View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF11871_high_2 (Length: 742)
Name: NF11871_high_2
Description: NF11871
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11871_high_2 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 670; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 670; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 736
Target Start/End: Original strand, 25480598 - 25481327
Alignment:
| Q |
7 |
gggagataaatgaatcaaaagtccttgcaattgttctggagtgatgcttatcagaggagcaatggtgttggattccgaattgacagaaacaggagcagga |
106 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25480598 |
gggagataaaagaatcaaaagtccttgcaattgttttggagtgatgcttatcagaggagcaatggtgctggattccgaattgacagaaacaggagcagga |
25480697 |
T |
|
| Q |
107 |
attgctcataactaacattgttgtcagacttcctgaacctgtaacctagagaacaactatgcttaaagaagaaggtaaccacactgtgcagaatctaccg |
206 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25480698 |
attgctcataactaacattgttgtcagacttcctgaacctgtaacctagagaacaactatgcttaaagaagaaggtaaccacactgtgcagaatctaccg |
25480797 |
T |
|
| Q |
207 |
gaattattgttcttgaggaaaggtttgcctccaccatcgccattaccatgaggttgtttaaactacaagggcagagggactatgtagcaaactagcagca |
306 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25480798 |
gaattgttgttcttgaggaaaggtttgcctccaacatttccattaccatgaggttgtttaaactacaagggcagagggactatgtagcaaactagcagca |
25480897 |
T |
|
| Q |
307 |
ggattaacctgtctctcttgtagaaccatcttggagtaaaaatcttagcacaattaacaataagcaaaatgtgtatcatcctttagattgttttttcatg |
406 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25480898 |
ggattaacctgtctatcttgtagaaccatcttggagtaaaaatcttagcacaattaacaataagcaaaatgtgtatcattctttagattgttttttcatg |
25480997 |
T |
|
| Q |
407 |
aatgaggattaagatggatgtcaaatattatgatgtgtatgtgaatgtgtattggtattagatatagtatttgcaacttaaaaaattatttccaatgata |
506 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25480998 |
aatgaggattaagatggatgtcaaatattatgatgtgtatgtgaatgtgtattggtattagatatagtatttgtaacttaaaaaattatttccaatgata |
25481097 |
T |
|
| Q |
507 |
taatatctttattgctgctaacttgtctgattatgatcagccctttatagctgcaaactttatgaattatgatgcagataagtaattaggtgaaatgatt |
606 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25481098 |
taatatctttattgctgctaacttgtctgattatgatcagcactttatagcagcaaactttatgaattatgatgcagataagtaattaggtgaaatgatt |
25481197 |
T |
|
| Q |
607 |
ataaaatagcaccttaagtcataaaccatcaactaaccctgccaattttattcatcaaaattcaccaaataattatgcttaaagttcagcaacatgttta |
706 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25481198 |
ataaaatagcaccttaagtcataaaccatcaactaaccatgccaattttattcatcaaaattcaccaaataataatgcttaaagttcagcaacatgttta |
25481297 |
T |
|
| Q |
707 |
acagaatataattaaaactcttcttctctc |
736 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
25481298 |
acagaatataattaaaactcttctcctctc |
25481327 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 628; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 54 - 736
Target Start/End: Complemental strand, 25863385 - 25862704
Alignment:
| Q |
54 |
ttatcagaggagcaatggtgttggattccgaattgacagaaacaggagcaggaattgctcataactaacattgttgtcagacttcctgaacctgtaacct |
153 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25863385 |
ttatcagaggagcaatggtgctagattccgaattgacagaaacaggagcaggaattgctcataactaacattgttgtcagacttcctgaacctgtaacct |
25863286 |
T |
|
| Q |
154 |
agagaacaactatgcttaaagaagaaggtaaccacactgtgcagaatctaccggaattattgttcttgaggaaaggtttgcctccaccatcgccattacc |
253 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
25863285 |
agagaacaactatgcttaaagaagaaggtaaccacactgtgcagaatctaccggaatt---gttcttgaggaaaggtttgcctccaccattgccattacc |
25863189 |
T |
|
| Q |
254 |
atgaggttgtttaaactacaagggcagagggactatgtagcaaactagcagcaggattaacctgtctctcttgtagaaccatcttggagtaaaaatctta |
353 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25863188 |
atgaggttgtttaaactacaagggcagagggactatgtagcaaactagcagcaggattaacctgtctttcttgtagaaccatcttggagtaaaaatctta |
25863089 |
T |
|
| Q |
354 |
gcacaattaacaataagcaaaatgtgtatcatcctttagattgttttttcatgaatgaggattaagatggatgtcaaatattatgatgtgtatgtgaatg |
453 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25863088 |
gcacaattaacaataagcaaaatgtgtatcatcctttagattgttttttcatgaatgaggattaagatggatgtcaaatattatgatgtgtatgtgaatg |
25862989 |
T |
|
| Q |
454 |
tgtattggtattagatata--gtatttgcaacttaaaaaattatttccaatgatataatatctttattgctgctaacttgtctgattatgatcagccctt |
551 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
25862988 |
tgtattggtattagatatatagtatttgcaacttaaaaaattatttccaatgatataatatctttattgctgctaacttgtctgattataatcagccctt |
25862889 |
T |
|
| Q |
552 |
tatagctgcaaactttatgaattatgatgcagataagtaattaggtgaaatgattataaaatagcaccttaagtcataaaccatcaactaaccctgccaa |
651 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
25862888 |
tatagctgcaaactttataaattatgatgcagataagtaattaggtgaaatgattataaaatagcaccttaagtcataaaccatcaactaaccatgccaa |
25862789 |
T |
|
| Q |
652 |
ttttattcatcaaaattcaccaaataattatgcttaaagttcagcaacatgtttaacagaatataattaaaactcttcttctctc |
736 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
25862788 |
ttttattcatcaaaattcaccaaataattatgcttaaagttcagcaacatgtttaacagaatataattaaaactcttctcctctc |
25862704 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 385 - 736
Target Start/End: Complemental strand, 25888797 - 25888444
Alignment:
| Q |
385 |
tcctttagattgttttttcatgaatgaggattaagatggatgtcaaatattatgatgtgtatgtgaatgtgtattggtattagatata--gtatttgcaa |
482 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
25888797 |
tcctttagattgttttttcatgaatgaggattaagatggatgtcaaatattatgatgtgtatgtgaatgtgtattggtattagatatatagtatttgcaa |
25888698 |
T |
|
| Q |
483 |
cttaaaaaattatttccaatgatataatatctttattgctgctaacttgtctgattatgatcagccctttatagctgcaaactttatgaattatgatgca |
582 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
25888697 |
cttaaaaaattatttccaatgatataatatctttattgctgctaacttgtctgattataatcagccctttatagctgcaaactttataaattatgatgca |
25888598 |
T |
|
| Q |
583 |
gataagtaattaggtgaaatgattataaaatagcaccttaagtcataaaccatcaactaaccctgccaattttattcatcaaaattcaccaaataattat |
682 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25888597 |
gataagtaattaggtgaaatgattataaaatagcaccttaagtcataaaccatcaactaaccatgccaattttattcatcaaaattcaccaaataattat |
25888498 |
T |
|
| Q |
683 |
gcttaaagttcagcaacatgtttaacagaatataattaaaactcttcttctctc |
736 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
25888497 |
gcttaaagttcagcaacatgtttaacagaatataattaaaactcttctcctctc |
25888444 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 353 - 715
Target Start/End: Complemental strand, 25607939 - 25607560
Alignment:
| Q |
353 |
agcacaattaacaataagcaaaatgtgtatcatccttta----gattgttttttcatgaatgaggattaagatggatgtcaaatattatgatgtgtatgt |
448 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25607939 |
agcacaattaacaataaacaaaatgtgtatcattctttaattagattgttttttcatgaatgaggattaagatggatgtcaaatattatgatgtgtatgt |
25607840 |
T |
|
| Q |
449 |
gaatgtgtattggtattagatatagtatttgcaacttaaaa----------aattatttccaatgatataatatctttattgctgctaacttgtctgatt |
538 |
Q |
| |
|
||| ||||||| || |||||||||| ||||| | | ||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
25607839 |
gaacgtgtattagt------tatagtatttataactttatatccaatgaccaatggtttaca-tgatataatatctttattgctgctaacttctctgatt |
25607747 |
T |
|
| Q |
539 |
atgatcagccctttatagctgcaaactttatgaattatgatgcagataagtaattaggtgaaatgattata-------aa------atagcaccttaagt |
625 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |
|
|
| T |
25607746 |
atgatcagccctttatagctgcaaactttatgaattatgatgcagataagtaattaggtgaaatgattatatgtatttaagacatcatagcaccttaagg |
25607647 |
T |
|
| Q |
626 |
cataaaccatcaactaaccctgccaattttattcatcaaaattcaccaaataattatgcttaaagttcagcaacatgtttaacagaatat |
715 |
Q |
| |
|
|| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25607646 |
cacaaatcatcaactaaccctgccaattttattcatcaaaattcgcc---taattatgcttaaagttcagaaacatgtttaacagaatat |
25607560 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 351 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 25606107 - 25606018
Alignment:
| Q |
351 |
ttagcacaattaacaataagcaaaatgtgtatcatcctttagattgttttttcatgaatgaggattaagatggatgtcaaatattatgat |
440 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25606107 |
ttagcacaattaacaataagcaaaatgtgtatcatcctttagattgttttttcatgaatgaggattaagatggatgtcaaatattatgat |
25606018 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 8 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 25608481 - 25608359
Alignment:
| Q |
8 |
ggagataaatgaatcaaaagtccttgcaattgttctggagtgatgcttatcagaggagcaatggtgttggattccgaattgacagaaacaggagcaggaa |
107 |
Q |
| |
|
|||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||| | |
|
|
| T |
25608481 |
ggagatgaaagaatcaaaagtccttgcaattgttttggagtgttgcttatcagagaagcaatggtgctggaatccgaattgacagaaacagaagcaggga |
25608382 |
T |
|
| Q |
108 |
ttgctcataactaacattgttgt |
130 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25608381 |
ttgctcataactaacattgttgt |
25608359 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 646 - 736
Target Start/End: Complemental strand, 25843693 - 25843603
Alignment:
| Q |
646 |
tgccaattttattcatcaaaattcaccaaataattatgcttaaagttcagcaacatgtttaacagaatataattaaaactcttcttctctc |
736 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
25843693 |
tgccaattttattcatcaaaattcaccaaataattatgcttaaagttcagcaacatgtttaacagaatataattaaaactcttctcctctc |
25843603 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 7 - 94
Target Start/End: Complemental strand, 25863507 - 25863415
Alignment:
| Q |
7 |
gggagataaatgaatcaaaagtccttgcaattgttctggagtgatgc-ttatcaga----ggagcaatggtgttggattccgaattgacagaa |
94 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | | | |||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25863507 |
gggagataaaagaatcaaaagtccttgcaattgttctggagtgatgcattgtaaaactccagagcaatggttttggattccgaattgacagaa |
25863415 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 192 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 25608293 - 25608242
Alignment:
| Q |
192 |
gtgcagaatctaccggaattattgttcttgaggaaaggtttgcctccaccat |
243 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25608293 |
gtgcagaatctaccagaattgttcttcttgaggaaaggtttgcctccaccat |
25608242 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 55; Significance: 3e-22; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 608 - 690
Target Start/End: Original strand, 2460441 - 2460523
Alignment:
| Q |
608 |
taaaatagcaccttaagtcataaaccatcaactaaccctgccaattttattcatcaaaattcaccaaataattatgcttaaag |
690 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
2460441 |
taaaataacaccttaagtcgcataccatcaactaaccctgccaattttattcatcaaaattcgcctaataattatgcataaag |
2460523 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University