View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11870_low_14 (Length: 468)

Name: NF11870_low_14
Description: NF11870
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11870_low_14
NF11870_low_14
[»] chr7 (9 HSPs)
chr7 (18-459)||(8671875-8672316)
chr7 (39-459)||(8666340-8666760)
chr7 (37-455)||(10495196-10495614)
chr7 (37-459)||(13334190-13334612)
chr7 (87-328)||(8653499-8653740)
chr7 (164-340)||(8653229-8653405)
chr7 (178-298)||(3146349-3146469)
chr7 (135-306)||(8658437-8658608)
chr7 (135-309)||(1300529-1300703)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (37-459)||(9336716-9337138)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (37-411)||(29464820-29465195)
chr1 (129-457)||(29214505-29214836)
chr1 (133-389)||(4679472-4679728)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (39-389)||(16658347-16658694)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (136-310)||(28910447-28910621)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 418; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 418; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 459
Target Start/End: Original strand, 8671875 - 8672316
Alignment:
Q  18 cccatgaccaccttatattgcatcctaactgttactgctagggaaatatccacaggcaatataaacgctatcaccattactaacaacaaagacaggttgt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8671875 cccatgaccaccttatattgcatcctaactgttactgctagggaaatatccacaggcaatataaatgctatcaccattactaacaacaaagacaggttgt 8671974  T
Q  118 caatgttcgacattgaaaaaatgattaaagaagctgagaaatatcatgtggaagatatgcaatttttaagaagggccaaggtaatgtgtgcattagattc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8671975 caatgttcgacattgaaaaaatgattaaagaagctgagaaatatcatgtggaagatatgcaatttttaagaagggccaaggtaatgtgtgcattagattc 8672074  T
Q  218 ttgtgtttacaatatgaagaacgatttaaagaagaacaatgttaatctgattctctcccctcaagaaattgcaaagatcaacaatgcaattaatgttgct 317  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  8672075 ttgtgtttacaatatgaagaacgctttagagaagaacaatgttaatctgattctctcccctcaagaaattgcaaagatcaacaatgcaattactgttgct 8672174  T
Q  318 atggatttgcttgataagaataaaaaagagaaagaaatagatgttcttgagggttatctggaggagctggagggaatgtcgaaacaccttatatccaagg 417  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8672175 atggatttgcttgatatgaataaaaaagagaaagaaatagatgttcttgagggttatctggaggagctggagagaatgtcgaaacaccttatatccaagg 8672274  T
Q  418 ctaataattttatttttcttggataagattttaagtgatgtc 459  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8672275 ctaataattttatttttcttggataagattttaagtgatgtc 8672316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 39 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 8666760 - 8666340
Alignment:
Q  39 atcctaactgttactgctagggaaatatccacaggcaatataaacgctatcaccattactaacaacaaagacaggttgtcaatgttcgacattgaaaaaa 138  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||||||| || ||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  8666760 atcctgactgttactgctagggaaatatccacaggcaatatgaacatgatcaccataaccaatgacaaagaaaggttgtcaatgttcgacattgaaaaaa 8666661  T
Q  139 tgattaaagaagctgagaaatatcatgtggaagatatgcaatttttaagaagggccaaggtaatgtgtgcattagattcttgtgtttacaatatgaagaa 238  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8666660 tgattaaagaagctgagaaataccatgtggaagatatgcaatttttaagaagggccaaggtaatgtgtgaattagattcttgtgtttacaatatgaagaa 8666561  T
Q  239 cgatttaaagaagaacaatgttaatctgattctctcccctcaagaaattgcaaagatcaacaatgcaattaatgttgctatggatttgcttgataagaat 338  Q
     | ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  8666560 ggctttaaagaagaaggatgttaatctgattctctcccctcaagaaattgcaaagatcaacaatgcaattactgttgctatggatttgcttgataagaat 8666461  T
Q  339 aaaaaagagaaagaaatagatgttcttgagggttatctggaggagctggagggaatgtcgaaacaccttatatccaaggctaataattttatttttcttg 438  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8666460 aaaaaagagaaagaaatagatgttcttgagggttatctggaggagctggagagaatgtcgaaacaccttatatccaaggctaataattttatttttcttg 8666361  T
Q  439 gataagattttaagtgatgtc 459  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  8666360 gataagattttaagtgatgtc 8666340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 37 - 455
Target Start/End: Original strand, 10495196 - 10495614
Alignment:
Q  37 gcatcctaactgttactgctagggaaatatccacaggcaatataaacgctatcaccattactaacaacaaagacaggttgtcaatgttcgacattgaaaa 136  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||| || ||| ||||    
T  10495196 gcatcctgactgttactgctaaggatatatctacaggcaatatgaacgcgatcaccattactaatgacaaagaaaggttgtcaatgttagaaattaaaaa 10495295  T
Q  137 aatgattaaagaagctgagaaatatcatgtggaagatatgcaatttttaagaagggccaaggtaatgtgtgcattagattcttgtgtttacaatatgaag 236  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| |||| ||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10495296 aatgattaaagaagctaagaaataccatgtcgaagatatgaaattcttaaggaaggccaaggtaatgagtgcattagattcttgtgtttacaatatgaag 10495395  T
Q  237 aacgatttaaagaagaacaatgttaatctgattctctcccctcaagaaattgcaaagatcaacaatgcaattaatgttgctatggatttgcttgataaga 336  Q
    |||  ||||||||||||  | |||||||| || |||||| ||||||||||||  ||||||| ||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||    
T  10495396 aacactttaaagaagaaggacgttaatctcatcctctccgctcaagaaattgagaagatcagcaatgcaattacttttgctatgaatttgcttgataaga 10495495  T
Q  337 ataaaaaagagaaagaaatagatgttcttgagggttatctggaggagctggagggaatgtcgaaacaccttatatccaaggctaataattttatttttct 436  Q
     ||| ||||||||| |||||||||||||||||  | ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10495496 gtaataaagagaaaaaaatagatgttcttgagaatcatctggaggagctggagagcatgtcgaaacaccttatatccaagactaataattttatttttct 10495595  T
Q  437 tggataagattttaagtga 455  Q
    | |||||||||| ||||||    
T  10495596 ttgataagatttaaagtga 10495614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 37 - 459
Target Start/End: Original strand, 13334190 - 13334612
Alignment:
Q  37 gcatcctaactgttactgctagggaaatatccacaggcaatataaacgctatcaccattactaacaacaaagacaggttgtcaatgttcgacattgaaaa 136  Q
    ||||||| || |||||||||| ||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||| || ||||||||    
T  13334190 gcatcctgacggttactgctaaggatatatctacaggcaatatgaacgcgatcaccattactaatgacaaagaaaggttatcaatgttagaaattgaaaa 13334289  T
Q  137 aatgattaaagaagctgagaaatatcatgtggaagatatgcaatttttaagaagggccaaggtaatgtgtgcattagattcttgtgtttacaatatgaag 236  Q
    |||||||||||||||| || |||| ||||| ||||||| | |||| ||||| | |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13334290 aatgattaaagaagctaaggaataccatgtcgaagataagaaattcttaaggaaggccaaggtaatgaatgcattagattcttgtgtttacaatatgaag 13334389  T
Q  237 aacgatttaaagaagaacaatgttaatctgattctctcccctcaagaaattgcaaagatcaacaatgcaattaatgttgctatggatttgcttgataaga 336  Q
    |||  ||||||||||||  | |||||||| || ||||||||||||||||||   ||||||| ||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||    
T  13334390 aacactttaaagaagaaagacgttaatctcatcctctcccctcaagaaattaagaagatcagcaatgcaattacttttgctatgaatttgcttgataaga 13334489  T
Q  337 ataaaaaagagaaagaaatagatgttcttgagggttatctggaggagctggagggaatgtcgaaacaccttatatccaaggctaataattttatttttct 436  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| | |||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  13334490 ataataaagagaaagaaatagatgttcttgagggtcatctcgaggagctggagagcatgtcgaaacacctgatatcaaagactaataattttatttttct 13334589  T
Q  437 tggataagattttaagtgatgtc 459  Q
      |||||||||| ||||||||||    
T  13334590 gtgataagatttgaagtgatgtc 13334612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 87 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 8653740 - 8653499
Alignment:
Q  87 atcaccattactaacaacaaagacaggttgtcaatgttcgacattgaaaaaatgattaaagaagctgagaaatatcatgtggaagatatgcaatttttaa 186  Q
    |||||||| |||||  | ||||| |||||||||| ||| || |||||||||| |||| |||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||| |    
T  8653740 atcaccatcactaatgagaaagaaaggttgtcaaagtttgaaattgaaaaaaagattgaagaagctgagaaataccgtgtggaagatatgaaatttttga 8653641  T
Q  187 gaagggccaaggtaatgtgtgcattagattcttgtgtttacaatatgaagaacgatttaaagaagaacaatgttaatctgattctctcccctcaagaaat 286  Q
    | | |||||| |||||  | ||||| |||||||||||||||||||| ||||  | ||| || | |||  ||||| |||| || ||||||||||||||||     
T  8653640 ggaaggccaaagtaataagcgcattggattcttgtgtttacaatataaagagtgctttgaatatgaaggatgttgatctaatcctctcccctcaagaaag 8653541  T
Q  287 tgcaaagatcaacaatgcaattaatgttgctatggatttgct 328  Q
    ||   |||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||    
T  8653540 tgagcagatcaacaatgcaattattgttgccatgaatttgct 8653499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 164 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 8653405 - 8653229
Alignment:
Q  164 tgtggaagatatgcaatttttaagaagggccaaggtaatgtgtgcattagattcttgtgtttacaatatgaagaacgatttaaagaagaacaatgttaat 263  Q
    ||||||||||||| |||||||||| | ||||| ||||||| ||||||| |||||||| ||| | ||||| | ||| | ||| || | |||  ||||||||    
T  8653405 tgtggaagatatgaaatttttaaggaaggccacggtaatgagtgcattggattcttgcgttaagaatataacgaatgctttgaatacgaaggatgttaat 8653306  T
Q  264 ctgattctctcccctcaagaaattgcaaagatcaacaatgcaattaatgttgctatggatttgcttgataagaataa 340  Q
    || ||  ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||  ||  || ||| |||||||||||||||||||    
T  8653305 ctaatcatctcccctcaagaaagtgaaaagatcaacaatgcaatttttggggccatgaatttgcttgataagaataa 8653229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 178 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 3146469 - 3146349
Alignment:
Q  178 aatttttaagaagggccaaggtaatgtgtgcattagattcttgtgtttacaatatgaagaacgatttaaagaagaacaatgttaatctgattctctcccc 277  Q
    ||||| |||| | |||||| ||||||  ||||||||||| |||||||||||| ||||| || | ||||||||||||  |||| ||| | | ||||||| |    
T  3146469 aatttctaaggaaggccaatgtaatgaatgcattagattattgtgtttacaagatgaaaaatgctttaaagaagaaggatgtgaatataaatctctcctc 3146370  T
Q  278 tcaagaaattgcaaagatcaa 298  Q
    |||||||| ||  ||||||||    
T  3146369 tcaagaaaatgacaagatcaa 3146349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 135 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 8658608 - 8658437
Alignment:
Q  135 aaaatgattaaagaagctgagaaatatcatgtggaagatatgcaatttttaagaagggccaaggtaatgtgtgcattagattcttgtgtttacaatatga 234  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||| | | ||||||||| | |||||||||| | |||||| ||||||  ||  || |||| ||||||||||||  |||    
T  8658608 aaaatgattgaagaagctgagagataccgtatggaagataaggaatttttaaggaaggccaaagtaatgaatgatttggattattgtgtttacaaagtga 8658509  T
Q  235 agaacgatttaaagaagaacaatgttaatctgattctctcccctcaagaaattgcaaagatcaacaatgcaa 306  Q
    |||| |  ||||| |||||  |||||||| | |  ||||||| |  |||||  | |||||||||||||||||    
T  8658508 agaatgcgttaaaaaagaaggatgttaatttaaacctctcccgtggagaaagggaaaagatcaacaatgcaa 8658437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 135 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 1300703 - 1300529
Alignment:
Q  135 aaaatgattaaagaagctgagaaatatcatgtggaagatatgcaatttttaagaagggccaaggtaatgtgtgcattagattcttgtgtttacaatatga 234  Q
    |||||||||  ||| ||||||||||| ||  ||||||||| | | |||||||  | |||||  ||||||  ||  || |||| ||||||||||||  |||    
T  1300703 aaaatgattgcagatgctgagaaataccacatggaagataagaagtttttaaagaaggccacagtaatgaatgatttggattattgtgtttacaaagtga 1300604  T
Q  235 agaacgatttaaagaagaacaatgttaatctgattctctcccctcaagaaattgcaaagatcaacaatgcaatta 309  Q
    |||| |  |||||||||||  |||||||| | | |||||||| | ||||||  | ||||||||||||||||||||    
T  1300603 agaatgccttaaagaagaaggatgttaatttaaatctctcccgtaaagaaagggaaaagatcaacaatgcaatta 1300529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 459
Target Start/End: Original strand, 9336716 - 9337138
Alignment:
Q  37 gcatcctaactgttactgctagggaaatatccacaggcaatataaacgctatcaccattactaacaacaaagacaggttgtcaatgttcgacattgaaaa 136  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9336716 gcatcctaactgttactgctagggaaatatctacaggcaatatgaacgcaatcaccattactaatgacaaagaaaggttgtcaatgttcgacattgaaaa 9336815  T
Q  137 aatgattaaagaagctgagaaatatcatgtggaagatatgcaatttttaagaagggccaaggtaatgtgtgcattagattcttgtgtttacaatatgaag 236  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9336816 aatgattaaagaagctgcgaaatatcatgtggaagatatgcaatttttaagaagggccaaggtaatgtgtgcattagattcttgtgtttacaatatgaag 9336915  T
Q  237 aacgatttaaagaagaacaatgttaatctgattctctcccctcaagaaattgcaaagatcaacaatgcaattaatgttgctatggatttgcttgataaga 336  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  9336916 aacgctttaaagaagaacaatgttaatctgattctcacgcctcaagaaattgagaagatcaacaatgcaattactgttgctatgaatttgcttgataaga 9337015  T
Q  337 ataaaaaagagaaagaaatagatgttcttgagggttatctggaggagctggagggaatgtcgaaacaccttatatccaaggctaataattttatttttct 436  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9337016 ataacaaagagaaagaaatagatgttcttgagggtcatctggaggatctagagagcatgtcgaagcaccttatatccaaggctaataattttatttttct 9337115  T
Q  437 tggataagattttaagtgatgtc 459  Q
    |||||||||||| ||||||||||    
T  9337116 tggataagatttaaagtgatgtc 9337138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 180; Significance: 5e-97; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 37 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 29465195 - 29464820
Alignment:
Q  37 gcatcctaactgttactgctagggaaatatccacaggcaatataaacgctatcaccattactaacaacaaagacaggttgtcaatgttcgacattgaaaa 136  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| || | |||||| || |  ||||||||||||||   |||||| ||||| |||| ||| || ||||||||    
T  29465195 gcatcctaactgttactgctaaggaaatatctactgacaatatgaatgtgatcaccattactaatggcaaagaaaggttatcaacgttagaaattgaaaa 29465096  T
Q  137 aatgattaaagaagctgagaaatatcatgtggaagatatgcaatttttaagaagggccaaggtaatgtgtgcattagattcttgtgtttacaatatgaag 236  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||| | |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29465095 aatgattaaagaagctgagaaataccatgtggaagatatgcaattcgtaaggaaggccaatgtaatgagtgcattagattcttgtgtttacaatatgaag 29464996  T
Q  237 aacgatttaaagaagaacaatgttaatctgattctc-tcccctcaagaaattgcaaagatcaacaatgcaattaatgttgctatggatttgcttgataag 335  Q
    ||    |||||||||||   ||||||| |||| ||| |||| |||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||  || || ||||||||||||||    
T  29464995 aatacattaaagaagaaggttgttaatttgatgctcttcccatcaagaaagtgagaagatcaacaatgcaattactgtctctgtgaatttgcttgataag 29464896  T
Q  336 aataaaaaagagaaagaaatagatgttcttgagggttatctggaggagctggagggaatgtcgaaacaccttatat 411  Q
    ||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  29464895 aataacaaaaagaaagaaacagatgttcttgagggtcatctggaggagctggagagcatgtcgaaacaccttatat 29464820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 129 - 457
Target Start/End: Original strand, 29214505 - 29214836
Alignment:
Q  129 attgaaaaaat-gattaaagaagctgagaaatatcatgtggaagatatgcaatttttaagaagggccaaggtaatgtgtgcattagattcttgtgtttac 227  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  29214505 attgaaaaaattgattaaagaagctgagaaataccatgtggaagatatgcaattcttaaggaaggccaaggtaacgagtgcattagattcttgtgtttac 29214604  T
Q  228 aatatgaagaacgatttaaagaagaacaat-gttaatctgattctctcccc-tcaagaaattgcaaagatcaacaatgcaattaatgttgctatggattt 325  Q
    |||||||| ||   |||||||||  ||  | |||||| |||  |||||||| |||||||| ||  ||||||||||||| ||||| | | | | || ||||    
T  29214605 aatatgaaaaatactttaaagaaagacggttgttaatttgaagctctccccctcaagaaagtgagaagatcaacaatgtaattactatcgttgtgaattt 29214704  T
Q  326 gcttgataagaataaaaaagagaaagaaatagatgttcttgagggttatctggaggagctggagggaatgtcgaaacaccttatatccaaggctaataat 425  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  29214705 gcttgataagaataacaaagagaaataaatagatgttctttagggtcatctcgaggagctggagagcatgtcgaaacaccttatatccaagactaataat 29214804  T
Q  426 tttatttttcttggataagattttaagtgatg 457  Q
    |||||||| ||| | |||||||| ||||||||    
T  29214805 tttattttcctttgttaagatttaaagtgatg 29214836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 133 - 389
Target Start/End: Original strand, 4679472 - 4679728
Alignment:
Q  133 aaaaaatgattaaagaagctgagaaatatcatgtggaagatatgcaatttttaagaagggccaaggtaatgtgtgcattagattcttgtgtttacaatat 232  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||  | |||||||| | |||||||||| | ||| ||||||||| ||||||| || | |||||||||||||||    
T  4679472 aaaaactgattgaagaagctgagaaatatcgcgaggaagataagaaatttttaaggaaggctaaggtaatgagtgcattggaattttgtgtttacaatat 4679571  T
Q  233 gaagaacgatttaaagaagaacaatgttaatctgattctctcccctcaagaaattgcaaagatcaacaatgcaattaatgttgctatggatttgcttgat 332  Q
     ||||| | ||||||||||||  |||||||| | |  |||||   | | |||| || |||||||||| |||||||||  || || |   | |||||||||    
T  4679572 caagaatgctttaaagaagaaggatgttaatttaaagctctcttgtgatgaaagtgaaaagatcaacgatgcaattacagtggccaccaacttgcttgat 4679671  T
Q  333 aagaataaaaaagagaaagaaatagatgttcttgagggttatctggaggagctggag 389  Q
    ||||||||  || |||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| |||||    
T  4679672 aagaataacgaacagaaagaaatagatgttcttgaggatcatctgaaggagttggag 4679728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 39 - 389
Target Start/End: Original strand, 16658347 - 16658694
Alignment:
Q  39 atcctaactgttactgctagggaaatatccacaggcaatataaacgctatcaccattactaacaacaaagacaggttgtcaatgttcgacattgaaaaaa 138  Q
    |||||||||||| |||||| |||| |||| ||||| |||| ||||   |||||||| || ||  | ||||| || |||||||  || || ||| ||||||    
T  16658347 atcctaactgtttctgctaaggaagtatctacaggaaatacaaacaagatcaccataaccaatgaaaaagaaagattgtcaaccttggaaattaaaaaaa 16658446  T
Q  139 tgattaaagaagctgagaaatatcatgtggaagatatgcaatttttaagaagggccaaggtaatgtgtgcattagattcttgtgtttacaatatgaagaa 238  Q
    ||||| |||||||||||| ||| || |||||||||| | ||||||||  || |||||||||||||  |||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  16658447 tgattgaagaagctgagagataccacgtggaagataagaaatttttacaaaaggccaaggtaatgaatgcattggattattgtgtttacaatatgaagaa 16658546  T
Q  239 cgatttaaagaagaacaatgttaatctgattctctcccctcaagaaattgcaaagatcaacaatgcaattaatgttgctatggatttgcttgataagaat 338  Q
     | ||||   |||||  |||| ||| | |  |||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||| || |    ||||||||||||||||    
T  16658547 tgcttta---aagaaagatgtgaatttaaagctctcctctcaagaaattgagaagatcaacaatgcaattactgtggccacaagtttgcttgataagaat 16658643  T
Q  339 aaaaaagagaaagaaatagatgttcttgagggttatctggaggagctggag 389  Q
    || ||| | || |||| |||||||||||||  | ||||| ||||| |||||    
T  16658644 aacaaacaaaatgaaacagatgttcttgagtttcatctgaaggagatggag 16658694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 136 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 28910621 - 28910447
Alignment:
Q  136 aaatgattaaagaagctgagaaatatcatgtggaagatatgcaatttttaagaagggccaaggtaatgtgtgcattagattcttgtgtttacaatatgaa 235  Q
    ||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||    ||||| |||||| |||||| ||||||  ||||||| ||| |||||||||||| |||||    
T  28910621 aaatgatcaaagaagctgagaattaccatgtagaagatgaaaaatttctaagaaaggccaatgtaatgaatgcattacattattgtgtttacaagatgaa 28910522  T
Q  236 gaacgatttaaagaagaacaatgttaatctgattctctcccctcaagaaattgcaaagatcaacaatgcaattaa 310  Q
    ||| |||||||| |||||  ||  |||||| |  |||||| ||||||||| ||  ||||| |||  |||||||||    
T  28910521 gaatgatttaaacaagaaggatactaatctaaagctctcctctcaagaaaatgacaagattaactctgcaattaa 28910447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University