View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11861_low_6 (Length: 635)

Name: NF11861_low_6
Description: NF11861
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11861_low_6
NF11861_low_6
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (17-620)||(39571208-39571811)
chr3 (18-620)||(39581479-39582090)
chr3 (29-620)||(39565742-39566333)
chr3 (134-620)||(39568508-39568994)
chr3 (84-620)||(39585118-39585654)
chr3 (113-612)||(39574932-39575425)
chr3 (134-620)||(39561138-39561624)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 567; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 567; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 620
Target Start/End: Original strand, 39571208 - 39571811
Alignment:
Q  17 gcacagagaagtaaactctaatcatatagaatcaatccattataattgtcaaaaattcaattcattataatgatatgctaattagttgatatcagggcat 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  39571208 gcacagagaagtaaactctaatcatatagaatcaatccattataattgtcaaaaattcaattcattataatgatatgctaattagttgatatcggggcat 39571307  T
Q  117 atatacattgcataactttgcatcaaaatcaaaaagcctccaaagctgcactgaatgcaaatatatcacattcttcagcactgcaccaagcttgatgatc 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39571308 atatacattgcataactttgcatcaaaatcaaaaagcctccaaagctgcaccgaatgcaaatatatcacattcttcagcactgcaccaagcttgatgatc 39571407  T
Q  217 atgaccatttttgcatccacactcattccaattattcaatctcctcttattttgcttctccatctcaacaactgaagctactcttattttaatctccact 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39571408 atgaccatttttgcatccacactcattccaattattcaatctcctcttattttgcttctccatctcaacaactgaagctactcttattttaatctccact 39571507  T
Q  317 tccacttctggtgtactgaacataccctctttgcactcacttccactcaccaaatccattttcaaccannnnnnnaactccatgttttgtgtttcaagaa 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||| ||||||||    
T  39571508 tccacttctggtgtactgaacataccctctttgcactcacttccactcaccaaatccattttcaaccatttttttaactccatgttttgtgcttcaagaa 39571607  T
Q  417 tcaccttccatggaatgtcacctttgccaataagttgtgacccccatatcttcctttgtcttagctccaacactaggctttgttgattaaggttttccaa 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39571608 tcaccttccatggaatgtcacctttgccaataagttgtgacccccatatctttctttgtcttagctccaacactaggctttgttgattaaggttttccaa 39571707  T
Q  517 gaattcttgagggcatgagcagtctaaattaaaagactcgtcccaaaagggcactgatttggtggaaacacttttgctgtttagttgaattcttttgtcg 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39571708 gaattcttgagggcatgagcagtctaaattaaaagactcgtcccaaaagggcactgatttggtggaaacacttttgctgtttagttgaattcttttgtcg 39571807  T
Q  617 tttc 620  Q
    ||||    
T  39571808 tttc 39571811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 39582090 - 39581479
Alignment:
Q  18 cacagagaagtaaactctaatcatatagaatcaatccattataatt--gtcaaaaat---tcaattcattataatgatatgctaatta----gttgatat 108  Q
    |||||||||| || ||||||||| |||||||| |||||||||||||  ||||||||    | ||| || | |||||||| ||||||||    |||||| |    
T  39582090 cacagagaagaaagctctaatcaaatagaatcgatccattataattttgtcaaaaaaatataaatccactgtaatgataagctaattaattagttgatgt 39581991  T
Q  109 cagggcatatatacattgcataactttgcatcaaaatcaaaaagcctccaaagctgcactgaatgcaaatatatcacattcttcagcactgcaccaagct 208  Q
     || ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  |||||||||||||| ||||| || | |||||||||     
T  39581990 tagtgcatatatacatcacataattttgcatcaaaatcaaaaagcctccaaagctgcaccaagcgcaaatatatcacaatcttctgcgcagcaccaagca 39581891  T
Q  209 tgatgatcatgaccatttttgcatccacactcattccaattattcaatctcctcttattttgcttctccatctcaacaactgaagctactcttattttaa 308  Q
     |||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| |||||||||    
T  39581890 cgatggtcatggccgtttttgcatccacactcattccaattattcaatctcctcttattttgcgtctccatctcagaaactgaagctacttttattttaa 39581791  T
Q  309 tctccacttccacttctggtgtactgaacataccctctttgcactcacttccactcaccaaatccattttcaaccannnnnnnaactccatgttttgtgt 408  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||       ||||||||||||||||     
T  39581790 tctccacttccacttctggtgttgtgaacataccctctttgtaatcacttccactcaccaaatccatcttcaaccatttttttaactccatgttttgtga 39581691  T
Q  409 ttcaagaatcaccttccatggaatgtcacctttgccaataagttgtgacccccatatcttcctttgtcttagctccaacactaggctttgttgattaagg 508  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  39581690 ttcaagaatcactttccatggaatctcaaatttcccaataagttgtgacccccatatcttcctttgccttagctccacctctaggctttgttgattaagg 39581591  T
Q  509 ttttccaagaattcttgagggcatgagcagtctaaattaaaagactcgtcccaaaagggcactgatttggtggaaacacttttgctgtttagttgaattc 608  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39581590 ttttccaagaattcttgggggcaagaacaatctagattaaaagactcatcccaaaagggcactgatttggtggaaacacttttgctgtttagttgaattc 39581491  T
Q  609 ttttgtcgtttc 620  Q
    |||||| |||||    
T  39581490 ttttgttgtttc 39581479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 29 - 620
Target Start/End: Original strand, 39565742 - 39566333
Alignment:
Q  29 aaactctaatcatatagaatcaatccattataatt--gtcaaaaat-tcaattcattataatgatatgctaattagttgatatcagggcatatatacatt 125  Q
    |||||||||  || |||||| |||||| |||||||  ||||||||  |||||  |||||||||||| |||||||||||||| | || || ||||||| |     
T  39565742 aaactctaacaatttagaattaatccactataattttgtcaaaaaaatcaatctattataatgataagctaattagttgatgttagtgcctatatacgta 39565841  T
Q  126 gcataactttgcatcaaaatcaaaaagcctccaaagctgcactgaatgcaaatatatcacattcttcagcactgcaccaagcttgatgatcatgaccatt 225  Q
    ||||||  |||||||||||  ||||||||||||||||  ||   || |||||||||||||| ||||| || | |||||||||  |||| ||||| || ||    
T  39565842 gcataatcttgcatcaaaactaaaaagcctccaaagcgcca---aacgcaaatatatcacactcttctgcgcagcaccaagcacgatggtcatggccgtt 39565938  T
Q  226 tttgcatccacactcattccaattattcaatctcctcttattttgcttctccatctcaacaactgaagctactcttattttaatctccacttccacttct 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  39565939 tttgcatccacactcattccaattattcaatctcctgttattttgcttctccatctcagcaaccgaggctacttttattttaatctccacttccacttct 39566038  T
Q  326 ggtgtactgaacataccctctttgcactcacttccactcaccaaatccattttcaaccannnnnnnaactccatgttttgtgtttcaagaatcaccttcc 425  Q
    || ||  ||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||||||       ||||||||||||| || |||||||||||| ||||    
T  39566039 ggcgttatgaacataccctctttgaaatcactgccactcaccaaatccatcttcaaccatttttttaactccatgttttttgattcaagaatcactttcc 39566138  T
Q  426 atggaatgtcacctttgccaataagttgtgacccccatatcttcctttgtcttagctccaacactaggctttgttgattaaggttttccaagaattcttg 525  Q
    ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39566139 atggaatctcacatttcccaataagttgtgacccccacatcttcctttgccttagctccaacaccaggctttgttgattaaggttttccaagaattcttg 39566238  T
Q  526 agggcatgagcagtctaaattaaaagactcgtcccaaaagggcactgatttggtggaaacacttttgctgtttagttgaattcttttgtcgtttc 620  Q
     ||||| || || |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39566239 ggggcaagaacaatctagattaaaagactcatcccaaaagggcactgatttggtggaaacacttttgctgtttagttgaattcttttgttgtttc 39566333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 134 - 620
Target Start/End: Original strand, 39568508 - 39568994
Alignment:
Q  134 ttgcatcaaaatcaaaaagcctccaaagctgcactgaatgcaaatatatcacattcttcagcactgcaccaagcttgatgatcatgaccatttttgcatc 233  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||||||  |  ||||||| |||||| ||||| || ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  39568508 ttgcatcaaaattaaaaagcctctaaagctgcaccaagcgcaaataaatcacaatcttcggcgctgcaccaagcattatgatcatgaccatttttgcatc 39568607  T
Q  234 cacactcattccaattattcaatctcctcttattttgcttctccatctcaacaactgaagctactcttattttaatctccacttccacttctggtgtact 333  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||| | ||| ||||||||| |||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||       
T  39568608 cacactcattccaattattcaaccttctcttattcttcttttccatctcagcaaccgaagccactcttattttaatttccacttccacttctggtgttgg 39568707  T
Q  334 gaacataccctctttgcactcacttccactcaccaaatccattttcaaccannnnnnnaactccatgttttgtgtttcaagaatcaccttccatggaatg 433  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||       | |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||     
T  39568708 gaacatagcctctttgcaatcacttctactcaccaaatccattttcaaccatttttttagctccatgttttgtgattcaagaatcactttccatggaatc 39568807  T
Q  434 tcacctttgccaataagttgtgacccccatatcttcctttgtcttagctccaacactaggctttgttgattaaggttttccaagaattcttgagggcatg 533  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  39568808 tcacctttgccaataagttgtgacccccacatcttcctttgccttagctccacctctaggctttgttgattaaggttttccaagaattcttgggggcaag 39568907  T
Q  534 agcagtctaaattaaaagactcgtcccaaaagggcactgatttggtggaaacacttttgctgtttagttgaattcttttgtcgtttc 620  Q
    | || || | |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39568908 aacaatccagattaaaagactcatcccaaaagggtactgatttggtggaaacacttttgctgtttagttgaattcttttgttgtttc 39568994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 84 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 39585654 - 39585118
Alignment:
Q  84 taatgatatgctaattagttgatatcagggcatatatacattgcataactttgcatcaaaatcaaaaagcctccaaagctgcactgaatgcaaatatatc 183  Q
    |||| ||| |||||||||||||| | || ||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||    
T  39585654 taattataagctaattagttgatgttagtgcatatatacatcacataattttgcatccaaatcaaaaagcctccaaagctccacctaatgcaaatatatc 39585555  T
Q  184 acattcttcagcactgcaccaagcttgatgatcatgaccatttttgcatccacactcattccaattattcaatctcctcttattttgcttctccatctca 283  Q
    ||| |||||||   ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||  ||||||||||||    
T  39585554 acaatcttcagtgttgcaccatgcttgatgattatgaccatttttgcatccacactcattccagttattcaatctccatttatttttgttctccatctca 39585455  T
Q  284 acaactgaagctactcttattttaatctccacttccacttctggtgtactgaacataccctctttgcactcacttccactcaccaaatccattttcaacc 383  Q
     |||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||    
T  39585454 gcaaccgaaggaacttttattttaatctccacttccacttctgttgttgtgaacataccctctttgcaatcacttccactcacaaattccattttcaacc 39585355  T
Q  384 annnnnnnaactccatgttttgtgtttcaagaatcaccttccatggaatgtcacctttgccaataagttgtgacccccatatcttcctttgtcttagctc 483  Q
    |       |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||    
T  39585354 atttttttaactccatgttttgtgattcaagaatcactttccatggaatctcacctttcccaataagttgtgacccccacatcttcctttgcctcagctc 39585255  T
Q  484 caacactaggctttgttgattaaggttttccaagaattcttgagggcatgagcagtctaaattaaaagactcgtcccaaaagggcactgatttggtggaa 583  Q
    || ||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||| | ||||||||| |  |||||||| |||    
T  39585254 caccactaggctttgttgattaagattgtccaagaattcctgggggcatgaacaatctaaattaaaagactcattccaaaagggtagggatttggtagaa 39585155  T
Q  584 acacttttgctgtttagttgaattcttttgtcgtttc 620  Q
    | |||||| ||||| |||||||||||||||| |||||    
T  39585154 atacttttactgttgagttgaattcttttgttgtttc 39585118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 113 - 612
Target Start/End: Complemental strand, 39575425 - 39574932
Alignment:
Q  113 gcatatatacattgcataactttgcatcaaaatcaaaaagcctccaaagctgcactgaatgcaaatatatcacattcttcagcactgcaccaagcttgat 212  Q
    ||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||| |||||||   ||||||||||| |||    
T  39575425 gcatatatacatcacatatttttgcatcaaaatcaaaaagcctccaaagctccacctaatgcaaatatatcacaatcttcagtgttgcaccaagctcgat 39575326  T
Q  213 gatcatgaccatttttgcatccacactcattccaattattcaatctcctcttattttgcttctccatctcaacaactgaagctactcttattttaatctc 312  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||| |||||||||||||    
T  39575325 gatcatgaccatttttacatccacacttgttccaattattcaatctcctcttattttgcttctccatctccgcaaccgaagctacttttattttaatctc 39575226  T
Q  313 cacttccacttctggtgtactgaacataccctctttgcactcacttccactcaccaaatccattttcaaccannnnnnnaactccatgttttgtgtttca 412  Q
    ||||||||| |  || ||  |||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||       |||||||||||||||| ||||    
T  39575225 cacttccacctacggcgttatgaatataccctctttgcaatcacttccactcaacaaatccatcttcaaccatttttttaactccatgttttgtgattca 39575126  T
Q  413 agaatcaccttccatggaatgtcacctttgccaataagttgtgacccccatatcttcctttgtcttagctccaacactaggctttgttgattaaggtttt 512  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||          
T  39575125 agaatcactttccatggaatctcaccttttccaataagttgtgacccccacatcttcctttgccttagctccaacactaggctttgttggttaa------ 39575032  T
Q  513 ccaagaattcttgagggcatgagcagtctaaattaaaagactcgtcccaaaagggcactgatttggtggaaacacttttgctgtttagttgaattctttt 612  Q
    ||||||||||||| |  || || || || | ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||| ||| || ||| ||||||||||||||    
T  39575031 ccaagaattcttgggcacaagaacaatcaagattaaaagattcatcccaaaagggcactgatttggtagaaacattttagccgttgagttgaattctttt 39574932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 134 - 620
Target Start/End: Original strand, 39561138 - 39561624
Alignment:
Q  134 ttgcatcaaaatcaaaaagcctccaaagctgcactgaatgcaaatatatcacattcttcagcactgcaccaagcttgatgatcatgaccatttttgcatc 233  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| |  |   | ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||    
T  39561138 ttgcattaaaatcaaaaagcctccaaagctgcgccaagcacgaatatatcacaatcttcagcgctgcaccaagcgtgatgatcatggccattcttgcatc 39561237  T
Q  234 cacactcattccaattattcaatctcctcttattttgcttctccatctcaacaactgaagctactcttattttaatctccacttccacttctggtgtact 333  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||| | ||| ||||||||| |||| ||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||       
T  39561238 cacactcattccaattattcaaccttctcttattcttcttttccatctcagcaaccgaagtcactcttattttaatttccacttccacttctggtgttgg 39561337  T
Q  334 gaacataccctctttgcactcacttccactcaccaaatccattttcaaccannnnnnnaactccatgttttgtgtttcaagaatcaccttccatggaatg 433  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||  || ||||||||       |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||     
T  39561338 gaacatagcctctttgcaatcacttccactcactaaatatatcttcaaccatttttttaactccatgttttgtgattcaagaatcactttccatggaatc 39561437  T
Q  434 tcacctttgccaataagttgtgacccccatatcttcctttgtcttagctccaacactaggctttgttgattaaggttttccaagaattcttgagggcatg 533  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |    
T  39561438 tcaccttttccaataagttgtgacccccatatcttcctttgccttagctccaacactaggttttgttggttaagattttccaagaattcttgggggcaag 39561537  T
Q  534 agcagtctaaattaaaagactcgtcccaaaagggcactgatttggtggaaacacttttgctgtttagttgaattcttttgtcgtttc 620  Q
    | || |||| ||||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||   ||||||| || |||||||| ||||||| |||||    
T  39561538 aacaatctagattaaaagactcgtcccaaaaaggtacggatttggttgaaatttttttgctattgagttgaatacttttgttgtttc 39561624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University