View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11836_high_17 (Length: 476)

Name: NF11836_high_17
Description: NF11836
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11836_high_17
NF11836_high_17
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (1-462)||(39823995-39824457)
chr2 (1-365)||(39812579-39812944)
chr2 (2-455)||(39881093-39881551)
chr2 (1-454)||(39908434-39908887)
chr2 (1-358)||(39803915-39804273)
chr2 (1-364)||(39920022-39920389)
chr2 (381-459)||(39919908-39919986)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 394; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 394; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 39824457 - 39823995
Alignment:
Q  1 aagatattgaggaacaaaaagtgagcttggttccatagtaataaaaccaacgtgcaagtgtctttcaaatattctaccaccatgactctccaacactctc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39824457 aagatattgaggaacaaaaagtgggcttggttccatagtaataaaaccaacgtgcaagcgtctttcaaatattctaccaccatgactctccaacactctc 39824358  T
Q  101 atctctcctgcatcagtcttcaccacacgcttggagttttgcaacaagaacaattttttgtctggcgttgaagggtcgttttctctatcttctgcctccc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  39824357 atctctcctgcatcagtcttcaccacacgcttggagttttgcaacaagaacaattttttgtctggcgttgaaggtttgttttctctatcttctgcctccc 39824258  T
Q  201 acattccaattgtcatggagacaccatgacaaagaataagaagcatgatcaaaagatgcgctttgtttcccatgatttttgacga-ttttgtatttctta 299  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||    
T  39824257 acattcccattgtcatggacacaccatgacaaagaataagaagcatgatcaaaagaggcgctttgtttcccatgatttttgactatttttgtattgctta 39824158  T
Q  300 caatttgaagctagcttgagtgataaggaagaacaaagagagtttatttataataaaaagatagtggaagataannnnnnnggaggagatacatgtcata 399  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||    
T  39824157 caatatgaagctagcttgagtgataaggaagaacaaagagagtttatttataataaaaagatagtggaagataatttttttggaggagatacatgtcata 39824058  T
Q  400 aatgtagaaatttagggatcttattgaccatgtattgtgctattttggaggcaaacatttgat 462  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39824057 aatgtagaaatttagggatcttattgaccatgtattgtgctattttggaggcaaacatttgat 39823995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 1 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 39812944 - 39812579
Alignment:
Q  1 aagatattgaggaacaaaaagtgagcttggttccatagtaataaaaccaacgtgcaagtgtctttcaaatattctaccaccatgactctccaacactctc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39812944 aagatattgaggaacaaaaagtgagcttggttccatagtaatgaaaccaacgtgcaagcgtctttcagatattctaccaccatgactctccaacactctc 39812845  T
Q  101 atctctcctgcatcagtcttcaccacacgcttggagttttgcaacaagaacaattttttgtctggcgttgaagggtcgttttctctatcttctgcctccc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||    
T  39812844 atctctcctgcatcagtcttcaccacaagctttgagttttgcaacaagaacaatttgttgtctggcgttgaaggtccattttctctatcttctgcctccc 39812745  T
Q  201 acattccaattgtcatggagacaccatgacaaagaataagaagcatgatcaaaagatgcgctttgtttcccatgatttttgacga-ttttgtatttctta 299  Q
    ||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||| ||||    
T  39812744 acattcccattatcatggacacaccatgacaaagaataagaagcatgatcaaaagaggcgctttctttcccatgatttttgactatttttgtattgctta 39812645  T
Q  300 caatttgaagctagcttgagtgataaggaagaacaaagagagtttatttataataaaaagatagtg 365  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  39812644 caatttgaagctagcttgagtgataaggaagaacaaggagagtctatttataataaaaagatagtg 39812579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 2 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 39881551 - 39881093
Alignment:
Q  2 agatattgaggaacaaaaagtgagcttggttccatagtaataaaaccaacgtgcaagtgtctttcaaatattctaccaccatgactctccaacactctca 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||| ||||||| |||| |||||    
T  39881551 agatattgaggaacaaaaagtgagcttggttccatagtaataaaaccaacgtgcaagcgtctttccaatattcttccaccacgactctctaacattctca 39881452  T
Q  102 tctctcctgcatcagtcttcaccacacgcttggagttttgcaacaagaacaattttttgtctggcgttgaagggtcgttttctctatcttctgcctccca 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||    
T  39881451 tctctcctgcatcagtcttcaccacacgcttggagttttgcaacaagaacaattttctatctggcgttgaaggtccattttctctatcttctgcctccca 39881352  T
Q  202 cattccaattgtcatggagacaccatgacaaagaataagaagcatgatcaaaagatgcgctttgtttcccatgatttttgacga-ttttgtatttcttac 300  Q
    |||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||| |||||    
T  39881351 cattgccattgtcatggacacaccatgacaaagaataagaagcatgatcaaaagaggcgctttctttcccatgatttttgactatttttgtattgcttac 39881252  T
Q  301 aatttgaagctagcttgagtgataaggaagaacaaagagagtttatttataat-aaaaagatagtggaagat-aannnnnnnggaggagatac--atgtc 396  Q
    ||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||| |||| |        |||||||| ||  ||| |    
T  39881251 aatatgaagcttgcttgagtcataaggaagaacaaagagagtctatttgtaataaaaaagatagtgggagatgattgtgtttggaggagacacatatgcc 39881152  T
Q  397 ataaatgtagaaatttagggatcttattgaccatgtattgtgctattttggaggcaaac 455  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  39881151 atacatgtagaaatttagggatcttgttgaccatgtgttgtgctattttggagacaaac 39881093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 1 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 39908887 - 39908434
Alignment:
Q  1 aagatattgaggaacaaaaagtgagcttggttccatagtaataaaaccaacgtgcaagtgtctttcaaatattctaccaccatgactctccaacactctc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  39908887 aagatattgaggaacaaaaagtgagcttggttccatagtaatgaaaccaacgtgtaagcgtctttccaatattctaccaccacgactctctaacactctc 39908788  T
Q  101 atctctcctgcatcagtcttcaccacacgcttggagttttgcaacaagaacaattttttgtctggcgttgaagggtcgttttctctatcttctgcctccc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||  | |||  | | |||||||||||||    
T  39908787 atctctcctgcatcagtcttcaccacacgctttgagttttgcaacaagaacaattttttgtctttcgttgaaggtccatttgatttgtcttctgcctccc 39908688  T
Q  201 acattccaattgtcatggagacaccatgacaaagaataagaagcatgatcaaaagatgcgctttgtttcccatgatttttgacga-ttttgtatttctta 299  Q
    ||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||||    
T  39908687 acattgccattgtcatggacacaccatgacaaagaataagaagcatgatcaaaagaggcgctttgtttcccatgattttttactatttttgtattgctta 39908588  T
Q  300 caatttgaagctagcttgagtgataaggaagaacaaagagagtttatttataataaaaagatagtggaagataa-nnnnnnnggaggagatacatgtcat 398  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||        |||||||  |||||||||    
T  39908587 caatttgaagcttgcttgagtgatagggaagaacaaagagagtctatttataataaaaagatagtgggaggtaattttttttggaggag--acatgtcat 39908490  T
Q  399 aaatgtagaaatttagggatcttattgaccatgtattgtgctattttggaggcaaa 454  Q
    | ||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  39908489 acatgtagaaatttagggatctctttgaccatgtgttgtgctattttggagacaaa 39908434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 1 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 39804273 - 39803915
Alignment:
Q  1 aagatattgaggaacaaaaagtgagcttggttccatagtaataaaaccaacgtgcaagtgtctttcaaatattctaccaccatgactctccaacactctc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  39804273 aagatattgaggaacaaaaagtgagcttggttccatagtaatgaaaccaacgtgtaaacgtctttcagatattctaccaccatgactctttaacactctc 39804174  T
Q  101 atctctcctgcatcagtcttcaccacacgcttggagttttgcaacaagaacaattttttgtctggcgttgaagggtcgttttctctatcttctgcctccc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||  | ||||||||||||||| ||||||    
T  39804173 atctctcctgcatcagtcttcactacaagctttgagttttgcaacaagaacaattttttgtttggagttgaaggtccattttctctatcttctacctccc 39804074  T
Q  201 acattccaattgtcatggagacaccatgacaaagaataagaagcatgatcaaaagatgcgctttgtttcccatgatttttgacga-ttttgtatttctta 299  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||    
T  39804073 acattcccattgtcatggacacaccatgacaaagaatcagaagcatgatcaaaagaggcgctttgtttcccatgatttttgactatttttgtattgctta 39803974  T
Q  300 caatttgaagctagcttgagtgataaggaagaacaaagagagtttatttataataaaaa 358  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  39803973 caatatgaagcttgcttgagtgataaggaagaacaaggagagtttatttataaaaaaaa 39803915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 1 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 39920389 - 39920022
Alignment:
Q  1 aagatattgaggaacaaaaagtgagcttggttccatagtaataaaaccaacgtgcaagtgtctttcaaatattctaccaccatgactctccaacactctc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  39920389 aagatattgaggaacaaaaagtgagcttggttccatagtaatgaaaccaacgtgtaagcgtctttccaatattctaccaccacgactctctaacactctc 39920290  T
Q  101 atctctcctgcatcagtcttcaccacacgcttggagttttgcaacaagaacaattttttgtctggcgttgaagggtcgttttctcta---tcttctgcct 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||  | |||  ||||   |||||| ||     
T  39920289 atctctcctgcatcagtcttcaccacacgctttgagttttgcaacaagaacaattttttgtcttgcattgaaggtccatttgatctatcttcttcttcca 39920190  T
Q  198 cccacattccaattgtcatggagacaccatgacaaagaataagaagcatgatcaaaagatgcgctttgtttcccatgatttttgacga-ttttgtatttc 296  Q
    |||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| || | ||||||||| |    
T  39920189 cccacattgccattgtcatggacacaccatgacaaagaataagaagcatgatcaaaagaggcgctttctttcccatgattttttactatttttgtattgc 39920090  T
Q  297 ttacaatttgaagctagcttgagtgataaggaagaacaaagagagtttatttataataaaaagatagt 364  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  39920089 ttacaatttgaagcttgcttgagtcataaggaagaataaagagagtctatttataataaaaagatagt 39920022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 381 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 39919986 - 39919908
Alignment:
Q  381 ggaggagatacatgtcataaatgtagaaatttagggatcttattgaccatgtattgtgctattttggaggcaaacattt 459  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||| |||||||||    
T  39919986 ggaggagacacatgtcatacatgtagaaatttagggatcttgttgaccatttgttgtgctattttggagacaaacattt 39919908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University