View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11835_high_4 (Length: 748)

Name: NF11835_high_4
Description: NF11835
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11835_high_4
NF11835_high_4
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (19-736)||(13233591-13234308)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 698; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 698; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 736
Target Start/End: Original strand, 13233591 - 13234308
Alignment:
Q  19 aatttcatatactaattccattgcaccttcaccatctcctttacatagaggatctaaatatgaggaaaaatctcaagatttctcttattcatcacaaatt 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13233591 aatttcatatactaattccattgcaccttcaccatctcctttgcatagaggatctaaatatgaggaaaaatctcaagatttctcttattcatcacaaatt 13233690  T
Q  119 agcagaaggagtttgaatgatgagtttgatcatagtattagaagtccatataataacacaccaatgtcatggagtgctagtaatagtgcagctttcttga 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13233691 agcagaaggagtttgaatgatgagtttgatcatagtattagaagtccatataataacacaccaatgtcatggagtgctagtaatagtgcagctttcttga 13233790  T
Q  219 aattcacaccctcaagacttaaaaatgagaacaaggtgcaaaagcctccaaggtaaagcatttattcaacaatactaatttatatgattactactaacat 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13233791 aattcacaccctcaagacttaaaaatgagaacaaggtgcaaaagcctccaaggtaaagcatttattcaacaatactaatttatatgattactactaacat 13233890  T
Q  319 ggtttacaatacatgattattgattgaatggtaaattgatatatgcaatcaaaattagatgtaaacttgtaatataccatattgtttttgtgtgatgtgc 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13233891 ggtttacaatacatgattattgattgaatggtaaattgatatatgcaatcaaaattagatgtaaacttgtaatataccatattgtttttgtgtgatgtgc 13233990  T
Q  419 agccatgcttcccctggcatctacacatactcaagtgaaatccttccagcaacaccaacaccacatagcagcgactacgtagtcgacgagaatgactacc 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13233991 agccatgcttcccctggcatctacacatactcaagtgaaatccttccagcaacaccaacaccacatagcagtgactacgtagtcgacgagaatgactacc 13234090  T
Q  519 ttacaccaaccaatagctcacaagaacatctaggtccaaagtttgcaaattcctacatagcagagacatggatcctaatgcgccgcaacttcaccaacat 618  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  13234091 ttacaccaacaaatagctcacaagaacatctaggtccaaagtttgcaaattcctacataggagagacatggatcctaatgcgccgcaacttcacaaacat 13234190  T
Q  619 acggagaacccccgagctttttctatcaagactaatggtcctcaccttcatgggagttatgatggcaacaatgttccacaatccaaaaaataccttacaa 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13234191 acggagaacccccgagctttttctatcaagactaatggtcctcaccttcatgggagttatgatggcaacaatgttccacaatccaaaaaataccttacaa 13234290  T
Q  719 ggaatcacaaatcgtctc 736  Q
    ||||||||||||||||||    
T  13234291 ggaatcacaaatcgtctc 13234308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University