View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11867_low_4 (Length: 751)

Name: NF11867_low_4
Description: NF11867
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11867_low_4
NF11867_low_4
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (21-720)||(37903499-37904198)
chr7 (21-720)||(37910010-37910709)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 684; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 684; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 720
Target Start/End: Complemental strand, 37904198 - 37903499
Alignment:
Q  21 aatcatttaatacgcttgtatctcaacaaatctttgatatcaatgatagctcctgctgtttggagagccgaagagaagcagctcttttaattggtcaatt 120  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37904198 aatcatttaatatgcttgtatctcaacaaatctttgatatcaatgatagctcctgctgtttggagagccgaagagaagcagctcttttaattggtcaatt 37904099  T
Q  121 tgctacaacggattcagattgcaaggttggttagattgtgttttgcaaatttacaatgtgatttgcttgtcatgtgtggaattctcttattgatcctcat 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37904098 tgctacaacggattcagattgcaaggttggttagattgtgttttgcaaatttacaatgcgatttgcttgtcatgtgtggaattctcttattgatcctcat 37903999  T
Q  221 acatggttcatgcagattcacattgcccaaagaggggctataaaccccttaattgagatgcttaagtcttcagatttacagcttagggaaatgtcaactt 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37903998 acatggttcatgcagattcacattgcccaaagaggggctataaaccccttaattgagatgcttaagtcttcagatttacagcttagggaaatgtcaactt 37903899  T
Q  321 ttgcacttgggaggttggcacaggtgattatcatttgcaaccagtatttatctgtatatggaaattaatttatcgaaatcaatcctaaatgtttatataa 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37903898 ttgcacttgggaggttggcacaggtgattatcatttgcaaccagtatttatctgtatatgggaattaatttatcgaaatcaatcctaaatgtttatataa 37903799  T
Q  421 ttcatgttaggactcacacaatcaagctggtattgcttataatggaggtatagagcctctgcttgatcttcttgacacaaagaatggttctgttcaacac 520  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  37903798 ttcatgttaggactcacacaatcaagctggtattgcttataatggaggtatagagcctctgcttgatcttcttgacacaaagaatggttccgttcaacac 37903699  T
Q  521 aacgcagcttttgctctctatggtctggctgataatgaggtgaagttagtttccttgttttttactcgttcagcatagtatgtggccctttattaatcat 620  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37903698 aacgcagcttttgctctctatggtctggctgataatgaggtgaagttagtttccttgttttttactcgttcagcatagtatgtggccctttattaatcat 37903599  T
Q  621 tgatgcctggtgatatgctgcctctgacataactgctttgtatgacaggacaatgttgcggttataattaaggctggtggttttcaaaaactgcatgatg 720  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37903598 tgatgcctggtgatatgctgcctctgacataactgctttgtatgacaggacaatgttgcggttataattaaggctggtggttttcaaaaactgcatgatg 37903499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 684; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 720
Target Start/End: Complemental strand, 37910709 - 37910010
Alignment:
Q  21 aatcatttaatacgcttgtatctcaacaaatctttgatatcaatgatagctcctgctgtttggagagccgaagagaagcagctcttttaattggtcaatt 120  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37910709 aatcatttaatatgcttgtatctcaacaaatctttgatatcaatgatagctcctgctgtttggagagccgaagagaagcagctcttttaattggtcaatt 37910610  T
Q  121 tgctacaacggattcagattgcaaggttggttagattgtgttttgcaaatttacaatgtgatttgcttgtcatgtgtggaattctcttattgatcctcat 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37910609 tgctacaacggattcagattgcaaggttggttagattgtgttttgcaaatttacaatgcgatttgcttgtcatgtgtggaattctcttattgatcctcat 37910510  T
Q  221 acatggttcatgcagattcacattgcccaaagaggggctataaaccccttaattgagatgcttaagtcttcagatttacagcttagggaaatgtcaactt 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37910509 acatggttcatgcagattcacattgcccaaagaggggctataaaccccttaattgagatgcttaagtcttcagatttacagcttagggaaatgtcaactt 37910410  T
Q  321 ttgcacttgggaggttggcacaggtgattatcatttgcaaccagtatttatctgtatatggaaattaatttatcgaaatcaatcctaaatgtttatataa 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37910409 ttgcacttgggaggttggcacaggtgattatcatttgcaaccagtatttatctgtatatgggaattaatttatcgaaatcaatcctaaatgtttatataa 37910310  T
Q  421 ttcatgttaggactcacacaatcaagctggtattgcttataatggaggtatagagcctctgcttgatcttcttgacacaaagaatggttctgttcaacac 520  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  37910309 ttcatgttaggactcacacaatcaagctggtattgcttataatggaggtatagagcctctgcttgatcttcttgacacaaagaatggttccgttcaacac 37910210  T
Q  521 aacgcagcttttgctctctatggtctggctgataatgaggtgaagttagtttccttgttttttactcgttcagcatagtatgtggccctttattaatcat 620  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37910209 aacgcagcttttgctctctatggtctggctgataatgaggtgaagttagtttccttgttttttactcgttcagcatagtatgtggccctttattaatcat 37910110  T
Q  621 tgatgcctggtgatatgctgcctctgacataactgctttgtatgacaggacaatgttgcggttataattaaggctggtggttttcaaaaactgcatgatg 720  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37910109 tgatgcctggtgatatgctgcctctgacataactgctttgtatgacaggacaatgttgcggttataattaaggctggtggttttcaaaaactgcatgatg 37910010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University