View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11847_high_1 (Length: 744)

Name: NF11847_high_1
Description: NF11847
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11847_high_1
NF11847_high_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (19-729)||(5171744-5172449)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 587; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 587; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 729
Target Start/End: Complemental strand, 5172449 - 5171744
Alignment:
Q  19 aaatagctatgaagcaatccctgttactataatgaagacctctaaattggcatattatgtacatatttgttgtctcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                     |    
T  5172449 aaatagctatgaagcaatccctgttactataatgaagacctctaaattggcatattatgtacatatttgttgtctcagaaaaataaaaatagaaaaaaat 5172350  T
Q  119 atcatgcttatctaccaaccaaactagaacattacaatgaattgagatttgattgatacactgtttcatgttagttaaacatgagtcacatctatccagc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5172349 atcatgcttatctaccaaccaaactaaaacattacaatgaattgagatttgattgatacactgtttcatgttagttaaacatgagtcacatctatccagc 5172250  T
Q  219 aatgctcgaagactaactcaaaaatatcttattgtctcgcattatcgcataaaccaaaacaaagatgctactatccatcaaattcaaaggttcaaaacca 318  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5172249 aatgctcgaacactaactcaaaaatatcttattgtctcgcattatcgcataaaccaaaacaaagatgctactatccatcaaattcaaaggttcaaaacca 5172150  T
Q  319 tcaaattcttgtgcattattgtgggacattattgcgctatgagaggtggaagatccaagatgatataaggcctcatattttctgtattaagcttaaagct 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5172149 tcaaattcttgtgcattattgtgggacattattgcgctatgagaggtggaagatccaagatgatataaggcctcatattttctgtattaagcttaaagct 5172050  T
Q  419 catatttctcaccatagaaatctcgtaggaccccttcatcattcctaacacaactgaattttacagattgaaacgtggctgttgtacccaacactaacag 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5172049 catatttctcaccatagaaatctcgtaggaccccttcatcattcctaacacagctgaattttacagattgaaacgtggctgttgtacccaacactaacag 5171950  T
Q  519 tttgttgttgtgtctatataaactgtgcttttatgttgggccctttgttacctctagcggaggcagttatgtactcagttggaaagataattgctcttta 618  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  5171949 tttgttgttgtgtctatataacctgtgcttttatgttgggccctttgttacctctagcggaggcagttatgtgctcagttgg-aagataattgctcttta 5171851  T
Q  619 ggcacttgctatttcaaccgcagttaactatcattcgttcgtttattcacagtagttaattgatgttcattcaatatcagcggcagttaactaccgttgt 718  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||    |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  5171850 ggcacttgctatttcaacggcagttaactatca----ttcgtttatttacagtatttaattgatgttcattcaatatcagcggcagttaactaccgctgt 5171755  T
Q  719 gttttgttcat 729  Q
    |||||||||||    
T  5171754 gttttgttcat 5171744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University