View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11853_low_8 (Length: 668)

Name: NF11853_low_8
Description: NF11853
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11853_low_8
NF11853_low_8
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (21-650)||(41516994-41517623)
chr7 (73-635)||(41536019-41536581)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (73-650)||(8137087-8137664)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 593; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 593; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 650
Target Start/End: Original strand, 41516994 - 41517623
Alignment:
Q  21 caaacatagaaatacaacatccgatccttaatcgttccnnnnnnngaaacatatggcatcccaagatccaaagctccactttgtgttgtttccaatgatg 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41516994 caaacatagaaatacaacatccgatccttaatcgttccaaaaaaagaaacatatggcatcccaagatccaaagctccactttgtgttgtttccaatgatg 41517093  T
Q  121 gcacaaggtcacatgatcccaatgatggacatagccaaaatattggcacaacatcacaatgttatggttacaatagtaacaacaccacacaatgcatctc 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  41517094 gcacaaggtcacatgatcccaatgatggacatagccaaaatattggcacaacatcacaatgttatggttacaatagtaacaaccccacacaatgcatctc 41517193  T
Q  221 gttacacatcaatcctagcacgttatcttgaatctggccttcatattcaattagttcaacttaaatttccatttaaagagtctggattaccagatgggtg 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  41517194 gttacacatcaatcctagcacgttatcttgaatctggccttcatattcaattagttcaacttaaatttccatttaaagagtctggattaccagaagggtg 41517293  T
Q  321 tgagaatcttgacatgctaccttcacttggtgcagccacaaatttcttcaattcatcaaaatttctacaacaagaagttgaaaagttgtttgaagagtta 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41517294 tgagaatcttgacatgctaccttcacttggtgcagccacaaatttcttcaattcatcaaaatttctacaacaagaagttgaaaagttgtttgaagagtta 41517393  T
Q  421 acaccaccaccaacttgcattatctctgatatgtgtttgccatatacagttcacatagctagaaagttcaatattccaagaatttcttttggtggaataa 520  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41517394 acaccatcaccaacttgcattatctctgatatgtgtttgccatatacagttcacatagctagaaagttcaatattccaagaatttcttttggtggaataa 41517493  T
Q  521 attgcttatatcttttgtgtttgcataatttacatgtcaataatattatgcaaaccatggctaataatgaatttgaatactttgatgtgcctggttttcc 620  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  41517494 attgcttatatcttttgtgtttgcataatttacatgtcaataatattatgcaaaccatggctaataatgaatttgaatactttgatgtgcctggtattcc 41517593  T
Q  621 tgacaaaattgaaataaacatagcacagac 650  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41517594 tgacaaaattgaaataaacatagcacagac 41517623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 255; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 73 - 635
Target Start/End: Original strand, 41536019 - 41536581
Alignment:
Q  73 atggcatcccaagatccaaagctccactttgtgttgtttccaatgatggcacaaggtcacatgatcccaatgatggacatagccaaaatattggcacaac 172  Q
    |||| |||||||||||||||| | || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  41536019 atggtatcccaagatccaaaggtacattttgtgttatttccaatgatggcacaaggccacatgatccccatgatggacattgcaaaaatattggcacaac 41536118  T
Q  173 atcacaatgttatggttacaatagtaacaacaccacacaatgcatctcgttacacatcaatcctagcacgttatcttgaatctggccttcatattcaatt 272  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||| || ||| | ||||||||||||| |||||||||  ||||||||| | |||||| ||| ||| | ||||||||    
T  41536119 atcaaaatgttattgttacaatagtaaccaccccaaaaaatgcatctcgtttcacatcaattgtagcacgttgtgttgaatatggtcttgacattcaatt 41536218  T
Q  273 agttcaacttaaatttccatttaaagagtctggattaccagatgggtgtgagaatcttgacatgctaccttcacttggtgcagccacaaatttcttcaat 372  Q
    ||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    ||| |||| ||| |||||    
T  41536219 agtccaacttgaatttccatgtaaagagtctggattaccagaagggtgtgagaatcttgacatgctacctgcacttggcatggcctcaaacttcctcaat 41536318  T
Q  373 tcatcaaaatttctacaacaagaagttgaaaagttgtttgaagagttaacaccaccaccaacttgcattatctctgatatgtgtttgccatatacagttc 472  Q
     ||| ||| ||| | |||||||||||||||||| | ||||||||||| ||| ||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||   |    
T  41536319 gcattaaagtttttccaacaagaagttgaaaagctatttgaagagttcacaacaccagcaacttgtatcatctctgatatgtgtttgccatatacatccc 41536418  T
Q  473 acatagctagaaagttcaatattccaagaatttcttttggtggaataaattgcttatatcttttgtgtttgcataatttacatgtcaataatattatgca 572  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| ||| ||||||  |||| ||   | |||||||||| ||||||||||||||   | |    
T  41536419 acgtagctagaaagttcaatattccaagaattacttttcttggagtaagttgcttccatctcttcaatatgcataattttcatgtcaataatatggcgga 41536518  T
Q  573 aaccatggctaataatgaatttgaatactttgatgtgcctggttttcctgacaaaattgaaat 635  Q
    || |||||| ||||| |||| ||||||||||||  |||||||| | |||||||||||||||||    
T  41536519 aatcatggccaataaagaatctgaatactttgaattgcctggtatccctgacaaaattgaaat 41536581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 73 - 650
Target Start/End: Complemental strand, 8137664 - 8137087
Alignment:
Q  73 atggcatcccaagatccaaagctccactttgtgttgtttccaatgatggcacaaggtcacatgatcccaatgatggacatagccaaaatattggcacaac 172  Q
    |||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  || ||| |||||||||| |    
T  8137664 atggcaaccctagatccaaagctacactttgtgttgtttccaatgatggcacaaggccacatgatccccatgatggacactgcaaaactattggcacatc 8137565  T
Q  173 atcacaatgttatggttacaatagtaacaacaccacacaatgcatctcgttacacatcaatcctagcacgttatcttgaatctggccttcatattcaatt 272  Q
    || | |||||||| ||||||||||||||||| ||| | ||||||||| | | |||||||||  ||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||    
T  8137564 atgaaaatgttatagttacaatagtaacaaccccaaaaaatgcatctaggttcacatcaattatagcacgttatgttgaatctggtcttcacattcaatt 8137465  T
Q  273 agttcaacttaaatttccatttaaagagtctggattaccagatgggtgtgagaatcttgacatgctaccttcacttggtgcagccacaaatttcttcaat 372  Q
    | | |||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||  |||||    |||| |||| |||||||||    
T  8137464 aatccaacttgaatttccatgtaaagagtttggattaccagaaggatgtgagaatcttgacatgctgcctggacttgccctagcctcaaacttcttcaat 8137365  T
Q  373 tcatcaaaatttctacaacaagaagttgaaaagttgtttgaagagttaacaccaccaccaacttgcattatctctgatatgtgtttgccatatacagttc 472  Q
      ||||||| |||| |||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| | |    
T  8137364 gtatcaaaacttctccaacaagaagttgaaaagatatttcaagagttaacaccaccagcaacttgtattatctctgatatgtttttgccatatacaatcc 8137265  T
Q  473 acatagctagaaagttcaatattccaagaatttcttttggtggaataaattgcttatatcttttgtgtttgcataatttacatgtcaataatattatgca 572  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  | ||| |||||| |  || |    | | |||||||||||||||| |||||||||| |    
T  8137264 acatagctagaaagttcaatattccaagaatttcttttgctccagtaagttgcttctggctctacaatatacataatttacatgtcagtaatattatgga 8137165  T
Q  573 aaccatggctaataatgaatttgaatactttgatgtgcctggttttcctgacaaaattgaaataaacatagcacagac 650  Q
    || |||||||||||| |||| |||||||||| || |||||| | | |||||||||||| |||| | | ||||||||||    
T  8137164 aatcatggctaataaagaatctgaatacttttatttgcctgatatccctgacaaaattcaaatgaccctagcacagac 8137087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University