View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11847_high_2 (Length: 735)

Name: NF11847_high_2
Description: NF11847
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11847_high_2
NF11847_high_2
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (319-716)||(9490505-9490903)
chr8 (15-289)||(30224173-30224452)
chr8 (15-290)||(5567368-5567648)
chr8 (15-289)||(25248955-25249228)
chr8 (15-287)||(3375443-3375709)
chr8 (40-287)||(31032038-31032285)
chr8 (15-274)||(6428700-6428963)
chr8 (40-253)||(3379149-3379366)
chr8 (10-204)||(36535855-36536035)
chr8 (171-233)||(14935576-14935638)
chr8 (236-289)||(5567676-5567729)
chr8 (40-92)||(19473676-19473728)
chr8 (40-92)||(19544601-19544653)
chr8 (40-92)||(19588043-19588095)
chr8 (290-320)||(9490210-9490240)
chr8 (141-203)||(29274787-29274849)
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (15-289)||(7040304-7040583)
chr4 (15-289)||(23564684-23564963)
chr4 (15-274)||(18656066-18656330)
chr4 (20-289)||(23566383-23566628)
chr4 (15-289)||(52520542-52520824)
chr4 (15-289)||(52518700-52518982)
chr4 (48-206)||(54296454-54296617)
chr4 (105-233)||(3529251-3529379)
chr4 (105-233)||(23985773-23985901)
chr4 (40-233)||(52545137-52545333)
chr4 (100-289)||(3274538-3274728)
chr4 (40-121)||(56074680-56074766)
chr4 (133-233)||(24807423-24807522)
chr4 (183-233)||(18395816-18395866)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (15-289)||(29758063-29758342)
chr2 (110-274)||(20516053-20516223)
chr2 (57-144)||(8759115-8759207)
chr2 (221-287)||(8759203-8759269)
chr2 (40-134)||(18612074-18612174)
chr2 (232-282)||(31155713-31155763)
chr2 (95-132)||(17149025-17149062)
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (15-287)||(44963108-44963385)
chr7 (15-289)||(20046504-20046787)
chr7 (15-289)||(28124596-28124878)
chr7 (15-289)||(28126423-28126705)
chr7 (15-289)||(4895525-4895806)
chr7 (110-233)||(37405559-37405682)
chr7 (15-134)||(28014282-28014406)
chr7 (201-287)||(44962228-44962314)
chr7 (15-233)||(25471780-25472003)
chr7 (93-168)||(4880267-4880343)
chr7 (29-78)||(8405666-8405715)
chr7 (100-176)||(4571066-4571144)
chr7 (121-183)||(36989570-36989632)
chr7 (244-289)||(6324013-6324058)
[»] chr6 (20 HSPs)
chr6 (15-287)||(19645309-19645586)
chr6 (15-289)||(5376818-5377100)
chr6 (15-281)||(5378681-5378955)
chr6 (15-263)||(1088662-1088915)
chr6 (92-287)||(15149129-15149331)
chr6 (110-233)||(15868391-15868514)
chr6 (110-233)||(33866098-33866221)
chr6 (110-233)||(15866579-15866702)
chr6 (110-233)||(33869245-33869368)
chr6 (124-205)||(9415095-9415176)
chr6 (219-289)||(9414962-9415032)
chr6 (105-233)||(14611083-14611210)
chr6 (162-233)||(32079909-32079980)
chr6 (232-289)||(9415050-9415107)
chr6 (15-130)||(8915570-8915690)
chr6 (38-92)||(24544764-24544818)
chr6 (106-226)||(28884359-28884480)
chr6 (29-130)||(20985831-20985937)
chr6 (173-233)||(14620510-14620570)
chr6 (105-181)||(14618975-14619050)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (15-290)||(17402791-17403074)
chr3 (15-287)||(1139958-1140223)
chr3 (15-289)||(6789563-6789842)
chr3 (100-233)||(20302625-20302760)
chr3 (133-233)||(20327167-20327269)
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (15-283)||(17449260-17449532)
chr1 (15-289)||(16808587-16808869)
chr1 (110-233)||(9312028-9312151)
chr1 (110-233)||(3282800-3282923)
chr1 (110-233)||(3284501-3284624)
chr1 (110-233)||(9310411-9310534)
chr1 (182-290)||(48940618-48940726)
chr1 (140-233)||(37664694-37664787)
chr1 (140-233)||(37674416-37674509)
chr1 (140-233)||(37702185-37702278)
chr1 (31-186)||(48941646-48941810)
chr1 (133-226)||(902083-902175)
chr1 (48-233)||(5924828-5925006)
[»] scaffold0057 (1 HSPs)
scaffold0057 (40-233)||(58785-58982)
[»] scaffold0251 (1 HSPs)
scaffold0251 (110-233)||(6225-6348)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (110-233)||(39787168-39787291)
chr5 (92-233)||(25076206-25076348)
chr5 (92-233)||(25134175-25134317)
chr5 (42-92)||(20012959-20013009)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (56-233)||(39144-39325)
[»] scaffold0189 (1 HSPs)
scaffold0189 (15-115)||(19063-19167)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 351; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 319 - 716
Target Start/End: Original strand, 9490505 - 9490903
Alignment:
Q  319 tataagaaaaatactgattactctaatactttcaaattcannnnnnnnattgaaactatgtcctcatcttaaaa-aattgagaaatggataaaaggaaaa 417  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  9490505 tataagaaaaataccggttactctaataatttcaaattcattttttttattgaaactatgtcctcatcttaaaaaaattgagaaatgaataaaaggaaaa 9490604  T
Q  418 acttcgaacaatatgatattaaatagagttgaatttggtattgtaatggtatggaccagaaaaggccaaacctagttatctcatgaaatattgtctagca 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9490605 acttcgaacaatatgatattaaatagagttgaatttggtattgtaatggtatggaccagaaaaggccaaacctagttatctcatgaaatattgtctagca 9490704  T
Q  518 agaaagttcaagaatggccccatatcaaggtctaaatataaacttgtatgaggttttgaccatagtagcataaaggatgataaattgtggaaatctaccc 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9490705 agaaagttcaagaatggccccatatcaaggtctaaatataaacttgtatgaggttttgaccatagtagcataaaggatgataaattgtggaaatctaccc 9490804  T
Q  618 cctaacatcatccttgaaaactcagaattctagaagcactgacagataggcacaacattgttggtagcatcgagggacacattcaaattagacaagttc 716  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9490805 cctaacatcatccttgaaaactcagaattctagaagcactgacagataggcacaacattgttggtagcatcgagggacacattcaaattagacaagttc 9490903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 15 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 30224452 - 30224173
Alignment:
Q  15 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgat 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||    
T  30224452 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgat 30224353  T
Q  110 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30224352 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 30224253  T
Q  210 ttatcaactaactatagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 289  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30224252 ttatcaactaactatagttgattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaaca 30224173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 205; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 15 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 5567648 - 5567368
Alignment:
Q  15 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgat 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||    
T  5567648 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgat 5567549  T
Q  110 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 209  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  5567548 aaaagatgatgaatgagtacaatagttttcctatatatagagattagtttgagtaactaactccaactaacttctaactaagctactaactctagtttag 5567449  T
Q  210 ttatcaactaactatagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaacat 290  Q
     |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| || |||| |||||||    
T  5567448 ctatcaactaactatagttgattactaactctagtctaactactttaactaacttcacataacttccagctattttaacat 5567368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 15 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 25249228 - 25248955
Alignment:
Q  15 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgat 109  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||    
T  25249228 catagggagaaaagtcatatatgtaagcaagatagcaagcataagggtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgat 25249129  T
Q  110 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 209  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25249128 aaaagatcatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctttaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 25249029  T
Q  210 ---ttatcaactaactatagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 289  Q
       ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||         |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  25249028 ttattatcaattaactatagttgattactaactctagtc---------taactaactccacataacttccaactatcttaaca 25248955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 15 - 287
Target Start/End: Original strand, 3375443 - 3375709
Alignment:
Q  15 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcagaaatgaatagattgataaaag 114  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||  |||     |||||||||||||||| |||||    
T  3375443 catagggagaaaggtcatagatgtaagtaagatagcaagcaaaagagtactcatgtgggagatactcattgta-----gaaatgaatagattga-aaaag 3375536  T
Q  115 ataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatc 214  Q
    |||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  3375537 ataatgaatgggtacaatagagttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatc 3375636  T
Q  215 aactaactatagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaa 287  Q
    |||||||||||||| |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3375637 aactaactatagttgattactaacagaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 3375709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 150; E-Value: 6e-79
Query Start/End: Original strand, 40 - 287
Target Start/End: Original strand, 31032038 - 31032285
Alignment:
Q  40 agcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcagaa----atgaatagattgataaaagataatgaatgagtacaatagt 135  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||  |    ||||||||||||||||||||| ||||||||||  | || |    
T  31032038 agcaagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaatgaatagattgataaaagatcatgaatgagtgtagtaat 31032137  T
Q  136 gttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaattact 235  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31032138 gttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaa----cttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaactatagttgattact 31032233  T
Q  236 aactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaa 287  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31032234 aactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 31032285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 15 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 6428963 - 6428700
Alignment:
Q  15 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcaga----aatgaatagatt-gat 109  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||      | |||||||||| |||    
T  6428963 cataaggagagaagtcatagatgtaagtaagatagcaaacataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattgtagagtgaatagatttgat 6428864  T
Q  110 -aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagttta 208  Q
     ||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||    
T  6428863 taaaagatgatgaatgattacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttttaactaaggtactaactctagttta 6428764  T
Q  209 cttatcaactaactatagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactt 274  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  6428763 cttatcaactaattatagttgattactaactcttgtctaactac--taactaactccacataactt 6428700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 40 - 253
Target Start/End: Original strand, 3379149 - 3379366
Alignment:
Q  40 agcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcagaa----atgaatagattgataaaagataatgaatgagtacaatagt 135  Q
    ||||||| |||||| |||| |||||||||| |||||||||||| || ||||||  |    |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  3379149 agcaagaaagcaagtataaaagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaatgaatagattgataaaaaatgatgaatgagtacaatagt 3379248  T
Q  136 gttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaattact 235  Q
     ||| |  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||    
T  3379249 tttccttaatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaactaaactactaactctagtttaactatcaactaactatagttgattact 3379348  T
Q  236 aactctagtctaactacc 253  Q
    ||||||||||||||||||    
T  3379349 aactctagtctaactacc 3379366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 7e-54
Query Start/End: Original strand, 10 - 204
Target Start/End: Original strand, 36535855 - 36536035
Alignment:
Q  10 agaagcatagggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcagaaatgaatagattgat 109  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||               |||||||||||||||||    
T  36535855 agaatcatagggagaaaggtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatt--------------gaaatgaatagattgat 36535940  T
Q  110 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctag 204  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36535941 aaaagatgatgaatgagtacaacagtattgctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctag 36536035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 171 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 14935638 - 14935576
Alignment:
Q  171 tctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 233  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  14935638 tctaactaacttctaaccaagttactaactctagtttacctatcaactaactatagttgatta 14935576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 236 - 289
Target Start/End: Original strand, 5567676 - 5567729
Alignment:
Q  236 aactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 289  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||| ||||||    
T  5567676 aactctagtctaactaccttaactaacttcacataacttccagctattttaaca 5567729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 40 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 19473728 - 19473676
Alignment:
Q  40 agcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca 92  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||    
T  19473728 agcaagaaagcaagaataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactca 19473676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 40 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 19544653 - 19544601
Alignment:
Q  40 agcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca 92  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||    
T  19544653 agcaagaaagcaagaataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactca 19544601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 40 - 92
Target Start/End: Original strand, 19588043 - 19588095
Alignment:
Q  40 agcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca 92  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||    
T  19588043 agcaagaaagcaagaataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactca 19588095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 290 - 320
Target Start/End: Original strand, 9490210 - 9490240
Alignment:
Q  290 tggtctatagggaagtatttcgtaacttata 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9490210 tggtctatagggaagtatttcgtaacttata 9490240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 141 - 203
Target Start/End: Original strand, 29274787 - 29274849
Alignment:
Q  141 tatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactcta 203  Q
    |||||||| |||||| || |||||| || |||||||||||   ||||||||||||||||||||    
T  29274787 tatatataaagattaattggagtaattaactctaactaacccgtaaccaagctactaactcta 29274849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 248; Significance: 1e-137; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 15 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 7040583 - 7040304
Alignment:
Q  15 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgat 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||    
T  7040583 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgat 7040484  T
Q  110 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7040483 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 7040384  T
Q  210 ttatcaactaactatagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 289  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7040383 ttatcaactaactatagttgattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaaca 7040304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 15 - 289
Target Start/End: Original strand, 23564684 - 23564963
Alignment:
Q  15 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgat 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||    
T  23564684 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaaaatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgat 23564783  T
Q  110 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23564784 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 23564883  T
Q  210 ttatcaactaactatagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 289  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  23564884 ttatcaactaactatagttgattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaaca 23564963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 15 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 18656330 - 18656066
Alignment:
Q  15 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgat 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||    
T  18656330 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgat 18656231  T
Q  110 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 209  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  18656230 aaaagatgatgaatgagtacaatagttttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaactaagctactaactctagtttag 18656131  T
Q  210 ttatcaactaactatagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactt 274  Q
     |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  18656130 ctatcaactaactatagttgattactaactctagtctaactaccttaactaacttcacataactt 18656066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 172; E-Value: 5e-92
Query Start/End: Original strand, 20 - 289
Target Start/End: Original strand, 23566383 - 23566628
Alignment:
Q  20 ggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcagaaatgaatagattgataaaagataat 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||               |||||||||||||||||    
T  23566383 ggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacccatgagggagatactcaaagta---------------gattgataaaagataat 23566467  T
Q  120 gaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaacta 219  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  23566468 gaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaagtctagtttacttatcaacta 23566567  T
Q  220 actatagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 289  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23566568 actatagttgattactaactctagtc---------taactaactccacataactttcaactatcttaaca 23566628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 155; E-Value: 7e-82
Query Start/End: Original strand, 15 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 52520824 - 52520542
Alignment:
Q  15 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca----gaaatgaatagatt-gat 109  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||  |  ||    |||||||| | ||| |||    
T  52520824 catagggagaaagatcatagatgtaagaaagagagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagagatccatattgaaatgaaaatatttgat 52520725  T
Q  110 -aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagttta 208  Q
     ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  52520724 taaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagttta 52520625  T
Q  209 cttatcaactaactatagttaattac--taactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 289  Q
    |||||||||||||||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||    
T  52520624 cttatcaactaactatagttgattacaattactctagtctaactaccttaactaactacacataacttccaactattttaaca 52520542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 143; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 15 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 52518982 - 52518700
Alignment:
Q  15 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcaga----aatgaatagatt-gat 109  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||  |  || |    |||||| | ||| |||    
T  52518982 catagggagaaagatcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagaactcatgtgggagatactcatagagatccatattggaatgaaaatatttgat 52518883  T
Q  110 -aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagttta 208  Q
     ||||||| |||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  52518882 taaaagatgatgattgagtacaacagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagttta 52518783  T
Q  209 cttatcaactaactatagttaattac--taactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 289  Q
    |||||||||||||||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||    
T  52518782 cttatcaactaactatagttgattacaattactctagtctaactaccttaactaactacacataacttccaactattttaaca 52518700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 48 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 54296617 - 54296454
Alignment:
Q  48 agcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcag----aaatgaatagattgat-aaaagataatgaatgagtacaatagtgttctta 142  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||     |||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  54296617 agcaagcataagagtactgatgagggagatactcatagaaactcattataaaatgaattgattgattaaaagatcatgaatgagtacaatagtgttccta 54296518  T
Q  143 tatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtt 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54296517 tatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtt 54296454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 105 - 233
Target Start/End: Original strand, 3529251 - 3529379
Alignment:
Q  105 ttgataaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctag 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  3529251 ttgataaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactttag 3529350  T
Q  205 tttacttatcaactaactatagttaatta 233  Q
    ||||| ||||||||||||| |||| ||||    
T  3529351 tttacctatcaactaactacagttgatta 3529379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 105 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 23985901 - 23985773
Alignment:
Q  105 ttgataaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctag 204  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23985901 ttgataaaagatggtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgaataactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctag 23985802  T
Q  205 tttacttatcaactaactatagttaatta 233  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  23985801 tttacctatcaactaactatagttgatta 23985773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 40 - 233
Target Start/End: Original strand, 52545137 - 52545333
Alignment:
Q  40 agcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcagaa----atgaatagattgataaaagataatgaa-tgagtacaatag 134  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||  |    |||||||||||||||||||||||| || ||| ||||  ||    
T  52545137 agcaagaaagcgagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaatgaatagattgataaaagataataaaatga-tacatgag 52545235  T
Q  135 tgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 233  Q
    ||||| ||||||||||| |||||| | ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  52545236 tgttcctatatatagagtttagtt-gtgtaactaactctaaccaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatagttgatta 52545333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 100 - 289
Target Start/End: Original strand, 3274538 - 3274728
Alignment:
Q  100 atagattgataaaagataatgaatgagtacaatagtg-ttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaa 198  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||| ||  || |  ||||||||||| |||| ||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  3274538 atagattgataaaagatgatgaatgattaccatgatgatgtttatatatagaaattaatttgagtaattaactctaactaacttctaatcaagccactaa 3274637  T
Q  199 ctctagtttacttatcaactaactatagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 289  Q
    |||| |||||| |||||||||| ||||||| |||||||||| |||| | |||||||||||||||| || ||||||| ||||||| ||||||    
T  3274638 ctcttgtttacctatcaactaattatagttgattactaactatagttttactaccttaactaacttcatataacttccaactattttaaca 3274728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 40 - 121
Target Start/End: Original strand, 56074680 - 56074766
Alignment:
Q  40 agcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactc-----agaaatgaatagattgataaaagataatga 121  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||     ||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  56074680 agcaagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcgttatagaaatgaatagaatgataaaagatgatga 56074766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 133 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 24807522 - 24807423
Alignment:
Q  133 agtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatt 232  Q
    ||||||| ||||||||||  |||||| | ||||||| ||||  ||||||  |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||    
T  24807522 agtgttcctatatatagattttagtt-gtgtaactaactcttcctaactcttaaccaagcttctaactctaatttacctatcaactaactatagttgatt 24807424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 183 - 233
Target Start/End: Original strand, 18395816 - 18395866
Alignment:
Q  183 ctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 233  Q
    |||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  18395816 ctaaccaacctattaactatagtttacctatcaactaactatagttgatta 18395866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 244; Significance: 1e-135; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 15 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 29758342 - 29758063
Alignment:
Q  15 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgat 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||    
T  29758342 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgat 29758243  T
Q  110 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29758242 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 29758143  T
Q  210 ttatcaactaactatagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 289  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  29758142 ttatcaactaactatagttgattactaagtctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaaca 29758063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 110 - 274
Target Start/End: Original strand, 20516053 - 20516223
Alignment:
Q  110 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttg----agtaactac-----ctctaactaacttctaaccaagctactaact 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    ||||||||      ||||||||| ||| ||||||||||||||||     
T  20516053 aaaaaataatgaatgagtacaatagtgttcttatatataaaaattagtttgtttgagtaactaaactaactctaactatcttttaaccaagctactaacc 20516152  T
Q  201 ctagtttacttatcaactaactatagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactt 274  Q
    |||| | |||||   ||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  20516153 ctagctaactta---actaactatagttaattactaactccagtttaattaccttaactaactgcacataactt 20516223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 57 - 144
Target Start/End: Original strand, 8759115 - 8759207
Alignment:
Q  57 aagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttata 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||     |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  8759115 aagagtactcatgagggagatactcaaagaaactcattgtagaaatgaacagattgataaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctata 8759207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 221 - 287
Target Start/End: Original strand, 8759203 - 8759269
Alignment:
Q  221 ctatagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaa 287  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8759203 ctatagttgattactaactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 8759269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 40 - 134
Target Start/End: Original strand, 18612074 - 18612174
Alignment:
Q  40 agcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaag-ataatgaatgagtacaata 133  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| | | |  ||||||     |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  18612074 agcaagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatatttacaaaaactcattatagaaatgaatagattgataaaagtataatgattgagtacaata 18612173  T
Q  134 g 134  Q
    |    
T  18612174 g 18612174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 232 - 282
Target Start/End: Original strand, 31155713 - 31155763
Alignment:
Q  232 tactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactat 282  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  31155713 tactaactctagtttaactaccttaactaactccgcataacttccaactat 31155763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 95 - 132
Target Start/End: Original strand, 17149025 - 17149062
Alignment:
Q  95 aatgaatagattgataaaagataatgaatgagtacaat 132  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  17149025 aatgaatagattgataaaagataatgatagagtacaat 17149062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 210; Significance: 1e-114; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 15 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 44963385 - 44963108
Alignment:
Q  15 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgat 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||     |||||||||||||||||    
T  44963385 catagggagaaaagtcatagatgtaagtaagatagcaagcataagagtattcatgagggagatactcaaagaaattcattgtagaaatgaatagattgat 44963286  T
Q  110 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 209  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  44963285 aaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattaatttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttac 44963186  T
Q  210 ttatcaactaactatagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaa 287  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  44963185 ttatcaactaactatagttgattactaactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 44963108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 15 - 289
Target Start/End: Original strand, 20046504 - 20046787
Alignment:
Q  15 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgat 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||     |||||||||||||||||    
T  20046504 catagggagaaaagtcatagatgtaagcgagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaaatgaatagattgat 20046603  T
Q  110 aaaa-gataatgaatgagtacaatagtgttcttatatata-gagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagttt 207  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  20046604 aaaaagatattgaatgagtacaatagtgttcctatatataagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagttt 20046703  T
Q  208 acttatcaactaactatagttaattac--taactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 289  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||    
T  20046704 acttatcaactaactatagttgattacaattactctagtctaactaccttaactaactacacataacttccaactattttaaca 20046787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 155; E-Value: 7e-82
Query Start/End: Original strand, 15 - 289
Target Start/End: Original strand, 28124596 - 28124878
Alignment:
Q  15 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcaga----aatgaatagatt-gat 109  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||  |  || |    |||||| | ||| |||    
T  28124596 catagggagaaagatcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagagatccatattggaatgaaaatatttgat 28124695  T
Q  110 -aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagttta 208  Q
     ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28124696 taaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagttta 28124795  T
Q  209 cttatcaactaactatagttaattac--taactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 289  Q
    |||||||||||||||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||    
T  28124796 cttatcaactaactatagttgattacaattactctagtctaactaccttaactaactacacataacttccaactattttaaca 28124878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 155; E-Value: 7e-82
Query Start/End: Original strand, 15 - 289
Target Start/End: Original strand, 28126423 - 28126705
Alignment:
Q  15 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcaga----aatgaatagatt-gat 109  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||  |  || |    |||||| | ||| |||    
T  28126423 catagggagaaagatcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagagatccatattggaatgaaaatatttgat 28126522  T
Q  110 -aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagttta 208  Q
     ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28126523 taaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagttta 28126622  T
Q  209 cttatcaactaactatagttaattac--taactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 289  Q
    |||||||||||||||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||    
T  28126623 cttatcaactaactatagttgattacaattactctagtctaactaccttaactaactacacataacttccaactattttaaca 28126705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 150; E-Value: 6e-79
Query Start/End: Original strand, 15 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 4895806 - 4895525
Alignment:
Q  15 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcaga----aatgaatagattgat- 109  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  |||||||||||| ||  |  || |    |||||||| ||||||     
T  4895806 catagggagaaagatcatagatgtaagcaagagagcaaacataagagtactcatctgggagatactcatagagatccatattggaatgaatatattgatt 4895707  T
Q  110 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 209  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4895706 aaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaaataactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttac 4895607  T
Q  210 ttatcaactaactatagttaattac--taactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 289  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  | |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||    
T  4895606 ttatcaactaactatagttgattacaattactctaatctaactaccttaactaactacacataacttccaactattttaaca 4895525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 110 - 233
Target Start/End: Original strand, 37405559 - 37405682
Alignment:
Q  110 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 209  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  37405559 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttat 37405658  T
Q  210 ttatcaactaactatagttaatta 233  Q
     |||||||||||||||||| ||||    
T  37405659 ctatcaactaactatagttgatta 37405682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 15 - 134
Target Start/End: Original strand, 28014282 - 28014406
Alignment:
Q  15 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactc-----agaaatgaatagattgat 109  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||     ||||||||||||||||||    
T  28014282 catagggagaaagatcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtgctcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaaatgaatagattgat 28014381  T
Q  110 aaaagataatgaatgagtacaatag 134  Q
    ||||||| |  ||||||||||||||    
T  28014382 aaaagatgaataatgagtacaatag 28014406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 201 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 44962314 - 44962228
Alignment:
Q  201 ctagtttacttatcaactaactatagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaa 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||    
T  44962314 ctagtttacttatcaactaactatagttgattactcactcaagtctaactaccttaactaacttcacataacttccaactatgttaa 44962228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 15 - 233
Target Start/End: Original strand, 25471780 - 25472003
Alignment:
Q  15 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcag-----aaatgaatagattgat 109  Q
    |||| |||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||| | |||||||||| | || ||||||      ||||||||||||||||    
T  25471780 cataaggagaaagatcatagatgtaagaaagatagcaagcataagattattcacgtgggagatactaatagaaactcattatataaatgaatagattgat 25471879  T
Q  110 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttct-tatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttct-aaccaagctactaactctagttt 207  Q
    ||||||| |  |||||||||||||| ||    ||| |||||   | | || ||||||||| |||   |||||| || |||||| |||||||||||||||     
T  25471880 aaaagatgaataatgagtacaatagagtgaggtatttataggagtgacttggagtaactaactcc--ctaactactgaaccaacctactaactctagtta 25471977  T
Q  208 acttatcaactaactatagttaatta 233  Q
    || |||||||||||||||||||||||    
T  25471978 acctatcaactaactatagttaatta 25472003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 93 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 4880343 - 4880267
Alignment:
Q  93 gaaatgaat-agattgataaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaacta 168  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| ||||||| ||||||| ||  ||||||||    
T  4880343 gaaatgaattagattgataaaagatgatgaatgagtataatggtgttcatatatatcgagattaattgaagtaacta 4880267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 29 - 78
Target Start/End: Complemental strand, 8405715 - 8405666
Alignment:
Q  29 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagata 78  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  8405715 tcatatatgtaagcaaaatagcaagcataagagtattcatgggggagata 8405666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 100 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 4571144 - 4571066
Alignment:
Q  100 atagattgataaaagataatgaa--tgagtacaat-agtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaac 176  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  4571144 atagattgataaaagataatgaaaatga-tacaatgagtgttcatatatatagagattagttgaagtaattaactctaac 4571066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 121 - 183
Target Start/End: Original strand, 36989570 - 36989632
Alignment:
Q  121 aatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttc 183  Q
    ||||| ||||||| ||||  ||||||||||||||||||||| |||||| |||||  |||||||    
T  36989570 aatgactacaataatgtttctatatatagagattagtttgaataactaactctacataacttc 36989632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 244 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 6324058 - 6324013
Alignment:
Q  244 tctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 289  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  6324058 tctaactatctaaactaactccacataactttctactattttaaca 6324013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 206; Significance: 1e-112; HSPs: 20)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 15 - 287
Target Start/End: Original strand, 19645309 - 19645586
Alignment:
Q  15 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgat 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||     ||||| |||||||||||    
T  19645309 catagggagaaaagtcatagatgtaaccaagatagcaagtataagagtactcatgagggagatactcaaagaaattcattgtagaaataaatagattgat 19645408  T
Q  110 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  19645409 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctgactaatttctaaccaagctactaactttagtttac 19645508  T
Q  210 ttatcaactaactatagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaa 287  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||    
T  19645509 ttatcaactaactataattgattactaactctagtctaactaccttaactaactccacatatcttctaactatcttaa 19645586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 15 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 5377100 - 5376818
Alignment:
Q  15 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgat 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||     |||||||||||||||||    
T  5377100 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaaatgaatagattgat 5377001  T
Q  110 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatata-gagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagttta 208  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5377000 aaaagatattgaatgagtacaatagtgttcctatatataagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagttta 5376901  T
Q  209 cttatcaactaactatagttaattac--taactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 289  Q
    |||||||||||||||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||| ||||||    
T  5376900 cttatcaactaactatagttgattacaattactctagtctaactaccttaactaactacatataacttccaactattttaaca 5376818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 15 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 5378955 - 5378681
Alignment:
Q  15 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgat 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||     |||||||||||||||||    
T  5378955 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaaatgaatagattgat 5378856  T
Q  110 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatata-gagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagttta 208  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5378855 aaaagatattgaatgagtacaatagtgttcctatatataagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagttta 5378756  T
Q  209 cttatcaactaactatagttaattac--taactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaacta 281  Q
    |||||||||||||||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  5378755 cttatcaactaactatagttgattacaattactctagtctaactaccttaactaactacacataacttccaacta 5378681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 15 - 263
Target Start/End: Original strand, 1088662 - 1088915
Alignment:
Q  15 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaa-gtaactcagaa----atgaatagattgat 109  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||| | ||||||  |    ||||||||||||||    
T  1088662 cataggaagagaagtcatagatgtaagcaagatagcaaacataagagtactcatatgggagatactcaaaagaaactcattatagaatgaatagattgat 1088761  T
Q  110 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 209  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  1088762 aaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgactaactaactctaactaacttctaacaaagctactaactctaatttac 1088861  T
Q  210 ttatcaactaactatagttaattactaactctagtctaactaccttaactaact 263  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||| | ||||||| ||||||||||    
T  1088862 ttatcaactaactatagttgatcactaactctaatttaactactttaactaact 1088915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 9e-66
Query Start/End: Original strand, 92 - 287
Target Start/End: Original strand, 15149129 - 15149331
Alignment:
Q  92 agaaatgaatagattgataaaagataatgaatgagtacaata-----gt--gttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttct 184  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     ||  |||| |||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  15149129 agaaatgaatagattgataaaagataatgaatgagtacagtacaacagtacgttcctatatatagaaattaatttgagtaactaactctaactaacttct 15149228  T
Q  185 aaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatct 284  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  15149229 aaccaagctactgaccctagtttacttatcaactaactatagttgattactaactcaagtctaactaccttaactaactccgcataacttccaactatct 15149328  T
Q  285 taa 287  Q
    |||    
T  15149329 taa 15149331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 110 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 15868514 - 15868391
Alignment:
Q  110 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15868514 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctattaactctagtttac 15868415  T
Q  210 ttatcaactaactatagttaatta 233  Q
     |||||||||||||||||| ||||    
T  15868414 ctatcaactaactatagttgatta 15868391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 110 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 33866221 - 33866098
Alignment:
Q  110 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 209  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33866221 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtctgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 33866122  T
Q  210 ttatcaactaactatagttaatta 233  Q
     |||||||||||||||||| ||||    
T  33866121 ctatcaactaactatagttgatta 33866098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 110 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 15866702 - 15866579
Alignment:
Q  110 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  15866702 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctaaatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctacccaagctattaactctagtttac 15866603  T
Q  210 ttatcaactaactatagttaatta 233  Q
     |||||||||||||||||| ||||    
T  15866602 ctatcaactaactatagttgatta 15866579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 110 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 33869368 - 33869245
Alignment:
Q  110 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 209  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33869368 aaaagatagtgaatgcgtacaatagtgttcctatatatagagattagtttaagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 33869269  T
Q  210 ttatcaactaactatagttaatta 233  Q
     |||||||||||||||||| ||||    
T  33869268 ctatcaactaactatagttgatta 33869245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 124 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 9415176 - 9415095
Alignment:
Q  124 gagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagt 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9415176 gagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttcactaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagt 9415095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 219 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 9415032 - 9414962
Alignment:
Q  219 aactatagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 289  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||    
T  9415032 aactatagttgatcactaactctagtctaactaccttaactaactccgcataacttccaactattttaaca 9414962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 105 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 14611210 - 14611083
Alignment:
Q  105 ttgataaaagataatgaa-tgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactcta 203  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||  ||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||| |||||| |||||  |||| |||||||||||||||    
T  14611210 ttgataaaagataatgaaatga-tacacgagtgttcctatatatagagtttagtt-gtgtaactaactctaaataactcttaacgaagctactaactcta 14611113  T
Q  204 gtttacttatcaactaactatagttaatta 233  Q
     ||||| ||||||||||| |||||| ||||    
T  14611112 atttacctatcaactaaccatagttgatta 14611083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 162 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 32079980 - 32079909
Alignment:
Q  162 gtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 233  Q
    ||||||| ||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  32079980 gtaactaactctaactaactcttaaccaagcttctaactctagtttacctatcaactaactatagttgatta 32079909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 232 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 9415107 - 9415050
Alignment:
Q  232 tactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 289  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  9415107 tactaactctagtctaacttccttaactaactccacataacttccaactattttaaca 9415050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 15 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 8915690 - 8915570
Alignment:
Q  15 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaact-----cagaaatgaatagattgat 109  Q
    ||||| || |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || || ||||||||| || ||||      ||||||||||||||| ||    
T  8915690 catagagataaaaatcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagtactcgtgtggaagatactcatagaaacttattatagaaatgaatagattaat 8915591  T
Q  110 aaaagataatgaatgagtaca 130  Q
    |||||||  | ||||||||||    
T  8915590 aaaagatgctaaatgagtaca 8915570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 38 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 24544818 - 24544764
Alignment:
Q  38 taagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca 92  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  24544818 taagcaagaaagcaagcataagagtactcatgagggagatactcatagaaactca 24544764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 106 - 226
Target Start/End: Original strand, 28884359 - 28884480
Alignment:
Q  106 tgataaaagataatgaatgagtacaat-agtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctag 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||| | |||||| |||||| ||  ||||||   ||||||| ||||   ||| ||||| ||||||||||    
T  28884359 tgataaaagataatgaatgagtacaatgattgttcctttatatacagattaattgaagtaaccgactctaaccaactataaacaaagcttctaactctag 28884458  T
Q  205 tttacttatcaactaactatag 226  Q
    || || ||||||||||||||||    
T  28884459 ttaacctatcaactaactatag 28884480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 29 - 130
Target Start/End: Original strand, 20985831 - 20985937
Alignment:
Q  29 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactc-----agaaatgaatagattgataaaagataatgaat 123  Q
    |||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||| || ||||||| | |  || ||     ||||||||||||||||||||||||||   |||    
T  20985831 tcatagatgtaatcaagtttgcaagcataagagtactcatgtggtagatacttataaaaattcattatagaaatgaatagattgataaaagatagcaaat 20985930  T
Q  124 gagtaca 130  Q
    |||||||    
T  20985931 gagtaca 20985937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 173 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 14620570 - 14620510
Alignment:
Q  173 taactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 233  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||  |||||| ||||    
T  14620570 taactaactcttaaccaagctactaactgtagtttacctatcaactaatcatagttgatta 14620510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 105 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 14619050 - 14618975
Alignment:
Q  105 ttgataaaagataatgaa-tgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaact 181  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||  ||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||    
T  14619050 ttgataaaagataatgaaatga-tacatgagtgttcctatatatagagtttag-ttgtgtaactaactctaactaact 14618975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 15 - 290
Target Start/End: Original strand, 17402791 - 17403074
Alignment:
Q  15 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgat 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||     |||||||||||||||||    
T  17402791 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaaatgaatagattgat 17402890  T
Q  110 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatata-gagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagttta 208  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  17402891 aaaagatattgaatgagtacaatagtgttcctatatataagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagttta 17402990  T
Q  209 cttatcaactaactatagttaattac--taactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaacat 290  Q
    |||||||||||||||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||    
T  17402991 cttatcaactaactatagttgattacaattactctagtctaactaccttaactaactacacataacttccaactattttaacat 17403074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 15 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 1140223 - 1139958
Alignment:
Q  15 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgat 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||    
T  1140223 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgat 1140124  T
Q  110 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 209  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||            |||||||||    
T  1140123 aaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaacc------------ctagtttac 1140036  T
Q  210 ttatcaactaactatagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaa 287  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  1140035 ttatcaactaactatagttgattactaactcaagtccaactaccttaactaactccatataacttccaactatcttaa 1139958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 15 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 6789842 - 6789563
Alignment:
Q  15 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaa-gatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcaga----aatgaatagattgat 109  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||      ||||||||||||||     
T  6789842 catagggagagaagtcatagatgtaagcaaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaatgaatagattgaa 6789743  T
Q  110 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 209  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  6789742 aaaagatagtgaatgagtacaatagtattcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagttcac 6789643  T
Q  210 ttatcaactaactatagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 289  Q
    ||||| ||||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||| ||||||    
T  6789642 ttatccactaactatacatgattaccaactctagtctaactaccttaactaactacacattacttccaactattttaaca 6789563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 100 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 20302760 - 20302625
Alignment:
Q  100 atagattgataaaagataatg--aatgagtacaat-agtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctact 196  Q
    ||||||| |||||||||||||  |||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| | || ||||| |||| ||||||| |||||    
T  20302760 atagatttataaaagataatggaaatg-gtacgatgagtgttcttatatatagagattagtttgaataaccaactataacttactt-taaccaatctact 20302663  T
Q  197 aactctagtttacttatcaact-aactatagttaatta 233  Q
    || ||||||| || | |||||| |||||||||| ||||    
T  20302662 aagtctagttaacctttcaactaaactatagtttatta 20302625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 133 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 20327269 - 20327167
Alignment:
Q  133 agtgttcttatatatagaga--ttagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaact-aactatagtta 229  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||| | || ||||| |||| ||||||||||||||| ||||||| || | |||||| ||||||||||     
T  20327269 agtgttcttatatatagagagattagtttgagtaaccaactataacttactt-taaccaagctactaagtctagttaacctttcaactaaactatagttt 20327171  T
Q  230 atta 233  Q
    ||||    
T  20327170 atta 20327167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 182; Significance: 5e-98; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 5e-98
Query Start/End: Original strand, 15 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 17449532 - 17449260
Alignment:
Q  15 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgat 109  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| || | ||||     || |||||||||||||     
T  17449532 catagggagaaaggtcatagatgtaagcaagatagcaagcaaaagagtactcatgtgggagatactcatagaatctcattgtagacatgaatagattga- 17449434  T
Q  110 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  17449433 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaacgaagctactaaccctagtttac 17449334  T
Q  210 ttatcaactaactatagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatc 283  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  17449333 ttatcaactaactatagttgattactaactcaagtccaactaccttaactaactccatataacttccaactatc 17449260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 15 - 289
Target Start/End: Original strand, 16808587 - 16808869
Alignment:
Q  15 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcaga----aatgaatagatt-gat 109  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||  |  || |    |||||| | ||| |||    
T  16808587 catagggagaaagatcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtcggagatactcatagagatccatattggaatgaaaatatttgat 16808686  T
Q  110 -aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagttta 208  Q
     ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  16808687 taaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcatatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagttta 16808786  T
Q  209 cttatcaactaactatagttaattac--taactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 289  Q
    |||||||||||||||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||    
T  16808787 cttatcaactaactatagttgattacaattactctagtctaactaccttaactaactacacataacttccaactattttaaca 16808869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 7e-54
Query Start/End: Original strand, 110 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 9312151 - 9312028
Alignment:
Q  110 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9312151 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 9312052  T
Q  210 ttatcaactaactatagttaatta 233  Q
     |||||||||||||||||| ||||    
T  9312051 ctatcaactaactatagttgatta 9312028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 110 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 3282923 - 3282800
Alignment:
Q  110 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 209  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3282923 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 3282824  T
Q  210 ttatcaactaactatagttaatta 233  Q
     |||||||||||||||||| ||||    
T  3282823 ctatcaactaactatagttgatta 3282800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 110 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 3284624 - 3284501
Alignment:
Q  110 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 209  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3284624 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 3284525  T
Q  210 ttatcaactaactatagttaatta 233  Q
     |||||||||||||||||| ||||    
T  3284524 ctatcaactaactatagttgatta 3284501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 110 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 9310534 - 9310411
Alignment:
Q  110 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9310534 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagatattaatttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 9310435  T
Q  210 ttatcaactaactatagttaatta 233  Q
    ||||||||||||||||||| ||||    
T  9310434 ttatcaactaactatagttgatta 9310411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 182 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 48940726 - 48940618
Alignment:
Q  182 tctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaacta 281  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  48940726 tctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaactatagttgattactaactcttgtctaactaccttaactaactccacataacttccaacta 48940627  T
Q  282 tcttaacat 290  Q
    | |||||||    
T  48940626 ttttaacat 48940618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 140 - 233
Target Start/End: Original strand, 37664694 - 37664787
Alignment:
Q  140 ttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 233  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  37664694 ttatatatagagattagtttgaataactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatagttgatta 37664787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 140 - 233
Target Start/End: Original strand, 37674416 - 37674509
Alignment:
Q  140 ttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 233  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  37674416 ttatatatagagattagtttgaataactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatagttgatta 37674509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 140 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 37702278 - 37702185
Alignment:
Q  140 ttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 233  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  37702278 ttatatatagagattagtttgaataactaactctaactaatttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatagttgatta 37702185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 31 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 48941810 - 48941646
Alignment:
Q  31 atagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-------gaaatgaatagatt-gat-aaaagataatga 121  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||| | |||||||||| |  ||||||       |||||||||||||| ||| |||||||| |||    
T  48941810 atagatgtaagcaagagagcaagtataagagtattcatgtgagagatactcatataaactcattatatagaaatgaatagatttgattaaaagatactga 48941711  T
Q  122 atgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaa 186  Q
    |||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  48941710 atgagtacaatagtgtttatatgtatagagattagtttgagtaaccaactctaactaacttctaa 48941646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 133 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 902175 - 902083
Alignment:
Q  133 agtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatag 226  Q
    ||||||| |||||| |||| ||| || | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  902175 agtgttcctatatagagagtttaatt-gtgtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatag 902083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 48 - 233
Target Start/End: Original strand, 5924828 - 5925006
Alignment:
Q  48 agcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcagaa----atgaatagattgataaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttat 143  Q
    |||||||||||||||| ||||   ||||||||||| || ||||||  |    ||||||||||||||||||||| |||||  | ||||  |||||||||||    
T  5924828 agcaagcataagagtattcatataggagatactcatagaaactcattatagaatgaatagattgataaaagatgatgaaataatacacgagtgttcttat 5924927  T
Q  144 atatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 233  Q
    |||||||| |||         |||   | |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  5924928 atatagagttta---------actg--tttaactaacttctaaccaaactactaactctaatttacctatcaactaactatagttgatta 5925006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0057 (Bit Score: 129; Significance: 2e-66; HSPs: 1)
Name: scaffold0057
Description:

Target: scaffold0057; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 40 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 58982 - 58785
Alignment:
Q  40 agcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcagaa----atgaatagattgataaaagataatgaatgagtacaatagt 135  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||  |    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  58982 agcaagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaatgaatagattgataaaagatgatgaatgagtacaatagt 58883  T
Q  136 gttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 233  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||| ||||    
T  58882 gttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctactaactaactatagttgatta 58785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0251 (Bit Score: 100; Significance: 4e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0251
Description:

Target: scaffold0251; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 110 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 6348 - 6225
Alignment:
Q  110 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 209  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6348 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 6249  T
Q  210 ttatcaactaactatagttaatta 233  Q
     |||||| ||||||||||| ||||    
T  6248 ctatcaattaactatagttgatta 6225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 96; Significance: 1e-46; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 110 - 233
Target Start/End: Original strand, 39787168 - 39787291
Alignment:
Q  110 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 209  Q
    |||||| | |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39787168 aaaagacagtgaatgagtaaaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 39787267  T
Q  210 ttatcaactaactatagttaatta 233  Q
     |||||||||||||||||| ||||    
T  39787268 ctatcaactaactatagttgatta 39787291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 92 - 233
Target Start/End: Original strand, 25076206 - 25076348
Alignment:
Q  92 agaaatgaatagattgataaaagataatgaatgagtacaatag-tgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaa 190  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||| ||||| |||||||||||| || | |||  ||||||||||||   |||       
T  25076206 agaaatgaatatattgataaaagatgatgaaagagtacaattgttgttcctatatctagagattagttggaatgacttactctaactaactctaaacttg 25076305  T
Q  191 gctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 233  Q
    ||| |||| ||||||| || |||||||||||||||||| ||||    
T  25076306 gcttctaattctagttaacctatcaactaactatagttgatta 25076348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 92 - 233
Target Start/End: Original strand, 25134175 - 25134317
Alignment:
Q  92 agaaatgaatagattgataaaagataatgaatgagtacaatag-tgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaa 190  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||| ||||| |||||||||||| || | |||  ||||||||||||   |||       
T  25134175 agaaatgaatatattgataaaagatgatgaaagagtacaattgttgttcctatatctagagattagttggaatgacttactctaactaactctaaacttg 25134274  T
Q  191 gctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 233  Q
    ||| |||| ||||||| || |||||||||||||||||| ||||    
T  25134275 gcttctaattctagttaacctatcaactaactatagttgatta 25134317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 42 - 92
Target Start/End: Original strand, 20012959 - 20013009
Alignment:
Q  42 caagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca 92  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||    
T  20012959 caagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactca 20013009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 88; Significance: 6e-42; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 56 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 39325 - 39144
Alignment:
Q  56 taagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaagataatgaa-tgagtacaatagtgttcttatatatag 149  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |  ||||||     |||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||  ||||||| |||||||||    
T  39325 taagagtactcatgtgggagatactcataaaaactcattatagaaatgaatagattgataaaagatgatgaaatga-tacatgagtgttcctatatatag 39227  T
Q  150 agattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 233  Q
    || |||||| | ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39226 agtttagtt-gtgtaactaactttaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttgatta 39144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0189 (Bit Score: 52; Significance: 2e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0189
Description:

Target: scaffold0189; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 15 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 19167 - 19063
Alignment:
Q  15 catagggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca----gaaatgaatagattgata 110  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||| |||| || ||||||      ||||||||||||||||    
T  19167 catagggagaaaaatcatagatgtaagcaagatagaaagcataggagtactcatgtgggagatgctcatagaaactcattatagaatgaatagattgata 19068  T
Q  111 aaaga 115  Q
    |||||    
T  19067 aaaga 19063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University