtagcaccatcactattttggggaggaatcctgtttctgataaggttagggaaatgccta 25985592  T
Q  219 tgattggtggtagtggatttttcagatttgctagaggttatgctgaagctaatactcattggttt 283  Q
    | ||||||||||||||  ||||| ||||||||||||| |||||| ||  ||  ||||||||||||    
T  25985593 taattggtggtagtggtcttttccgatttgctagaggatatgctcaacttagaactcattggttt 25985657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0433 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0433
Description:

Target: scaffold0433; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 103 - 265
Target Start/End: Original strand, 10011 - 10173
Alignment:
Q  103 tgagcttgatttgcttatggctatgaattttgcttttattgaaggaaagtataatggaagtacacttactatattgggaaggaatgctgtttttcataaa 202  Q
    ||||||| |||| ||||||   ||||||||||| ||  ||||||| || ||||||||||| ||| ||||||| |||||||| |||| ||  | | | ||     
T  10011 tgagcttaattttcttatgataatgaattttgcattatttgaagggaaatataatggaagcacaattactatcttgggaagaaatgatgcatatgaaaag 10110  T
Q  203 gttagagagatgcctgtgattggtggtagtggatttttcagatttgctagaggttatgctgaa 265  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||  |||| ||||||||||  || |||||||||    
T  10111 gttagagaaatgcctgtgattggtggaagtgggctttttagatttgctaagggatatgctgaa 10173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University