View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11836_low_3 (Length: 785)

Name: NF11836_low_3
Description: NF11836
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11836_low_3
NF11836_low_3
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (20-765)||(16236089-16236834)
chr2 (20-765)||(32714518-32715263)
chr2 (518-656)||(158745-158883)
chr2 (548-710)||(158887-159049)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (22-765)||(28575610-28576353)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (549-765)||(20633802-20634018)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (554-765)||(38836296-38836496)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (242-530)||(18567799-18568087)
chr6 (579-765)||(18568090-18568275)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (641-765)||(5698895-5699019)
chr8 (89-183)||(5698467-5698561)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 702; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 702; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 765
Target Start/End: Original strand, 16236089 - 16236834
Alignment:
Q  20 gctgttagttgggaaacggtgtcaaaaccaaaagtctttggtggtctaggcttaaggagactcaacgtaatgaataaggcgtgcataatgaaaatgggtt 119  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  16236089 gctgttagttgggaaacagtgtcaaaaccaaaagtctttggtggtctaggcttaaggagactcaacgtaatgaataaggcgtgcataatgaaactgggtt 16236188  T
Q  120 ggagtatatattatggatcaacttctctttgggctgaggttatgaggggtaaatatcagcgaagtgatattcctgctgagttatttatagcaaaaccgtc 219  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  16236189 ggagtatatattctggatcaacttctctttgggctgaggttatgaggggtaaatatcagcgaagtgatattcttgctgagttatttatagcaaaaccgtc 16236288  T
Q  220 ggattcaagcctctggaaggctttagtaaagttatggcctgcgttagagcgaaatattttttggtcgataggcgatggtaaaagtgttggtgcctggagt 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  16236289 ggattcaagcctctggaaggctttagtaaagttatggcctgcattagagcgaaatattttttggtcgataggcgatggtaaaagtgttggagcctggagt 16236388  T
Q  320 caaatgtggattgaggagaggctttgtgtgtccgagttagaaattgatattccgcaatagtgtaaagagatgaaggttgcagatctggttgattttaatg 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16236389 caaatgtggattgaggagaggctttgtgtgtccgagttagaaattgatattccgcaacagtgtaaagagatgaaggttgcagatctggttgattttaatg 16236488  T
Q  420 gtaattggaattttgaattgttgaatcaatggttgccttatgatgttgttcagaggatcatgaccattgcggtgccggatgagaatgatggaaatgacaa 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16236489 gtaattggaattttgaattgttgaatcaatggttgccttatgatgttgttcagaggatcatgaccattgcggtgccggatgagaatgatggaaatgacaa 16236588  T
Q  520 gcaaatgtggtcgggttcttctaatgggaaattcacaattgcatcagcttatcatatgctgtcaaattttgacaatgatgcacaagatgagatttggtta 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16236589 gcaaatgtggtcgggttcttctaatggaaaattcacaattgcatcagcttatcatatgctgtcaaaatttgacaatgatgcacaagatgagatttggtta 16236688  T
Q  620 aagttgtggaagattagtgcacctgaacgtataaaacattttatgtggatgctctaccatggaagattgttaacaaatttgaggaagcataagatgggga 719  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16236689 aagttgtggaagattagagcacctgaacgtataaagcattttatgtggatgctctaccatggaagattgttaacaaatttgaggaagcataagatgggga 16236788  T
Q  720 ttggtaatcctatgtgtaggttctgtcatgatgagattgagtctga 765  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16236789 ttggtaatcctatgtgtaggttctgtcatgatgagattgagtctga 16236834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 698; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 765
Target Start/End: Complemental strand, 32715263 - 32714518
Alignment:
Q  20 gctgttagttgggaaacggtgtcaaaaccaaaagtctttggtggtctaggcttaaggagactcaacgtaatgaataaggcgtgcataatgaaaatgggtt 119  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  32715263 gctgttagttgggaaacagtgtcaaaaccaaaagtctttggtggtctaggcttaaggagactcaacgtaatgaataaggcgtgcataatgaaactgggtt 32715164  T
Q  120 ggagtatatattatggatcaacttctctttgggctgaggttatgaggggtaaatatcagcgaagtgatattcctgctgagttatttatagcaaaaccgtc 219  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32715163 ggagtatatattctggatcaacttctctttgggctgaggttatgaggggtaaatatcagcgaagtgatattcctgctgagttatttatagcaaaaccgtc 32715064  T
Q  220 ggattcaagcctctggaaggctttagtaaagttatggcctgcgttagagcgaaatattttttggtcgataggcgatggtaaaagtgttggtgcctggagt 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  32715063 ggattcaagcctctggaaggctttagtaaagttatggcctgctttagagcgaaatattttttggtcgataggcgatggtaaaagtgttggagcctggatt 32714964  T
Q  320 caaatgtggattgaggagaggctttgtgtgtccgagttagaaattgatattccgcaatagtgtaaagagatgaaggttgcagatctggttgattttaatg 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  32714963 caaatgtggattgaggagaggctttgtgtgtccgagttagaaattgatattccgcaacagtgtaaagagatgaaggttgcagatctggttgatttttatg 32714864  T
Q  420 gtaattggaattttgaattgttgaatcaatggttgccttatgatgttgttcagaggatcatgaccattgcggtgccggatgagaatgatggaaatgacaa 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32714863 gtaattggaattttgaattgttgaatcaatggttgccttatgatgttgttcagaggatcatgaccattgcggtgccggatgagaatgatggaaatgacaa 32714764  T
Q  520 gcaaatgtggtcgggttcttctaatgggaaattcacaattgcatcagcttatcatatgctgtcaaattttgacaatgatgcacaagatgagatttggtta 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32714763 gcaaatgtggtcgggttcttctaatggaaaattcacaattgcatcagcttatcatatgctgtcaaaatttgacaatgatgcacaagatgagatttggtta 32714664  T
Q  620 aagttgtggaagattagtgcacctgaacgtataaaacattttatgtggatgctctaccatggaagattgttaacaaatttgaggaagcataagatgggga 719  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32714663 aagttgtggaagattagagcacctgaacgtataaagcattttatgtggatgctctaccatggaagattgttaacaaatttgaggaagcataagatgggga 32714564  T
Q  720 ttggtaatcctatgtgtaggttctgtcatgatgagattgagtctga 765  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32714563 ttggtaatcctatgtgtaggttctgtcatgatgagattgagtctga 32714518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 518 - 656
Target Start/End: Original strand, 158745 - 158883
Alignment:
Q  518 aagcaaatgtggtcgggttcttctaatgggaaattcacaattgcatcagcttatcatatgctgtcaaattttgacaatgatgcacaagatgagatttggt 617  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||  |||| || || ||||||| ||||| |||| ||  ||||||| ||||||||    
T  158745 aagcaaatgtggtcgggttctactaatggaaaattcacaattgcttcaatttataatgtgatgtcaaactttgataatgttgttcaagatgcgatttggt 158844  T
Q  618 taaagttgtggaagattagtgcacctgaacgtataaaac 656  Q
    | ||||| ||||||| ||| || ||| ||||||| ||||    
T  158845 tgaagttctggaagagtagagctcctcaacgtattaaac 158883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 548 - 710
Target Start/End: Original strand, 158887 - 159049
Alignment:
Q  548 aaattcacaattgcatcagcttatcatatgctgtcaaattttgacaatgatgcacaagatgagatttggttaaagttgtggaagattagtgcacctgaac 647  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| || || ||||||| ||||| |||| |   ||||||| ||||||||| ||| | ||||||| ||| || ||| |||    
T  158887 aaattcacaattgcttcaacttataatgtgatgtcaaactttgataatgttcttcaagatgtgatttggttgaagctctggaagagtagagctcctcaac 158986  T
Q  648 gtataaaacattttatgtggatgctctaccatggaagattgttaacaaatttgaggaagcata 710  Q
    |||| |||||||| ||| ||||| ||||  ||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  158987 gtattaaacatttcatggggatgttctattatgaaagattgttaacaaattcgaggaagcata 159049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 696; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 696; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 765
Target Start/End: Complemental strand, 28576353 - 28575610
Alignment:
Q  22 tgttagttgggaaacggtgtcaaaaccaaaagtctttggtggtctaggcttaaggagactcaacgtaatgaataaggcgtgcataatgaaaatgggttgg 121  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28576353 tgttagttgggaaacagtgtcaaaaccaaaagtctttggtggtctaggcttaaggagactcaacgtaatgaataaggcgtgcataatgaaactgggttgg 28576254  T
Q  122 agtatatattatggatcaacttctctttgggctgaggttatgaggggtaaatatcagcgaagtgatattcctgctgagttatttatagcaaaaccgtcgg 221  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28576253 agtatatattctggatcaacttctctttgggctgaggttatgaggggtaaatatcagcgaagtgatattcctgctgagttatttatagcaaaaccgtcgg 28576154  T
Q  222 attcaagcctctggaaggctttagtaaagttatggcctgcgttagagcgaaatattttttggtcgataggcgatggtaaaagtgttggtgcctggagtca 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  28576153 attcaagcctctggaaggctttagtaaagttatggcctgcattagagcgaaatattttttggtcgataggcgatggtaaaagtgttggagcctggattca 28576054  T
Q  322 aatgtggattgaggagaggctttgtgtgtccgagttagaaattgatattccgcaatagtgtaaagagatgaaggttgcagatctggttgattttaatggt 421  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28576053 aatgtggattgaggagaggctttgtgtgtccgagttagaaattgatattccgcaacagtgtaaagagatgaaggttgcagatctggttgattttaatggt 28575954  T
Q  422 aattggaattttgaattgttgaatcaatggttgccttatgatgttgttcagaggatcatgaccattgcggtgccggatgagaatgatggaaatgacaagc 521  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28575953 aattggaattttgaattgttgaatcaatggttgccttatgatgttgttcagaggatcatgaccattgcggtgccggatgagaatgatggaaatgacaagc 28575854  T
Q  522 aaatgtggtcgggttcttctaatgggaaattcacaattgcatcagcttatcatatgctgtcaaattttgacaatgatgcacaagatgagatttggttaaa 621  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28575853 aaatgtggtcgggttcttctaatggaaaattcacaattgcatcagcttatcatatgctgtcaaaatttgacaatgatgcacaagatgagatttggttaaa 28575754  T
Q  622 gttgtggaagattagtgcacctgaacgtataaaacattttatgtggatgctctaccatggaagattgttaacaaatttgaggaagcataagatggggatt 721  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28575753 gttgtggaagattagagcacctgaacgtataaagcattttatgtggatgctctaccatggaagattgttaacaaatttgaggaagcataagatggggatt 28575654  T
Q  722 ggtaatcctatgtgtaggttctgtcatgatgagattgagtctga 765  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28575653 ggtaatcctatgtgtaggttctgtcatgatgagattgaggctga 28575610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 549 - 765
Target Start/End: Complemental strand, 20634018 - 20633802
Alignment:
Q  549 aattcacaattgcatcagcttatcatatgctgtcaaattttgacaatgatgcacaagatgagatttggttaaagttgtggaagattagtgcacctgaacg 648  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  20634018 aattcacaattgcatcagcttatcatatgctgtcaaattttgacaatgatgcacaagatgagatttggttaaagttgtggaatattagagcacctgaacg 20633919  T
Q  649 tataaaacattttatgtggatgctctaccatggaagattgttaacaaatttgaggaagcataagatggggattggtaatcctatgtgtaggttctgtcat 748  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20633918 tataaaacattttatgtcgatgctctaccatggaagattgtcaacaaatttgaggaagcataagatggggattggtaatcctatgtgtaggttctgtcat 20633819  T
Q  749 gatgagattgagtctga 765  Q
    |||||||||||||||||    
T  20633818 gatgagattgagtctga 20633802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 154; Significance: 3e-81; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 554 - 765
Target Start/End: Complemental strand, 38836496 - 38836296
Alignment:
Q  554 acaattgcatcagcttatcatatgctgtcaaattttgacaatgatgcacaagatgagatttggttaaagttgtggaagattagtgcacctgaacgtataa 653  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||           |||||||    
T  38836496 acaattgcatcagcttatcatatactgtcaaattttgacaatgctgcacaagatgagatttgattaaagttgtggaagaata-----------cgtataa 38836408  T
Q  654 aacattttatgtggatgctctaccatggaagattgttaacaaatttgaggaagcataagatggggattggtaatcctatgtgtaggttctgtcatgatga 753  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38836407 aacattttatgtgaatgctctaccatggaagattgttaacaaatttgaggaagcataagatggggattggtaatcctatgtgtaggttctgtcatgatga 38836308  T
Q  754 gattgagtctga 765  Q
    ||||||||||||    
T  38836307 gattgagtctga 38836296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 153; Significance: 1e-80; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 242 - 530
Target Start/End: Original strand, 18567799 - 18568087
Alignment:
Q  242 ttagtaaagttatggcctgcgttagagcgaaatattttttggtcgataggcgatggtaaaagtgttggtgcctggagtcaaatgtggattgaggagaggc 341  Q
    ||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||  |||| ||||||||||| || | |||||||||||||||||||| |||||    
T  18567799 ttagtaaagctatggcctacgatagagagaaatatttttgggtcgataggtaatggaaaaagtgttggagctttgagtcaaatgtggattgaggcgaggc 18567898  T
Q  342 tttgtgtgtccgagttagaaattgatattccgcaatagtgtaaagagatgaaggttgcagatctggttgattttaatggtaattggaattttgaattgtt 441  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | || |||||||||||  |||||||||| ||||| ||| ||||||| ||  ||||    
T  18567899 gttgtgtgtccgagttagaaattgatattccgcaagagtgtaaaaacattaaggttgcagagttggttgatttcaatggaaatcggaatttggatatgtt 18567998  T
Q  442 gaatcaatggttgccttatgatgttgttcagaggatcatgaccattgcggtgccggatgagaatgatggaaatgacaagcaaatgtggt 530  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||||||||| ||| | || ||||||||||    
T  18567999 gaatcaatagttgccttatgatgttgttcaaaggatcatgaccattgcggtgcgtaatgagaatgatggtaatcataaacaaatgtggt 18568087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 579 - 765
Target Start/End: Original strand, 18568090 - 18568275
Alignment:
Q  579 tgtcaaattttgacaatgatgcacaagatgagatttggttaaagttgtggaagattagtgcacctgaacgtataaaacattttatgtggatgctctacca 678  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  18568090 tgtcaaattttgacaatgttgcacaagatgagacttagttaaagttgtggaagtttagagtacctgaacgtataaaacattttatgtggaagctctatca 18568189  T
Q  679 tggaagattgttaacaaatttgaggaagcataagatggggattggtaatcctatgtgtaggttctgtcatgatgagattgagtctga 765  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  18568190 tggaagattgttaacaaa-ttgaggaagcataagatgtggattggtaatcaaatgtgtaggttttgtcatgatcagattgagtctga 18568275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 49; Significance: 1e-18; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 641 - 765
Target Start/End: Original strand, 5698895 - 5699019
Alignment:
Q  641 cctgaacgtataaaacattttatgtggatgctctaccatggaagattgttaacaaatttgaggaagcataagatggggattggtaatcctatgtgtaggt 740  Q
    ||||||||| | |||  ||||||||||||  | || |||||||||||| ||||| ||||||||| |  ||||||||||||||| | ||| |||||||| |    
T  5698895 cctgaacgtgttaaattttttatgtggattatatatcatggaagattgctaacatatttgaggaggagtaagatggggattggaagtccaatgtgtagtt 5698994  T
Q  741 tctgtcatgatgagattgagtctga 765  Q
    | |||||||||| ||||||||||||    
T  5698995 tttgtcatgatgtgattgagtctga 5699019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 89 - 183
Target Start/End: Original strand, 5698467 - 5698561
Alignment:
Q  89 atgaataaggcgtgcataatgaaaatgggttggagtatatattatggatcaacttctctttgggctgaggttatgaggggtaaatatcagcgaag 183  Q
    ||||| ||||||||||| |||||  ||||||||||||| || | ||||||||  ||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5698467 atgaacaaggcgtgcatcatgaagttgggttggagtatttactctggatcaaactctctttgtactgaggttatgagaggtaaatatcagcgaag 5698561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University