View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11846_high_1 (Length: 602)

Name: NF11846_high_1
Description: NF11846
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11846_high_1
NF11846_high_1
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (14-596)||(8294714-8295296)
chr6 (14-596)||(33256459-33257041)
[»] scaffold0428 (1 HSPs)
scaffold0428 (14-596)||(577-1159)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (328-596)||(894762-895033)
chr8 (14-596)||(905290-905881)
chr8 (10-189)||(895178-895357)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (163-322)||(46720649-46720808)
chr3 (366-460)||(46720520-46720614)
chr3 (454-544)||(46720409-46720498)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 539; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 539; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 8295296 - 8294714
Alignment:
Q  14 cacagatgaaactcatagtgaaacactctattccatttcttcatgaagaagtaaaatcactcctttcaaaaactcgcctagttgctttagttttcagcat 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8295296 cacagatgaaactcatagtgaaacactctattccatttctttatgaagaagtaaaatcactcctttcaaaaactcgcctagttgctttagttttcagcat 8295197  T
Q  114 gttttcaaccgatgcacatgatgttgctaaacatttcaaccttttatcataccttttcttttcctctggagctgttttattctctttatttctcactatt 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8295196 gttttcaaccgatgcacatgatgttgcgaaacatttcaaccttttatcataccttttcttttcctcaggagctgttttattctctttatttctcactatt 8295097  T
Q  214 ccaaaccttgatgaagctgcatcaactcagttcttagaatcaagttatgaaacagtaaatattcctggtttttctattcctctccatatcaaagagcttc 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8295096 ccaaaccttgatgaagctgcatcaactcagttcttaggatcaagttatgaaacagtaaatattcctggtttttctattcctctccatatcaaagagcttc 8294997  T
Q  314 ccgacccgtttatctgtgaaagatcaagtgatgcctacaaatcaattcttgatgtgtgtcaaaaattatcattgtttgatggtgttattatgaatacttt 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8294996 ccgacccgtttatctgtgaaagatcaagtgatgcctacaaatcaattcttgatgtgtgtcaaaaattatcattgtttgatggtgttattatgaatacttt 8294897  T
Q  414 cactgatttggaaccggaagtcataagggttcttcaagatagagagaaacctagtgtttatccggttggacctatgattaggaatgagtcaaataatgaa 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8294896 cactgatttggaaccggaagtcataagggttcttcaagatagagagaaacctagtgtttatccggttggacctatgattaggaatgagtcaaataatgaa 8294797  T
Q  514 gcaagcatgtcaatatgtttaaggtggttggaaaatcaaccaccaagttctgttctttatgtatgttttgggagtggtggaac 596  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | |||||| |||||||||||    
T  8294796 gcaaacatgtcaatgtgtttaaggtggttggaaaatcaacaaccaagttctgttctttttgtctcttttggaagtggtggaac 8294714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 596
Target Start/End: Original strand, 33256459 - 33257041
Alignment:
Q  14 cacagatgaaactcatagtgaaacactctattccatttcttcatgaagaagtaaaatcactcctttcaaaaactcgcctagttgctttagttttcagcat 113  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||    
T  33256459 cacaaatgaaactcatagtgaaacactctattccatttcttcatgaagaagtaaaatcacttctttcaaaaactaaccttgttgctttagtttgcagcat 33256558  T
Q  114 gttttcaaccgatgcacatgatgttgctaaacatttcaaccttttatcataccttttcttttcctctggagctgttttattctctttatttctcactatt 213  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  33256559 gttttcaaccgatgcacacgatgtagctaaacatttcaaccttttgtcttaccttttcttttcttcaggagctgttttattctctttctttctcactctt 33256658  T
Q  214 ccaaaccttgatgaagctgcatcaactcagttcttagaatcaagttatgaaacagtaaatattcctggtttttctattcctctccatatcaaagagcttc 313  Q
    |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  33256659 ccaaacctcgatgatgctgcatctactcagttcttaggatcaagttatgaaatggtaaatgttcctggtttttctattcctttccatgtcaaagagcttc 33256758  T
Q  314 ccgacccgtttatctgtgaaagatcaagtgatgcctacaaatcaattcttgatgtgtgtcaaaaattatcattgtttgatggtgttattatgaatacttt 413  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  33256759 cagacccgtttaactgtgaaagatcaagtgatacctacaaatcaatccttgatgtgtgtcaaaaatcgtcattgtttgatggtgttataatcaatacttt 33256858  T
Q  414 cactgatttggaaccggaagtcataagggttcttcaagatagagagaaacctagtgtttatccggttggacctatgattaggaatgagtcaaataatgaa 513  Q
    || | ||||||||| ||||| | ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  33256859 cagtaatttggaactggaagccgtaagggtacttcaagacagagagaaacctagtgtttttccggttggacctatcattagaaatgagtcaaataatgaa 33256958  T
Q  514 gcaagcatgtcaatatgtttaaggtggttggaaaatcaaccaccaagttctgttctttatgtatgttttgggagtggtggaac 596  Q
    |||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||| |  ||||| |||||||||||    
T  33256959 gcaaacatgtcagtgtgtttaaggtggttggaaaatcagccaccaagttctgttatttttgtctcctttggaagtggtggaac 33257041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0428 (Bit Score: 379; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0428
Description:

Target: scaffold0428; HSP #1
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 596
Target Start/End: Original strand, 577 - 1159
Alignment:
Q  14 cacagatgaaactcatagtgaaacactctattccatttcttcatgaagaagtaaaatcactcctttcaaaaactcgcctagttgctttagttttcagcat 113  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||    
T  577 cacaaatgaaactcatagtgaaacactctattccatttcttcatgaagaagtaaaatcacttctttcaaaaactaaccttgttgctttagtttgcagcat 676  T
Q  114 gttttcaaccgatgcacatgatgttgctaaacatttcaaccttttatcataccttttcttttcctctggagctgttttattctctttatttctcactatt 213  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  677 gttttcaaccgatgcacacgatgtagctaaacatttcaaccttttgtcttaccttttcttttcttcaggagctgttttattctctttctttctcactctt 776  T
Q  214 ccaaaccttgatgaagctgcatcaactcagttcttagaatcaagttatgaaacagtaaatattcctggtttttctattcctctccatatcaaagagcttc 313  Q
    |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  777 ccaaacctcgatgatgctgcatctactcagttcttaggatcaagttatgaaatggtaaatgttcctggtttttctattcctttccatgtcaaagagcttc 876  T
Q  314 ccgacccgtttatctgtgaaagatcaagtgatgcctacaaatcaattcttgatgtgtgtcaaaaattatcattgtttgatggtgttattatgaatacttt 413  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  877 cagacccgtttaactgtgaaagatcaagtgatacctacaaatcaatccttgatgtgtgtcaaaaatcgtcattgtttgatggtgttataatcaatacttt 976  T
Q  414 cactgatttggaaccggaagtcataagggttcttcaagatagagagaaacctagtgtttatccggttggacctatgattaggaatgagtcaaataatgaa 513  Q
    || | ||||||||| ||||| | ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  977 cagtaatttggaactggaagccgtaagggtacttcaagacagagagaaacctagtgtttttccggttggacctatcattagaaatgagtcaaataatgaa 1076  T
Q  514 gcaagcatgtcaatatgtttaaggtggttggaaaatcaaccaccaagttctgttctttatgtatgttttgggagtggtggaac 596  Q
    |||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||| |  ||||| |||||||||||    
T  1077 gcaaacatgtcagtgtgtttaaggtggttggaaaatcagccaccaagttctgttatttttgtctcctttggaagtggtggaac 1159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 106; Significance: 9e-53; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 328 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 895033 - 894762
Alignment:
Q  328 tgtgaaagatcaagtgatgcctacaaatcaattcttgatgtgtgtcaaaaattatcattgtttgatggtgttattatgaatactttcactgatttggaac 427  Q
    |||||||||||||||   |  ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||| || || ||||||| |||||||||||    
T  895033 tgtgaaagatcaagtttagagtacaaatcatttcttgatgtgtgtcaaaaattctcattagttgatggtgttatcataaacactttcaatgatttggaac 894934  T
Q  428 cggaagtcataagggttcttcaagatagagagaaacctagtgtttatccggttggacctatgattaggaatgagtcaaataatgaagcaagcat---gtc 524  Q
    | || ||||||||| |||||||||| | |||||||||| || ||||||| || |||||  |    || |||||||| |||  |||||  | |||    ||    
T  894933 ctgaggtcataaggcttcttcaagaaaaagagaaaccttgtttttatccagtgggacccctccacagaaatgagtctaattgtgaagataacattaattc 894834  T
Q  525 aatatgtttaaggtggttggaaaatcaaccaccaagttctgttctttatgtatgttttgggagtggtggaac 596  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  894833 aatgtgtttaaggtggttggagaatcaaccaccaagttctgttctttatgtatgttttgggagtggtggaac 894762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 14 - 596
Target Start/End: Original strand, 905290 - 905881
Alignment:
Q  14 cacagatgaaactcatagtgaaacactctattccatttcttcatgaagaagtaaaatcactcctttcaaaaactcgcctagttgctttagttttcagcat 113  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||| ||||||  ||| ||| ||||| | ||  |  |    
T  905290 cacaaatgaaactcattgtgaaacattctattccatttctacaagaagaagtaaaatcactcatttccaaaactaaccttgtttctttaatctttggtct 905389  T
Q  114 gttttcaaccgatgcacatgatgttgctaaacatttcaaccttttatcataccttttcttttcctctggagctgttttattctctttatttctcactatt 213  Q
     || ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  | |  || |||||||||| | |||| || ||| ||| ||| || || ||||||||| ||    
T  905390 attctcaaccgatgcacatgaagttgctaaacaattcaatttatcttcttaccttttctatgcctcgggtgctctttcattgtcattctttctcactctt 905489  T
Q  214 ccaaaccttgatgaagctgcatcaact----cag--ttcttagaatcaagttatgaaacagtaaatattcctggtttttctattcctctccatatcaaag 307  Q
    || || || || ||  |||  ||  ||    |||  ||||||||||||  ||||||||| || |||||||| |||| |   || ||  | ||||||||||    
T  905490 ccgaatctcgacgactctgtttcctctgaagcagaattcttagaatcagcttatgaaactgtgaatattccaggttgtgtcatcccatttcatatcaaag 905589  T
Q  308 agcttcccgacccgtttatctgtgaaagatcaagtgatgcctacaaatcaattcttgatgtgtgtcaaaaattatcattgtttgatggtgttattatgaa 407  Q
    |  |||| ||     || | ||||||||||||| ||     ||||||  | ||||||| || ||||||||| |  ||||  |||||||| |||| || |     
T  905590 atattccagaaataattctatgtgaaagatcaaatgtaaattacaaaatatttcttgaagtttgtcaaaaactcacattagttgatggttttataatcag 905689  T
Q  408 tactttcactgatttggaaccggaagtcataagggttcttcaagatagagagaaacctagtgtttatccggttggacctatgattaggaatgagtcaaat 507  Q
     ||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||| || ||||| || ||||| |||||||| |||    
T  905690 cactttcactgatttggagccagatgttataagggttcttcaagaaaaagagaaaccttgtgtttatccagtgggacccattattagaaatgagtctaat 905789  T
Q  508 aatgaagcaagcatg---tcaatatgtttaaggtggttggaaaatcaaccaccaagttctgttctttatgtatgttttgggagtggtggaac 596  Q
      |||||  | |||    ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  905790 tgtgaagataacattaattcaatgtgtttaaggtggttggagaatcaacctccaaattctgttctttatgtatgttttgggagtggtggaac 905881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 10 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 895357 - 895178
Alignment:
Q  10 gcagcacagatgaaactcatagtgaaacactctattccatttcttcatgaagaagtaaaatcactcctttcaaaaactcgcctagttgctttagttttca 109  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||  ||||||| ||||||||| |||| ||||||  ||| ||| ||||| | ||||    
T  895357 gcagcacaaatgaaactcattgtgaaacattctattccatttcttcaacaagaagttaaatcactcatttccaaaactaaccttgtttctttaatcttca 895258  T
Q  110 gcatgttttcaaccgatgcacatgatgttgctaaacatttcaaccttttatcataccttttcttttcctctggagctgtt 189  Q
    | || |||||||| |||||| |||| ||||| ||||| || ||| | |  || |||||||||| | |||| |||||||||    
T  895257 gtatattttcaacagatgcatatgaagttgccaaacaatttaacttgtcttcttaccttttctatgcctcaggagctgtt 895178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 96; Significance: 9e-47; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 9e-47
Query Start/End: Original strand, 163 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 46720808 - 46720649
Alignment:
Q  163 taccttttcttttcctctggagctgttttattctctttatttctcactattccaaaccttgatgaagctgcatcaactcagttcttagaatcaagttatg 262  Q
    ||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| |||||    
T  46720808 taccttttcttgtcctcagtagctgttttattctctttgtttctcactattccaaaccttgatgaagttgcttcaactcagttcttcgaatcaaattatg 46720709  T
Q  263 aaacagtaaatattcctggtttttctattcctctccatatcaaagagcttcccgacccgt 322  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||  ||||| ||||||| ||| | |||||||    
T  46720708 aaacagtaaatgttcctagtttttctattccattccatgtcaaagatctttcagacccgt 46720649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 366 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 46720614 - 46720520
Alignment:
Q  366 tgtgtgtcaaaaattatcattgtttgatggtgttattatgaatactttcactgatttggaaccggaagtcataagggttcttcaagatagagaga 460  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||  ||| |||||||    
T  46720614 tgtgtgtccaaaattatcattgtttgatggtgttattatgaatactttcactgatttggaactggaagccataagggtacttagagagagagaga 46720520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 454 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 46720498 - 46720409
Alignment:
Q  454 agagagaaacctagtgtttatccggttggacctatgattaggaatgagtcaaataatgaagcaagcatgtcaatatgtttaaggtggttgg 544  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||| |||||    
T  46720498 agagagaaccctagtgtttatccg-ttggacctgccattaggaatgagtcaaataatgaagcaagcatgtcagtgtgttcaaggttgttgg 46720409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University