View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11851_low_2 (Length: 802)

Name: NF11851_low_2
Description: NF11851
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11851_low_2
NF11851_low_2
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (123-786)||(12282572-12283235)
chr8 (123-786)||(12266846-12267512)
chr8 (127-650)||(12256891-12257414)
chr8 (127-650)||(12264283-12264806)
chr8 (123-650)||(12270895-12271419)
chr8 (127-683)||(12287528-12288081)
chr8 (14-82)||(12283277-12283345)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (125-686)||(29197581-29198139)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 636; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 636; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 123 - 786
Target Start/End: Complemental strand, 12283235 - 12282572
Alignment:
Q  123 gttagggtaattccaccaaaagggaaaaccaatagcaacaccattacagttcttgacaccaacatccattccagttaaccggccaccacaattctttcca 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12283235 gttagggtaattccaccaaaagggaaaaccaatagcaacaccattacagttcttgacaccaacatccattccagttaaccggccaccacaattctttcca 12283136  T
Q  223 tgcatcaccgtttgcttctccgccacggtaactgatttttcctccggcacaaccaccctcacactgaaatgaataactccattttgcctcccttcccaat 322  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12283135 tgcatcaccgtttgcttctccgccacggtaactgatctttcctccggcacaaccaccctcacactgaaatgaataactccattttgcctcccttcccaat 12283036  T
Q  323 ccctcaatttataactcaaaatttgcgaacaattttccggcacagcaccattgagaaaatctgaaacgccaattcttgctaccccaataggacgaacact 422  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12283035 ccctcaatttataactcaaaatttgcgaacaattttccggcacggcgccattgagaaaatccgaaacgccaattcttgctaccccaataggacgaacact 12282936  T
Q  423 tttaaacttcttgcattgcacctcaaacgtaattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaacttttcattccatgaaaggaaactcgaatttttt 522  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12282935 tttaaacttcttgcattgcacctcaaacgtaattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaacttttcattccatgaaaggaaactcgaatttttt 12282836  T
Q  523 ccacaattatcgttgttatctttcagcgtcttcgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacgacaacgtatgcatcttcggttacatgaatatttt 622  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12282835 ccacaattatcgttgttatctttcagcgtcttcgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacgacaacgtatgcatcttcggttacatgaatatttt 12282736  T
Q  623 cgccggatataaccgtgatttctaatgtgcgtgaggctacacccatagtagagaatttaatgttagttgtgaataaaacttcctgttagctggtgtaaga 722  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12282735 cgccggatataaccgtgatttctaatgtgcgtgaggctacacccatagtagagaatttaatgttagttgtgaataaaacttcctgttagctggtgtaaga 12282636  T
Q  723 atgaatgaatattgttatgtccttgaagtttattgtgagtgaattgaggtgttatgtaataagt 786  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  12282635 atgaatggatattgttatgtccttcaagtttattgtgagtgaattgaggtgttatgttataagt 12282572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 597; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 123 - 786
Target Start/End: Complemental strand, 12267512 - 12266846
Alignment:
Q  123 gttagggtaattccaccaaaagggaaaaccaatagcaacaccattacagttcttgacaccaaca---tccattccagttaaccggccaccacaattcttt 219  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12267512 gttagggtaattccatcaaaagggaaaaccaatagcaacaccattagagttcttgacaccaacaatatccattccagttaaccggccaccacaattcttt 12267413  T
Q  220 ccatgcatcaccgtttgcttctccgccacggtaactgatttttcctccggcacaaccaccctcacactgaaatgaataactccattttgcctcccttccc 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  12267412 ccatgcatcaccgtttgcttctccgccacggtaaccgatctttcctccggcacaaccaccctcacactaaaatgaataaccccattttgcctcccttccc 12267313  T
Q  320 aatccctcaatttataactcaaaatttgcgaacaattttccggcacagcaccattgagaaaatctgaaacgccaattcttgctaccccaataggacgaac 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12267312 aatccctcaatttataactcaaaatttgcgaacaattttccggcacggtgccattaagaaaatccgaaacgccaattcttgctaccccaataggacgaac 12267213  T
Q  420 acttttaaacttcttgcattgcacctcaaacgtaattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaacttttcattccatgaaaggaaactcgaattt 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12267212 acttttaaacttcttgcattgcacctcaaacgtaattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaacttttcattccatgaaaggaaactcgaattt 12267113  T
Q  520 tttccacaattatcgttgttatctttcagcgtcttcgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacgacaacgtatgcatcttcggttacatgaatat 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12267112 tttccacaattatcgttgttatctttcagcgtcttcgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacgacaacgtatgcatcttcggttacatgaatat 12267013  T
Q  620 tttcgccggatataaccgtgatttctaatgtgcgtgaggctacacccatagtagagaatttaatgttagttgtgaataaaacttcctgttagctggtgta 719  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12267012 tttcgccggatataaccgtgatttctaatgtgcgtgaggctacacccatagtagagaatttaatgttagttgtgaataaaacttcctgttagctggtgta 12266913  T
Q  720 agaatgaatgaatattgttatgtccttgaagtttattgtgagtgaattgaggtgttatgtaataagt 786  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  12266912 agaatgaatggatattgttatgtccttcaagtttattgtgagtgaattgaggtgttatgttataagt 12266846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 127 - 650
Target Start/End: Complemental strand, 12257414 - 12256891
Alignment:
Q  127 gggtaattccaccaaaagggaaaaccaatagcaacaccattacagttcttgacaccaacatccattccagttaaccggccaccacaattctttccatgca 226  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||| ||||  |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |     
T  12257414 gggtaattccaccaaaacggaataccaatagcaacaccattagagtccttggtaccaacatccattccagttaaccgaccaccataattctttccatccg 12257315  T
Q  227 tcaccgtttgcttctc---cgccacggtaactgatttttcctccggcacaaccaccctcacactgaaatgaataactccattttgcctcccttcccaatc 323  Q
      || || ||||| ||   |||||||||| | ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  12257314 cgacagtctgcttttcaaccgccacggtagccgatgttttctccggcacaaccaccctcacactgaaatgaataactccattttgcctcccttcccagtt 12257215  T
Q  324 cctcaatttataactcaaaatttgcgaacaattttccggcacagcaccattgagaaaatctgaaacgccaattcttgctaccccaataggacgaacactt 423  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    |||||||||||||| ||||   |||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  12257214 cctcaatttataactcaaaatttgcaaacaattttccggcgcgatgccattgagaaaatccgaaagagcaattcttgccaccccaataggacgtacactt 12257115  T
Q  424 ttaaacttcttgcattgcacctcaaacgtaattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaacttttcattccatgaaaggaaactcgaattttttc 523  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |    
T  12257114 ttaaacttcttgcattgcacctcaaaagtgattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaacttctcattccatgaaagaaaactcgagtttttcc 12257015  T
Q  524 cacaattatcgttgttatctttcagcgtcttcgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacgacaacgtatgcatcttcggttacatgaatattttc 623  Q
    ||||||||||    |||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  12257014 cacaattatc---attatctttcaccgtttttgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacaacaacgtatgcatcctccgttacatgaatattttc 12256918  T
Q  624 gccggatataaccgtgatttctaatgt 650  Q
     || ||||||||||| |||||||||||    
T  12256917 accagatataaccgtaatttctaatgt 12256891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 127 - 650
Target Start/End: Complemental strand, 12264806 - 12264283
Alignment:
Q  127 gggtaattccaccaaaagggaaaaccaatagcaacaccattacagttcttgacaccaacatccattccagttaaccggccaccacaattctttccatgca 226  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||| ||||  |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |     
T  12264806 gggtaattccaccaaaacggaataccaatagcaacaccattagagtccttggtaccaacatccattccagttaaccgaccaccataattctttccatccg 12264707  T
Q  227 tcaccgtttgcttctc---cgccacggtaactgatttttcctccggcacaaccaccctcacactgaaatgaataactccattttgcctcccttcccaatc 323  Q
      || || ||||| ||   |||||||||| | ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  12264706 cgacagtctgcttttcaaccgccacggtagccgatgttttctccggcacaaccaccctcacactgaaatgaataactccattttgcctcccttcccagtt 12264607  T
Q  324 cctcaatttataactcaaaatttgcgaacaattttccggcacagcaccattgagaaaatctgaaacgccaattcttgctaccccaataggacgaacactt 423  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    |||||||||||||| ||||   |||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  12264606 cctcaatttataactcaaaatttgcaaacaattttccggcgcgatgccattgagaaaatccgaaagagcaattcttgccaccccaataggacgtacactt 12264507  T
Q  424 ttaaacttcttgcattgcacctcaaacgtaattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaacttttcattccatgaaaggaaactcgaattttttc 523  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |    
T  12264506 ttaaacttcttgcattgcacctcaaaagtgattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaacttctcattccatgaaagaaaactcgagtttttcc 12264407  T
Q  524 cacaattatcgttgttatctttcagcgtcttcgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacgacaacgtatgcatcttcggttacatgaatattttc 623  Q
    ||||||||||    |||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  12264406 cacaattatc---attatctttcaccgtttttgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacaacaacgtatgcatcctccgttacatgaatattttc 12264310  T
Q  624 gccggatataaccgtgatttctaatgt 650  Q
     || ||||||||||| |||||||||||    
T  12264309 accagatataaccgtaatttctaatgt 12264283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 123 - 650
Target Start/End: Complemental strand, 12271419 - 12270895
Alignment:
Q  123 gttagggtaattccaccaaaagggaaaaccaatagcaacaccattacagttcttgacaccaacatccattccagttaaccggccaccacaattctttcca 222  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| ||||||| || |||||||| |||||||   ||||||||| ||||||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  12271419 gttagggtaattccaccaaacaggaataccaataacagcaccattagagttcttcgtaccaacatcaattccagttaaccggtcaccataactctttcca 12271320  T
Q  223 tgcatcaccgtttgcttctccgccacggtaactgatttttcctccggcacaaccaccctcacactgaaatgaataactccattttgcctcccttcccaat 322  Q
    | |  ||||| ||||||||||||||||||||| | | ||| ||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12271319 tccgccaccggttgcttctccgccacggtaaccgttctttgctctggcacaaccaccctcacaccaaaatgaataactccattttgcctcccttcccaat 12271220  T
Q  323 ccctcaatttataactcaaaatttgcgaacaattttccggcacagcaccattgagaaaatctgaaacgccaattcttgctaccccaataggacgaacact 422  Q
     |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||   || | || || |||| ||| |||||| | |||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  12271219 tcctcaatttataactcaaaattcgtgaacaattttccgattcatccccgtttagaatatccgaaacggcgattcttgccaccccaatagggcgaacact 12271120  T
Q  423 tttaaacttcttgcattgcacctcaaacgtaattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaacttttcattccatgaaaggaaactcgaatttttt 522  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||     
T  12271119 tttgaacttcttgcattgcacctcaaacgtgattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaacttctcattccatgaaagaaaacttgagtttttc 12271020  T
Q  523 ccacaattatcgttgttatctttcagcgtcttcgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacgacaacgtatgcatcttcggttacatgaatatttt 622  Q
    |||||||||||    |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  12271019 ccacaattatc---attatctttcaccgttttcgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacaacaacgtatgcatcctctgttacatgaatatttt 12270923  T
Q  623 cgccggatataaccgtgatttctaatgt 650  Q
    | || ||||||| ||| |||||||||||    
T  12270922 ctccagatataatcgtaatttctaatgt 12270895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 127 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 12288081 - 12287528
Alignment:
Q  127 gggtaattccaccaaaagggaaaaccaatagcaacaccattacagttcttgacaccaacatccattccagttaaccggccaccacaattctttccatgca 226  Q
    ||||||||||||| ||| |||| ||||||| || | |||||| ||||||||  ||||||||| ||||||||||||||  ||||| || |||| |||| |     
T  12288081 gggtaattccacctaaaaggaataccaataacacctccattagagttcttggtaccaacatcaattccagttaaccgatcaccataactcttcccatccg 12287982  T
Q  227 tcaccgtttgcttctccgccacggtaactgatttttcctccggcacaaccaccctcacactgaaatgaataactccattttgcctcccttcccaatccct 326  Q
     ||  |||| ||| |||||||| ||||| ||| ||||||| ||| |||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  12287981 ccagtgtttccttttccgccaccgtaaccgatctttcctctggcgcaaccaccttcacaccaaaatgaataactccattttgcctcccttcccaatctct 12287882  T
Q  327 caatttataactcaaaatttgcgaacaattttccggcacagcaccattgagaaaatctgaaacgccaattcttgctaccccaataggacgaacactttta 426  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||||   |||| || || |||| ||| |||||| | |||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  12287881 caatttataactcaaaattcgtgaacaattttccgattcagccccgtttagaatatccgaaacggcgattcttgccaccccaataggtcgaacactttta 12287782  T
Q  427 aacttcttgcattgcacctcaaacgtaattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaacttttcattccatgaaaggaaactcgaattttttccac 526  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| | ||    
T  12287781 aacttcttgcattgcacctcaaacgtgattgaccttgcatgcaatggcatgtttaataaaaacttctcattccatgaaagaaaactcgagtttttcctac 12287682  T
Q  527 aattatcgttgttatctttcagcgtcttcgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacgacaacgtatgcatcttcggttacatgaatattttcgcc 626  Q
    ||| |||   |||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||  |||||||||||||||| ||    
T  12287681 aatcatc---gttatctttcactgtcttcgtcgtgtaacaattaagagactcacctcgaacaacaacatatgcatcctcaattacatgaatattttcccc 12287585  T
Q  627 ggatataaccgtgatttctaatgtgcgtgaggctacacccatagtagagaatttaat 683  Q
    |||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  12287584 ggatataaccgttatttctaatgtatgtgaggctacacccatcgtatagaatttaat 12287528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 14 - 82
Target Start/End: Complemental strand, 12283345 - 12283277
Alignment:
Q  14 atgaaatagtacaatagtattgtatgcccccattcaaaaattgacttcatcaatctttgacaagcatgc 82  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  12283345 atgaaatagtacaatagtattgtatgcccccattcaaaaattgactttatcaatctttgacaagcatgc 12283277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 244; Significance: 1e-135; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 125 - 686
Target Start/End: Complemental strand, 29198139 - 29197581
Alignment:
Q  125 tagggtaattccaccaaaagggaaaaccaatagcaacaccattacagttcttgacaccaacatccattccagttaaccggccaccacaattctttccatg 224  Q
    ||||||||||||||||||  |||| ||||||| |||||| |||| ||||||||  ||||||||| ||||||||||||||  ||||| || |||||  ||     
T  29198139 tagggtaattccaccaaacaggaataccaataacaacactattagagttcttggtaccaacatcaattccagttaaccgatcaccataactctttttatc 29198040  T
Q  225 catcaccgtttgcttctccgccacggtaactgatttttcctccggcacaaccaccctcacactgaaatgaataactccattttgcctcccttcccaatcc 324  Q
       |   ||||  || | | |||||||||| ||| ||| |||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  29198039 tgccgttgttttatttttcaccacggtaaccgatcttttctccggcataaccaccctcacaccaaaatgaataactccattttgcctcccttcccagttc 29197940  T
Q  325 ctcaatttataactcaaaatttgcgaacaattttccggcacagcaccattgagaaaatctgaaacgccaattcttgctaccccaataggacgaacacttt 424  Q
    ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||    |||| || || |||| |||  ||||| | |||| ||  ||||||||||| ||||||||||    
T  29197939 ctcaatttataactcaaaatccgggaacaattttccaattcagccccgtttagaatatccaaaacggcgattcgtgtcaccccaatagggcgaacacttt 29197840  T
Q  425 taaacttcttgcattgcacctcaaacgtaattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaacttttcattccatgaaaggaaactcgaattttttcc 524  Q
    | ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  29197839 tgaacttcttgcattgcacctcaaatgtgattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaacttttcattccatgaaagaaaactcgagttttttcc 29197740  T
Q  525 acaattatcgttgttatctttcagcgtcttcgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacgacaacgtatgcatcttcggttacatgaatattttcg 624  Q
    |||   |||||  |||| |||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||     
T  29197739 aca---atcgtctttatttttcactgttttcgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacgacaacgtatgcatcctcagttatatgaatattttca 29197643  T
Q  625 ccggatataaccgtgatttctaatgtgcgtgaggctacacccatagtagagaatttaatgtt 686  Q
    |||| |||||| || ||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||| |||||    
T  29197642 ccggttataactgttatttctaatgtgcgtgaagctatacccatagtagaaaatttgatgtt 29197581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University