View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11865_high_3 (Length: 648)

Name: NF11865_high_3
Description: NF11865
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11865_high_3
NF11865_high_3
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (5-629)||(27762305-27762932)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 577; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 577; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 629
Target Start/End: Original strand, 27762305 - 27762932
Alignment:
Q  5 gaaatggaaaatggatccatcatacaaataaagctttgaaggtcaaagaatagcaagcaccaaagaaagtaccatagcaatttgtactaacactttgaat 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27762305 gaaatggaaaatggatccatcatacaaataaagctttgaaggttaaagaatagcaagcaccaaagaaagtaccatagcaatttgtaccaacactttgaat 27762404  T
Q  105 cctcaaaccaagcaaccaatggttaattttgaaaaaccattagaggagcaaccattggttatagttgaaaagcccttagaggagcaatcgttggctattg 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27762405 cctcaaaccaagcaaccaatggttaattttgaaaaaccattagaggagcaaccattggttatagttgagaagcccttagaggagcaatcgttggctattg 27762504  T
Q  205 ttgagaaacctatagatgtggtagcccctaataaaaagttgcaag-tgacacaacaacatgcgatggagacaacaatacaaaatgagaatccaaatacaa 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27762505 ttgagaaacctatagatgtggtagcccctaataaaaagttgcaagatgacacaaaaacatgcaatggagacaacaatacaaaatgagaatccaaatacaa 27762604  T
Q  304 gcacctcatttcaatttgcatttcctaatgtaactgattatgtgcttcaaaacaatattaaaaatgttggcatggttcaacaacttgagcaaaatttact 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27762605 gcacctcatttcaatttgcatttcctaatgtaactgattatgtgcttcaaaacaatattgacaatgttggcatggttcaacaacttgagcaaaatttact 27762704  T
Q  404 tattttggagtcagttttatccttggcagttcagcctcttgagccaagaaatatttgtctcttctagaatttctgatgccacaattatttcctccccttt 503  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27762705 tattttggagtcagttttatccttggcagttcagcctcttgagccaagaaatatttgtctcttctagaatttctgatgccacaattatttcctccccttt 27762804  T
Q  504 tggcgatgtttcctgaaacacaacaggataaagaagcaaact--cagatttttccggtgctccaaaaagaacttgatatgattcaacttgtcttggtgaa 601  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27762805 tggcgatggttcctgaaacacaacaggataaagaagcaaactcacagatttttccggtgctccaaaaagaacttgatatgattcaacttgtcttggtgaa 27762904  T
Q  602 agaaaaagatgatcctaatacgcttttc 629  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27762905 agaaaaagatgatcctaatacgcttttc 27762932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University