View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11853_low_24 (Length: 459)

Name: NF11853_low_24
Description: NF11853
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11853_low_24
NF11853_low_24
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (17-441)||(41517199-41517623)
chr7 (17-426)||(41536172-41536581)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (17-441)||(8137087-8137511)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 413; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 413; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 441
Target Start/End: Original strand, 41517199 - 41517623
Alignment:
Q  17 acatcaatcctagcacgttatcttgaatctggccttcatattcaattagttcaacttaaatttccatttaaagagtctggattaccagatgggtgtgaga 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  41517199 acatcaatcctagcacgttatcttgaatctggccttcatattcaattagttcaacttaaatttccatttaaagagtctggattaccagaagggtgtgaga 41517298  T
Q  117 atcttgacatgctaccttcacttggtgcagccacaaatttcttcaattcatcaaaatttctacaacaagaagttgaaaagttgtttgaagagttaacacc 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41517299 atcttgacatgctaccttcacttggtgcagccacaaatttcttcaattcatcaaaatttctacaacaagaagttgaaaagttgtttgaagagttaacacc 41517398  T
Q  217 accaccaacttgcattatctctgatatgtgtttgccatatacagttcacatagctagaaagttcaatattccaagaatttcttttggtggaataaattgc 316  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41517399 atcaccaacttgcattatctctgatatgtgtttgccatatacagttcacatagctagaaagttcaatattccaagaatttcttttggtggaataaattgc 41517498  T
Q  317 ttatatcttttgtgtttgcataatttacatgtcaataatattatgcaaaccatggctaataatgaatttgaatactttgatgtgcctggttttcctgaca 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  41517499 ttatatcttttgtgtttgcataatttacatgtcaataatattatgcaaaccatggctaataatgaatttgaatactttgatgtgcctggtattcctgaca 41517598  T
Q  417 aaattgaaataaacatagcacagac 441  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  41517599 aaattgaaataaacatagcacagac 41517623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 17 - 426
Target Start/End: Original strand, 41536172 - 41536581
Alignment:
Q  17 acatcaatcctagcacgttatcttgaatctggccttcatattcaattagttcaacttaaatttccatttaaagagtctggattaccagatgggtgtgaga 116  Q
    ||||||||  ||||||||| | |||||| ||| ||| | ||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  41536172 acatcaattgtagcacgttgtgttgaatatggtcttgacattcaattagtccaacttgaatttccatgtaaagagtctggattaccagaagggtgtgaga 41536271  T
Q  117 atcttgacatgctaccttcacttggtgcagccacaaatttcttcaattcatcaaaatttctacaacaagaagttgaaaagttgtttgaagagttaacacc 216  Q
    ||||||||||||||||| |||||||    ||| |||| ||| ||||| ||| ||| ||| | |||||||||||||||||| | ||||||||||| ||| |    
T  41536272 atcttgacatgctacctgcacttggcatggcctcaaacttcctcaatgcattaaagtttttccaacaagaagttgaaaagctatttgaagagttcacaac 41536371  T
Q  217 accaccaacttgcattatctctgatatgtgtttgccatatacagttcacatagctagaaagttcaatattccaagaatttcttttggtggaataaattgc 316  Q
    |||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| ||| ||||    
T  41536372 accagcaacttgtatcatctctgatatgtgtttgccatatacatcccacgtagctagaaagttcaatattccaagaattacttttcttggagtaagttgc 41536471  T
Q  317 ttatatcttttgtgtttgcataatttacatgtcaataatattatgcaaaccatggctaataatgaatttgaatactttgatgtgcctggttttcctgaca 416  Q
    ||  |||| ||   | |||||||||| ||||||||||||||   | ||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||  |||||||| | |||||||    
T  41536472 ttccatctcttcaatatgcataattttcatgtcaataatatggcggaaatcatggccaataaagaatctgaatactttgaattgcctggtatccctgaca 41536571  T
Q  417 aaattgaaat 426  Q
    ||||||||||    
T  41536572 aaattgaaat 41536581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 177; Significance: 3e-95; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 17 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 8137511 - 8137087
Alignment:
Q  17 acatcaatcctagcacgttatcttgaatctggccttcatattcaattagttcaacttaaatttccatttaaagagtctggattaccagatgggtgtgaga 116  Q
    ||||||||  ||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||| | |||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||||    
T  8137511 acatcaattatagcacgttatgttgaatctggtcttcacattcaattaatccaacttgaatttccatgtaaagagtttggattaccagaaggatgtgaga 8137412  T
Q  117 atcttgacatgctaccttcacttggtgcagccacaaatttcttcaattcatcaaaatttctacaacaagaagttgaaaagttgtttgaagagttaacacc 216  Q
    ||||||||||||| |||  |||||    |||| |||| |||||||||  ||||||| |||| |||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||    
T  8137411 atcttgacatgctgcctggacttgccctagcctcaaacttcttcaatgtatcaaaacttctccaacaagaagttgaaaagatatttcaagagttaacacc 8137312  T
Q  217 accaccaacttgcattatctctgatatgtgtttgccatatacagttcacatagctagaaagttcaatattccaagaatttcttttggtggaataaattgc 316  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  | ||| ||||    
T  8137311 accagcaacttgtattatctctgatatgtttttgccatatacaatccacatagctagaaagttcaatattccaagaatttcttttgctccagtaagttgc 8137212  T
Q  317 ttatatcttttgtgtttgcataatttacatgtcaataatattatgcaaaccatggctaataatgaatttgaatactttgatgtgcctggttttcctgaca 416  Q
    || |  || |    | | |||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||| |||| |||||||||| || |||||| | | |||||||    
T  8137211 ttctggctctacaatatacataatttacatgtcagtaatattatggaaatcatggctaataaagaatctgaatacttttatttgcctgatatccctgaca 8137112  T
Q  417 aaattgaaataaacatagcacagac 441  Q
    ||||| |||| | | ||||||||||    
T  8137111 aaattcaaatgaccctagcacagac 8137087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University