View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11853_low_21 (Length: 491)

Name: NF11853_low_21
Description: NF11853
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11853_low_21
NF11853_low_21
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (12-470)||(115553-116011)
chr8 (16-371)||(606565-606920)
chr8 (29-467)||(177779-178220)
[»] scaffold0209 (2 HSPs)
scaffold0209 (31-467)||(9964-10400)
scaffold0209 (31-467)||(23418-23854)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (29-467)||(37438196-37438640)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 451; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 451; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 470
Target Start/End: Original strand, 115553 - 116011
Alignment:
Q  12 catagggatataggaatatctaatcaaatcagtgaaatgacgtgatttctcccatttctttgcctcaaactttctttctgaagattccttgtgatgcggg 111  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  115553 catagggagataggaatatctaatcaaatcagtgaaatgacgtgatttctcccatttctttgcctcaaactttctttctgaagattccttgtgatgcggg 115652  T
Q  112 taacaagatgcaaaatactcatgtgcaagcttgagaaaccaattgtgctttttgaccttgcttggaacaattgtgtcatatagtttttccaacacataaa 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  115653 taacaagatgcaaaatactcatgtgcaagcttgagaaaccaattgtgctttttgaccttgcttggaacaattgtgtcatatagtttttccaacacataaa 115752  T
Q  212 ttggaagctgattctcaagaagcaacaaatcccgttggatacttttacttacacaaagttgagttattatataatcatctttgtgctcccattttttatt 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  115753 ttggaagctgattctcaagaagcaacaaatcccgctggatacttttacttacacaaagttgagttattatataatcatctttgtgctcccattttttatt 115852  T
Q  312 ttctcttagaaacaactccatgatgaacacagaatccaatagtatcatgtcaaccaattgctcactgttgatatctgtgaatttcttttggtaacatcgg 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  115853 ttctcttagaaacaactccatgatgaacacagaatccaatagtatcatgtcaaccaattgctcactgttgatatctgtgaatttcttttggtaacatcgg 115952  T
Q  412 cgtattttttgctcttcttgttgaaggaaaactttgtagttcatgaaatcacttttctt 470  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  115953 cgtattttttgctcttcttgttgaaggaaaactttgtagttcatgaaatcacttttctt 116011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 16 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 606920 - 606565
Alignment:
Q  16 gggatataggaatatctaatcaaatcagtgaaatgacgtgatttctcccatttctttgcctcaaactttctttctgaagattccttgtgatgcgggtaac 115  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||| || ||| |||||||| |||||||||| || ||||||||||| |||||||    
T  606920 gggagatatgaatatctaatcaaatcggtgaaatggagtgatttctcccaatttttttcctcaaacattctttctgatgactccttgtgatgagggtaac 606821  T
Q  116 aagatgcaaaatactcatgtgcaagcttgagaaaccaattgtgctttttgaccttgcttggaacaattgtgtcatatagtttttccaacacataaattgg 215  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||||  ||||||||||||  |||||||||| |||||| |||||||| |||||    
T  606820 aagatgcaaaatactcatgtgctagcttgataaaccgattgtggtttttgacactgcttggaacaaccgtgtcatataatttttctaacacatagattgg 606721  T
Q  216 aagctgattctcaagaagcaacaaatcccgttggatacttttacttacacaaagttgagttattatataatcatctttgtgctcccattttttattttct 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||| |||||| |||| || |||    
T  606720 aagctgattctcaagaagcaacaaatcccgttggatacttttgcttacacaatgttgagttactatgtaatcatctttgtgttcccatctttttttctct 606621  T
Q  316 cttagaaacaactccatgatgaacacagaatccaatagtatcatgtcaaccaattg 371  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||    
T  606620 ctaagaaacaactccatgatgaacacagcatccaatagtatcatatcaacaaattg 606565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 29 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 178220 - 177779
Alignment:
Q  29 atctaatcaaatcagtgaaatgacgtgatttctcccatttctttgcctcaaactttctttctgaagat---tccttgtgatgcgggtaacaagatgcaaa 125  Q
    ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||| | ||||| | ||||||||||||   || |  ||||| || ||||||||| ||||    
T  178220 atctaattaaatcaatgaaatgaagtgatttctcccacttctttgacccaaacatactttctgaagatgattcatgttgatgaggataacaagatacaaa 178121  T
Q  126 atactcatgtgcaagcttgagaaaccaattgtgctttttgaccttgcttggaacaattgtgtcatatagtttttccaacacataaattggaagctgattc 225  Q
    ||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||||| |  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  178120 atattcatgtgcaagatttagaaaccatttgtgctttttgtcactgcttggaacaactgtgtcatatagtttttccaacacataaattggaatctgattc 178021  T
Q  226 tcaagaagcaacaaatcccgttggatacttttacttacacaaagttgagttattatataatcatctttgtgctcccattttttattttctcttagaaaca 325  Q
    |||||||||||||| ||  | || ||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||| |||||    
T  178020 tcaagaagcaacaagtcatgctgaatatttttacttaaacaaagttgagttactatataatcatctttgtgttcccattttttagcttctcttaaaaaca 177921  T
Q  326 actccatgatgaacacagaatccaatagtatcatgtcaaccaattgctcactgttgatatctgtgaatttcttttggtaacatcggcgtattttttgctc 425  Q
     ||||||||||||||||  |||||| | |||||||||||| ||||| |||  | ||||||| |  || ||||||||||||||  |||| || |||| |||    
T  177920 gctccatgatgaacacaacatccaacaatatcatgtcaacaaattgttcatggctgatatcaggaaacttcttttggtaacaatggcgaatatttttctc 177821  T
Q  426 ttcttgttgaaggaaaactttgtagttcatgaaatcactttt 467  Q
    ||||||||  |||||| |||||||||| || |||||| ||||    
T  177820 ttcttgttctaggaaagctttgtagttaattaaatcattttt 177779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0209 (Bit Score: 193; Significance: 1e-105; HSPs: 2)
Name: scaffold0209
Description:

Target: scaffold0209; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 31 - 467
Target Start/End: Original strand, 9964 - 10400
Alignment:
Q  31 ctaatcaaatcagtgaaatgacgtgatttctcccatttctttgcctcaaactttctttctgaagattccttgtgatgcgggtaacaagatgcaaaatact 130  Q
    |||||||||||||| ||||||  |||||||||||| || ||| |||||||| |||||| ||| || || | |||||| ||||| ||||| |||||||| |    
T  9964 ctaatcaaatcagtaaaatgaaatgatttctcccaatttttttcctcaaacattctttttgatgactcttggtgatgagggtagcaagaagcaaaatagt 10063  T
Q  131 catgtgcaagcttgagaaaccaattgtgctttttgaccttgcttggaacaattgtgtcatatagtttttccaacacataaattggaagctgattctcaag 230  Q
    ||||||| ||| ||  ||||  |||||| |||||||| ||| ||||||||| |||| |||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||     
T  10064 catgtgctagcatggtaaacagattgtggtttttgacattgtttggaacaactgtgccatagagtttctccaagacatacattggaagttgattctcaat 10163  T
Q  231 aagcaacaaatcccgttggatacttttacttacacaaagttgagttattatataatcatctttgtgctcccattttttattttctcttagaaacaactcc 330  Q
    |||||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  10164 aagcaacaaatccctttgaatacttctactcacacaaagttgagttataatataatcatctttgtgttcccattttttgttttctcttaaaaataactcc 10263  T
Q  331 atgatgaacacagaatccaatagtatcatgtcaaccaattgctcactgttgatatctgtgaatttcttttggtaacatcggcgtattttttgctcttctt 430  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||| ||| ||| || |||||||   ||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||    
T  10264 atgatgaagacagaatccaacagtatcatatcaaccatttgttcattgctgatatcatagaacttcttttggtaacatcggcgtatattctgatcttctt 10363  T
Q  431 gttgaaggaaaactttgtagttcatgaaatcactttt 467  Q
    ||||||| ||  ||||||||||||| |||||| ||||    
T  10364 gttgaagaaattctttgtagttcatcaaatcattttt 10400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0209; HSP #2
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 31 - 467
Target Start/End: Original strand, 23418 - 23854
Alignment:
Q  31 ctaatcaaatcagtgaaatgacgtgatttctcccatttctttgcctcaaactttctttctgaagattccttgtgatgcgggtaacaagatgcaaaatact 130  Q
    |||||||||||||| ||||||  |||||||||||| || ||| |||||||| |||||| ||| || || | |||||| ||||| ||||| |||||||| |    
T  23418 ctaatcaaatcagtaaaatgaaatgatttctcccaatttttttcctcaaacattctttttgatgactcttggtgatgagggtagcaagaagcaaaatagt 23517  T
Q  131 catgtgcaagcttgagaaaccaattgtgctttttgaccttgcttggaacaattgtgtcatatagtttttccaacacataaattggaagctgattctcaag 230  Q
    ||||||| ||| ||  ||||  |||||| |||||||| ||| ||||||||| |||| |||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||     
T  23518 catgtgctagcatggtaaacagattgtggtttttgacattgtttggaacaactgtgccatagagtttctccaagacatacattggaagttgattctcaat 23617  T
Q  231 aagcaacaaatcccgttggatacttttacttacacaaagttgagttattatataatcatctttgtgctcccattttttattttctcttagaaacaactcc 330  Q
    |||||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  23618 aagcaacaaatccctttgaatacttctactcacacaaagttgagttataatataatcatctttgtgttcccattttttgttttctcttaaaaataactcc 23717  T
Q  331 atgatgaacacagaatccaatagtatcatgtcaaccaattgctcactgttgatatctgtgaatttcttttggtaacatcggcgtattttttgctcttctt 430  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||| ||| ||| || |||||||   ||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||    
T  23718 atgatgaagacagaatccaacagtatcatatcaaccatttgttcattgctgatatcatagaacttcttttggtaacatcggcgtatattctgatcttctt 23817  T
Q  431 gttgaaggaaaactttgtagttcatgaaatcactttt 467  Q
    ||||||| ||  ||||||||||||| |||||| ||||    
T  23818 gttgaagaaattctttgtagttcatcaaatcattttt 23854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 29 - 467
Target Start/End: Original strand, 37438196 - 37438640
Alignment:
Q  29 atctaatcaaatcagtgaaatgacgtgatttctcccatttctttgcctcaaactttctttctgaagattccttgtgatgcgggtaacaagatgcaaaata 128  Q
    |||||||||||||| |||||||| || |||| ||||| || |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||| ||| ||    
T  37438196 atctaatcaaatcaatgaaatgaagttatttgtcccaattttttgactcaaactttctttctgaagattctttgtgacaagggtaacaagatgaaaagta 37438295  T
Q  129 ctcatgtgcaagcttgagaaaccaattgtgctttttgaccttgcttggaacaattgtgtcatatagtttttccaacacataaattggaagctgattctca 228  Q
      ||||||  ||||||| ||||||||||| |||||||||  || |||| |||| | |||||||||||||| |||||| | |||||||||| ||||| |      
T  37438296 tgcatgtgatagcttgataaaccaattgtcctttttgacactggttgggacaactatgtcatatagttttaccaacaaaaaaattggaagttgattttag 37438395  T
Q  229 agaagcaacaaatcccgttggatacttttacttacacaaag-ttgagttattatataatcatctttgtgctcccattttttattttctctt-agaaacaa 326  Q
    |||| |||||| ||  |||||| | |||||||||| ||| | ||| | || || |||||||||||| || ||| |||| |||  ||||||| | ||||||    
T  37438396 agaaacaacaagtcatgttggacaattttacttactcaatgtttgggatactaaataatcatctttttgttcctatttattagcttctcttaaaaaacaa 37438495  T
Q  327 ctccatgatgaacacagaatccaatagtatc----atgtcaaccaattgctcactgttgatatctgtgaatttcttttggtaacatcggcgtattttttg 422  Q
    |  |||||||||||||  |||||| ||||||    || |  |  ||||| | | || |||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37438496 catcatgatgaacacaacatccaacagtatcatatatatacataaattgtttattgctgatatttgagaatttcttttggtaacatcggcgtatattttg 37438595  T
Q  423 ctcttcttgttgaaggaaaactttgtagttcatgaaatcactttt 467  Q
    ||||||||||| || |||   |||| ||||||| |||||||||||    
T  37438596 ctcttcttgttcaacgaaggttttgcagttcattaaatcactttt 37438640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University