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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF11855_low_2 (Length: 938)
Name: NF11855_low_2
Description: NF11855
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11855_low_2 |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 620; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 620; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 770
Target Start/End: Original strand, 4805197 - 4805948
Alignment:
| Q |
14 |
agaccaaaagaatcaaatacaagtactcaaatcctgcaatgactgaggaaacttgaaagtgaaagggacaggatttagcatcaaatgctatatagattag |
113 |
Q |
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| T |
4805197 |
agaccaaaagaatcaaatacaagtactcaaatcctgcaatgactgaggaaacttgaaagtgaaagggacaggatttagcatcaaatgctatatagattag |
4805296 |
T |
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| Q |
114 |
acaataaaaaccaatttcaccaattgggtagtaaccataaacaacaaaggtagtataaaaatctaacttttatagattacagacaacactataagctaga |
213 |
Q |
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| T |
4805297 |
acaataaaaaccaatttcaccaattgggtagtaaccataaacaacaaaggtagtataaaaatctaacttttatagattacagacaacactataagctaga |
4805396 |
T |
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| Q |
214 |
actagaaagagaaagaaactatagagagagaaagtgtgtattttgctttctttctttgcttacctgcccatgctatgaagtgacatgtatcattttaaaa |
313 |
Q |
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| T |
4805397 |
actagaaagagagagaaaatatagagagagaaagtgtgtattttgctttctttctttgcttacctgcccatgctatgaagtgacatgtatcattttaaaa |
4805496 |
T |
|
| Q |
314 |
gacatactaactactgccaactgctcctgttggtaaattattgcacaaacataacaacatcaacaacaacctaatcacttttagtttcacaaatcatttt |
413 |
Q |
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| T |
4805497 |
gacatactaactactgccaactgctcctgttggtaaattattgaacaaacataacaacatcaacaacaacctaatcacttttagtttcacaaatcatttt |
4805596 |
T |
|
| Q |
414 |
ctaactcctaaattttgatgcttttaatataatctactttgannnnnnnnnnnnnnnnnnaatctttctaagtcgtaaaagataaaaagtaaaaacgagt |
513 |
Q |
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| T |
4805597 |
ctaactcctaaattttgatgcttttaatataatctactttgatttttttgtgtattttttaatctttctaagtcgtaaaagataaaaagtaaaaacgagt |
4805696 |
T |
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| Q |
514 |
taaagagattaatttgaaatgcatgctatcgacacattaatgattgccggatcaagatcagatcatttagattttaaattatttgatcctaaatttatag |
613 |
Q |
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| T |
4805697 |
taaagagattaatttgaaatgcctgctatcgacatattgatgattgtcggatcaagatcagatcatttagattttaaattatttgat-cttgatttatag |
4805795 |
T |
|
| Q |
614 |
aagatggatgta-ctactacgtgaatgcagaaaatcatccattataaacagtcaaaattcaaaataaatgtatacggtattaggtatcatgtttatgttt |
712 |
Q |
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| T |
4805796 |
aagatggatgtatctactatgtgaatgtagaaaatcatccattataaacagtcaaaattcaaaataaatgtatacggtattagatatcatgtttatgttt |
4805895 |
T |
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| Q |
713 |
tgttgattaaataatacaatatgttttaaacttgggaacgatgttaaagataaaaagt |
770 |
Q |
| |
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| T |
4805896 |
tgttgattaaataatac-----gttttaaacttgggaacgatgttaaagataaaaagt |
4805948 |
T |
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Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 768 - 924
Target Start/End: Original strand, 4805980 - 4806131
Alignment:
| Q |
768 |
agtcatcttatgaataatgtttacattcatgcagtctacacatcgatgacagtagatcaagatcagatctcattaattttaaacctgatattttggttgt |
867 |
Q |
| |
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| T |
4805980 |
agtcatcttatgaataatgtttacattcatgcagtccacacatcgatgacaggagatcaagatcatatctcattaattttaaacctgata-----gttgt |
4806074 |
T |
|
| Q |
868 |
ctccccaaatttcacacattttattgttactactacttattaccaactgtaataatt |
924 |
Q |
| |
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| T |
4806075 |
ctccccaaatttcacacattttattgttactactacttattaccaactgtaataatt |
4806131 |
T |
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