View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11867_high_12 (Length: 492)

Name: NF11867_high_12
Description: NF11867
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11867_high_12
NF11867_high_12
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (16-487)||(4711252-4711723)
chr7 (21-487)||(4845185-4845663)
chr7 (16-487)||(4653940-4654423)
chr7 (18-481)||(4864372-4864850)
chr7 (34-487)||(4696364-4696841)
chr7 (18-487)||(4637301-4637779)
chr7 (16-487)||(4783000-4783486)
chr7 (16-487)||(4815429-4815915)
chr7 (34-487)||(4673147-4673615)
chr7 (16-487)||(4644151-4644619)
chr7 (35-323)||(4663310-4663604)
chr7 (348-410)||(4631451-4631513)
chr7 (213-331)||(4667550-4667668)
chr7 (442-487)||(4631371-4631416)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (371-487)||(18925280-18925393)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 464; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 464; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 487
Target Start/End: Original strand, 4711252 - 4711723
Alignment:
Q  16 actactgccttagatagtcgaatttgggttggtgataatattgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaat 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4711252 actactgccttagatagtcgaatttgggttggtgataatattgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaat 4711351  T
Q  116 catcacctaattccctttccaatatcgatattccactcacaaccgcgcgtatctctctctcaaatttcacatactcattttctagcataactaacacccc 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4711352 catcacctaattccctttccaatatcgatattccactcacaaccgcgcgtatctctctctcaaatttcacatactcattttctagcatcactaacacccc 4711451  T
Q  216 tgtttttattagccttcatttttacccaacttcataccaaaactttgatccctccaatgctcttttctctgtcaaagtaaacaacaatcttacccttctt 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4711452 tgtttttattagccttcatttttacccaacttcataccaaaactttgatccctccaatgctcttttctctgtcaaagtaaacaacaatcttacccttctt 4711551  T
Q  316 aaaaacttcagcccttattatgagaaggaaaaaatcaccaaagaatattgcattcaaatcaaaccaaatgagaagctaagcataactttcattccaaaca 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4711552 aaaaacttcagcccttattatgagaaggaaaaaatcaccaaagaatattgcattcaaatcaaaccaaatgagaagctaagcataactttcattccaaaca 4711651  T
Q  416 acataaatcattcaaatccttattatgctttcattaacggaatcgaaattgtgtctatgccttcttctctct 487  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4711652 acataaatcattcaaatccttattatgctttcattaacggaatcgaaattgtgtctatgccttcttttctct 4711723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 21 - 487
Target Start/End: Original strand, 4845185 - 4845663
Alignment:
Q  21 tgccttagatagtcgaatttgggttggtgataatattgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaatcatca 120  Q
    |||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||     
T  4845185 tgccttagataaacgaatttggattggtgataatattgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaatccatcttttaaatcatct 4845284  T
Q  121 cctaattccctttccaatatcgatattccactcacaaccgcgcgtatctctctctcaaatttcacatactcattttctagcataactaacacccctgttt 220  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||   |||||||||    
T  4845285 cctaattccctttccaatatccaaattccattcacaaccgcgcatatctctttctcaaatttcacatactcattttctagcattcctagttcccctgttt 4845384  T
Q  221 ttattagccttcatttttacccaacttcataccaaaactttgatccctccaatgctcttttctctgtcaaagtaaacaacaatcttacccttcttaaaaa 320  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4845385 ttattcgccttcatttttacccaacttcataccagaactttgatccctccaatgctcttttctctgtcgaagtaaacaacaatcttacccttcttaaaaa 4845484  T
Q  321 cttcagccctt------------attatgagaaggaaaaaatcaccaaagaatattgcattcaaatcaaaccaaatgagaagctaagcataactttcatt 408  Q
    |||||||||||            || | |||  ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||    
T  4845485 cttcagcccttcactttggcttcatgacgaggtggaaaaaattaccaaagaatattgcattcagatcaaaccaaatgggaagctaaacataactttcttt 4845584  T
Q  409 ccaaacaacataaatcattcaaatccttattatgctttcattaacggaatcgaaattgtgtctatgccttcttctctct 487  Q
    || |||||||||||  | |  ||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||    
T  4845585 ccgaacaacataaacgaattgaatcctttttatgctttcgttaacggaatcgaagttgtgtcgatgccttcttttctct 4845663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 16 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 4654423 - 4653940
Alignment:
Q  16 actactgccttagatagtcgaatttgggttggtgataatattgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaat 115  Q
    |||||| |||||||||  ||||||||| ||||||| ||||||||||||  |||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |     
T  4654423 actactaccttagataaacgaatttggattggtgagaatattgataacaaaaatatctttactttcattgaaccaaaaaccacgaacccatctcttacaa 4654324  T
Q  116 catcacctaattccctttccaatatcgatattccactcacaaccgcgcgtatctctctctcaaatttcacatactcattttctagcataactaacacccc 215  Q
    || ||| || |||||| || ||||   | |||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||   ||||    
T  4654323 caccacgtagttccctctcaaatactcaaattccattcacaaccgcacgtatctctctctcatatttcacatactcattttctaacatcactacttcccc 4654224  T
Q  216 tgtttttattagccttcatttttacccaacttcataccaaaactttgatccctccaatgctcttttctctgtcaaagtaaacaacaatcttacccttctt 315  Q
    ||||||||   |||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||| ||||| ||||||    
T  4654223 tgtttttaaccgccttcatttttaccctacttcgtatcaaaaatttgaaccctcaaatgcacttttctctgttgaagtaaacaacaaacttacacttctt 4654124  T
Q  316 aaaaacttcagccctt------------attatgagaaggaaaaaatcaccaaagaatattgcattcaaatcaaaccaaatgagaagctaagcataactt 403  Q
    ||||||||||  ||||            || ||||   ||||| ||||||||||||||||||||| ||| || |||| ||| ||||||||| ||||||||    
T  4654123 aaaaacttcaatccttcactttggattcatgatgatggggaaacaatcaccaaagaatattgcatccaagtccaaccgaataagaagctaaacataactt 4654024  T
Q  404 tcattccaaacaacataaatcattcaaatccttattatgctttcattaacggaatcgaaattgtgtctatgccttcttctctct 487  Q
    ||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||| |||||    
T  4654023 tcattcccaacaacacaaaccattcaaatccttattatgctttcattaatggaattgaagttgtgtctatgccttcttttctct 4653940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 18 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 4864850 - 4864372
Alignment:
Q  18 tactgccttagatagtcgaatttgggttggtgataatattgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaatca 117  Q
    |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  4864850 tactaccttagataaacgaatttgggttggtgataatattgataacaaaaatctctttactttcattgaacaaaaaaccacaaacccatctcttaaaaca 4864751  T
Q  118 tcacctaattccctttccaatatcgatattccactcacaaccgcgcgtatctctctctcaaatttcacatactcattttctagcataactaacacccctg 217  Q
    ||||||| ||||  ||| || ||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||||   | ||||    
T  4864750 tcacctagttccgcttcaaacatcgaaattccatacacaaccgcgcgtatctctctctcaagtttcacatattcattttctaccatcactagttcgcctg 4864651  T
Q  218 tttttattagccttcatttttacccaacttcataccaaaactttgatccctccaatgctcttttctctgtcaaagtaaacaacaatcttacccttcttaa 317  Q
    ||||| || | ||||||||||||||||| || || ||||||||||| || || || ||  |||| || ||  |||||||||||||  |||||||||||||    
T  4864650 tttttgttcgtcttcatttttacccaacatcttatcaaaactttgaaccttcgaaagcatttttttcagttgaagtaaacaacaaaattacccttcttaa 4864551  T
Q  318 aaacttcagccctt--------att-atgagaa---ggaaaaaatcaccaaagaatattgcattcaaatcaaaccaaatgagaagctaagcataactttc 405  Q
    |||||||| |||||        ||| ||||  |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  4864550 aaacttcaacccttcactttggattcatgaagatggggaaaaaatcaccaaagaatattgcattcaaatcaaatcaaatgagaagctaaacataactttc 4864451  T
Q  406 attc---caaacaacataaatcattcaaatccttattatgctttcattaacggaatcgaaattgtgtctatgccttctt 481  Q
    ||||   | || || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| | ||||||||||||||||    
T  4864450 attccggccaataatataaatcaatcaaatccttattatgccttcattaatggaatagaagtcgtgtctatgccttctt 4864372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 183; E-Value: 9e-99
Query Start/End: Original strand, 34 - 487
Target Start/End: Original strand, 4696364 - 4696841
Alignment:
Q  34 cgaatttgggttggtgataatattgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaatcatcacctaattcccttt 133  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |  | |||||||  |||| |    
T  4696364 cgaatatgggttggtgataataatgataacacaaaactcttttccttcaatgaaccaaaaaccacaaacacatctcttacaataccacctaacaccctct 4696463  T
Q  134 ccaatatcgatattccactcacaaccgcgcgtatctctctctcaaatttcacatactcattttctagcataactaacacccctgtttttattagccttca 233  Q
    | |||||| | |||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||   ||||||||||| || |||||||    
T  4696464 caaatatccaaattccattcacaaccgcacgtgtctctctctcaaatttcacatactcttttcctagcatcactacttcccctgtttttcttcgccttca 4696563  T
Q  234 tttttacccaacttcataccaaaactttga----------tccc--tccaatgctcttttctctgtcaaagtaaacaacaatcttacccttcttaaaaac 321  Q
    ||||||||| ||||| |||| |||||||||          ||||  || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  4696564 tttttacccgacttcgtaccgaaactttgaaccttctaattccctttcaaatgcacttttctctgttaaagtaaacaacaacgttacccttcttaaaaac 4696663  T
Q  322 ttcagccct------------tattatgagaaggaaaaaatcaccaaagaatattgcattcaaatcaaaccaaatgagaagctaagcataactttcattc 409  Q
    |||| ||||            ||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  4696664 ttcaacccttctctttggttctatcatgatgacgaaaaaatcaccaaagaatattgcattcaaaccaaaccaaatgagaagttaaacataactttcattc 4696763  T
Q  410 caaacaacataaatcattcaaatccttattatgctttcattaacggaatcgaaattgtgtctatgccttcttctctct 487  Q
    | | ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||| |||||    
T  4696764 ccagcaacataaaccagtcaaatccttattatgctttcattaacggaatagaagttgtgtcaatgccttcttttctct 4696841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 18 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 4637779 - 4637301
Alignment:
Q  18 tactgccttagatagtcgaatttgggttggtgataatattgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaatca 117  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |    
T  4637779 tactgccttagataaacgaatttgggttggtgataatattaataacaaaaatctctttactttcattgaaccaaaaaccacaaacccatcttttaatgta 4637680  T
Q  118 tcacctaattccctttccaatatcgatattccactcacaaccgcgcgtatctctctctcaaatttcacatactcattttctagcataactaacacccctg 217  Q
      | |||||||||| || |||||| |  |||||  ||||  ||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  || |||    
T  4637679 caagctaattccctctcaaatatccaagttccatacacacacgcacgtgtttctctctcaaatttcacatactcattttctagcatcactaattccactg 4637580  T
Q  218 tttttattagccttcatttttacccaacttcataccaaaactttgatccctccaatgctcttttctctgtcaaagtaaacaacaatcttacccttcttaa 317  Q
    ||||| || | |||||||||||||| || || || ||||||||||| || |||| |||  |||||||||||||||| ||| ||   ||||||||||||||    
T  4637579 tttttcttcgtcttcatttttaccctacatcttatcaaaactttgaaccttccagtgcaattttctctgtcaaagtgaacgac---cttacccttcttaa 4637483  T
Q  318 aaacttcagccctt------------attatgagaaggaaaaaatcaccaaagaatattgcattcaaatcaaaccaaatgagaagctaagcataactttc 405  Q
    |||||||| |||||            ||| |||  | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||    
T  4637482 aaacttcaaccctttgctttggctctattttgatgacgaaaaaatcaccaaagaatattgcatacaaatcaaaccaaatgaaaagttaaacataactttc 4637383  T
Q  406 attccaaacaacataaatcattcaaatccttattatgctttcattaacggaatcgaaattgtgtctatgccttcttctctct 487  Q
    ||||| |||| |||||| || |||||||||| ||||||||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||| |||||    
T  4637382 attcctaacagcataaaccaatcaaatccttgttatgcttttattaacgggatcgaagttgtgtcaatgccttcttttctct 4637301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 16 - 487
Target Start/End: Original strand, 4783000 - 4783486
Alignment:
Q  16 actactgccttagatagtcgaatttgggttggtgataatattgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaat 115  Q
    ||||||||||| ||| | ||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||     
T  4783000 actactgcctttgatggacgaatttgggttgttgataacattgataactctaatctcttttccttcattgaaccaaaaaatacaaacccatctcttaaaa 4783099  T
Q  116 catcacctaattccctttccaatatcgatattccactcacaaccgcgcgtatctctctctcaaatttcacatactcattttct---agcataactaacac 212  Q
    ||  |||||||||||| || |||||| | |||||| |||||||||  |||  |||||||||||||||||||||||||||||||   | ||| |||||| |    
T  4783100 caaaacctaattccctctcaaatatccaaattccattcacaaccgtacgtgcctctctctcaaatttcacatactcattttctaacatcatcactaactc 4783199  T
Q  213 ccctgtttttattagccttcatttttacccaacttcataccaaaactttgatccctccaatgctcttttctctgtcaaagtaaacaacaatcttaccctt 312  Q
    | || ||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||||  |||| |||||||||||  |||||||||||||  ||||||||    
T  4783200 cactatttttcttcgccttcatttttacccaacttcatatcaaaattttgaaacctcttatgcacttttctctgttgaagtaaacaacaacattaccctt 4783299  T
Q  313 cttaaaaacttcagccctt------------attatgagaaggaaaaaatcaccaaagaatattgcattcaaatcaaaccaaatgagaagctaagcataa 400  Q
    ||||||||||||| |||||            || ||||  || |  | |||  ||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  4783300 cttaaaaacttcaacccttcactttggcttcatcatgatgagaatcatatcgtcaaagaatattccatccaaatcaaaccaaacgagaagctaaacataa 4783399  T
Q  401 ctttcattccaaacaacataaatcattcaaatccttattatgctttcattaacggaatcgaaattgtgtctatgccttcttctctct 487  Q
    |||||||||| ||||||| ||| || |  | ||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  4783400 ctttcattcccaacaacacaaaccaattgattcctagttatgctttcattaacggaatcgaagttgtgtctatgccttcttttctct 4783486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 16 - 487
Target Start/End: Original strand, 4815429 - 4815915
Alignment:
Q  16 actactgccttagatagtcgaatttgggttggtgataatattgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaat 115  Q
    ||||||||||| ||| | ||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||     
T  4815429 actactgcctttgatggacgaatttgggttgttgataacattgataactctaatctcttttccttcattgaaccaaaaaatacaaacccatctcttaaaa 4815528  T
Q  116 catcacctaattccctttccaatatcgatattccactcacaaccgcgcgtatctctctctcaaatttcacatactcattttct---agcataactaacac 212  Q
    ||  |||||||||||| || |||| | | |||||| |||||||||  |||  |||||||||||||||||||||||||||||||   | ||| |||||| |    
T  4815529 caaaacctaattccctctcaaatacccaaattccattcacaaccggacgtgcctctctctcaaatttcacatactcattttctaacatcatcactaactc 4815628  T
Q  213 ccctgtttttattagccttcatttttacccaacttcataccaaaactttgatccctccaatgctcttttctctgtcaaagtaaacaacaatcttaccctt 312  Q
    | || ||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||||  |||| |||||||||||  |||||||||||||  ||||||||    
T  4815629 cactatttttcttcgccttcatttttacccaacttcatatcaaaattttgaaacctcttatgcacttttctctgttgaagtaaacaacaacattaccctt 4815728  T
Q  313 cttaaaaacttcagccctt------------attatgagaaggaaaaaatcaccaaagaatattgcattcaaatcaaaccaaatgagaagctaagcataa 400  Q
    ||||||||||||| |||||            || ||||  || |  | |||  ||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  4815729 cttaaaaacttcaacccttcactttggcttcatcatgatgagaatcatatcgtcaaagaatattccatccaaatcaaaccaaacgagaagctaaacataa 4815828  T
Q  401 ctttcattccaaacaacataaatcattcaaatccttattatgctttcattaacggaatcgaaattgtgtctatgccttcttctctct 487  Q
    |||||||||| ||||||| ||| || |  | ||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  4815829 ctttcattcccaacaacacaaaccaattgagtcctagttatgctttcattaacggaatcgaagttgtgtctatgccttcttttctct 4815915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 34 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 4673615 - 4673147
Alignment:
Q  34 cgaatttgggttggtgataata---ttgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaatcatcacctaattccc 130  Q
    ||||| ||||||||||||||||   || ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||  |||||||||||    
T  4673615 cgaatgtgggttggtgataataatattaataacacaaatctctttactttcattgaaccaaaaaccacatacccatctcttacaacacaacctaattccc 4673516  T
Q  131 tttccaatatcgatattccactcacaaccgcgcgtatctctctctcaaatttcacatactcattttctagcataactaacacccctgtttttattagcct 230  Q
    | || |||||| |  |||||  ||||  ||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  || |||||||| || ||||    
T  4673515 tctcaaatatccaagttccatacacacacgcacgtgtttctctctcaaatttcacatactcattttctagcatcactaattccactgtttttcttcgcct 4673416  T
Q  231 tcatttttacccaacttcataccaaaactttgatccctccaatgctcttttctctgtcaaagtaaacaacaatcttacccttcttaaaaacttcagccct 330  Q
    |||||||||||||| || ||   ||| ||||||||||||||||||  |||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  4673415 tcatttttacccaaatttatctaaaagctttgatccctccaatgcaattttctctatcaaagttaacaacaatattacccttcttaaaaacttcaaccct 4673316  T
Q  331 t------------attatgagaaggaaaaaatcaccaaagaatattgcattcaaatcaaaccaaatgagaagctaagcataactttcattccaaacaaca 418  Q
    |            || || |  |||||| |||||||||||||| ||| || |||||||| || ||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||    
T  4673315 ttcctttggattcatgattatgaggaaacaatcaccaaagaattttgtatccaaatcaagcccaatgagaagctaaacataaatttcattccaagcatca 4673216  T
Q  419 taaatcattcaaatccttattatgctttcattaacggaatcgaaattgtgtctatgccttcttctctct 487  Q
    | ||  | ||||||  | | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  4673215 tgaacaaatcaaatgttaaatatgctttcattaacggaatcgaaattgtgtcaatgccttcttttctct 4673147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 131; E-Value: 9e-68
Query Start/End: Original strand, 16 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 4644619 - 4644151
Alignment:
Q  16 actactgccttagatagtcgaatttgggttggtgataatattgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaat 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| ||||     
T  4644619 actactgccttagatagtcgaatttgggttggtgataataatgataacacaaaactctttactttcattgaaccaaaaaccactaatccatctcctaaaa 4644520  T
Q  116 catcacctaattccctttccaatatcgatattccactcacaaccgcgcgtatctctctctcaaatttcacatactcattttctagcataactaacacccc 215  Q
    |||||| ||| ||||   | ||| ||    |||||  ||||  ||| ||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||    ||||    
T  4644519 catcacttaaatccc---caaatttcacagttccatacacacacgcacgtgtctctttctcaaattttacatactcattttctagcatcactgtttcccc 4644423  T
Q  216 tgtttttattagccttcatttttacccaacttcataccaaaactttgatccctccaatgctcttttctctgtcaaagtaaacaacaatcttacccttctt 315  Q
    ||||||| || ||||| ||||||||||  | || || ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4644422 tgtttttcttcgcctttatttttaccctgcatcgtatcaaaattttgaaccctcaaatgcacttttctctgtcaaagtaaacaacaatctcacccttctt 4644323  T
Q  316 aaaaacttcagccctt------------attatgagaaggaaaaaatcaccaaagaatattgcattcaaatcaaaccaaatgagaagctaagcataactt 403  Q
     ||||||||| |||||            || ||||  || | || |||| |||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  4644322 caaaacttcaacccttcactttggcttcatcatgatgagaataatatcatcaaagagtattgcatccaaattaaaacaaatgagaagctaaacataactt 4644223  T
Q  404 tcattccaaacaacataaatcattcaaatccttattatgctttcattaacggaatcgaaattgtgtctatgccttcttctctct 487  Q
    |||||||  |||           ||||||  |  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  4644222 tcattcc-caca-----------tcaaatgttagttatgctttcattaacggaatcgaagttgtgtctatgccttcttttctct 4644151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 35 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 4663604 - 4663310
Alignment:
Q  35 gaatttgggttggtgataatattgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaatcatcacc------taattc 128  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| || | |||||| | ||| |||| |||||||| | ||| |||||||||||||  ||||       | |||     
T  4663604 gaatttgggttggtgataataatgataacacagaactcttttctttccttgagccaaaaacaaaaaatccatctcttaaattgtcactaccccatgatta 4663505  T
Q  129 cctttccaatatcgatattccactcacaaccgcgcgtatctctctctcaaatttcacatactcattttctagcataactaacacccctgtttttattagc 228  Q
    |||||| ||||||   |||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||  |||    |||||||||| || ||    
T  4663504 cctttcaaatatcccaattccactcaaaaccgcacgtatctcgctctcaaatttcacatactcatttcctaccatccctagttgccctgtttttcttcgc 4663405  T
Q  229 cttcatttttacccaacttcataccaaaactttgatccctccaatgctcttttctctgtcaaagtaaacaacaatcttacccttcttaaaaactt 323  Q
    |||||||||||| |||| || ||  |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4663404 cttcatttttactcaacatcttataaaaactttgaaccctccaatgcacttttctctgtcaaactaaacgacaatcttacccttcttaaaaactt 4663310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 348 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 4631513 - 4631451
Alignment:
Q  348 aatcaccaaagaatattgcattcaaatcaaaccaaatgagaagctaagcataactttcattcc 410  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||    |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4631513 aatcaccaaagaatattgcatacaaattgctccaaatgagaagctaaacataactttcattcc 4631451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 213 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 4667668 - 4667550
Alignment:
Q  213 ccctgtttttattagccttcatttttacccaacttcataccaaaactttgatccctccaatgctcttttctctgtcaaagtaaacaacaatcttaccctt 312  Q
    |||||||||| || |||| |||||||||||||| || || |||||||||||  ||||||| ||||| ||| | |||||||||   | ||| |||||||||    
T  4667668 ccctgtttttcttcgcctccatttttacccaacatcgtatcaaaactttgaaacctccaacgctctcttcacagtcaaagtaggaaccaaccttaccctt 4667569  T
Q  313 cttaaaaacttcagccctt 331  Q
    || ||| |||| |||||||    
T  4667568 ctcaaagactttagccctt 4667550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 442 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 4631416 - 4631371
Alignment:
Q  442 gctttcattaacggaatcgaaattgtgtctatgccttcttctctct 487  Q
    |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||| |||||    
T  4631416 gctttcatcaacggaattgagattgtgtctatgccttcttttctct 4631371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000007; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 371 - 487
Target Start/End: Original strand, 18925280 - 18925393
Alignment:
Q  371 aaatcaaaccaaatgagaagctaagcataactttcattccaaacaacataaatcattcaaatccttattatgctttcattaacggaatcgaaattgtgtc 470  Q
    |||| ||||||| ||||||| |||  ||||||||||||||||||| |||||||||  ||||  |   |||||||||||| |||||||| || || |||||    
T  18925280 aaatgaaaccaactgagaagttaaatataactttcattccaaacaccataaatcaaccaaaggc---ttatgctttcatcaacggaattgagatcgtgtc 18925376  T
Q  471 tatgccttcttctctct 487  Q
     |||||||||| |||||    
T  18925377 catgccttcttttctct 18925393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University