View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11867_low_2 (Length: 850)

Name: NF11867_low_2
Description: NF11867
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11867_low_2
NF11867_low_2
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (14-850)||(37902543-37903379)
chr7 (14-850)||(37909054-37909890)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 813; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 813; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 850
Target Start/End: Original strand, 37902543 - 37903379
Alignment:
Q  14 gacatcagaaagtttaggattgtttacatattgctcacccaagtaaacctgcatacaacacaaaacaaagatctcattttccattttcatccccgtaata 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37902543 gacatcagaaagtttaggattgtttacgtattgctcacccaagtaaacctgcatacaacacaaaacaaagatctcattttccattttcatccccgtaata 37902642  T
Q  114 tatagaaaatagaatatgaacaactcagtttcaaagacaagaagttcaaacttcaattgaattgtgcaattatgataacttggaacaaatgcttcaacaa 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37902643 tatagaaaatagaatatgaacaactcagtttcaaagacaagaagttcaaacttcaattgaattgtgcaattatgataacttggaacaaatgcttcaacaa 37902742  T
Q  214 gtgaagaacaaaaaaccaaactagatatgatgagcccatttgataaataaaatgcaaaatacctggggagttggtgatgtaggtgcaggatcaacaatag 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  37902743 gtgaagaacaaaaaaccaaactagatatgatgagcccatttgataaataaaatgcaaaatacctggggagttggtgatgtaggagcaggatcaacaatag 37902842  T
Q  314 aggaacacatgtctttcatagccattgtgtgaagcgctgctgaagcatcacctttctgctttgggtttgtagattggagaagattcaacagcagttctaa 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37902843 aggaacacatgtctttcatagccattgtgtgaagcgctgctgaagcatcacctttctgctttgggtttgtagattggagaagattcaacagcagttctaa 37902942  T
Q  414 tcctgaagatttagcagcatagtgattaaaaatactttctatgcactgccagagagggggacaagaaaagtaaattttaaagtttgttaccattattgtc 513  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37902943 tcctgaaaatttagcagcatagtgattaaaaatactttctatgcactgccagagagggggacaaaaaaaataaattttaaagtttgttaccattattgtc 37903042  T
Q  514 aataaatatagttttccgatcatcaggggaacataaatgtgcaagagcaagagctacacgtatttgaagatccttttccccagtgcgcataagatataac 613  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37903043 aataaatatagttttccgatcatcaggggaacataaatgtgcaagagcaagagctacacgtatttgaagatccttttccccagtgcgcataagatataac 37903142  T
Q  614 atgtgtttcagtacctgcaaaagaggaattgatagaataatcaaaaccaataatgtaagcaacagtacaaggattgagtaggctgataatttgggagaaa 713  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37903143 atgtgtttcagtacctgcaaaagaggaattgatagaataatcaaaaccaataatgtaagcaacagtacaaggattgagtaggctgataatttgggagaaa 37903242  T
Q  714 acttactcgcccttgcatcttctcttccaatctttttaacgtctttgttacacactcttgagaaggctgcaagtcaaacaacaatgataatgaaactaaa 813  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37903243 acttactcgcccttgcatcttctcttccaatctttttaacgtctttgttacacactcttgagtaggctgcaagtcaaacaacaatgataatgaaactaaa 37903342  T
Q  814 ttgattataaattagtgagaagaagaggttctattac 850  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37903343 ttgattataaattagtgagaagaagaggttctattac 37903379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 813; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 850
Target Start/End: Original strand, 37909054 - 37909890
Alignment:
Q  14 gacatcagaaagtttaggattgtttacatattgctcacccaagtaaacctgcatacaacacaaaacaaagatctcattttccattttcatccccgtaata 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37909054 gacatcagaaagtttaggattgtttacgtattgctcacccaagtaaacctgcatacaacacaaaacaaagatctcattttccattttcatccccgtaata 37909153  T
Q  114 tatagaaaatagaatatgaacaactcagtttcaaagacaagaagttcaaacttcaattgaattgtgcaattatgataacttggaacaaatgcttcaacaa 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37909154 tatagaaaatagaatatgaacaactcagtttcaaagacaagaagttcaaacttcaattgaattgtgcaattatgataacttggaacaaatgcttcaacaa 37909253  T
Q  214 gtgaagaacaaaaaaccaaactagatatgatgagcccatttgataaataaaatgcaaaatacctggggagttggtgatgtaggtgcaggatcaacaatag 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  37909254 gtgaagaacaaaaaaccaaactagatatgatgagcccatttgataaataaaatgcaaaatacctggggagttggtgatgtaggagcaggatcaacaatag 37909353  T
Q  314 aggaacacatgtctttcatagccattgtgtgaagcgctgctgaagcatcacctttctgctttgggtttgtagattggagaagattcaacagcagttctaa 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37909354 aggaacacatgtctttcatagccattgtgtgaagcgctgctgaagcatcacctttctgctttgggtttgtagattggagaagattcaacagcagttctaa 37909453  T
Q  414 tcctgaagatttagcagcatagtgattaaaaatactttctatgcactgccagagagggggacaagaaaagtaaattttaaagtttgttaccattattgtc 513  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37909454 tcctgaaaatttagcagcatagtgattaaaaatactttctatgcactgccagagagggggacaaaaaaaataaattttaaagtttgttaccattattgtc 37909553  T
Q  514 aataaatatagttttccgatcatcaggggaacataaatgtgcaagagcaagagctacacgtatttgaagatccttttccccagtgcgcataagatataac 613  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37909554 aataaatatagttttccgatcatcaggggaacataaatgtgcaagagcaagagctacacgtatttgaagatccttttccccagtgcgcataagatataac 37909653  T
Q  614 atgtgtttcagtacctgcaaaagaggaattgatagaataatcaaaaccaataatgtaagcaacagtacaaggattgagtaggctgataatttgggagaaa 713  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37909654 atgtgtttcagtacctgcaaaagaggaattgatagaataatcaaaaccaataatgtaagcaacagtacaaggattgagtaggctgataatttgggagaaa 37909753  T
Q  714 acttactcgcccttgcatcttctcttccaatctttttaacgtctttgttacacactcttgagaaggctgcaagtcaaacaacaatgataatgaaactaaa 813  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37909754 acttactcgcccttgcatcttctcttccaatctttttaacgtctttgttacacactcttgagtaggctgcaagtcaaacaacaatgataatgaaactaaa 37909853  T
Q  814 ttgattataaattagtgagaagaagaggttctattac 850  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37909854 ttgattataaattagtgagaagaagaggttctattac 37909890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University