View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11871_low_4 (Length: 710)

Name: NF11871_low_4
Description: NF11871
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11871_low_4
NF11871_low_4
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (11-662)||(22913312-22913963)
chr7 (66-663)||(22897965-22898559)
chr7 (66-605)||(22893646-22894182)
chr7 (74-663)||(22809342-22809940)
chr7 (72-663)||(22875621-22876212)
chr7 (72-658)||(22888991-22889583)
chr7 (71-663)||(22814725-22815323)
chr7 (74-663)||(22839753-22840348)
chr7 (74-655)||(22830732-22831319)
chr7 (74-301)||(22805019-22805246)
chr7 (72-304)||(22825957-22826189)
chr7 (74-248)||(22885326-22885500)
chr7 (76-301)||(22880294-22880528)
chr7 (74-304)||(22858160-22858402)
chr7 (502-663)||(22805444-22805605)
chr7 (368-663)||(22885595-22885888)
chr7 (528-656)||(22880725-22880853)
chr7 (482-560)||(22842267-22842345)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (74-656)||(21150425-21151013)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (417-535)||(3741442-3741560)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (399-448)||(15628278-15628327)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 616; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 616; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 662
Target Start/End: Original strand, 22913312 - 22913963
Alignment:
Q  11 caaaggcaacccaattttcaaaattaccttagaatcatgtttttcttctaaagtaggtaacttaggaagttcagagattacaagattttgagcttgacca 110  Q
    ||||||||| |||||  ||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22913312 caaaggcaaaccaataatcataattgccttagaatcatgtttttcatctaaagtaggtaacttaggaagttcagagattacaagattttgagcttgacca 22913411  T
Q  111 ttaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagttagaattgaacctgttgaagatgagaatccaacatacatactagtgttaagaattgaagaaa 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22913412 ttaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagttagaattgaacctgttgaagatgagaatccaacatacatactagtgttaagaattgaagaaa 22913511  T
Q  211 gatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggtttaacaacattaattggagctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatattccaacca 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22913512 gatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggtttaacaacattaattggagctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatattccaacca 22913611  T
Q  311 aatttgcattggtaagccactaaaaaggctcaaattcttgaactcattaccatcaatatcataatatcctgctgaagccgatttctctgatttcaaacca 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  22913612 aatttgcattggtaagccactaaaaaggctcaaattcttgaactcattaccatcaatatcataatatcctgccgaagccgatttctctgatttcaaacca 22913711  T
Q  411 ttgatatcaattccaacatggttgtcattgatatcatcgaactccgtattcataatagtatcaagctccaaaccaaaaacatggttattgttgtttccat 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22913712 ttgatatcaattccaacatggttgtcattgatatcatcgaactccgtattcataatagtatcaagctccaaaccaaaaacatggttattgttgtttccat 22913811  T
Q  511 tgtttgagtcattgaatagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtaaccattttgttggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaagatt 610  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22913812 tgtttgattcattgaatagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtaacccttttgttggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaagatt 22913911  T
Q  611 aggaaactcagattttatggcaaaaacaaaagtagtagagaaagaagataca 662  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22913912 aggaaactcagattttatggcaaaaacaaaagtagtagagaaagaagataca 22913963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 66 - 663
Target Start/End: Original strand, 22897965 - 22898559
Alignment:
Q  66 ggtaacttaggaagttcagagattacaagattttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagttagaattgaacctgttg 165  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||| || |    
T  22897965 ggtagcttaggaagttcagagattacaaggttttcagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagtgaaaactgaaccagtag 22898064  T
Q  166 aagatgagaatccaacatacatactagtgttaagaattgaagaaagatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggtttaacaacattaattggagc 265  Q
      ||||| |||||||||||||||||| |||| | ||||| |||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22898065 ctgatgaaaatccaacatacatactattgtttaaaattggagaaagatctctggtcaatgacaacaaaggttgttttggtttaacaacattaattggagc 22898164  T
Q  266 taaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatattccaaccaaatttgcattggtaagccactaaaaaggctcaaattcttgaactcattaccatca 365  Q
    ||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||| | ||| |  ||||| ||   |||||| |||||| ||||||||||||     | ||||| |    
T  22898165 taaagtaacatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacctgcataggattgccactgaaaagggtcaaattcttga---gttgaccatta 22898261  T
Q  366 atatcataatatcctgctgaagccgatttctctgatttcaaaccattgatatcaattccaacatggttgtcattgatatcatcgaactccgtattcataa 465  Q
    | ||||||||||||||| | ||  |||||  ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||  |||||  || | ||||    
T  22898262 acatcataatatcctgcaggagttgatttagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcattaaactcactactaataa 22898361  T
Q  466 tagtatcaagctccaaaccaaaaacatggttattgttgtttccattgtttgagtcattgaatagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtaacca 565  Q
    |||||||||| || | |||||||||||||||  |  | ||||||||||| || |  || || |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||     
T  22898362 tagtatcaagttcaacaccaaaaacatggttgctactatttccattgttggatttgttaaagagaccaaggtattgactttgtagtgaatttggtagccc 22898461  T
Q  566 ttttgttggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaagattaggaaactcagattttatggcaaaaacaaaagtagtagagaaagaagatacac 663  Q
    |||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||| | ||| | | || | |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  22898462 ttttgtaggagagacaacaaaaacaattccatggccactaagagttggatattgaggtcttatggcaaacacaaaagtagttgagaaagaagaaacac 22898559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 66 - 605
Target Start/End: Original strand, 22893646 - 22894182
Alignment:
Q  66 ggtaacttaggaagttcagagattacaagattttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagttagaattgaacctgttg 165  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |    
T  22893646 ggtaactcaggaagttcagagattacaaggttttgagcttgaccattaatcttaaaactccaaccaagaatataatgagaagttagaaatgaaccagtag 22893745  T
Q  166 aagatgagaatccaacatacatactagtgttaagaattgaagaaagatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggtttaacaacattaattggagc 265  Q
      ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22893746 ctgatgaaaatccaacatacatactattgttaagaattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgttttggtttaacaacattaattggagc 22893845  T
Q  266 taaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatattccaaccaaatttgcattggtaagccactaaaaaggctcaaattcttgaactcattaccatca 365  Q
    ||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||| | ||| |  ||||| ||  ||||||| | |||||| | |||||||||    | ||||| |    
T  22893846 taaagtaacatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacctgcataggatagccactgataaggcttatattcttgaa---ttgaccatta 22893942  T
Q  366 atatcataatatcctgctgaagccgatttctctgatttcaaaccattgatatcaattccaacatggttgtcattgatatcatcgaactccgtattcataa 465  Q
      ||||||||||||||| | ||  || ||  ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||   |||   ||    
T  22893943 ccatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcacgattttcaa 22894042  T
Q  466 tagtatcaagctccaaaccaaaaacatggttattgttgtttccattgtttgagtcattgaatagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtaacca 565  Q
    |||||||||| || | ||||||||| |||||  |    ||||||||||| || || |  || ||||||||||||  || | | ||||||||||||| ||     
T  22894043 tagtatcaagttcaacaccaaaaacgtggttgctaggatttccattgttggaatcgtcaaagagaccaaggtatgaaccttggagtgaatttggtagccc 22894142  T
Q  566 ttttgttggagaaagaacaaaaacaattccatggccacta 605  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22894143 ttttgtaggagaaagaacaaaaacaattccatggccacta 22894182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 74 - 663
Target Start/End: Original strand, 22809342 - 22809940
Alignment:
Q  74 aggaagttcagagattacaagattttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagttagaattgaacctgttgaagatgag 173  Q
    |||||||| ||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  22809342 aggaagtttagagatatcaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaacataatgagaagatagaatagaacctgttgaagatgag 22809441  T
Q  174 aatccaacatacatactagtgttaagaattgaagaaagatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggtttaa------------caacattaattg 261  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||| || |||||||||            ||||||||||||    
T  22809442 aatccaacatacatactagtgttaagaattggagaaagatctttggtgaatgataacaaaggtcgtgttggtttaacaacattaaaaccaacattaattg 22809541  T
Q  262 gagctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatattccaaccaaatttgcattggtaagccactaaaaaggctcaaattcttgaactcattacc 361  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||  | ||||||||||| | ||| |  ||||| ||  ||||||| |||||||||| |||||||||    | |||    
T  22809542 gagctaaagtagcatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatagccactgaaaaggctcatattcttgaa---ttgacc 22809638  T
Q  362 atcaatatcataatatcctgctgaagccgatttctctgatttcaaaccattgatatcaattccaacatggttgtcattgatatcatcgaactccgtattc 461  Q
    || | |||||||||||||||| | ||  || ||  ||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||| |||||  || |     
T  22809639 attactatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaatatggttatcattgatatcatcaaactcactactt 22809738  T
Q  462 ataatagtatcaagctccaaaccaaaaacatggttattgttgtttccattgtttgagtcattgaatagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggta 561  Q
    | || |||||| || || | ||| |||||||||||| |  ||||||||||||| || |  || || |||||||| |||||||||| |  ||||||||| |    
T  22809739 agaagagtatctagttcaacaccgaaaacatggttactactgtttccattgttggattggttaaagagaccaagatattgacttgcttttgaatttggca 22809838  T
Q  562 accattttgttggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaagattaggaaactcagattttatggcaaaaacaaaagtagtagagaaagaagatac 661  Q
     || |||||| || |||| |||||| ||||||||||||  ||||||| | ||| | | || | |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  22809839 gcccttttgtaggtgaaacaacaaatacaattccatgggaactaagagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagatac 22809938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 72 - 663
Target Start/End: Original strand, 22875621 - 22876212
Alignment:
Q  72 ttaggaagttcagagattacaagattttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagttagaattgaacctgttgaagatg 171  Q
    |||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||    
T  22875621 ttaggaagttcagagatttcaagggtttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctaaaattaaacctgttgaagatg 22875720  T
Q  172 agaatccaacatacatactagtgttaagaattgaagaaagatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggttta--ac-aacattaattggagctaa 268  Q
    |||||||||||||||| ||| |||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  || | |||  |||||||||||    
T  22875721 agaatccaacatacattctattgttgagaattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttattactagcatctattggagctaa 22875820  T
Q  269 agtaacatcaatctttttcttcactccatcatattccaaccaaatttgcattggtaagccactaaaaaggctcaaattcttgaactcattaccatcaata 368  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| || | ||| |  ||||| ||  | ||||| ||||||   |||| | ||||   ||||   ||   |    
T  22875821 agtaacatcaatcttttttttcactccatcatagtcaatccatacctgcatgggatatccactgaaaagggataaatccctgaatcgattatattc---a 22875917  T
Q  369 tcataatatcctgctgaagccgatttctctgatttcaaaccattgatatcaattccaacatggttgtcattgatatcatcgaactccgtattcataatag 468  Q
    || ||||||||||  ||||  ||  |  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  |||||  || ||| || ||    
T  22875918 tcgtaatatcctgtagaagttgaaatagctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatggttatcatcgatatcattaaactcattagtcaaaacag 22876017  T
Q  469 tatcaagctccaaaccaaaaacatggttattgttgtttccattgtttgagtcattgaatagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtaaccattt 568  Q
     |||||| || | |||||||||||||||  |  |||||||||||||||| |  || || |||||||||||||||| ||||||||| ||||||| || |||    
T  22876018 aatcaagttcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccattgtttgaattgttaaagagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggtagcccttt 22876117  T
Q  569 tgttggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaagattaggaaactcagattttatggcaaaaacaaaagtagtagagaaagaagatacac 663  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||||||  ||||||| | | ||| | | || | |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  22876118 tgtaggagaaacaacaaaaacaattccatcaccactaatagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacac 22876212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 72 - 658
Target Start/End: Original strand, 22888991 - 22889583
Alignment:
Q  72 ttaggaagttcagagattacaagattttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagttagaattgaacctgttgaagatg 171  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||  ||| | |||||||||||||    
T  22888991 ttaggaagttcagagatttcaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatatactgagaagctaccattaaccctgttgaagatg 22889090  T
Q  172 agaatccaacatacatactagtgttaagaattgaagaaagatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggttt---------aacaacattaattgg 262  Q
    |||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||         | ||||| | |||||    
T  22889091 agaatccaacatacattctattgttgagaattgaagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttattactagcaccaacactcattgg 22889190  T
Q  263 agctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatattccaaccaaatttgcattggtaagccactaaaaaggctcaaattcttgaactcattacca 362  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |  ||||| ||  | |||||  |||||   |||| ||||||    | ||||    
T  22889191 tgctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcatagggtatccactggaaagggataaatccttgaa---ttgacca 22889287  T
Q  363 tcaatatcataatatcctgctgaagccgatttctctgatttcaaaccattgatatcaattccaacatggttgtcattgatatcatcgaactccgtattca 462  Q
    | |  ||||||||||||||| | ||  || |   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||   |||      
T  22889288 taaccatcataatatcctgcaggagttgaatcagctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatggttatcgttgatatcatcaaactcaaaatttt 22889387  T
Q  463 taatagtatcaagctccaaaccaaaaacatggttattgttgtttccattgtttgagtcattgaatagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtaa 562  Q
     |  ||| |||||||| | |||||||||||||||  |  |||||||| |||| || || || || |||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  22889388 gacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccactgttggaatcgttaaagagaccaaggtattgacttggtagtgaatctggtag 22889487  T
Q  563 ccattttgttggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaagattaggaaactcagattttatggcaaaaacaaaagtagtagagaaagaaga 658  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||| | | | | || | |||||||||| | ||||||||| |||||||||||    
T  22889488 cccttttgttggagaaataacaaaaacaattccatggccaccaatatttgcatattgaggtattatggcaaataaaaaagtagttgagaaagaaga 22889583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 184; E-Value: 3e-99
Query Start/End: Original strand, 71 - 663
Target Start/End: Original strand, 22814725 - 22815323
Alignment:
Q  71 cttaggaagttcagagattacaagattttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagttagaattgaacctgttgaagat 170  Q
    ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || || | | ||||||||||||    
T  22814725 cttaggaagttcagatatttcaaggttttgagcttggccattaaccttaaaactccacccaagaatataatgagaagctacaagtaaccctgttgaagat 22814824  T
Q  171 gagaatccaacatacatactagtgttaagaattgaagaaagatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggttt---------aacaacattaattg 261  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||         | ||||| | ||||    
T  22814825 gagaatccaacatacattctattgttgagaattgaagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttattactagcaccaacactcattg 22814924  T
Q  262 gagctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatattccaaccaaatttgcattggtaagccactaaaaaggctcaaattcttgaactcattacc 361  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||| |  || || || || ||| |  |||||   || | | ||||    | |||    
T  22814925 gagctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatagtcaatccatacctgtataggaaatccattggaaagggataactccctgaa---ttgacc 22815021  T
Q  362 atcaatatcataatatcctgctgaagccgatttctctgatttcaaaccattgatatcaattccaacatggttgtcattgatatcatcgaactccgtattc 461  Q
    || |  || |||||||||||| | ||  || ||  |||||||||||  ||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||| |  ||      
T  22815022 atgatcattataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaataattgatatcgataccaacatggttatcattgatatcatcaaactgcaaatct 22815121  T
Q  462 ataatagtatcaagctccaaaccaaaaacatggttattgttgtttccattgtttgagtcattgaatagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggta 561  Q
      |  ||| |||||||| | ||||||||||||||| ||  ||||||||||||| || || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22815122 tgacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgttactgtttccattgttggaatcgttaaagagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggta 22815221  T
Q  562 accattttgttggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaagattaggaaactcagattttatggcaaaaacaaaagtagtagagaaagaagatac 661  Q
     || |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |   ||| | | || | |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||    
T  22815222 gcccttttgtaggagaaagaacaaaaacaattccttggccactaaaaggtggatattgaggtcttattgcaaacacaaaagtagttgagaaagaagacac 22815321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 157; E-Value: 4e-83
Query Start/End: Original strand, 74 - 663
Target Start/End: Original strand, 22839753 - 22840348
Alignment:
Q  74 aggaagttcagagattacaagattttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagttagaattgaacctgttgaagatgag 173  Q
    |||||| ||||||||| |||| ||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |  |||  | |||||||||||||||    
T  22839753 aggaaggtcagagatttcaaggttttgagattggccattaaccataaaactccaaccatgaatataatgagaagctgcaatgaaccctgttgaagatgag 22839852  T
Q  174 aatccaacatacatactagtgttaagaattgaagaaagatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggttt---------aacaacattaattggag 264  Q
    |||||||||||||| ||| |||| |||||||  |||||||||||| |||||||||||   |||||| |||||||         | ||||| ||| |||||    
T  22839853 aatccaacatacattctattgttgagaattggggaaagatctttggtcaatgataacgtcggttgtgttggtttatgactaaaaccaacactaaatggag 22839952  T
Q  265 ctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatattccaaccaaatttgcattggtaagccactaaaaaggctcaaattcttgaactcattaccatc 364  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| | |||||| ||  | |||||  | |||   |||| | ||||   ||||   ||    
T  22839953 ctaaggtaacatcaatctttttcttcactctatcatattcaatccatacttgcataggatatccactggagagggataaatccctgaatcgattatattc 22840052  T
Q  365 aatatcataatatcctgctgaagccgatttctctgatttcaaaccattgatatcaattccaacatggttgtcattgatatcatcgaactccgtattcata 464  Q
       ||| ||||||||||| | ||  || ||  ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||  || | | |    
T  22840053 ---atcgtaatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcactacttaga 22840149  T
Q  465 atagtatcaagctccaaaccaaaaacatggttattgttgtttccattgtttgagtcattgaatagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtaacc 564  Q
    | ||||||||| || | |||||||||||||||      ||||||| |||| || |  || || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  22840150 agagtatcaagttcaacaccaaaaacatggttgccaccgtttccaatgttggattggttaaagagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtagcc 22840249  T
Q  565 attttgttggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaagattaggaaactcagattttatggcaaaaacaaaagtagtagagaaagaagatacac 663  Q
     |||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| | ||| |   ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  22840250 cttttgtaggagaaataacgaaaacaattccatggccactaagagttggatatgaagattttatggaaaatacaaaagtagttgagaaagaagaaacac 22840348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 156; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 74 - 655
Target Start/End: Original strand, 22830732 - 22831319
Alignment:
Q  74 aggaagttcagagattacaagattttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagttagaattgaacctgttgaagatgag 173  Q
    |||||| ||||||||| |||| ||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |  |||  | |||||||||||||||    
T  22830732 aggaaggtcagagatttcaaggttttgagattggccattaaccataaaactccaaccatgaatataatgagaagctgcaatgaaccctgttgaagatgag 22830831  T
Q  174 aatccaacatacatactagtgttaagaattgaagaaagatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggttt---------aacaacattaattggag 264  Q
    |||||||||||||| ||| |||| |||||||  |||||||||||| |||||||||||   |||||| |||||||         | ||||| ||| |||||    
T  22830832 aatccaacatacattctattgttgagaattggggaaagatctttggtcaatgataacgtcggttgtgttggtttatgactaaaaccaacactaactggag 22830931  T
Q  265 ctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatattccaaccaaatttgcattggtaagccactaaaaaggctcaaattcttgaactcattaccatc 364  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |  ||||| ||    |||||   ||||   |||||| |||| ||   ||||      
T  22830932 ctaaggtaacatcaatctttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcataggatgtccactggtaagggataaattcctgaa-tc--gaccagt 22831028  T
Q  365 aatatcataatatcctgctgaagccgatttctctgatttcaaaccattgatatcaattccaacatggttgtcattgatatcatcgaactccgtattcata 464  Q
    |  ||||||||||||||| | ||  || ||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||   |||  ||    
T  22831029 atcatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatgattatcattgatatcatcaaactcaaaattttta 22831128  T
Q  465 atagtatcaagctccaaaccaaaaacatggttattgttgtttccattgtttgagtcattgaatagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtaacc 564  Q
      ||| |||||||| | |||||||||||||||  |  |||||||| |||| ||||  || || ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  22831129 cgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagcc 22831228  T
Q  565 attttgttggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaagattaggaaactcagattttatggcaaaaacaaaagtagtagagaaaga 655  Q
     |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||| ||   |||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||    
T  22831229 cttttgtaggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaatagatggatacatggattttatggtaaatacaaaagtagttgagaaaga 22831319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 152; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 74 - 301
Target Start/End: Original strand, 22805019 - 22805246
Alignment:
Q  74 aggaagttcagagattacaagattttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagttagaattgaacctgttgaagatgag 173  Q
    ||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  || | | |||||||||||||||    
T  22805019 aggaaattgagagattacaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatgag 22805118  T
Q  174 aatccaacatacatactagtgttaagaattgaagaaagatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggtttaacaacattaattggagctaaagtaa 273  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||| |||||  | ||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  22805119 aatccaacatacatactattgttaagaattggagaaagatctttggtcattgataacgaaggtcctgttggtttaacaacataaactggagctaaagtaa 22805218  T
Q  274 catcaatctttttcttcactccatcata 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22805219 catcaatctttttcttcactccatcata 22805246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 145; E-Value: 6e-76
Query Start/End: Original strand, 72 - 304
Target Start/End: Original strand, 22825957 - 22826189
Alignment:
Q  72 ttaggaagttcagagattacaagattttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagttagaattgaacctgttgaagatg 171  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| | || |||||| || |  ||||    
T  22825957 ttaggaagttcagaaattacaagattttgagcttgaccattaagcttaaaacttcaaccaagaatataatgagaagtgaaaactgaaccagtagctgatg 22826056  T
Q  172 agaatccaacatacatactagtgttaagaattgaagaaagatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggtttaacaacattaattggagctaaagt 271  Q
    |||||||||||||||||||| |||| | ||||| || ||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22826057 agaatccaacatacatactattgttcaaaattggaggaagatctctggtcaatgaaaacaaaggttgttttggtttaacaacattaattggagctaaagt 22826156  T
Q  272 aacatcaatctttttcttcactccatcatattc 304  Q
    ||||||||||||||| ||  | |||||||||||    
T  22826157 aacatcaatctttttattttcaccatcatattc 22826189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 115; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 74 - 248
Target Start/End: Original strand, 22885326 - 22885500
Alignment:
Q  74 aggaagttcagagattacaagattttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagttagaattgaacctgttgaagatgag 173  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| | |||||||||||||||    
T  22885326 aggaagttcagagatttcaaggttttgagcttggctattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctacaattaaccctgttgaagatgag 22885425  T
Q  174 aatccaacatacatactagtgttaagaattgaagaaagatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggttta 248  Q
    |||||||||||||| ||| |||| || |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22885426 aatccaacatacattctattgttgagtattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggttta 22885500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 76 - 301
Target Start/End: Original strand, 22880294 - 22880528
Alignment:
Q  76 gaagttcagagattacaagattttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagttagaattgaacctgttgaagatgagaa 175  Q
    |||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||| | | |||||||||||| ||    
T  22880294 gaagctcagagatttcaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaacataatgagaagctaaaattaaccttgttgaagatgataa 22880393  T
Q  176 tccaacatacatactagtgttaagaattgaagaaagatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggttt---------aacaacattaattggagct 266  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||| || || |||||||         | ||||| |||| ||||||    
T  22880394 tccaacatacatactattgttgagaattggagaaagatctttggtcaatgacaacaaatgtcgtgttggtttattattaaaaccaacactaatcggagct 22880493  T
Q  267 aaagtaacatcaatctttttcttcactccatcata 301  Q
    || ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  22880494 aatgtaacctcaatctttttcttcactccatcata 22880528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 110; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 74 - 304
Target Start/End: Original strand, 22858160 - 22858402
Alignment:
Q  74 aggaagttcagagattacaagattttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagttagaattgaacctgttgaagatgag 173  Q
    |||||||| ||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||   || ||||||||||||    
T  22858160 aggaagtttagagatttcaaggttttgagcttggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgggaagctacaattaccccggttgaagatgag 22858259  T
Q  174 aatccaacatacatactagtgttaagaattgaagaaagatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggtttaacaac------------attaattg 261  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||||||| ||||||||||||  | ||||||||||||||| ||  ||||||||||||            ||||||||    
T  22858260 aatccaacatacattctattgttgagaattggagaaagatctttcgtgaatgataacaaaggtcgtgctggtttaacaacattacaaccaaaattaattg 22858359  T
Q  262 gagctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatattc 304  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22858360 gagctaatgtaacatcaatatttttcttcactccatcatattc 22858402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 502 - 663
Target Start/End: Original strand, 22805444 - 22805605
Alignment:
Q  502 tgtttccattgtttgagtcattgaatagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtaaccattttgttggagaaagaacaaaaacaattccatggcc 601  Q
    ||||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22805444 tgtttccattgttggaatcattaaagagaccaaggtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgttggagaaagaacaaaaacaattccatggcc 22805543  T
Q  602 actaagattaggaaactcagattttatggcaaaaacaaaagtagtagagaaagaagatacac 663  Q
    | ||| |   ||| | | || | |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  22805544 agtaaaaggtggatattgaggtattatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacac 22805605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 368 - 663
Target Start/End: Original strand, 22885595 - 22885888
Alignment:
Q  368 atcataatatcctgctgaagccgatttctctgatttcaaaccattgatatcaattccaacatggttgtcattgatatcatcgaactccgtattcataata 467  Q
    ||||||||||||||| | ||  || ||  ||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||| |||||||| ||||| |||||   |||   |  |    
T  22885595 atcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaatatggttatcattgatttcatcaaactcaaaattttgatca 22885694  T
Q  468 gtatcaagctccaaaccaaaaacatggttattgttgtttccattgtttgagtcattgaatagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtaaccatt 567  Q
    || |||||||| | ||||||||||||| |  |  ||||||||||||| || |  ||  | ||||||||||||| |  | ||||||||||||||| || ||    
T  22885695 gtgtcaagctcaataccaaaaacatggctgctactgtttccattgttggaattgtt--agagaccaaggtattaatattgtagtgaatttggtagccctt 22885792  T
Q  568 ttgttggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaagattaggaaactcagattttatggcaaaaacaaaagtagtagagaaagaagatacac 663  Q
    |||| || |||| ||||||||||||||||||||||||| || | ||| | | ||||||||| ||||| | | || |||| ||||||||||| ||||    
T  22885793 ttgtaggtgaaataacaaaaacaattccatggccactatgagttggatattaagattttatagcaaataaagaattagttgagaaagaagacacac 22885888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 528 - 656
Target Start/End: Original strand, 22880725 - 22880853
Alignment:
Q  528 agaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtaaccattttgttggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaagattaggaaactcagatttta 627  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || ||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| |  |   | | ||  |||||| |    
T  22880725 agaccaaggtatttacttggtagcgaatttggtagcccttttgttggtgaaacaacaaaaacaagtccatggccacaagtagctgtatacctagatttga 22880824  T
Q  628 tggcaaaaacaaaagtagtagagaaagaa 656  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  22880825 tggcaaatacaaaagtagttgagaaagaa 22880853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 482 - 560
Target Start/End: Original strand, 22842267 - 22842345
Alignment:
Q  482 accaaaaacatggttattgttgtttccattgtttgagtcattgaatagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggt 560  Q
    |||||||||||||||  |  | ||||||||||| || |  || || |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22842267 accaaaaacatggttgctactatttccattgttggaattgttaaagagaccaaggtattgacctggtagtgaatttggt 22842345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 154; Significance: 3e-81; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 74 - 656
Target Start/End: Complemental strand, 21151013 - 21150425
Alignment:
Q  74 aggaagttcagagattacaagattttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagttagaattgaacctgttgaagatgag 173  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  || | | |||||||||||||||    
T  21151013 aggaagttcagagatttcaaggttttgagccaggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatgag 21150914  T
Q  174 aatccaacatacatactagtgttaagaattgaagaaagatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggttt---------aacaacattaattggag 264  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||  |  ||||||         | ||||| |||||||||    
T  21150913 aatccaacatacatactattgttgagaactggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggtcttgctggttttttattaaaaccaacactaattggag 21150814  T
Q  265 ctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatattccaaccaaatttgcattggtaagccactaaaaaggctcaaattcttgaactcattaccatc 364  Q
    |||||||||||| |||||| |||||  | ||||||||||| | ||| |  ||||| ||  | ||||| ||||||   ||||  |||||  |||   |||     
T  21150813 ctaaagtaacattaatcttcttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatatccactgaaaagggataaatcattgaatccat---catt 21150717  T
Q  365 aatatcataatatcctgctgaagccgatttctctgatttcaaaccattgatatcaattccaacatggttgtcattgatatcatcgaactccgtattcata 464  Q
    |  ||||||||| ||||| ||||  || ||  ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| |||||   ||    |    
T  21150716 atcatcataatagcctgcagaagttgagttagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttattattgatatcatcaaactcaaaatcttga 21150617  T
Q  465 atagtatcaagctccaaaccaaaaacatggttattgttgtttccattgtttgagtcattgaatagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtaacc 564  Q
    | ||| |||||||| | |||||||||||||||  |  ||||||||||||| || |  || || ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |     
T  21150616 acagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccattgttggaattgttaaagagaccaaggtattgtgttggtagtgaatttggtagct 21150517  T
Q  565 attttgttggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaagattaggaaactcagattttatggcaaaaacaaaagtagtagagaaagaa 656  Q
     |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| | ||| | | || | |||||||||| ||||||||||| || ||||||    
T  21150516 cttttgtaggagaaataacaaaaacaattccatggccaccaagagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgaaaaagaa 21150425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000003; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 417 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 3741560 - 3741442
Alignment:
Q  417 tcaattccaacatggttgtcattgatatcatcgaactccgtattcataatagtatcaagctccaaaccaaaaacatggttattgttgtttccattgtttg 516  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||  |||||   |||||||| |  ||||| ||| | ||||||||||||||| |||   |||||||||||||    
T  3741560 tcaattccaacatggttagcattgatatcattaaactcttgattcataaaaacatcaaactcaacaccaaaaacatggttgttggaatttccattgtttg 3741461  T
Q  517 agtcattgaatagaccaag 535  Q
    ||  ||| || ||||||||    
T  3741460 agagattaaaaagaccaag 3741442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 399 - 448
Target Start/End: Original strand, 15628278 - 15628327
Alignment:
Q  399 gatttcaaaccattgatatcaattccaacatggttgtcattgatatcatc 448  Q
    ||||||||||||||||| || || ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  15628278 gatttcaaaccattgatgtctataccaacatggttatcattaatatcatc 15628327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University