View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11854_low_16 (Length: 634)

Name: NF11854_low_16
Description: NF11854
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11854_low_16
NF11854_low_16
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (20-379)||(31524673-31525032)
chr4 (476-624)||(31524430-31524578)
chr4 (185-221)||(26627855-26627891)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (20-372)||(33366469-33366821)
chr3 (476-624)||(33366922-33367070)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (20-372)||(49194637-49194989)
chr1 (476-624)||(49194388-49194536)
chr1 (184-221)||(39334573-39334610)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (93-306)||(41436949-41437162)
chr8 (93-306)||(42934027-42934240)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (184-221)||(28503430-28503467)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 332; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 31525032 - 31524673
Alignment:
Q  20 agttctaatcagttgttatgtgttttattcgcagctccactggacctaagattatatcgcttatacattgatattagtttaacctatctgtttgattctg 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  31525032 agttctaatcagttgttatgtgttttattcgcagctccactggacctaagattatatcgcttatacattgatattagtttaatctatctgtttgattctg 31524933  T
Q  120 caggtgttactctatgaatcattttgtgctttgacattggggaagaagactacctctgtggtgttgattgatgagtgtggaaacaagtggaattgtatca 219  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31524932 cagttgttactctatgaatcattttgtgctttgacattggggaagaagactgcctctgtggtgttgattgatgagtgtggaaacaagtggaattgtatca 31524833  T
Q  220 ctgtgttcgggaaacggccacatcgccacatcaaaattggagggggttggaagcatatggttgaagcacgcaacataccaataggtgtaagtaacgaaga 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31524832 ctgtgttcgggaaacggccacatcgccacatcaaaattggagggggttggaagcgtatggttgaagcacgcaacataccaataggtgtaagtaacgaaga 31524733  T
Q  320 tcggtgctccaagggttgggaacaatgacacactctacctagaagtcagacgctcgtctg 379  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  31524732 tcggtgctccaagggttgggaacaatgatacaatctacctagaagtcagacgcccgtctg 31524673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 476 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 31524578 - 31524430
Alignment:
Q  476 aagtggaacaattgtagaagttgttgttttgtaagagttgttgacatcatttgaattgaaagaagcattttggcctttggcatttcgaattaagatgcgt 575  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31524578 aagtggaacaattgtagaagttgttgttttgtaagagttgttgatatcatttgaattgaaagaagcattttggcctttggcattttgaattaagatgcgt 31524479  T
Q  576 tgtttggttctgttcttgcaatacaaatgattaaacatgtgtgcctatg 624  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31524478 cgtttggttctgttcttgcaatacaaatgattaaacatgtgtgcctatg 31524430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 185 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 26627891 - 26627855
Alignment:
Q  185 gattgatgagtgtggaaacaagtggaattgtatcact 221  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26627891 gattgatgaatgtggaaacaagtggaattgtatcact 26627855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 317; Significance: 1e-178; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 20 - 372
Target Start/End: Original strand, 33366469 - 33366821
Alignment:
Q  20 agttctaatcagttgttatgtgttttattcgcagctccactggacctaagattatatcgcttatacattgatattagtttaacctatctgtttgattctg 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  33366469 agttctaatcagttgttatgtgttttatttgcagctccactggacctaagattatatcgcttatacattgatattagtttaatctatctgtttgattctg 33366568  T
Q  120 caggtgttactctatgaatcattttgtgctttgacattggggaagaagactacctctgtggtgttgattgatgagtgtggaaacaagtggaattgtatca 219  Q
     || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33366569 tagttgttactctatgaatcattttgtgctttgacattggggaagaagactgcctctgtggtgttgattgatgagtgtggaaacaagtggaattgtatca 33366668  T
Q  220 ctgtgttcgggaaacggccacatcgccacatcaaaattggagggggttggaagcatatggttgaagcacgcaacataccaataggtgtaagtaacgaaga 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33366669 ctgtgttcgggaaacggccacatcgccgcatcaaaattggagggggttggaagcgtatggttgaagcacgtaacataccaataggtgtaagtaacgaaga 33366768  T
Q  320 tcggtgctccaagggttgggaacaatgacacactctacctagaagtcagacgc 372  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33366769 tcggtgctccaagggttgggaacaatgatacactctacctagaagtcagacgc 33366821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 476 - 624
Target Start/End: Original strand, 33366922 - 33367070
Alignment:
Q  476 aagtggaacaattgtagaagttgttgttttgtaagagttgttgacatcatttgaattgaaagaagcattttggcctttggcatttcgaattaagatgcgt 575  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33366922 aagtggaacaattgtagaagttgttgttttgtaagagttgttgatatcatttgaattgaaagaagcattttggcctttggcattttgaattaagatgcgt 33367021  T
Q  576 tgtttggttctgttcttgcaatacaaatgattaaacatgtgtgcctatg 624  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33367022 cgtttggttctgttcttgcaatacaaatgattaaacatgtgtgcctatg 33367070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 305; Significance: 1e-171; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 20 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 49194989 - 49194637
Alignment:
Q  20 agttctaatcagttgttatgtgttttattcgcagctccactggacctaagattatatcgcttatacattgatattagtttaacctatctgtttgattctg 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  49194989 agttctaatcagttgttatgtgttttatttgcagctccactggacctaagattatatcgcttatacattgatattagtttaatctatctgtttgattctg 49194890  T
Q  120 caggtgttactctatgaatcattttgtgctttgacattggggaagaagactacctctgtggtgttgattgatgagtgtggaaacaagtggaattgtatca 219  Q
     || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49194889 tagttgttactctatgaatcattttgtgctttgacattggggaagaagactgcctctgtggtgttgattgatgagtgtggaaacaagtggaattgtatca 49194790  T
Q  220 ctgtgttcgggaaacggccacatcgccacatcaaaattggagggggttggaagcatatggttgaagcacgcaacataccaataggtgtaagtaacgaaga 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  49194789 ctgtgttcgggaaacggccacatcgcctcatcaaaattggagggggttggaagcgtatgtttgaagcacgtaacataccaataggtgtaagtaacgaagt 49194690  T
Q  320 tcggtgctccaagggttgggaacaatgacacactctacctagaagtcagacgc 372  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  49194689 tcggtgctccaagggttgggaacaatgatacattctacctagaagtcagacgc 49194637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 476 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 49194536 - 49194388
Alignment:
Q  476 aagtggaacaattgtagaagttgttgttttgtaagagttgttgacatcatttgaattgaaagaagcattttggcctttggcatttcgaattaagatgcgt 575  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  49194536 aagtggaacaattgtagaagttgttgttttgtaagagttgttgatatcatttgaattgaaagaagcattttggcctttggcattttgaattaagatgcgt 49194437  T
Q  576 tgtttggttctgttcttgcaatacaaatgattaaacatgtgtgcctatg 624  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49194436 cgtttggttctgttcttgcaatacaaatgattaaacatgtgtgcctatg 49194388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 184 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 39334610 - 39334573
Alignment:
Q  184 tgattgatgagtgtggaaacaagtggaattgtatcact 221  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  39334610 tgattgatgactgtggaaacaagtggaattgtatcact 39334573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 94; Significance: 1e-45; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 93 - 306
Target Start/End: Original strand, 41436949 - 41437162
Alignment:
Q  93 ttagtttaacctatctgtttgattctgcaggtgttactctatgaatcattttgtgctttgacattggggaagaagactacctctgtggtgttgattgatg 192  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||  ||||||  |||| ||||||||||  |||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||    
T  41436949 ttagtttaatctctctgtttgattctgcatatgttaccatatggatcattttgtcatttgactttgggcaagaagactacctccgttgtgttgattgatg 41437048  T
Q  193 agtgtggaaacaagtggaattgtatcactgtgttcgggaaacggccacatcgccacatcaaaattggagggggttggaagcatatggttgaagcacgcaa 292  Q
    | ||||||||||| ||||| ||||||||| | ||| | |||| | ||||||||||||| |||||||  ||||||||||||| |||| ||||||| |||||    
T  41437049 actgtggaaacaaatggaactgtatcactatattcagtaaacagacacatcgccacattaaaattgacgggggttggaagcgtatgcttgaagcgcgcaa 41437148  T
Q  293 cataccaataggtg 306  Q
    |||  |||||||||    
T  41437149 catttcaataggtg 41437162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 93 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 42934240 - 42934027
Alignment:
Q  93 ttagtttaacctatctgtttgattctgcaggtgttactctatgaatcattttgtgctttgacattggggaagaagactacctctgtggtgttgattgatg 192  Q
    ||||||||| || ||||||||||| ||||  ||||||  |||| ||||||||||  |||||| ||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||    
T  42934240 ttagtttaatctctctgtttgattatgcatatgttaccatatggatcattttgtcatttgactttgggcaagaagaccacctccgttgtgttgattgatg 42934141  T
Q  193 agtgtggaaacaagtggaattgtatcactgtgttcgggaaacggccacatcgccacatcaaaattggagggggttggaagcatatggttgaagcacgcaa 292  Q
    | ||||||||||| ||||| ||||||||| | ||| | |||| | ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| | |||    
T  42934140 actgtggaaacaaatggaactgtatcactatattcagtaaacagacacatcgccacattaaaattggtgggggttggaagcgtatgcttgaagcgctcaa 42934041  T
Q  293 cataccaataggtg 306  Q
    ||| ||||||||||    
T  42934040 cattccaataggtg 42934027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000009; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 184 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 28503467 - 28503430
Alignment:
Q  184 tgattgatgagtgtggaaacaagtggaattgtatcact 221  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  28503467 tgattgatgactgtggaaacaagtggaattgtatcact 28503430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University