View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11833_high_9 (Length: 407)

Name: NF11833_high_9
Description: NF11833
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11833_high_9
NF11833_high_9
[»] chr7 (21 HSPs)
chr7 (19-398)||(21689543-21689922)
chr7 (19-398)||(21681780-21682159)
chr7 (18-398)||(21714312-21714692)
chr7 (18-398)||(21772090-21772470)
chr7 (18-396)||(21726025-21726403)
chr7 (19-398)||(21788359-21788735)
chr7 (67-398)||(21785584-21785915)
chr7 (70-391)||(21628306-21628630)
chr7 (19-379)||(15713753-15714107)
chr7 (67-388)||(21992360-21992681)
chr7 (19-379)||(21623323-21623683)
chr7 (66-397)||(21807802-21808136)
chr7 (19-398)||(21646873-21647256)
chr7 (19-396)||(21664228-21664614)
chr7 (66-371)||(21652246-21652542)
chr7 (67-380)||(21745710-21746017)
chr7 (70-388)||(21764243-21764540)
chr7 (19-388)||(21704773-21705136)
chr7 (19-234)||(21792141-21792356)
chr7 (284-396)||(21792385-21792497)
chr7 (333-388)||(21656895-21656950)
[»] scaffold0182 (1 HSPs)
scaffold0182 (104-396)||(25588-25880)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (154-216)||(18192060-18192122)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 364; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 398
Target Start/End: Original strand, 21689543 - 21689922
Alignment:
Q  19 cttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattcagagggatctacacaaaaacattgttgataacattgataaactgaagggtcattttg 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21689543 cttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattcagagggatctacacaaaaacattgttgataacattgataaactgaagggtcattttg 21689642  T
Q  119 atgacgatgttttaacattgaccagaaattctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttggtggatggatgctctttgct 218  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21689643 atgacgatgttttaacattgaccggaaattctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttggtggatggatgctctttgct 21689742  T
Q  219 ttatatcttggagaaaggcaggcttgttgaaccagggcctatggatattaaggttgatcaactagctattgtgatggtggatgtgcttttgttagagaat 318  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21689743 ttatatcttggagaaagacaggcttgttgaaccagggcctatggatattaaggttgatcaactagctattgtgatggtggatgtgcttttgttagagaat 21689842  T
Q  319 caacttccttatcaagtactcgagctattgtggaaagataacaacaagagtgaattgataaaaagcatgacgaatttcct 398  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  21689843 caacttccttatgaagtactcgagctattgtggaaagataacaacaagagtgaattgataaaaagcacgacgaatttcct 21689922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 19 - 398
Target Start/End: Original strand, 21681780 - 21682159
Alignment:
Q  19 cttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattcagagggatctacacaaaaacattgttgataacattgataaactgaagggtcattttg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| || ||||||| ||||||     
T  21681780 cttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattcaaaaggatctatacaaaaaaattgctgataacattgatgaattgaagggccatttta 21681879  T
Q  119 atgacgatgttttaacattgaccagaaattctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttggtggatggatgctctttgct 218  Q
      |||||||||||||| || ||| |  | ||||| ||||||| | |||| |||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  21681880 gcgacgatgttttaactttaaccggcgagtctcttgaaggctatcatagccttgaagaaaagttatcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgct 21681979  T
Q  219 ttatatcttggagaaaggcaggcttgttgaaccagggcctatggatattaaggttgatcaactagctattgtgatggtggatgtgcttttgttagagaat 318  Q
      ||||||||||||||  || ||||  |||||||||||  ||| || |||||||||||||||| | | |||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  21681980 acatatcttggagaaaaccatgctttatgaaccagggcacatgaatgttaaggttgatcaactggttcttgtgatgatggatgtgcttttgttggagaat 21682079  T
Q  319 caacttccttatcaagtactcgagctattgtggaaagataacaacaagagtgaattgataaaaagcatgacgaatttcct 398  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  21682080 caacttccttatcaagtactcaagctattgtggaaagatagcaatgagagtgaattgataaaaattatgacgaatttcct 21682159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 178; E-Value: 7e-96
Query Start/End: Original strand, 18 - 398
Target Start/End: Original strand, 21714312 - 21714692
Alignment:
Q  18 acttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattc-agagggatctacacaaaaacattgttgataacattgataaactgaagggtcattt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||  ||  ||||| ||||| ||||||||||||| ||||  |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  21714312 acttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccagacacattccagagg-atctacacaaaaagattgcagataacattgatgaactgaagggtcattt 21714410  T
Q  117 tgatgacgatgttttaacattgaccagaaattctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttggtggatggatgctctttg 216  Q
    |||  ||||||||||| | |  |||||    ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  21714411 tgacaacgatgttttagcttcaaccagttggtctcttgaaggctttggtagccttgaagaaaagctatcgtggatgttgttcgtggatggatgttctttg 21714510  T
Q  217 ctttatatcttggagaaaggcaggcttgttgaaccagggcctatggatattaaggttgatcaactagctattgtgatggtggatgtgcttttgttagaga 316  Q
    ||| |||||||||||| || || ||||| |||||||||||  ||| |||| |||||||||||||| | | |||| ||| |||||||||||||||| ||||    
T  21714511 cttcatatcttggagagagccaagcttgatgaaccagggcaaatgaatatcaaggttgatcaacttgttcttgtaatgatggatgtgcttttgttggaga 21714610  T
Q  317 atcaacttccttatcaagtactcgagctattgtggaaagataacaacaagagtgaattgataaaaagcatgacgaatttcct 398  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  || |||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  21714611 atcaacttccttatcaagtactcaagctattgtggaaagatgaagaccagagtggattgataaaaagcatgatgaatttcct 21714692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 6e-84
Query Start/End: Original strand, 18 - 398
Target Start/End: Original strand, 21772090 - 21772470
Alignment:
Q  18 acttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattc-agagggatctacacaaaaacattgttgataacattgataaactgaagggtcattt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||| |  |||  ||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  21772090 acttatgtgggcagcaaaatacatagaaaataacggatacattccagagg-atctacacaaaaagattgctgataacattgatgaactgaagggtcattt 21772188  T
Q  117 tgatgacgatgttttaacattgaccagaaattctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttggtggatggatgctctttg 216  Q
    ||| || ||||||||||| |  ||||||   ||||| | |||||||  ||| |||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  21772189 tgacgatgatgttttaacttcaaccagatggtctcttgcaggctttcgtagccttgaagaaaagttgtcgtggatgttgttcgtggatggatgttctttg 21772288  T
Q  217 ctttatatcttggagaaaggcaggcttgttgaaccagggcctatggatattaaggttgatcaactagctattgtgatggtggatgtgcttttgttagaga 316  Q
    || ||||||||||||||||  |  |||  ||||||| |||  ||| ||||||||||||||||||| | | |||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  21772289 ctgtatatcttggagaaagcgaatcttaatgaaccatggcacatgaatattaaggttgatcaactggttcttgtgatgatggatgtgcttttgttggaga 21772388  T
Q  317 atcaacttccttatcaagtactcgagctattgtggaaagataacaacaagagtgaattgataaaaagcatgacgaatttcct 398  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  || ||||||  |||||| ||||||||| |||||||||    
T  21772389 atcaacttccttatcaagtactcaagctattgtggaaagatgaagacgagagtggcttgatagaaagcatgatgaatttcct 21772470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 156; E-Value: 9e-83
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Original strand, 21726025 - 21726403
Alignment:
Q  18 acttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattc-agagggatctacacaaaaacattgttgataacattgataaactgaagggtcattt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||  ||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  21726025 acttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccggacacattccagagg-atctacacaaaaagattgctgataacattgatgaactgaagggtcattt 21726123  T
Q  117 tgatgacgatgttttaacattgaccagaaattctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttggtggatggatgctctttg 216  Q
    ||| |||||||||||| | |  ||||||   ||||| | |||||||  ||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  21726124 tgacgacgatgttttagcttcaaccagatggtctcttgcaggctttcgtagccttgaagaaaagctgtcgtggatgttgttcgtggatggatgttctttg 21726223  T
Q  217 ctttatatcttggagaaaggcaggcttgttgaaccagggcctatggatattaaggttgatcaactagctattgtgatggtggatgtgcttttgttagaga 316  Q
    || ||||||||||||||||     |||  | ||||| |||  ||| |||||| |||||||||||| | | |||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  21726224 ctgtatatcttggagaaagcggatcttaataaaccatggcacatgaatattagggttgatcaactggttcttgtgatgatggatgtgcttttgttggaga 21726323  T
Q  317 atcaacttccttatcaagtactcgagctattgtggaaagataacaacaagagtgaattgataaaaagcatgacgaatttc 396  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |  || |||||| ||||||| ||||||||| |||||||    
T  21726324 atcaacttccttatcaagtactcaagctattgtggacagatgaagacgagagtggattgatagaaagcatgatgaatttc 21726403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 19 - 398
Target Start/End: Original strand, 21788359 - 21788735
Alignment:
Q  19 cttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattc-agagggatctacacaaaaacattgttgataacattgataaactgaagggtcatttt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||| ||||| |||| |||||||| ||||  |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21788359 cttatgtgggcagcaaaatacatcgaaaacactggacacattccagagg-atctgcacaaaaagattgcagataacattgatgaactgaagggtcatttt 21788457  T
Q  118 gatgacgatgttttaacattgaccagaaattctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttggtggatggatgctctttgc 217  Q
    |  |||||||||||||| || ||  | || ||||| ||||||||||  || || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||     
T  21788458 ggcgacgatgttttaactttaactggcaagtctcttgaaggctttggaagcctcgaagaaaagctgtcgtggatgttgttcgtggatggatgttctttgt 21788557  T
Q  218 tttatatcttggagaaaggcaggcttgttgaaccagggcctatggatattaaggttgatcaactagctattgtgatggtggatgtgcttttgttagagaa 317  Q
    | |||||||| ||||||| || ||||| |||||| ||||  ||| ||||||| ||||||||||| | | |||||||| ||||||||||| |||| |||||    
T  21788558 tgtatatcttagagaaagccaagcttgatgaacctgggcacatgaatattaaagttgatcaactggttcttgtgatgatggatgtgcttctgttggagaa 21788657  T
Q  318 tcaacttccttatcaagtactcgagctattgtggaaagataacaacaagagtgaattgataaaaagcatgacgaatttcct 398  Q
    ||||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||   ||| | |||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  21788658 tcaacttccttacgtagtactcaagctattgtggaaagat---aacgatagtgaattgataaaaagcatgatgactttcct 21788735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 67 - 398
Target Start/End: Original strand, 21785584 - 21785915
Alignment:
Q  67 gatctacacaaaaacattgttgataacattgataaactgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccagaaattctctcgaaggctttgata 166  Q
    |||||||||||||| ||||  ||||||||| || |||||||||||||||||   || ||||||||||| || ||| |  | ||||| |||| ||||| ||    
T  21785584 gatctacacaaaaagattgccgataacattaatgaactgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggccagtctcttgaagactttggta 21785683  T
Q  167 gtcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttggtggatggatgctctttgctttatatcttggagaaaggcaggcttgttgaaccagggcctatggatat 266  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||| || ||||  || ||||||||  ||| ||||    
T  21785684 gccttgaagaaaagctgtcgtggatgttgtttgtggatggatgttctttgctacatatcttggagaaagccaagcttcatgtaccagggcaaatgaatat 21785783  T
Q  267 taaggttgatcaactagctattgtgatggtggatgtgcttttgttagagaatcaacttccttatcaagtactcgagctattgtggaaagataacaacaag 366  Q
    ||||||||||||||| | | |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| | |||||||||||||||| | || ||    
T  21785784 taaggttgatcaactggttcttgtgatgatggatgtgcttttgttggagaatcaacttccttatgaagtcctcaaactattgtggaaagatagcgacgag 21785883  T
Q  367 agtgaattgataaaaagcatgacgaatttcct 398  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  21785884 agtgaattgataaaaagcatgaagaatttcct 21785915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 70 - 391
Target Start/End: Original strand, 21628306 - 21628630
Alignment:
Q  70 ctacacaaaaacattgttgataacattgataaactgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccagaaattctctcgaaggctttgatagtc 169  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||   |||||||||||||  || ||  |||| |||||  |||||||||   | |    
T  21628306 ctacacaaaaagattgctgataacattgatgaactgaagggtcgttttagcgacgatgttttaaatttaacgggaaactctcttcaaggctttggatgcc 21628405  T
Q  170 ttgaagaaaagctatcgtggatgttgttggtggatggatgctctttgctttatatcttggagaaaggcaggcttgttgaa----ccagggcctatggata 265  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | | ||||| ||    ||| ||||||||||||    
T  21628406 ttgaagaaaagctgtcgtggatgttgttcgtggatggatgctctttgctttatatcttggagaaagttacg-ttgtttaatgacccaaggcctatggata 21628504  T
Q  266 ttaaggttgatcaactagctattgtgatggtggatgtgcttttgttagagaatcaacttccttatcaagtactcgagctattgtggaaagataacaacaa 365  Q
    ||||| |||||||||| | | |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||  |    
T  21628505 ttaagcttgatcaactggttcttgtgatgatggatgtgcttttgttggagaatcaacttccttatgaagtactcaagctattgtggaaagataacaatga 21628604  T
Q  366 gagtgaattgataaaaagcatgacga 391  Q
    || ||||||||||||| |||||||||    
T  21628605 gaatgaattgataaaatgcatgacga 21628630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 19 - 379
Target Start/End: Original strand, 15713753 - 15714107
Alignment:
Q  19 cttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattc-agagggatctacacaaaaacattgttgataacattgataaactgaagggtcatttt 117  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | || |||||||| |||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  15713753 cttatgtgggcggcaaaatacatcaaaaacactggaagcattctagaggaa-ctgcacaaaaagattgctgataacattgatgaactgaagtgtcatttt 15713851  T
Q  118 gatgacgatgttttaacattgaccagaaattctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttggtggatggatgctctttgc 217  Q
      ||||||||||||||| || ||| |||| || ||  |||| |||| ||| || ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15713852 agtgacgatgttttaactttaaccggaaagtcacttcaaggatttggtagcctagaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgctctttgc 15713951  T
Q  218 tttatatcttggagaaaggcaggcttgttgaaccagggcctatggatattaaggttgatcaactagctattgtgatggtggatgtgcttttgttagagaa 317  Q
    |  |||||||||| ||   ||   ||||| |  ||||||| ||  |||||||| |||||||||| | | |||||||  |||||||||||||||| |||||    
T  15713952 tgcatatcttggataa---ca---ttgttcacgcagggcccataaatattaagcttgatcaactggatcttgtgataatggatgtgcttttgttggagaa 15714045  T
Q  318 tcaacttccttatcaagtactcgagctattgtggaaagataacaacaagagtgaattgataa 379  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  15714046 tcaacttccttatgaagtactcaagctattgtggaaagataacaacgagagtgagttgataa 15714107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 67 - 388
Target Start/End: Original strand, 21992360 - 21992681
Alignment:
Q  67 gatctacacaaaaacattgttgataacattgataaactgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccagaaattctctcgaaggctttgata 166  Q
    |||||||||||||| ||| | |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||  |  |||| ||||| ||||||||||  |    
T  21992360 gatctacacaaaaagattatcgataacattgatgaactgaagggtcattttagtgacgatgttttaactttagctggaaagtctcttgaaggctttggaa 21992459  T
Q  167 gtcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttggtggatggatgctctttgctttatatcttggagaaaggcaggcttgttgaaccagggcctatggatat 266  Q
    | || ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||| | |||||||| ||||||| || ||||| |||||| ||||  ||| ||||    
T  21992460 gcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgtatatcttagagaaagccaagcttgatgaacctgggcacatgaatat 21992559  T
Q  267 taaggttgatcaactagctattgtgatggtggatgtgcttttgttagagaatcaacttccttatcaagtactcgagctattgtggaaagataacaacaag 366  Q
    ||| ||||||||||| | | |||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||||||||||  ||    
T  21992560 taaagttgatcaactggttcttgtgatgatggatgtgcttctgttggagaatcaacttccttacgtagtactcaagctattgtggaaagataacaatgag 21992659  T
Q  367 agtgaattgataaaaagcatga 388  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  21992660 agtgaattgataaaaagcatga 21992681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 19 - 379
Target Start/End: Original strand, 21623323 - 21623683
Alignment:
Q  19 cttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattcagagggatctacacaaaaacattgttgataacattgataaactgaagggtcattttg 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||   |||||| |||| | ||||| || |||| |||||| |||||| |||||||||||||||||     
T  21623323 cttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacaccagaaaagttcagaaggatatgcacaacaagattgctgataatattgatgaactgaagggtcatttta 21623422  T
Q  119 atgacgatgttttaacattgaccagaaattctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttggtggatggatgctctttgct 218  Q
     ||||||||||||||| || ||| |||| ||||| |||||||||| |||  || |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  21623423 gtgacgatgttttaactttaaccggaaagtctcttgaaggctttggtagcattaaagaaaagctgtcgtggatgttgttcgtggatggatgttctttgct 21623522  T
Q  219 ttatatcttggagaaaggcaggcttgttgaaccagggcctatggatattaaggttgatcaactagctattgtgatggtggatgtgcttttgttagagaat 318  Q
      ||||| |||| | || || ||||  |||||||||||  ||| |||||||| |||||||||    | |||||||| | |||||| ||||||| ||||||    
T  21623523 gcatatcatggatacagccaagcttcatgaaccagggcagatgaatattaagcttgatcaacggaatcttgtgatgattgatgtggttttgttggagaat 21623622  T
Q  319 caacttccttatcaagtactcgagctattgtggaaagataacaacaagagtgaattgataa 379  Q
    ||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  21623623 caactgccttatgaagtactcaagctattgtggaaagataacaacgagaatgaattgataa 21623683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 66 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 21808136 - 21807802
Alignment:
Q  66 ggatctacacaaaaacattgttgataacattgataaactgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccagaaattctctcgaaggctttgat 165  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||| || ||| |  | ||||| |||||||||| |    
T  21808136 ggatctacacaaaaagattgctgataacatcgatgaactgaagggtcattttggcgacgatgttttaactttaaccggccagtctcttgaaggctttggt 21808037  T
Q  166 agtcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttggtggatggatgctctttgctttatatcttggagaaaggca---ggcttgttgaaccagggcctatgg 262  Q
    || |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||   || ||| ||| ||||||| | |||    
T  21808036 agccttgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgctctttgctttatatcttggagacagtcatgtggtttgatgagccagggcatgtgg 21807937  T
Q  263 atattaaggttgatcaactagctattgtgatggtggatgtgcttttgttagagaatcaacttccttatcaagtactcgagctattgtggaaagataacaa 362  Q
    |||||||| |||||||||| | | || ||||   ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||  ||||||||||| ||||||||||    
T  21807936 atattaagcttgatcaactggttcttctgataacggatgtgcttttgttggagaatcaactgccttataaagtacttaagctattgtgggaagataacaa 21807837  T
Q  363 caagagtgaattgataaaaagcatgacgaatttcc 397  Q
      || ||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  21807836 tgagggtgaattgataaaaatcatgaggaatttcc 21807802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 19 - 398
Target Start/End: Original strand, 21646873 - 21647256
Alignment:
Q  19 cttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattcagagggatctacacaaaaacattgttgataacattgataaactgaagggtcattttg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||     
T  21646873 cttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacacgggaagaattaagaaggatctacacaaaaagattgtagataacattgatgaactgaagggtcatttta 21646972  T
Q  119 atgacgatgttttaacattgaccagaaattctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttggtgg----atggatgctctt 214  Q
      ||||| |||||||| |||||| | || |||||  |||||||   ||| |||||||||||| | |||||||| ||||| ||||    ||||||| ||||    
T  21646973 gcgacgacgttttaactttgaccggcaagtctcttaaaggcttccgtagccttgaagaaaagttgtcgtggatattgttcgtggatatatggatgttctt 21647072  T
Q  215 tgctttatatcttggagaaaggcaggcttgttgaaccagggcctatggatattaaggttgatcaactagctattgtgatggtggatgtgcttttgttaga 314  Q
    ||||  ||||||| ||||||| || ||||  |||||||||||  ||| |||||||||||||| |||| | | |||||||| |||||||||||||||| ||    
T  21647073 tgctgcatatcttagagaaagccaagcttcatgaaccagggcagatgaatattaaggttgataaactggttcttgtgatgatggatgtgcttttgttgga 21647172  T
Q  315 gaatcaacttccttatcaagtactcgagctattgtggaaagataacaacaagagtgaattgataaaaagcatgacgaatttcct 398  Q
    ||||||||| |||||   ||||||| | ||||| | ||||||||||||  ||| |||||||||||| | |||||  ||||||||    
T  21647173 gaatcaactcccttacatagtactcaaactattattgaaagataacaatgagaatgaattgataaataccatgaaaaatttcct 21647256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 136; E-Value: 8e-71
Query Start/End: Original strand, 19 - 396
Target Start/End: Original strand, 21664228 - 21664614
Alignment:
Q  19 cttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattcagagggatctacacaaaaacattgttgataacattgataaactgaagggtcattttg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||| ||  ||  || ||   |||||||||||||||| ||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  21664228 cttatgtgggcagcaaaatacattgaaaatacaagactcaatccacgggatctacacaaaaagatttttgataacatcgatgaactgaagggtcattttg 21664327  T
Q  119 atgacgatgt---tttaacattgaccagaaattctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttggtggatggatgctcttt 215  Q
    | || |||||   |||||| || ||| | || ||||| ||||||||||  || |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  21664328 acgatgatgtaattttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggaagccttgaagaaaagctgtcgtggatattgttcgtggatggatgctcttt 21664427  T
Q  216 gctttatatcttgga-gaaag--gca---ggcttgttgaaccagggcctatggatattaaggttgatcaactagctattgtgatggtggatgtgcttttg 309  Q
    ||||||||||||||| | | |  | |   || | | ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||||||||||||    
T  21664428 gctttatatcttggatggatgttgtacgtggatggatgacccagagcctatggatattaaggttgatcaactggttcttgtgatgatggatgtgcttttg 21664527  T
Q  310 ttagagaatcaacttccttatcaagtactcgagctattgtggaaagataacaacaagagtgaattgataaaaagcatgacgaatttc 396  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  ||||||||| ||||||| ||||||| | |||||||    
T  21664528 ttggagaatcaactaccttatcaagtactcaagctattgtggaaagatgaagacaagagtggattgatagaaagcatcatgaatttc 21664614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 66 - 371
Target Start/End: Original strand, 21652246 - 21652542
Alignment:
Q  66 ggatctacacaaaaacattgttgataacattgataaactgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccagaaattctctcgaaggctttgat 165  Q
    ||||| ||||||||| ||||  ||||| ||| |  |||| ||||||||||||   |||||||||||||| || ||  | || ||||| ||||||||||||    
T  21652246 ggatcgacacaaaaagattgccgataaaattaacgaactaaagggtcattttagcgacgatgttttaactttaactggcaagtctcttgaaggctttgat 21652345  T
Q  166 agtcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttggtggatggatgctctttgctttatatcttggagaaaggcaggcttgttgaaccagggcctatggata 265  Q
    || |||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||| || |||||  ||||||||||||||| ||   ||| |||| ||||||  ||| |||    
T  21652346 agccttgaagaaaagttgtcgtggatgttgttcgtggatggatgttcgttgctgcatatcttggagaaagccaacgttgatgaagcagggcacatgaata 21652445  T
Q  266 ttaaggttgatcaactagctattgtgatggtggatgtgcttttgttagagaatcaacttccttatcaagtactcgagctattgtggaaagataacaacaa 365  Q
    |||||||||||||||         ||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||  ||||| |    
T  21652446 ttaaggttgatcaac---------tgatgatggatgtgcttttgttggaaaatcaacttccttatcaagtactcaagcttttgtggaaagacgacaacga 21652536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 67 - 380
Target Start/End: Original strand, 21745710 - 21746017
Alignment:
Q  67 gatctacacaaaaacattgttgataacattgataaactgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccagaaattctctcgaaggctttgata 166  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||   |||||||||||||| || ||  ||||||||||  ||||||||||      
T  21745710 gatctgcacaaaaagattgttgataacattgatgaactgaagggtcgttttagcgacgatgttttaactttaactggaaattctcttcaaggctttgaat 21745809  T
Q  167 gtcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttggtggatggatgctctttgctttatatcttggagaaaggcaggcttgttgaaccagggcctatggatat 266  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||| ||||||||  |||||||||| ||   ||   ||||| | ||| |    ||| ||||    
T  21745810 gccttgaagaaaagctgtcgtggatgttattcgtagatggatgttctttgctccatatcttggataa---ca---ttgttcacccacgagacatgaatat 21745903  T
Q  267 taaggttgatcaactagctattgtgatggtggatgtgcttttgttagagaatcaacttccttatcaagtactcgagctattgtggaaagataacaacaag 366  Q
    |||| |||||| | |   | |||||||| | ||||| |||||||| ||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||    
T  21745904 taagcttgatctagttattcttgtgatgatcgatgtacttttgttggagaatcaactgccttatgaagtactctagctattgtgaaaagataacaacgag 21746003  T
Q  367 agtgaattgataaa 380  Q
    ||||||||||||||    
T  21746004 agtgaattgataaa 21746017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 70 - 388
Target Start/End: Original strand, 21764243 - 21764540
Alignment:
Q  70 ctacacaaaaacattgttgataacattgataaactgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccagaaattctctcgaaggctttgatagtc 169  Q
    |||||| |||| |||| ||||||||| ||| |||||||||||| ||||   || ||||||||||| || ||  |||| ||||| ||||||||| |||| |    
T  21764243 ctacaccaaaagattgctgataacatcgatgaactgaagggtcgttttagcgatgatgttttaactttaactggaaagtctcttgaaggctttcatagcc 21764342  T
Q  170 ttgaagaaaagctatcgtggatgttgttggtggatggatgctctttgctttatatcttggagaaaggcaggcttgttgaaccagggcctatggatattaa 269  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||                  |||||  ||| | |||||    
T  21764343 ttgaagaaaagttgtcgtggatgttgttcgtggatggatgctctttgctttatctcttggagaa------------------agggcacatgaagattaa 21764424  T
Q  270 ggttgatcaactagctattgtgatggtggatgtgcttttgttagagaatcaacttccttatcaagtactcgagctattgtggaaagataacaacaagagt 369  Q
    ||||| |||||| | | |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||   || ||| |||||    
T  21764425 ggttggtcaactggttcttgtgatgatggatgtgcttttgttggagaatcaacttccttacgaagtactcaagctattgtggaaa---aataacgagagt 21764521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 19 - 388
Target Start/End: Original strand, 21704773 - 21705136
Alignment:
Q  19 cttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattc-agagggatctacacaaaaacattgttgataacattgataaactgaagggtcatttt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||| |||   |||| ||||| | ||||||||||| ||||  |||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  21704773 cttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccggacttattccagaggaa-ctacacaaaaagattgcagataacattgatgaactgaagggtcgtttt 21704871  T
Q  118 gatgacgatgttttaacattgaccagaaattctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttggtggatggatgctctttgc 217  Q
       || |||||||||||  | ||| |||| |||||  ||||||||||  | ||||| |||||||| |||||||| |||||  |||||||||| |||||||    
T  21704872 agcgatgatgttttaactctaaccggaaactctcttcaaggctttgagtgccttgatgaaaagctgtcgtggatattgttcatggatggatgttctttgc 21704971  T
Q  218 tttatatcttggagaaaggcaggcttgttgaaccagggcctatggatattaaggttgatcaactagctattgtgatggtggatgtgcttttgttagagaa 317  Q
    |  |||||||||| ||   ||   || |  | | |  ||| ||| ||||||||||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||| |||||    
T  21704972 tccatatcttggataa---ca---ttatgtacctactgccgatgaatattaaggttgatcaactggctcttgtgagggaggatgtgcttttgttggagaa 21705065  T
Q  318 tcaacttccttatcaagtactcgagctattgtggaaagataacaacaagagtgaattgataaaaagcatga 388  Q
    |||||| |||||| |||||||| |||| |||||||||||| |  |  |||||| ||| |||||||||||||    
T  21705066 tcaactgccttatgaagtactcaagcttttgtggaaagatgaagatgagagtggattaataaaaagcatga 21705136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 19 - 234
Target Start/End: Original strand, 21792141 - 21792356
Alignment:
Q  19 cttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattcagagggatctacacaaaaacattgttgataacattgataaactgaagggtcattttg 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||| ||  ||||| |||||||| ||||  |||||||||||||  ||||||| || ||||     
T  21792141 cttatgtgggcagcagaatacatcaaaaaaactgaaagcattctgaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatacgctgaaggatcgtttta 21792240  T
Q  119 atgacgatgttttaacattgaccagaaattctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttggtggatggatgctctttgct 218  Q
      || ||||||||||| || ||| | || ||||| || ||||||| ||| || ||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| |||||| |    
T  21792241 gcgatgatgttttaactttaacccgcaagtctcttgacggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatattgttcgtggatggatgttctttgtt 21792340  T
Q  219 ttatatcttggagaaa 234  Q
      ||||||||||||||    
T  21792341 gcatatcttggagaaa 21792356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 284 - 396
Target Start/End: Original strand, 21792385 - 21792497
Alignment:
Q  284 ctattgtgatggtggatgtgcttttgttagagaatcaacttccttatcaagtactcgagctattgtggaaagataacaacaagagtgaattgataaaaag 383  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||  ||||| |||||| ||| ||| ||||    
T  21792385 ctattgtgatgatggatgtgcttttgttggagaatcaactgccttatgaagtactcaagctattgtggaaagacgacaaccagagtgcattaatagaaag 21792484  T
Q  384 catgacgaatttc 396  Q
    |||||||||||||    
T  21792485 catgacgaatttc 21792497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 333 - 388
Target Start/End: Original strand, 21656895 - 21656950
Alignment:
Q  333 agtactcgagctattgtggaaagataacaacaagagtgaattgataaaaagcatga 388  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21656895 agtactcaagctattgtggaaagatgacaacaagagtgaattgataaaaagcatga 21656950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182 (Bit Score: 101; Significance: 6e-50; HSPs: 1)
Name: scaffold0182
Description:

Target: scaffold0182; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 104 - 396
Target Start/End: Original strand, 25588 - 25880
Alignment:
Q  104 tgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccagaaattctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttggtgga 203  Q
    ||||||||||||||   || ||||||||||| || || | ||| ||||| |||||||||| ||  |||||||||||||| |||| ||||||||| |||||    
T  25588 tgaagggtcattttagcgaggatgttttaactttaactaaaaagtctcttgaaggctttggtacccttgaagaaaagctgtcgttgatgttgttcgtgga 25687  T
Q  204 tggatgctctttgctttatatcttggagaaaggcaggcttgttgaaccagggcctatggatattaaggttgatcaactagctattgtgatggtggatgtg 303  Q
    |||||| ||||||||  ||||||||||||| | ||| | |  | | ||||||   ||| |||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||    
T  25688 tggatgttctttgctacatatcttggagaatgccagacgtaataacccagggaaaatgaatattaaggttgatcaactttttcttgtgatggtggatgtg 25787  T
Q  304 cttttgttagagaatcaacttccttatcaagtactcgagctattgtggaaagataacaacaagagtgaattgataaaaagcatgacgaatttc 396  Q
     ||||||| || ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |  | ||  |||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  25788 gttttgttggaaaatcaacttccttatgaagtactcaagctattgtggaaaaacgagaatgagagtgaattgatacaaagcatgacggatttc 25880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 154 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 18192122 - 18192060
Alignment:
Q  154 gaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttggtggatggatgctctttg 216  Q
    |||||||||||||   | |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  18192122 gaaggctttgataacttggaagaaaagctatcatggatgttgtttgtggatggatgttctttg 18192060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University