View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11874_high_9 (Length: 523)

Name: NF11874_high_9
Description: NF11874
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11874_high_9
NF11874_high_9
[»] scaffold0084 (1 HSPs)
scaffold0084 (1-512)||(17135-17645)
[»] scaffold0302 (1 HSPs)
scaffold0302 (1-512)||(14668-15177)
[»] scaffold0211 (1 HSPs)
scaffold0211 (1-510)||(25687-26182)
[»] scaffold0100 (1 HSPs)
scaffold0100 (1-431)||(33925-34349)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (76-431)||(4286749-4287098)
chr3 (2-412)||(4295140-4295550)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (222-411)||(44442939-44443131)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (222-382)||(21403681-21403841)
chr8 (222-382)||(21798173-21798333)
chr8 (263-370)||(21370453-21370560)
chr8 (70-157)||(21934556-21934643)
chr8 (264-402)||(21934314-21934452)
chr8 (76-178)||(21370642-21370744)


Alignment Details
Target: scaffold0084 (Bit Score: 425; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0084
Description:

Target: scaffold0084; HSP #1
Raw Score: 425; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 512
Target Start/End: Original strand, 17135 - 17645
Alignment:
1 acaacactgaagggacacttggagcgcctgtgacgttcattccttttgcttctcatcatgatgatttcaatgttgggcttaacagagacttgagagttac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
17135 acaacactgaagggacacttggagcgcctgtgaagttcattccttttgcttctcatcatgatgatttcaatgttgggcttaacagagacttgagagttac 17234  T
101 attccaaacatccacaagttgtgggcaatcaagagattggagattaggtgagaaagatgcaacaagtggaaggagattgattgtcgctggaggagataat 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
17235 attcctaacatccacaagttgtgggaattcaagagattggacattaggtgagaaagatgcaacaagtggaaggagattgattgtcactggaggagataat 17334  T
201 agtgcaggatcacaacaacaaggtaacttttttaggattgtgcagacccaaactagtggcaactataacattcaatggtgccctaaagaggtgtgcccta 300  Q
     ||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
17335 ggtgcaggatcacaa---caaggtaacttttttaggattgtgcagacccaaactagtggcaactataacattcaatggtgccctaaagaggtgtgcccta 17431  T
301 gttgtaatattcaatgtgggactgttggtgttattcgtgagaatgggaagattttgttggcccttgatggtggtgcccttccagtcgttttccagaaaga 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
17432 gttgtaatattcaatgtgggactgttggtgttattcgtgagaatggcaagattttgttggccctcgatggtcgtgcccttccagtcgtgttccagaaaga 17531  T
401 atgagtattagtgtgttggtgaagtttgttttttaatgtaataatgtttccttgttgctcactttt--aagtataaacctaatttcaataaataaacgtg 498  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
17532 atgaccattagtgtgttggtgaagtttgttttttaatgtagtaatgtttccttgttgctcacttttaaaagtagaaacctaatgtcaataaataaacgtg 17631  T
499 gagctattgttcat 512  Q
    ||||||||||||||    
17632 gagctattgttcat 17645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0302 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0302
Description:

Target: scaffold0302; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 15177 - 14668
Alignment:
1 acaacactgaagggacacttggagcgcctgtgacgttcattccttttgcttctcatcatgatgatttcaatgttgggcttaacagagacttgagagttac 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||| | |||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
15177 acaacagtgaagggacacttggagtggctgtgaagttcactccttttgctcctcatcatgatgatgacaatgttaggcttaacagagacttgagagttac 15078  T
101 attccaaacatccacaagttgtgggcaatcaagagattggagattaggtgagaaagatgcaacaagtggaaggagattgattgtcgctggaggagataat 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
15077 attcctaacatccacaagttgtgggcagtcaacagactggagattaggtgagaaagatgctacaagtggaaggagattgattgtcactggaagagataat 14978  T
201 agtgcaggatcacaacaacaaggtaacttttttaggattgtgcagacccaaactagtggcaactataacattcaatggtgccctaaagaggtgtgcccta 300  Q
    ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
14977 agtgcaggatcaca---acaaggtaacttttttaggattgtgcagacccaaactagtggcaactataacattcaatggtgccctacagaggtgtgcccta 14881  T
301 gttgtaatattcaatgtgggactgttggtgttattcgtgagaatgggaagattttgttggcccttgatggtggtgcccttccagtcgttttccagaaaga 400  Q
     |||||| | ||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
14880 attgtaagaatcaatgtggaactgttggtcttattcgcgagaatggaaagattttgttggccctcgatggtggtgcccttccagtcgtgttccagaaaga 14781  T
401 atga-gtattagtgtgttggtgaagtttgttttttaatgtaataatgtttccttgttgctcacttttaagtataaacctaatttcaataaataaacgtgg 499  Q
    ||||  ||||| || | |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||| |||| | |||||||||||||||    
14780 atgacctattattgggatggtgaagcttgtttttcaatgtaataatgtttccttgttgcttgcctttaattataaacataatgttaataaataaacgtgg 14681  T
500 agctattgttcat 512  Q
    |||||||||||||    
14680 agctattgttcat 14668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0211 (Bit Score: 301; Significance: 1e-169; HSPs: 1)
Name: scaffold0211
Description:

Target: scaffold0211; HSP #1
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 1 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 26182 - 25687
Alignment:
1 acaacactgaagggacacttggagcgcctgtgacgttcattccttttgcttctcatcatgatgatttcaatgttgggcttaacagagacttgagagttac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
26182 acaacactgaagggacacttggagtggctgtgaagttcactccttttgctcctcatcatgatgatgacaatgttgggcttaacagagacttgagagttac 26083  T
101 attccaaacatccacaagttgtgggcaatcaagagattggagattaggtgagaaagatgcaacaagtggaaggagattgattgtcgctggaggagataat 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||||    
26082 attcctaacatccacaagttgtgggcagtcaacagactggagattaggtgagaaagatgctacaagtggaaggaggttgattgtcaccggaagagataat 25983  T
201 agtgcaggatcacaacaacaaggtaacttttttaggattgtgcagacccaaactagtggcaactataacattcaatggtgccctaaagaggtgtgcccta 300  Q
      ||               ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
25982 gctg---------------aaggtaacttttttaggattgtgcagacccaaactggaggtaactataacattcaatggtgtcctaaagaggtgtgcccta 25898  T
301 gttgtaatattcaatgtgggactgttggtgttattcgtgagaatgggaagattttgttggcccttgatggtggtgcccttccagtcgttttccagaaaga 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||    
25897 gttgtaatattcaatgtgggactgttggtgttattcgtgagaatggcaagattttgttggccctcgacggtggtgcccttccagtcgtgttccagaaaga 25798  T
401 atga-gtattagtgtgttggtgaagtttgttttttaatgtaataatgtttccttgttgctcacttttaagtataaacctaatttcaataaataaacgtgg 499  Q
    ||||  ||||| || | |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||  | ||||| |||||||||||| | |||||||||||||||    
25797 atgacctattattgggatggtgaagcttgtttttcaatgtaataatgtttccttgttgcttgcctttaattataaacctaatgttaataaataaacgtgg 25698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0100 (Bit Score: 208; Significance: 1e-113; HSPs: 1)
Name: scaffold0100
Description:

Target: scaffold0100; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 431
Target Start/End: Original strand, 33925 - 34349
Alignment:
1 acaacactgaagggacacttggagcgcctgtgacgttcattccttttgcttctcatcatgatgatttcaatgttgggcttaacagagacttgagagttac 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||| | |||||| ||||| |||||||||| |||| |||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||||| ||    
33925 acaacactgaaggaacacttggagtggctgtgaagttcactccttttgctcctcaacatgatgatgacgatgttaggcttaacagagacttgagagtaac 34024  T
101 attccaaacatccacaagttgtgggcaatcaagagattggagattaggtgagaaagatgcaacaagtggaaggagattgattgtcgctggaggagataat 200  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  | ||| |||||||     
34025 attcctaacctccacaagttgtgggcagtcaacagactggagattgggcgagaaagatgcaacgagtggaaggaggttgattgttaccggaagagataac 34124  T
201 agtgcaggatcacaacaacaaggtaacttttttaggattgtgcagacccaaactagtggcaactataacattcaatggtgccctaaagaggtgtgcccta 300  Q
     ||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| | |||||||||||| |||||||||| |||||  || || |    
34125 ggtgcaggatcacaa------ggtaacttttttaggattgtgcagactcaaactggtggtacctataacattcagtggtgccctacagaggcttgtccaa 34218  T
301 gttgtaatattcaatgtgggactgttggtgttattcgtgagaatgggaagattttgttggcccttgatggtggtgcccttccagtcgttttccagaaaga 400  Q
    |||||||  | |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| | |||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||    
34219 gttgtaaggtacaatgtgggactgttggtgttattcgcgagaatggcaagaatctgttggcccttgatggtgatgcccttccagttgtgttccagaaaga 34318  T
401 atgagtattagtgtgttggtgaagtttgttt 431  Q
    |||| |||||||| | |||||||||||||||    
34319 atgattattagtgggatggtgaagtttgttt 34349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 177; Significance: 4e-95; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 76 - 431
Target Start/End: Original strand, 4286749 - 4287098
Alignment:
76 ggcttaacagagacttgagagttacattccaaacatccacaagttgtgggcaatcaagagattggagattaggtgagaaagatgcaacaagtggaaggag 175  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||   | |||| |||||||||| || | ||||||||| || |||||||| || ||||| |||||||||||    
4286749 ggcttaacagagacttgagagtaacattccaaggtttcacaggttgtgggcagtcgacagattggaggttgggtgagaaggacgcaacgagtggaaggag 4286848  T
176 attgattgtcgctggaggagataatagtgcaggatcacaacaacaaggtaacttttttaggattgtgcagacccaaactagtggcaactataacattcaa 275  Q
      |||||||  | ||| |||||||| |||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||    
4286849 gctgattgttaccggaagagataatggtgcaggatcacat------ggtaacttttttaggattgtgcagacccaaactggtggtatctataacattcaa 4286942  T
276 tggtgccctaaagaggtgtgccctagttgtaatattcaatgtgggactgttggtgttattcgtgagaatgggaagattttgttggcccttgatggtggtg 375  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
4286943 tggtgccctacagaggcgtgccctagttgtaaggttcaatgtgggactgttggtgttattcgtgagaatggcaagattctgttggcccttgatggtggtg 4287042  T
376 cccttccagtcgttttccagaaagaatgagtattagtgtgttggtgaagtttgttt 431  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||| ||||| |    |||||||||||||||    
4287043 cccttccagttgtgttccagaaagaatgattattaatacaatggtgaagtttgttt 4287098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 2 - 412
Target Start/End: Original strand, 4295140 - 4295550
Alignment:
2 caacactgaagggacacttggagcgcctgtgacgttcattccttttgcttctcatcatgatgatttcaatgttg------ggcttaacagagacttgaga 95  Q
    ||||| ||||||||||||||||| | ||||||  |||| |||||| ||| ||| ||||||||||    ||| ||      ||||||||||||||||||||    
4295140 caacagtgaagggacacttggagtggctgtgaaattcactcctttcgctcctcgtcatgatgatgatgatgatgatgtgaggcttaacagagacttgaga 4295239  T
96 gttacattccaaacatccacaagttgtgggcaatcaagagattggagattaggtgagaaagatgcaacaagtggaaggagattgattgtcgctggaggag 195  Q
    || |||||||||   | |||| |||||||||| || | ||||||||| || |||||||| || ||||| |||||||||||  |||||||  | ||| |||    
4295240 gtaacattccaaggtttcacaggttgtgggcagtcgacagattggaggttgggtgagaaggacgcaacgagtggaaggaggctgattgttaccggaagag 4295339  T
196 ataatagtgcaggatcacaacaacaaggtaacttttttaggattgtgcagacccaaactagtggcaactataacattcaatggtgccctaaagaggtgtg 295  Q
    ||||| |||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
4295340 ataatggtgcaggatcacat------ggtaacttttttaggattgtgcagacccaaactggtggtatctataacattcaatggtgccctacagaggcgtg 4295433  T
296 ccctagttgtaatattcaatgtgggactgttggtgttattcgtgagaatgggaagattttgttggcccttgatggtggtgcccttccagtcgttttccag 395  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
4295434 ccctagttgtaaggttcaatgtgggactgttggtgttattcgtgagaatggcaagattcttttggcgcttgatggtggtgcccttcctgtcgtgttccag 4295533  T
396 aaagaatgagtattagt 412  Q
    ||||||||| |||||||    
4295534 aaagaatgattattagt 4295550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 75; Significance: 3e-34; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 222 - 411
Target Start/End: Original strand, 44442939 - 44443131
Alignment:
222 ggtaacttttttaggattgtgcagacccaaactagtggcaactataacattcaatggtgccctaaagaggtgtgccctagttgtaatattcaatgtggga 321  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||  ||| | ||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||    || |||||||||    
44442939 ggtaacttctttaggattgtgcagagccaaactcttggtatctataacatccaatggtgccctagagaagtgtgccctagctgttggtttgaatgtggga 44443038  T
322 ctgttggtgttattcgtgagaatgggaagattttgttggcccttgat---ggtggtgcccttccagtcgttttccagaaagaatgagtattag 411  Q
    || ||||| |||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||   |||| |||||| || || || ||||||||||||||| ||||||    
44443039 ctattggtattattcgtgagaatggcaagagtttattggcccttgatgggggtgatgccctccctgttgtgttccagaaagaatgattattag 44443131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 61; Significance: 6e-26; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 222 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 21403841 - 21403681
Alignment:
222 ggtaacttttttaggattgtgcagacccaaactagtggcaactataacattcaatggtgccctaaagaggtgtgccctagttgtaatattcaatgtggga 321  Q
    |||||||| |||||||||||||| || | || ||| || | || |||||| |||||||| |||| ||||||||| || ||||||||  || |||||||||    
21403841 ggtaacttctttaggattgtgcaaactccaagtagaggtatctttaacatccaatggtgtcctacagaggtgtgtccaagttgtaagtttgaatgtggga 21403742  T
322 ctgttggtgttattcgtgagaatgggaagattttgttggcccttgatggtggtgcccttcc 382  Q
    |||||||| || ||||||||||||| |||||| |||| || ||||||||  ||||||||||    
21403741 ctgttggtattgttcgtgagaatggtaagattctgttagctcttgatggcagtgcccttcc 21403681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 222 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 21798333 - 21798173
Alignment:
222 ggtaacttttttaggattgtgcagacccaaactagtggcaactataacattcaatggtgccctaaagaggtgtgccctagttgtaatattcaatgtggga 321  Q
    |||||||| |||||||||||||| || | || ||| || | || |||||| |||||||| |||| ||||||||| || ||||||||  || |||||||||    
21798333 ggtaacttctttaggattgtgcaaactccaagtagaggtatctttaacatccaatggtgtcctacagaggtgtgtccaagttgtaagtttgaatgtggga 21798234  T
322 ctgttggtgttattcgtgagaatgggaagattttgttggcccttgatggtggtgcccttcc 382  Q
    |||||||| || ||||||||||||| |||||| |||| || ||||||||  ||||||||||    
21798233 ctgttggtattgttcgtgagaatggtaagattctgttagctcttgatggcagtgcccttcc 21798173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 263 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 21370560 - 21370453
Alignment:
263 ctataacattcaatggtgccctaaagaggtgtgccctagttgtaatattcaatgtgggactgttggtgttattcgtgagaatgggaagattttgttggcc 362  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| || | ||||||  || ||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||     
21370560 ctataacattcaatggtgccctacagaagtgtgtcccaattgtaagtttgaatgtgggactgttggtattgttcgtgagaatggtaagattttgttggct 21370461  T
363 cttgatgg 370  Q
    ||||||||    
21370460 cttgatgg 21370453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 70 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 21934643 - 21934556
Alignment:
70 atgttgggcttaacagagacttgagagttacattccaaacatccacaagttgtgggcaatcaagagattggagattaggtgagaaaga 157  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| | ||||||||| | ||  |||||||||  ||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
21934643 atgttagggttaacagagacttgagaataacattccaagcttcatcaagttgtgtacaatcaacagaatggagattaggtgagaaaga 21934556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 264 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 21934452 - 21934314
Alignment:
264 tataacattcaatggtgccctaaagaggtgtgccctagttgtaatattcaatgtgggactgttggtgttattcgtgagaatgggaagattttgttggccc 363  Q
    ||||| || |||||||| |||| |||||| || || ||||||||  || ||||||| ||||||| | |  |   ||||||||| ||||||||||||||||    
21934452 tataatatacaatggtgtcctacagaggtatgtccaagttgtaaatttgaatgtggaactgttgatatgttgaatgagaatggtaagattttgttggccc 21934353  T
364 ttgatggtggtgcccttccagtcgttttccagaaagaat 402  Q
    | ||||||||| |||| ||  | ||||||||||||||||    
21934352 tagatggtggtcccctccctcttgttttccagaaagaat 21934314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 76 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 21370744 - 21370642
Alignment:
76 ggcttaacagagacttgagagttacattccaaacatccacaagttgtgggcaatcaagagattggagattaggtgagaaagatgcaacaagtggaaggag 175  Q
    |||||||||||||||| | ||| | ||||||| | |||||   |||||| ||||||| ||| |||| ||| |||||||  || ||||||| |||||||||    
21370744 ggcttaacagagacttaaaagtgatattccaagcttccacggcttgtggacaatcaacagaatggaaattgggtgagagggacgcaacaactggaaggag 21370645  T
176 att 178  Q
    |||    
21370644 att 21370642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University