View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11851_low_42 (Length: 360)

Name: NF11851_low_42
Description: NF11851
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11851_low_42
NF11851_low_42
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (1-343)||(1354971-1355313)
chr2 (1-343)||(1361857-1362199)
chr2 (10-343)||(20492642-20492975)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-343)||(29954507-29954849)
chr4 (69-343)||(51369672-51369946)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-343)||(11531820-11532162)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (7-340)||(12846488-12846821)
chr6 (1-343)||(14622588-14622930)
chr6 (1-343)||(14588930-14589272)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 319; Significance: 1e-180; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 1 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 1355313 - 1354971
Alignment:
Q  1 tggtcaagcaaataaggcagtgtcacaaggacatggccaaaatgaaccttttcaataacagaaccagaaccacagtgactcatacatccaccaattgctc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1355313 tggtcaagcaaataaggcagtgtcacaagaacatggccaaaatgaaccttttcaataacagaaccagaaccacaatgactcatacatccaccaattgctc 1355214  T
Q  101 catgagctaagattttaagctgaggtgcccatgtcttccaaacaattccgcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaattcaagtgtaccctc 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1355213 catgagctaagatcttaagctgaggtgcccatgtcttccaaacaattccgcgttctttcgtcctttcctcgaatccttcaggtaattcaagtgtaccctc 1355114  T
Q  201 tttcagattcttcaaagtccaaaagaaaggcaacccagaaagctcaattccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaacttcaactcactccca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1355113 tttcagattcttcaaagtccaaaagaaagacaacccagaaagctcaattccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaacttcaactcactccca 1355014  T
Q  301 aatccaatgtaaacaacagaagatgattctcttgaatccaacc 343  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1355013 aatccaatgtaaacaacagaagatgattctcttgaatccaacc 1354971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 1 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 1362199 - 1361857
Alignment:
Q  1 tggtcaagcaaataaggcagtgtcacaaggacatggccaaaatgaaccttttcaataacagaaccagaaccacagtgactcatacatccaccaattgctc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1362199 tggtcaagcaaataaggcagtgtcacaagaacatggccgaaatgaaccttctcaataacagaaccagaaccacagtgactcatacatccaccaattgctc 1362100  T
Q  101 catgagctaagattttaagctgaggtgcccatgtcttccaaacaattccgcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaattcaagtgtaccctc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1362099 catgagctaagattttaagctgaggtgcccatgtcttccaaacaattccgcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaattcaagtgtaccctc 1362000  T
Q  201 tttcagattcttcaaagtccaaaagaaaggcaacccagaaagctcaattccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaacttcaactcactccca 300  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  1361999 tttcagattcttcaaagcccaaaagaaagacaacccagaaagctcaattccatgagccaactcagttaaatcattctgactcaacttcaactcactccca 1361900  T
Q  301 aatccaatgtaaacaacagaagatgattctcttgaatccaacc 343  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1361899 aatccaatgtaaacaacagaagatgattctcttgaatccaacc 1361857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 9e-89
Query Start/End: Original strand, 10 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 20492975 - 20492642
Alignment:
Q  10 aaataaggcagtgtcacaaggacatggccaaaatgaaccttttcaataacagaaccagaaccacagtgactcatacatccaccaattgctccatgagcta 109  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20492975 aaataaggcaatgtcacaagtacatgcccaaaatgaagcttctcaatgactgaacctgaaccacaatgactcatacatccaccaattgatccatgagcta 20492876  T
Q  110 agattttaagctgaggtgcccatgtcttccaaacaattccgcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaattcaagtgtaccctctttcagatt 209  Q
    |||| || ||||| ||||||||||| |||||||| |||||   |||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||    
T  20492875 agatctttagctgtggtgcccatgttttccaaacgattccatattcttttgttctttcttcaaatccttcgggtaattcaagtgtaccttctttaaggtt 20492776  T
Q  210 cttcaaagtccaaaagaaaggcaacccagaaagctcaattccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaacttcaactcactcccaaatccaatg 309  Q
     ||||||| |||||||||||| |||| |||  |||||||||||| ||| |||||||||| |||||  ||| | ||||| ||||| ||||| |||||||||    
T  20492775 tttcaaagcccaaaagaaaggtaacctagattgctcaattccatgagctaactcagttagatcttgttgatttaactttaactcgctcccgaatccaatg 20492676  T
Q  310 taaacaacagaagatgattctcttgaatccaacc 343  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  20492675 taaacaaccgaagatgattcttttgaatccaacc 20492642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 211; Significance: 1e-115; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 29954849 - 29954507
Alignment:
Q  1 tggtcaagcaaataaggcagtgtcacaaggacatggccaaaatgaaccttttcaataacagaaccagaaccacagtgactcatacatccaccaattgctc 100  Q
    |||||| | |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  29954849 tggtcaggtaaataaggcaatgtcacaaggacatgcccaaaatgaagcttctcaatgactgaacctgaaccacaatgactcatacatccaccaattgatc 29954750  T
Q  101 catgagctaagattttaagctgaggtgcccatgtcttccaaacaattccgcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaattcaagtgtaccctc 200  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| | |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  29954749 catgagctaagatcttaagttgaggtgcccatgttttccaaacgattccacattcttttgttctttcctcaaatcctttaggtaattcaagtgtaccctc 29954650  T
Q  201 tttcagattcttcaaagtccaaaagaaaggcaacccagaaagctcaattccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaacttcaactcactccca 300  Q
    ||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  || |||||||||| |||||  || || ||||||||||| ||||||    
T  29954649 tttaagatttttcaaagcccaaaagaaaggcaacctagaaagctcaattccatgcgctaactcagttagatcttgttggcttaacttcaactcgctccca 29954550  T
Q  301 aatccaatgtaaacaacagaagatgattctcttgaatccaacc 343  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  29954549 aatccaatgtaaacaacagaagatgattcttttgaatccaacc 29954507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 69 - 343
Target Start/End: Original strand, 51369672 - 51369946
Alignment:
Q  69 accacagtgactcatacatccaccaattgctccatgagctaagattttaagctgaggtgcccatgtcttccaaacaattccgcgttctttcgttctttcc 168  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||| | ||| ||| |||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  51369672 accacagtgactcatacatccaccaattgatggatgagctaagattttgatctggggtacccaggttttccaaacaattccacgttcttttgttctttcc 51369771  T
Q  169 tcaaatccttcaggtaattcaagtgtaccctctttcagattcttcaaagtccaaaagaaaggcaacccagaaagctcaattccataagccaactcagtta 268  Q
    || ||||||| ||||||||||  |  ||| |||||  |||  ||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||    
T  51369772 tcgaatccttgaggtaattcagatacaccgtctttacgatctttcaaagcccaaaagaaaggtaacccagaaagttcaattccatgagctaactcagtta 51369871  T
Q  269 aatcttcctgactcaacttcaactcactcccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattctcttgaatccaacc 343  Q
    ||||||  |||   |||||  |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  51369872 aatcttgttgatctaactttgactcgcttccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattcttttgagtccaacc 51369946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 183; Significance: 6e-99; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 6e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 11532162 - 11531820
Alignment:
Q  1 tggtcaagcaaataaggcagtgtcacaaggacatggccaaaatgaaccttttcaataacagaaccagaaccacagtgactcatacatccaccaattgctc 100  Q
    |||||||  |||||||||| |||||||||  |||| |||||||||| ||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  11532162 tggtcaattaaataaggcaatgtcacaagagcatgcccaaaatgaagcttctcaatgactgaacctgaaccacagtgactcatacatccaccgattgatc 11532063  T
Q  101 catgagctaagattttaagctgaggtgcccatgtcttccaaacaattccgcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaattcaagtgtaccctc 200  Q
    |||| |||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  11532062 catgtgctaagatcttaagttgtggtgcccatgttttccaaacaattccacgttcttttgttctttcctcaaattctttaggtaattcaagtgtaccctc 11531963  T
Q  201 tttcagattcttcaaagtccaaaagaaaggcaacccagaaagctcaattccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaacttcaactcactccca 300  Q
    ||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||| ||| |||||  ||||| |  |||  ||| ||||||    
T  11531962 tttaagatttttcaaagcccaaaagaaaggcaacctagaaagctcaattccatgagctaactcaattagatcttgttgacttattttcgtctcgctccca 11531863  T
Q  301 aatccaatgtaaacaacagaagatgattctcttgaatccaacc 343  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  11531862 aatccaatgtaaacaacagaagacgattcttttgaatccaacc 11531820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 150; Significance: 3e-79; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 7 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 12846821 - 12846488
Alignment:
Q  7 agcaaataaggcagtgtcacaaggacatggccaaaatgaaccttttcaataacagaaccagaaccacagtgactcatacatccaccaattgctccatgag 106  Q
    ||||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||||| | ||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |    
T  12846821 agcaaataaggcaatgtaacaagaacatgtccaaaatggagcttctcaatgactgaacctgaaccacaatgactcatacaccccccaattgctccatggg 12846722  T
Q  107 ctaagattttaagctgaggtgcccatgtcttccaaacaattccgcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaattcaagtgtaccctctttcag 206  Q
     |||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||  || || ||||||| |||||| ||||||||||||| ||| ||    
T  12846721 ataagatcttaagctggggtgcccatgttttccaaacaattccacgttctttggttcgatcttcgaatcctttaggtaactcaagtgtacccttttttag 12846622  T
Q  207 attcttcaaagtccaaaagaaaggcaacccagaaagctcaattccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaacttcaactcactcccaaatcca 306  Q
     || ||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||| || || |||| |||||  ||  | ||| ||||||| ||||||||||||    
T  12846621 gtttttcaaagcccaaaagaaaggtaacctagaaagctcaattccatgagctaattcggttagatctttttgcgttaacctcaactcgctcccaaatcca 12846522  T
Q  307 atgtaaacaacagaagatgattctcttgaatcca 340  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  12846521 atgtaaacaacggaagatgattctcttgaatcca 12846488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 14622930 - 14622588
Alignment:
Q  1 tggtcaagcaaataaggcagtgtcacaaggacatggccaaaatgaaccttttcaataacagaaccagaaccacagtgactcatacatccaccaattgctc 100  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| |||| ||||| | ||||||| || ||||  | |||||| ||| ||||||| |||| ||||| |     
T  14622930 tggtcaagtaaataaggcaatgtcacaagaacatgcccaagatgaagcatttcaatgactgaactgggaccacaatgagtcatacaaccactaattgatt 14622831  T
Q  101 catgagctaagattttaagctgaggtgcccatgtcttccaaacaattccgcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaattcaagtgtaccctc 200  Q
    |||||| |||||| |||| ||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||| |||||||||  ||||||    
T  14622830 catgagttaagatcttaaactggggtgcccaagttttccaaacaattccgcgttcttttgttctttcctcgaaccctttaggcaattcaagtacaccctc 14622731  T
Q  201 tttcagattcttcaaagtccaaaagaaaggcaacccagaaagctcaattccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaacttcaactcactccca 300  Q
    ||| ||||  || |||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||  ||||| |||||| |||| ||||||    
T  14622730 tttaagatcttttaaagcccaaaagaacggtaacctagaaagctcaattccatgagctaactcagttatatcttgttgacttaacttcgactcgctccca 14622631  T
Q  301 aatccaatgtaaacaacagaagatgattctcttgaatccaacc 343  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  14622630 aatccaatgtaaacaatagaagatgattcttttgaatccaacc 14622588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 14589272 - 14588930
Alignment:
Q  1 tggtcaagcaaataaggcagtgtcacaaggacatggccaaaatgaaccttttcaataacagaaccagaaccacagtgactcatacatccaccaattgctc 100  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| |||| || || | ||||||  || ||||  | |||||| ||| ||||||| |||||||||| ||    
T  14589272 tggtcaagtaaataaggcaatgtcacaagaacatgcccaagataaagcatttcaaagactgaacttggaccacaatgagtcatacaaccaccaattgatc 14589173  T
Q  101 catgagctaagattttaagctgaggtgcccatgtcttccaaacaattccgcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaattcaagtgtaccctc 200  Q
    |||||| |||||| |||| ||| ||| |||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||| |||||||||  ||||||    
T  14589172 catgagttaagatcttaaactggggtacccaagttttccaaacaattccgcgttcttttgttctttcctcgaaccctttaggcaattcaagtacaccctc 14589073  T
Q  201 tttcagattcttcaaagtccaaaagaaaggcaacccagaaagctcaattccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaacttcaactcactccca 300  Q
    ||| ||||  || |||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||  ||||| |||||| |||| ||||||    
T  14589072 tttaagatcttttaaagcccaaaagaacggtaacctagaaagctcaattccatgagctaactcagttatatcttgttgacttaacttcgactcgctccca 14588973  T
Q  301 aatccaatgtaaacaacagaagatgattctcttgaatccaacc 343  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  14588972 aatccaatgtaaacaatagaagatgattcttttgaatccaacc 14588930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University