View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11869_low_2 (Length: 759)

Name: NF11869_low_2
Description: NF11869
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11869_low_2
NF11869_low_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (11-745)||(15803602-15804313)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 529; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 529; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 745
Target Start/End: Complemental strand, 15804313 - 15803602
Alignment:
Q  11 tggacatcacgttgattattgtaaaaaatggcatcctgaacctgaagctagacaagacacagttgttttggcacaaaaacatgttgagaaaccgcccaag 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                     |||||||||||||||    
T  15804313 tggacatcacgttgattattgtaaaaaatggcatcctgaacctgaagctagacaagacacagtt---------------------gagaaaccgcccaag 15804235  T
Q  111 aaagtttatgcgcaaaagagagatggcagacaagaccaggtcaaaacaaatgaagctattgatctggagaaagaagtggttaatctagatgaacaacaga 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15804234 aaagtttatgcgcaaaagagagatggcagacaggaccaggtcaaaacaaatgaagctattgatgtggagaaagaagtggttaatctagatgaacaacaga 15804135  T
Q  211 tagcaggtcaggagattaatgaggatgaattggccataaagaaatatgctgaaaaaggtaaagcacctaaaaggctaagccctgaagatttgttaaggtt 310  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  15804134 tagcaggtcagaagattaatgaggatgaattggccagaaagaaatatgctgaaaaaggtaaagcacctgaaaggctgagccctgaagagttgttaaggtt 15804035  T
Q  311 ggatgacaatcaattacaaaatgaactcaatgagttaactgacaaagtaacaaattagaaaaatgttgaaagttgtgaagatgatgaaacagtttcacaa 410  Q
      | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15804034 aaaggacaatcaattacataatgaactcaatgagttaactgataaagtaacaaatgagaaaaacgttgaaagttgtgaagatgatgaaacagtttcacaa 15803935  T
Q  411 ggttcttttg-tgctgacagtcaacgccatgtttcaccagttgaggcaaatgaggaggaaaaggaacatgatgatcatactccagtcagagtaatgaagg 509  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||   ||    
T  15803934 ggttcttttgttgctgacagtcaacgccatgattcaccagttgaggcaaatgaggaggaagaggaacatgctgatcatactccagtcagagtaat---gg 15803838  T
Q  510 acatggatttcctgaagaaatcttagaatcatatgatagaaacagaagtagaagaggaagatatttcagcagatgctgcaaagtccactgatgtgcttgc 609  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  15803837 acatggatttcctgaagaaatcttggaatcatatgatagaaatagaagtagaagaggaagatatttcagcagatgctgcaaagtccactaatgtgcttgc 15803738  T
Q  610 tcaaaatattgtggacaaggatggttttcaaatggtgctcccaaagaacaggaaaaaattacagnnnnnnncaattcaaactaccaaaggaacttacaca 709  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||       |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15803737 tcaaaatattgtggacaaggatgattttcaaatggtgctcccaaagaacaggaaaaagttacagaaaaaaacaattcaaactaccaagggaacttacaca 15803638  T
Q  710 accaaatcaaaggttcctcaaaaacctttcaaatga 745  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15803637 accagatcaaaggttcctcaaaaacctttcaaatga 15803602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University