View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11854_high_17 (Length: 632)

Name: NF11854_high_17
Description: NF11854
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11854_high_17
NF11854_high_17
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-632)||(44974790-44975421)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 616; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 616; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 632
Target Start/End: Complemental strand, 44975421 - 44974790
Alignment:
Q  1 ttgtacatagaaaagaagtgcatgaagagccaatacttaggtaaacaatccttagatataaggtatccagagaacagaaaaaatgctgcaagtagcactg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44975421 ttgtacatagaaaagaagtgcatgaagagccaatacttaggtaaacaatccttagatataaagtatccagagaacagaaaaaatgctgcaagtagcactg 44975322  T
Q  101 tcatgagtgaagttccggcaatgtagtttggtgctaaagaactcaagaacagaacaaatgagtttgccataagaactatgacccaaataaccaaaacaaa 200  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44975321 tcatgagtgaagttccagcaatgtagtttggtgctaaagaactcaagaacagaacaaatgagtttgccataagaactatgacccaaataaccaaaacaaa 44975222  T
Q  201 gtaagcaaaagatagccaagaactacaaagacccactaagaagtaaactggaatagagtagataacagcaactactagcaaatatggcaagaaaacaagt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44975221 gtaagcaaaagatagccaagaactacaaagacccactaaaaagtaaactggaatagagtagataacagcaactactagcaaatatggcaagaaaacaagt 44975122  T
Q  301 gtatttgctataagataagatgatagcctataaacaccacttgatgtttctcttaacaagattggtctctcattgataaagattggaagtgtttcagttg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44975121 gtatttgctataagataagatgatagcctataaacaccacttgatgtttctcttaacaagattggtctctcattgataaagattggaagtgtttcagttg 44975022  T
Q  401 tggaagataagaggaatgttagagtgaatgcaaaaagaccaaaccttttctcaatcccttctttatcaaacccaatgtttatgtaaattgttcctaaaac 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44975021 tggaagataagaggaatgttagagtgaatgcaaaaagaccaaaccttttctcaatcccttctttatcaaacccaatgtttatgtaaattgttcctaaaac 44974922  T
Q  501 aagaccaacaagtaatgcttctgctgtgtttgtcaacagtagttgttttgttcggtatatgatcttccaaaaccttctaaaaagtgtacaaatttcatga 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  44974921 aagaccaacaagtaatgcttctgctgtgtttgtcaacagtagttgttttgttcggtatatgatcttccaaaatcttctaaaaagtgtacaaatttcatga 44974822  T
Q  601 atccttgaactcttgtatctgatctctctgct 632  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44974821 atccttgaactcttgtatctgatctctctgct 44974790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University