View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11861_high_1 (Length: 923)

Name: NF11861_high_1
Description: NF11861
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11861_high_1
NF11861_high_1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (19-916)||(3842196-3843095)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 752; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 752; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 916
Target Start/End: Original strand, 3842196 - 3843095
Alignment:
Q  19 acaagtgtcctcttttttctaaagaacctaacaggtgtccttgttataactataattatattcctacttgtattaaagacattttagtatggatgaaatg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3842196 acaagtgtcctcttttttctaaagaagctaacaggtgtccttgttataactataattatattcctacttgtattaaagacattttagtatggatgaaatg 3842295  T
Q  119 aagtaatttatgggattgagaggtattcattttaccagctctnnnnnnngattcattttcctcattgcgtttaccttttccaaaataaagttataggcat 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3842296 aagtaatttatgggattgagaggtattcattttaccagctctaaaaaaagattcattttcctcatttcttttaccttttccaaaataacgttataggcat 3842395  T
Q  219 caccacaaatccaattcaatcccagccagggtatctcgactagtttaaacatttaaaaataaatcccatgtgattttgaagcaatgcagaaaacaatact 318  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3842396 caccacaaatccaattctatcccagccagggtatctcgactagtttaaacatttaaaaataaatcccatgtgattttgaagcaatgcagaaaacaatact 3842495  T
Q  319 ccatgtagtccaaaataaaatgtaaatatttaactattgtatgcctttgcaccacagaagggttgttagcatgaagaaataccgaaaataaacgagnnnn 418  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||        
T  3842496 ccatgtagtccaaaataaaa-gtaaatatttaactattgtatgcctttgcaccacagaagggttgttagcatgaagaaataccaaaaataaacaagaaaa 3842594  T
Q  419 nnnnnnn-tccatgtagtaagtaaagacaatacccgaaaatagtgggtaatttggagaaaaggcacaaaacttagggcatcagaaattgaaactgaaact 517  Q
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3842595 aaaaaaaatccatgtagtaagtaaagacaatacccgaaaatagtgggtagtttggacaaaaggctcaaaacttagggcatcagaaattgaaactgaaact 3842694  T
Q  518 ct--atgaatcaatgagatccaacttgaaaatttgatggagttgaataaaaattataaggtatagggattgtagttcagacgaaatctactttcccaacc 615  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3842695 ctgtatgaatcaatgagatccaacttgaaaatttgatggagttgaataaaaactataaggtatagggattgtagttcagacgaaatctactttcccaacc 3842794  T
Q  616 ataatgaggttgactaccaggaaaagcaccagcaaatgaactgggaggcatatgagaatgaggtgaggcaccggcggggggtgctgcagctggggaatag 715  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3842795 ataatgaggttgactaccaggaaaagcaccggcaaatgaactgggaggcatatgagaatgaggtgaggcaccggcggggggtactgcagctggggaatag 3842894  T
Q  716 ccaggaaatggaggagcggcttgaccagaaggaaaagtaccaggtgctgataaataactttgtgaaacttcctgctggtttggatcccatgatggcattt 815  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3842895 ccaggaaatggaggagcggcttgaccagaaggaaaagtaccgggtgctgataaataactttgtgtaacttcctgctggtttggatcccatgatggcattt 3842994  T
Q  816 gtccctgtgaaccagaatacatagtcgcagcttgagtggtctgccatgcaggagcttgagctgcatggagactaggatctagcactgtatagtctctgct 915  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3842995 gtcccattgaaccagaatacatagtcgcagcttgagtggtctgccatgcaggagcttgagctgcatggagactaggatctagcactgtatagtctctgct 3843094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University