View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11836_high_3 (Length: 778)

Name: NF11836_high_3
Description: NF11836
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11836_high_3
NF11836_high_3
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (11-760)||(43861553-43862298)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 668; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 668; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 760
Target Start/End: Original strand, 43861553 - 43862298
Alignment:
Q  11 cagagagttcaagtgatgaacaagttcaaaaacctaatccctcaaagccattaccacctaagagaattttgtgtgagtttgtgcaaccaaatccggaaat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  43861553 cagagagttcaagtgatgaacaagttcaaaaacctaatccctcaaaaccattactacctaagagaattttgtgtgagtttgtgcaaccaaatccagaaat 43861652  T
Q  111 agttaaaaagcttcctcaaaaacaaggattgtggagaaggttttccacaagcatttacaaaggtgttcggcgcctccgtgggaaaaaggaaagatatgca 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  43861653 agttaaaaagcttcctcaaaaacaaggattgtggagaaggttttccacaagcatttacaaaggttttcggcgcctccgtgggaacaaggaaagatatgca 43861752  T
Q  211 gctcagattagaaatccatttgaaaagacaactgagtaccttggtactcatgataccgagtatgaagctgctttggcttatcgcagaaagactaaggagt 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43861753 gctcagattagaaatccatttgaaaagacaactgagtaccttggtactcatgataccgagtatgaagctgctttggcttatcgcagaaagactaaggagt 43861852  T
Q  311 tccataaaagaaagttggctgattcgaacaaggacaaacaaggtttggctcattcatctcttgaattaatcattagtactttgcttaattattatcatta 410  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43861853 tccataaaagaaagttagctgattcgaacaaggacaaacaaggtttggctcattcatctcttgaattaatcattagtactttgcttaattattatcatta 43861952  T
Q  411 attattactaacgtatcaaatttatgaagatgatgttgattatgattagtgtattgttaatttgttaaggagaggaggcagttgcacctgttcttaatca 510  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43861953 attactactaacgtatcaaatttatgaagatgatgttgattatgattagtgtattgttaatttgttaaggagaggaggcagttgcacctgttcttaatca 43862052  T
Q  511 atcttgcaaggaacaagggaaagggtatgatccctctgacgatgatgatgacgacgacggagatgacgacattggaggtagaaatgttaatgatgttgca 610  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    || || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43862053 atattgcaaggaacaagggaaagggtatgatccctctgacgacgatgatgatgacga---ggacgatgacattggaggtagaaatgttaatgatgttgca 43862149  T
Q  611 ggtagaaattaattaacaatattatgatccttgtacttgaaaaacattctttagatgtcatggaatttagcatggatcgatgaaaattaatttgaataat 710  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43862150 ggtagaaattaattaacaatattatgatccttgtacttaaaaaacattctttagatgtcatggaa-ttagcatggatcgatgaaaattaatttgaataat 43862248  T
Q  711 gttgattgtacttttgcagtttgatgaaactagcttgctgttcaggcatg 760  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  43862249 gttgattgtacttttgcagtttgatgaaactagctagctgttcaggcatg 43862298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University