View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF11871_low_1 (Length: 1202)
Name: NF11871_low_1
Description: NF11871
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11871_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 1047; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 1047; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 1185
Target Start/End: Complemental strand, 45283260 - 45282094
Alignment:
| Q |
19 |
gtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaagatcaaggagcaattccatgttcagagtttgtacagcgtacaaaaggtcaccgccgttgc |
118 |
Q |
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| T |
45283260 |
gtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaagatcaaggagcaattccatgttcagagtttggacagcgtacaaaaggttaccgctgttgc |
45283161 |
T |
|
| Q |
119 |
ccttgacattgtgactggtttgtctgacatcctccagcaattcaacttgaactttgatatcaaacctccttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgact |
218 |
Q |
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| T |
45283160 |
ccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaattcaacttgaagtttgatgtcaaacctgcttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgact |
45283061 |
T |
|
| Q |
219 |
gttgatgatcaaggatacccttcatggatctcttcttctggtcgcaagcttttggctaaaatgcaacgaaaaggatggagagaaaatattaggcctaatg |
318 |
Q |
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| T |
45283060 |
gttgacgatcaaggatacccttcatggatctcttcttctgatcgcaagcttttggctaaaatgcaacgaaaaaattggagagcaaatattatgcctaatg |
45282961 |
T |
|
| Q |
319 |
ttgttgttgccaaggatggtagcggccaatttaaaaccatccaggctgctcttgcctcttaccctaagggaaacaaaggcagatatgttatctacgttaa |
418 |
Q |
| |
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| T |
45282960 |
ctgttgttgccaaggatggtagcggccaatttaaaaccatccaggctgctcttgcctcttaccctaagggaaacaaaggcagatatgttatctacgttaa |
45282861 |
T |
|
| Q |
419 |
ggccggtgtctatgacgaatacatcactgtccccaaggatgctgttaacattcttatgtatggtgatggccctgcaaggaccattgtcaccggtagaaag |
518 |
Q |
| |
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| T |
45282860 |
ggccggtgtctatgacgaatacatcactgtccccaaggatgctgttaacattcttatgtatggtgatggccctgcaaggaccattgtcactggtagaaag |
45282761 |
T |
|
| Q |
519 |
agctttgctgctggtgtcaagaccatgcaaaccgccactttcggtacgtaattcaattatcatcgatcaaaacatttttattttatttaattaattatgt |
618 |
Q |
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| T |
45282760 |
agctttgctgctggtgtcaagaccatgcaaaccgccaccttcggtacttaattcaattatcatcgatcaaaacttttttattttatttaattaattattt |
45282661 |
T |
|
| Q |
619 |
acttatgaatgaagaaacagtatatgagaaaaagtggcatcactctcaaaattcatttttgaagaaaacataactaacattgaaaagatatagatacaca |
718 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45282660 |
acttatgaatgaagaaagagtatatgagaaaaagtggcatcactctcaaaattcatttttgaagaaaacataactaacattgaaaagatatagatacaca |
45282561 |
T |
|
| Q |
719 |
tataacattgacatatatagccaatgtgattgaaattactaattaattgattatccatgaatgcagccaacaccgcaatggggttcattggaaaggcaat |
818 |
Q |
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| T |
45282560 |
tataacattgacatatatagccaatgtgatcgaaattactaattaattgattatccatgaatgcagccaacaccgcaatggggttcattggaaaggcaat |
45282461 |
T |
|
| Q |
819 |
gacatttgaaaacacagccggtcctgatggtcaccaagccgtggcatttagaaacgtaggagatatgtctgctttggtgggttgccatatcctgggttac |
918 |
Q |
| |
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|
| T |
45282460 |
gacatttgagaacacagccggtcctgatggtcaccaagctgtggcatttagaaaccaaggagatatgtctgctttggtgggttgccatatcgtgggttac |
45282361 |
T |
|
| Q |
919 |
caagacagcttgtatgttcaaagcaacaggcagtactaccgcaattgtcttgtctctggtaccgttgacttcatctttggatcatctgctaccttgatcc |
1018 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45282360 |
caagacagcttgtatgttcaaagcaacagacagtactaccgcaattgtcttgtctcgggtaccgttgacttcatctttggatcatctgctaccttgatcc |
45282261 |
T |
|
| Q |
1019 |
aacactctacaatcattgtaagaaagcctggcaaagggcaattcaacacaattaccgcagacggatcagacacgatgaatttgaatactggtattgtgat |
1118 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
45282260 |
aacactctacaatcattgtaagaaagcctggcaaagggcaattcaacacaattactgcagacggatcagacacgatgaatttgaatactggtattgtgat |
45282161 |
T |
|
| Q |
1119 |
ccaggattgcaatatcatcccagaagcagcattgttcccagaaagattcacaattcggtcttacttg |
1185 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
45282160 |
ccaggattgcaatatcatcccagaagcagcattgttcccagaaagattcacaattcggtcttacttg |
45282094 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 934; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 1185
Target Start/End: Complemental strand, 45275019 - 45273850
Alignment:
| Q |
19 |
gtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaagatcaaggagcaattccatgttcagagtttgtacagcgtacaaaaggtcaccgccgttgc |
118 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||| |
|
|
| T |
45275019 |
gtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaaaatcaaagagcaattccatgttcagagtttggacagcgtacaaaagatcaccgcggttgc |
45274920 |
T |
|
| Q |
119 |
ccttgacattgtgactggtttgtctgacatcctccagcaattcaacttgaactttgatatcaaacctccttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgact |
218 |
Q |
| |
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|
|
| T |
45274919 |
ccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaattcaacttgaagtttgatatcaaacctctttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgact |
45274820 |
T |
|
| Q |
219 |
gttgatgatcaaggatacccttcatggatctcttcttctggtcgcaagcttttggctaaaatgcaacgaaaaggatggagagaaaatattaggcctaatg |
318 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45274819 |
gttgacgatcaaggatacccttcatggatctctgcttctgatcgcaagcttttggctaaaatgcaacgaaaaaattggagagcaaatattaggcctaatg |
45274720 |
T |
|
| Q |
319 |
ttgttgttgccaaggatggtagcggccaatttaaaaccatccaggctgctcttgcctcttaccctaagggaaacaaaggcagatatgttatctacgttaa |
418 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
45274719 |
ctgttgttgccaatgatggtagcggccaatttaaaaccatccaggctgctcttgcctcttatcctaagggaaacaaaggcaggtattttatctacgttaa |
45274620 |
T |
|
| Q |
419 |
ggccggtgtctatgacgaatacatcactgtccccaaggatgctgttaacattcttatgtatggtgatggccctgcaaggaccattgtcaccggtagaaag |
518 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45274619 |
ggctggtgtctatgacgaatacatcactgtacccaaggatgctgttaacattcttatgtatggtgatggccctgcaaggaccattgtcaccggtagaaag |
45274520 |
T |
|
| Q |
519 |
agctttgctgctggtgtcaagaccatgcaaaccgccactttcggtacgtaattcaattatcatcgatcaaaac-atttttattttatttaattaattatg |
617 |
Q |
| |
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| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||| | |||||||||||||| ||||||| | |
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|
| T |
45274519 |
aactttgctgccggtaccaagaccatgcaaaccgccaccttcggtacgtaattcaattattatctatcaaagctttttttattttatttgattaattgta |
45274420 |
T |
|
| Q |
618 |
ta-cttatgaatgaagaaacagtatatgagaaaaagtggcatcactctcaaaattcatttttgaagaaaacataactaacattgaaaagatatagataca |
716 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
45274419 |
taccttatgattgaagaaagagtatataagaaaaagtagcatcactctcaaaatttatttttgaagaaaacataactcgcattgaaaagagaaatatata |
45274320 |
T |
|
| Q |
717 |
catataacattgacatatatagccaatgtgattgaaattactaattaattgattatccatgaatgcagccaacaccgcaatggggttcattggaaaggca |
816 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45274319 |
catataacattgacatatatagccagtgtgatcgaaattactaattaattgattatccatgcgtgcagccaacaccgcaatagggttcattggaaaggca |
45274220 |
T |
|
| Q |
817 |
atgacatttgaaaacacagccggtcctgatggtcaccaagccgtggcatttagaaacgtaggagatatgtctgctttggtgggttgccatatcctgggtt |
916 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
45274219 |
atgacatttgagaacacagccggtcctgatggtcaccaagctgtggcatttagaaacgtaggagatatgtctgctttggtgggttgccatatcgtgggtt |
45274120 |
T |
|
| Q |
917 |
accaagacagcttgtatgttcaaagcaacaggcagtactaccgcaattgtcttgtctctggt-accgttgacttcatctttggatcatctgctaccttga |
1015 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45274119 |
accaagacagcttgtatgttcaaagcaacaggcagtactaccgcaattgtcttgtctctggtaaccgttgacttcatctttggatcatctgctaccttga |
45274020 |
T |
|
| Q |
1016 |
tccaacactctacaatcattgtaagaaagcctggcaaagggcaattcaacacaattaccgcagacggatcagacacgatgaatttgaatactggtattgt |
1115 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45274019 |
tccaacactctacaatcattgtaagaaagcctggcaaagggcaattcaacacaattaccgcagacggatcagacacgatgaatttgaatactggtattgt |
45273920 |
T |
|
| Q |
1116 |
gatccaggattgcaatatcatcccagaagcagcattgttcccagaaagattcacaattcggtcttacttg |
1185 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45273919 |
gatccaggattgcaatatcatcccagaagcagcattgttcccagaaagattcacaattcggtcttacttg |
45273850 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 659; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 1185
Target Start/End: Complemental strand, 45271486 - 45270318
Alignment:
| Q |
19 |
gtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaagatcaaggagcaattccatgttcagagtttgtacagcgtacaaaaggtcaccgccgttgc |
118 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
45271486 |
gtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaagatcaaggagcaattccatgttcagagtttgtacagcgtacaaaaggtcacagccgttgc |
45271387 |
T |
|
| Q |
119 |
ccttgacattgtgactggtttgtctgacatcctccagcaattcaacttgaactttgatatcaaacctccttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgact |
218 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45271386 |
ccttgacattgtgactggtttgtctgacatcctccagcaattcaacttgaactttgatatcaaacctccttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgact |
45271287 |
T |
|
| Q |
219 |
gttgatgatcaaggatacccttcatggatctcttcttctggtcgcaagcttttggctaaaatgcaacgaaaaggatggagagaaaatattaggcctaatg |
318 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45271286 |
gttgacgatcaaggatacccttcatggatctcttcttctggtcgcaagcttttggctaaaatgcaacgaaaaggatggagagcaaatattaggcctaatg |
45271187 |
T |
|
| Q |
319 |
ttgttgttgccaaggatggtagcggccaatttaaaaccatccaggctgctcttgcctcttaccctaagggaaacaaaggcagatatgttatctacgttaa |
418 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45271186 |
ctgttgttgccaatgatggtagcggccaatttaaaaccatccaggctgctcttgcctcttaccctaagggaaacaaagacagatatgttatctacgttaa |
45271087 |
T |
|
| Q |
419 |
ggccggtgtctatgacgaatacatcactgtccccaaggatgctgttaacattcttatgtatggtgatggccctgcaaggaccattgtcaccggtagaaag |
518 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
45271086 |
ggccggtgtctatgacgaatacatcactgtccccaaggaggctgttaacattcttatgtatggtgatggccctgcaaagaccattgtcactggtagaaag |
45270987 |
T |
|
| Q |
519 |
agctttgctgctggtgtcaagaccatgcaaaccgccactttcggtacgtaattcaattatcatcgatcaaaacatttttattttatttaattaattatgt |
618 |
Q |
| |
|
| | || ||| ||| || | | || ||||| || |||||||||||| |||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
45270986 |
aaccaaatggccggtaccaacacacagaacactgccaccttttgtacgtaattcagttat-atcgatcaaagc--ttttattttatttaattaattgtgt |
45270890 |
T |
|
| Q |
619 |
ac-ttatgaatgaagaaacagtatatgagaaaaagtggcatcactctcaaaattcatttttgaagaaaacat-aactaacattgaaaagatatagataca |
716 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||| | |||| ||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||| ||| | |
|
|
| T |
45270889 |
accttatgaatgaagagagagtagatgtgaaatagtagcatcactctcaaaattcatttttgaaaaaaacattaactcacattgaaaagatatatatata |
45270790 |
T |
|
| Q |
717 |
catataacattgacatatatagccaatgtgattgaaattactaattaattgattatccatgaatgcagccaacaccgcaatggggttcattggaaaggca |
816 |
Q |
| |
|
| | ||| | |||||||||| ||| || ||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45270789 |
gaca---catacatatatatagccggtgttatagaagttactaattaattgatcatccatgcatgcagccaacaccgcaatggggttcattggaaaggca |
45270693 |
T |
|
| Q |
817 |
atgacatttgaaaacacagccggtcctgatggtcaccaagccgtggcatttagaaacgtaggagatatgtctgctttggtgggttgccatatcctgggtt |
916 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |
|
|
| T |
45270692 |
atgacatttgagaacacagccggtcctgccggtatgcaagctgtggcatttagaaacataggagatatgtctgctttggtgggttgccatatcgtaggtt |
45270593 |
T |
|
| Q |
917 |
accaagacagcttgtatgttcaaagcaacaggcagtactaccgcaattgtcttgtctctggtaccgttgacttcatctttggatcatctgctaccttgat |
1016 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| | ||||||||| ||| || |||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |
|
|
| T |
45270592 |
accaagacactttgtacgttcaaaccaacaggcaattctaccgcaactgtgttatctccggtaccattgacttcatctttggaacatctgccaccttgat |
45270493 |
T |
|
| Q |
1017 |
ccaacactctacaatcattgtaagaa-agcc-----tgg-caaagggcaattcaacacaattaccgcagacggatcagacacgatgaatttgaatactgg |
1109 |
Q |
| |
|
|||| |||||| ||||| || |||| || | || || | | ||| |||| |||| ||||||||||||| | ||||| |||||||||| |
|
|
| T |
45270492 |
ccaaagctctaccatcatcgtgagaaaaggcaattatgatcataatg-aatacaacgtaattgtcgcagacggatcaccgctggtgaatatgaatactgg |
45270394 |
T |
|
| Q |
1110 |
tattgtgatccaggattgcaatatcatcccagaagcagcattgttcccagaaagattcacaattcggtcttacttg |
1185 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||| || ||||||||||| |
|
|
| T |
45270393 |
tattgttatccaggactgcaatatcatcccagaagcagcattggtccctgaaaaattcacagttaggtcttacttg |
45270318 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 453; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 707
Target Start/End: Complemental strand, 45294648 - 45293957
Alignment:
| Q |
19 |
gtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaagatcaaggagcaattccatgttcagagtttgtacagcgtacaaaaggtcaccgccgttgc |
118 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| |
|
|
| T |
45294648 |
gtatggaaggatttgacgatgaaaatgacggtgagaagaagatcaaggagcaattagacgttcagagtttggacagcgtacaaaaggttaccgctgttgc |
45294549 |
T |
|
| Q |
119 |
ccttgacattgtgactggtttgtctgacatcctccagcaattcaacttgaactttgatatcaaacctccttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgact |
218 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45294548 |
ccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaattcaacttgaagtttgatatcaaacctgcttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgact |
45294449 |
T |
|
| Q |
219 |
gttgatgatcaaggatacccttcatggatctcttcttctggtcgcaagcttttggctaaaatgcaacgaaaaggatggagagaaaatattaggcctaatg |
318 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||| |||| || || |||||| |
|
|
| T |
45294448 |
gttgatgatcaaggatacccttcatggatctctgcttctgatcgcaagcttttggctaaaatgaaaggaaacggatggagagcaaatgttggggctaatg |
45294349 |
T |
|
| Q |
319 |
ttgttgttgccaaggatggtagcggccaatttaaaaccatccaggctgctcttgcctcttaccctaagggaaacaaaggcagatatgttatctacgttaa |
418 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
45294348 |
ctgttgttgccaaggatggtagcggtcaatttaaaaccatccaggctgctattgccgcttaccctaaggggaacaaaggcagatatactatctacgttaa |
45294249 |
T |
|
| Q |
419 |
ggccggtgtctatgacgaatacatcactgtccccaaggatgctgttaacattcttatgtatggtgatggccctgcaaggaccattgtcaccggtagaaag |
518 |
Q |
| |
|
||| || |||||||| |||||||||||| | ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||| ||||| |||||| |
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|
| T |
45294248 |
ggctggcgtctatgatgaatacatcactattcccaaagacgctgttaacattcttatgtatggtgatggccccggaaagaccattgttaccggaagaaag |
45294149 |
T |
|
| Q |
519 |
agctttgctgctggtgtcaagaccatgcaaaccgccactttcggtacgtaattcaattatcatcgatcaaaacatttttattttatttaattaattatgt |
618 |
Q |
| |
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| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| ||| |
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| T |
45294148 |
aacggtgctgctggtgtcaagaccatgcaaaccgccaccttcggtaagtaattcaattatcatcgatcacaacttttttattttatttaataaattgtgt |
45294049 |
T |
|
| Q |
619 |
a-cttatgaatgaagaaacagta--tatgagaaaaagtggcatcactctcaaaattcatttttgaagaaaacataactaacattgaaaagat |
707 |
Q |
| |
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| |||||||||||||||| ||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
45294048 |
accttatgaatgaagaaagggtaatgatgagaaatagtaacatcactctcaaaattcatttttgaagaaaacataactcacattgaaaagat |
45293957 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 453; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 707
Target Start/End: Complemental strand, 45303608 - 45302917
Alignment:
| Q |
19 |
gtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaagatcaaggagcaattccatgttcagagtttgtacagcgtacaaaaggtcaccgccgttgc |
118 |
Q |
| |
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|
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| T |
45303608 |
gtatggaaggatttgacgatgaaaatgacggtgagaagaagatcaaggagcaattagacgttcagagtttggacagcgtacaaaaggttaccgctgttgc |
45303509 |
T |
|
| Q |
119 |
ccttgacattgtgactggtttgtctgacatcctccagcaattcaacttgaactttgatatcaaacctccttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgact |
218 |
Q |
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| T |
45303508 |
ccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaattcaacttgaagtttgatatcaaacctgcttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgact |
45303409 |
T |
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| Q |
219 |
gttgatgatcaaggatacccttcatggatctcttcttctggtcgcaagcttttggctaaaatgcaacgaaaaggatggagagaaaatattaggcctaatg |
318 |
Q |
| |
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| T |
45303408 |
gttgatgatcaaggatacccttcatggatctctgcttctgatcgcaagcttttggctaaaatgaaaggaaacggatggagagcaaatgttggggctaatg |
45303309 |
T |
|
| Q |
319 |
ttgttgttgccaaggatggtagcggccaatttaaaaccatccaggctgctcttgcctcttaccctaagggaaacaaaggcagatatgttatctacgttaa |
418 |
Q |
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| T |
45303308 |
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45303209 |
T |
|
| Q |
419 |
ggccggtgtctatgacgaatacatcactgtccccaaggatgctgttaacattcttatgtatggtgatggccctgcaaggaccattgtcaccggtagaaag |
518 |
Q |
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| T |
45303208 |
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45303109 |
T |
|
| Q |
519 |
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618 |
Q |
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| T |
45303108 |
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45303009 |
T |
|
| Q |
619 |
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707 |
Q |
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|
| T |
45303008 |
accttatgaatgaagaaagggtaatgatgagaaatagtaacatcactctcaaaattcatttttgaagaaaacataactcacattgaaaagat |
45302917 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 718 - 1173
Target Start/End: Complemental strand, 45293904 - 45293446
Alignment:
| Q |
718 |
atataacattgacatatata---gccaatgtgattgaaattactaattaattgattatccatgaatgcagccaacaccgcaatggggttcattggaaagg |
814 |
Q |
| |
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|
|
| T |
45293904 |
atataacattgacacatataatagccggtgtgatcgaagttactaattaattgatcatccatgcatgcagccaacaccgcattggggttcattggaaagg |
45293805 |
T |
|
| Q |
815 |
caatgacatttgaaaacacagccggtcctgatggtcaccaagccgtggcatttagaaacgtaggagatatgtctgctttggtgggttgccatatcctggg |
914 |
Q |
| |
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|
|
| T |
45293804 |
caatgacatttgagaacacagccggtcctgctggtcaccaagctgtggcatttagaaaccaaggagatatgtctgctttggtgggttgccatatcctggg |
45293705 |
T |
|
| Q |
915 |
ttaccaagacagcttgtatgttcaaagcaacaggcagtactaccgcaattgtcttgtctctggtaccgttgacttcatctttggatcatctgctaccttg |
1014 |
Q |
| |
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| T |
45293704 |
ttaccaagacactttgtacgttcaaaccaacaggcaattctaccgcaattgtgttatctctggtaccgttgatttcatctttggaacatctgccaccttg |
45293605 |
T |
|
| Q |
1015 |
atccaacactctacaatcattgtaagaaagcctggcaaagggcaattcaacacaattaccgcagacggatcagacacgatgaatttgaatactggtattg |
1114 |
Q |
| |
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|
|
| T |
45293604 |
atccaagactctacgatcatcgtaagaatgccttccccaaatcaattcaacacaattaccgcagacgggtcatacgtgaataaattgaatactggtattg |
45293505 |
T |
|
| Q |
1115 |
tgatccaggattgcaatatcatcccagaagcagcattgttcccagaaagattcacaatt |
1173 |
Q |
| |
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|
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| T |
45293504 |
tgatccaaggctgcaatattgtcccagaagcagcattgttccctcaaagattcacaatt |
45293446 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 718 - 1173
Target Start/End: Complemental strand, 45302864 - 45302406
Alignment:
| Q |
718 |
atataacattgacatatata---gccaatgtgattgaaattactaattaattgattatccatgaatgcagccaacaccgcaatggggttcattggaaagg |
814 |
Q |
| |
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|
|
| T |
45302864 |
atataacattgacacatataatagccggtgtgatcgaagttactaattaattgatcatccatgcatgcagccaacaccgcattggggttcattggaaagg |
45302765 |
T |
|
| Q |
815 |
caatgacatttgaaaacacagccggtcctgatggtcaccaagccgtggcatttagaaacgtaggagatatgtctgctttggtgggttgccatatcctggg |
914 |
Q |
| |
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| T |
45302764 |
caatgacatttgagaacacagccggtcctgctggtcaccaagctgtggcatttagaaaccaaggagatatgtctgctttggtgggttgccatatcctggg |
45302665 |
T |
|
| Q |
915 |
ttaccaagacagcttgtatgttcaaagcaacaggcagtactaccgcaattgtcttgtctctggtaccgttgacttcatctttggatcatctgctaccttg |
1014 |
Q |
| |
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| T |
45302664 |
ttaccaagacactttgtacgttcaaaccaacaggcaattctaccgcaattgtgttatctctggtaccgttgatttcatctttggaacatctgccaccttg |
45302565 |
T |
|
| Q |
1015 |
atccaacactctacaatcattgtaagaaagcctggcaaagggcaattcaacacaattaccgcagacggatcagacacgatgaatttgaatactggtattg |
1114 |
Q |
| |
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| T |
45302564 |
atccaagactctacgatcatcgtaagaatgccttccccaaatcaattcaacacaattaccgcagacgggtcatacgtgaataaattgaatactggtattg |
45302465 |
T |
|
| Q |
1115 |
tgatccaggattgcaatatcatcccagaagcagcattgttcccagaaagattcacaatt |
1173 |
Q |
| |
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|
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| T |
45302464 |
tgatccaaggctgcaatattgtcccagaagcagcattgttccctcaaagattcacaatt |
45302406 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000003; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 374 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 38588302 - 38588231
Alignment:
| Q |
374 |
ctcttaccctaagggaaacaaaggcagatatgttatctacgttaaggccggtgtctatgacgaatacatcac |
445 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||| || ||||| || ||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
38588302 |
ctcttatcctaagggattcaaaggcagatacattatctatgtcaaggctggggtctatgacgagtacatcac |
38588231 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 394 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 38583289 - 38583244
Alignment:
| Q |
394 |
aaggcagatatgttatctacgttaaggccggtgtctatgacgaata |
439 |
Q |
| |
|
|||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38583289 |
aaggtagatatgtcatctacgtcaaggctggtgtctatgacgaata |
38583244 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University