View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11831_high_1 (Length: 947)

Name: NF11831_high_1
Description: NF11831
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11831_high_1
NF11831_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (14-923)||(26038769-26039678)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 837; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 837; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 923
Target Start/End: Original strand, 26038769 - 26039678
Alignment:
Q  14 atggacatcagttcatctagttaccttgacagaaaattttaaaatagtagaacaggatattatatgctcgaaccatcctagannnnnnnncttatttcat 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||    
T  26038769 atggacatcagttcatctagttaccttgacagaaaattttaaaatagtagaacaggatattatatgctcgaaccatcctagattttttttcttatttcat 26038868  T
Q  114 caatttcaaacaaattgaaaagaaaatataaaacaatggaaaaggaaggtgaaagttaaacaagcatgcagatccaatgtcatatagggtcttttaagca 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26038869 caatttcaaacaaattgaaaagaaaatataaaacaatagaaaaggaaggtgaaagttaaacaagcatgcagatccaatgtcatatagggtcttttaagca 26038968  T
Q  214 agtggtcataaatttaccttatttttgaacctggtcatagcaaacaagcgttcaatagctggctctccttctctccattcattgtaagcttttcctacat 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26038969 agtggtcataaatttaccttatttttgaacctggtcatagcaaacaagcgttcgatagctggctctccttctctccattcattgtaagcttttcctacat 26039068  T
Q  314 cctgcgttattctttattttaagattgataaccaaagacagctccacaaaagctgaaccatgataacaatacctgaataggctcaattaagaaaagcaat 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26039069 cctgcgttattctttattttaagattgataaccaaagacagctccacaaaagctgaaccatgataacaatacctgaataggctcaattaagaaaagcaat 26039168  T
Q  414 gaagtcacaaatgaaaccaagctacagcgatcaaatgaacctcttgaaatcacgatcgaacctgcacaaagtatggaaagaactccaaaataaatagcct 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26039169 gaagtcacaaatgaaaccaagctacagcgatcaaatgaacctcttgaaatcacgatcgaacctgcgcaaagtatggaaagaactccaaaataaatagcct 26039268  T
Q  514 gaataacctggggaattactgctttcatccnnnnnnngttcagcattgcagagaagtccatcagggccagtctcttgaacctgacactctcaagtgactc 613  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26039269 gaataacctggggaattactgctttcatcctttttttgttcagcatcgcagagaagtccatcagggccagtctcttgaacctgacactctcaagtgactc 26039368  T
Q  614 tgcgttgtttgctttcacaaagagatacgcgggcagcatctaattgtttaggaggggaaatattgaacacaaggtagataacaagatttgcaaacaatgc 713  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26039369 tgcgttgtttgctttcacaaagagatacgcgggcagcatctaattgtttaggaggggaaatattgaacacaaggtagataacaagatttgcaaacaatgc 26039468  T
Q  714 aaggcttttaagatttcttcgtaaagtacattgaaggagcgtgagacaatcacggttacctcattcagataagctgagagagcagcaatgctaatatgtg 813  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26039469 aaggcttttaagatttcttcgtaaagtacattgaaggagcgtgagacaatcacgtttacctcattcagataagctgagagagcagcaatgctaatatgtg 26039568  T
Q  814 actttttagatgttttgcgaagttcttgaccaagaaaggtaacaactagaaccatacaaggaataacctgcaatatgcaaaagcataacgcatgattaaa 913  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  26039569 actttttagatattttgcgaagttcttgaccaagaaaggtaacaactagaaccatacaaggaataacctgcaatatgcaaaagcataacacatgattaaa 26039668  T
Q  914 cctagtcttt 923  Q
    ||||||||||    
T  26039669 cctagtcttt 26039678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University