View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11874_low_12 (Length: 489)

Name: NF11874_low_12
Description: NF11874
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11874_low_12
NF11874_low_12
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (20-481)||(49201792-49202253)
chr3 (38-481)||(49186830-49187273)
chr3 (50-465)||(49206777-49207192)
chr3 (52-465)||(49211365-49211766)
chr3 (38-481)||(49190534-49190964)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (20-481)||(51823511-51823970)
chr1 (38-481)||(31526646-31527080)
chr1 (38-481)||(32593321-32593752)
chr1 (209-481)||(37030147-37030419)
chr1 (50-171)||(37030012-37030133)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (96-461)||(26755869-26756231)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (20-130)||(52267388-52267497)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 442; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 442; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 481
Target Start/End: Original strand, 49201792 - 49202253
Alignment:
Q  20 ataaacctaatacttgcattgcatcatcctaattaagggcttttctcagataaggctcccatccaagcaggaggcaacatgcccgtttgctcatggacag 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49201792 ataaacctaatacttgcattgcatcatcctaattaagggcttttctcagataaggctcccatccaagcaggaggcaacatgcccgtttgctcatggacag 49201891  T
Q  120 tcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggaaccttcagttttttcaccaccactatcactaccattagtcca 219  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49201892 tcttaaacagaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggcaccttcagttttttcaccaccactatcactaccattagtcca 49201991  T
Q  220 aatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatcccttacagct 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49201992 aatactaatcttaggctcaagtccgcgtactgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatcccttacagct 49202091  T
Q  320 gtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcacaatcccctctgcctcttttttctttgcgtata 419  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49202092 gtgtagttgtttccaagtgcattcagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcacaatcccctctgcctcttttttctttgcgtata 49202191  T
Q  420 gctctgcttcggcttcttgcttgcgagcataaaatgttgcatctgctgacgctttctgtgct 481  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49202192 gctctgcttcggcttcttgcttgcaagcataaaatgttgcatctgctgacgctttctgtgct 49202253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 38 - 481
Target Start/End: Original strand, 49186830 - 49187273
Alignment:
Q  38 ttgcatcatcctaattaagggcttttctcagataaggctcccatccaagcaggaggcaacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggca 137  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  49186830 ttgcatcatcctaatcaagagcttttctcagataaggctcccatccaagcaggaggcaacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacagaggtggca 49186929  T
Q  138 acatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggaaccttcagttttttcaccaccactatcactaccattagtccaaatactaatcttaggctc 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| || | |||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49186930 acatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggcaccatcagttattcccccactattatcaccaccattagtccaaatactaatcttaggctc 49187029  T
Q  238 aagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagt 337  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  49187030 aagtccgcgtattgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgtcaccatttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagtcgtttccaagt 49187129  T
Q  338 gcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcacaatcccctctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcggcttctt 437  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||| |||    
T  49187130 gcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcttgtccaagtgtcacaattccctctgcctcctttttctttgcataaagctctgcttcagctgctt 49187229  T
Q  438 gcttgcgagcataaaatgttgcatctgctgacgctttctgtgct 481  Q
    | |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  49187230 gtttgctagcataaaatgttgcatctgccgacgctttctgtgct 49187273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 50 - 465
Target Start/End: Original strand, 49206777 - 49207192
Alignment:
Q  50 aattaagggcttttctcagataaggctcccatccaagcaggaggcaacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtaga 149  Q
    ||||||| | |||| |||| ||| | |||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  49206777 aattaagagtttttgtcaggtaaagatcccatccaagccggaggaaacatgcctgtttgctcatggacagtcttaaacagaggcggcaacatcttgtaga 49206876  T
Q  150 caccagcaacttctttcatacccatggaaccttcagttttttcaccaccactatcactaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtac 249  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || | |||  | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49206877 caccagcaacttctttcatacccatggcaccttcagttattcccccattattatcaccaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtac 49206976  T
Q  250 cgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagt 349  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49206977 cgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagt 49207076  T
Q  350 gtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcacaatcccctctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcggcttcttgcttgcgagcat 449  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  49207077 gtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcataatcccctctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcagcttcttgcttgcgagcat 49207176  T
Q  450 aaaatgttgcatctgc 465  Q
    ||||||| | ||||||    
T  49207177 aaaatgtggaatctgc 49207192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 52 - 465
Target Start/End: Original strand, 49211365 - 49211766
Alignment:
Q  52 ttaagggcttttctcagataaggctcccatccaagcaggaggcaacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagaca 151  Q
    ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  49211365 ttaagagcttttgtcagataaggatcccatccaagcaggaggcaacatgcctgtttgctcatggacagtcttaaacagaggtggcaacatcttgtacaca 49211464  T
Q  152 ccagcaacttctttcatacccatggaaccttcagttttttcaccaccactatcactaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccg 251  Q
    |||||||||||||||||  |      |||||||       | |||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49211465 ccagcaacttctttcatcgc------accttcac------ccccactattatcaccaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccg 49211552  T
Q  252 cctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgt 351  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  49211553 cctcagcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatcccttactgctgtatagttgtttccaagtgcattcagaagtgt 49211652  T
Q  352 acttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcacaatcccctctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcggcttcttgcttgcgagcataa 451  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  49211653 acttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcacaatcccctctgcctcttttttctttgcgtacagctctgcttcagcttcttgcttgcgagcataa 49211752  T
Q  452 aatgttgcatctgc 465  Q
    ||||| | ||||||    
T  49211753 aatgtggaatctgc 49211766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 38 - 481
Target Start/End: Original strand, 49190534 - 49190964
Alignment:
Q  38 ttgcatcatcctaattaagggcttttctcagataaggctcccatccaagcaggaggcaacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggca 137  Q
    |||||||||||||||| | |  |||| ||||  ||| |||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  49190534 ttgcatcatcctaattcaagt-ttttgtcaggcaagactcccatccaagcaggtggtaacattcccgtttgctcatgaacagtcttaaacaaaggtggca 49190632  T
Q  138 acatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggaaccttcagttttttcaccaccactatcactaccattagtccaaatactaatcttaggctc 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |      |||||||       | |||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49190633 acatcttgtagacaccagcaacttctttcatcgc------accttcac------ccccactattatcaccaccattagtccaaatactaatcttaggctc 49190720  T
Q  238 aagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagt 337  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  49190721 aagtccgcgtactgcctcagcattaatcttagcgatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagaaatcccttacagcagtgtagttgtttccaagt 49190820  T
Q  338 gcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcacaatcccctctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcggcttctt 437  Q
    ||||||||||||| ||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| |||    
T  49190821 gcattgagaagtgcacttagatacaccccttgagcattcccaagtgtcacaattccctctgcctcctttttctttgcatatagctctgcttcagctgctt 49190920  T
Q  438 gcttgcgagcataaaatgttgcatctgctgacgctttctgtgct 481  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||    
T  49190921 gcgtgcgagcataaaatgttgcgtctgctaatgctttctgtgct 49190964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 295; Significance: 1e-165; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 20 - 481
Target Start/End: Original strand, 51823511 - 51823970
Alignment:
Q  20 ataaacctaatacttgcattgcatcatcctaattaagggcttttctcagataaggctcccatccaagcaggaggcaacatgcccgtttgctcatggacag 119  Q
    |||||||||||||||   ||||||| ||||||||||| |||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  51823511 ataaacctaatacttc--ttgcatcctcctaattaagagcttttgtcggataaggttcccatccaagcaggaggcaacatgcctgtttgctcatggacag 51823608  T
Q  120 tcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggaaccttcagttttttcaccaccactatcactaccattagtcca 219  Q
    |||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| | | || | || ||| | || |  |||||||||||    
T  51823609 tcttgaacagaggtggcagcatcttgtagacaccagcaacctctttcatacccatagaaccttcggctattccgcctccattgtcccctccattagtcca 51823708  T
Q  220 aatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatcccttacagct 319  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  51823709 aatactaatcttaggttcaagtccacgtactgcctcagcattaatcttagccatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatcccttagagct 51823808  T
Q  320 gtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcacaatcccctctgcctcttttttctttgcgtata 419  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51823809 gtgtagtcgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcatttccaagtgtcacaatcccctctgcctcttttttctttgcgtata 51823908  T
Q  420 gctctgcttcggcttcttgcttgcgagcataaaatgttgcatctgctgacgctttctgtgct 481  Q
    | |||||||| ||| |||||||||  ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||    
T  51823909 gatctgcttcagctgcttgcttgcacgcataaaatgttgcatctgccaatgctttctgtgct 51823970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 38 - 481
Target Start/End: Original strand, 31526646 - 31527080
Alignment:
Q  38 ttgcatcatcctaattaagggcttttctcagataaggctcccatccaagcaggaggcaacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggca 137  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||| || ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31526646 ttgcatcctcctaattaagagcttttgtctgataaggttcctatccaagcaggaggcaacatgcctgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggca 31526745  T
Q  138 acatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggaaccttcagttttttcaccaccactatcactaccattagtccaaatactaatcttaggctc 237  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||          || ||| | ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  31526746 acatcttgtaaacaccagcaacctctttcatacccatagaaccttcg---------cctccattgtcacctccattagtccaaatactaatcttaggttc 31526836  T
Q  238 aagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagt 337  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  31526837 aagtccacgtaccgcctcagcattaatcttagccatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatcccttagagctgtgtagtcgtttccaagt 31526936  T
Q  338 gcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcacaatcccctctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcggcttctt 437  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||    
T  31526937 gcattgagaagtgtacttacatacactccttgagcattcccaagtgtcacaatcccctctgcctcttttttctttgcatatagctccgcttcggctgctt 31527036  T
Q  438 gcttgcgagcataaaatgttgcatctgctgacgctttctgtgct 481  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||   | ||||||||||||    
T  31527037 gcttgcgcgcataaaatgttgcatctgacaatgctttctgtgct 31527080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 38 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 32593752 - 32593321
Alignment:
Q  38 ttgcatcatcctaattaagggcttttctcagataaggctcccatccaagcaggaggcaacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggca 137  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  32593752 ttgcatcctcctaattaagagcttttgtcggataaggttcccatccaagcaggaggcaacatgcctgtttgctcatggacagtcttaaacagaggtggca 32593653  T
Q  138 acatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggaaccttcagttttttcaccaccactatcactaccattagtccaaatactaatcttaggctc 237  Q
     ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||| || | || |||            ||||||||||||||||||||||| ||    
T  32593652 gcatcttgtaaacaccagcaacctctttcatgcccatagaaccttccgttattccgcctcca------------ttagtccaaatactaatcttaggttc 32593565  T
Q  238 aagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagt 337  Q
    ||||||  |||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  32593564 aagtccatgtactgcctcagcattgatcttagccatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatcccttagagctgtgtagtcgtttccaagt 32593465  T
Q  338 gcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcacaatcccctctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcggcttctt 437  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  32593464 gcattgagaagtgtacttacatacactccttgagcattcccaagtgtcacaatcccttctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcagctgctt 32593365  T
Q  438 gcttgcgagcataaaatgttgcatctgctgacgctttctgtgct 481  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||    
T  32593364 gcttgcgcgcataaaatgttgcatctgccaatgctttctgtgct 32593321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 209 - 481
Target Start/End: Original strand, 37030147 - 37030419
Alignment:
Q  209 ccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaat 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37030147 ccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtcctcgtattgcctcggcgttaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaat 37030246  T
Q  309 cccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcacaatcccctctgcctctttttt 408  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||| | |||||||| |  |||| ||||||||| ||||||||||| |||||    
T  37030247 ccctcacagctgtgtagtcgtttccaagtgcattaagaagtttacttacatacaccccttgagcttgtccaactgtcacaattccctctgcctccttttt 37030346  T
Q  409 ctttgcgtatagctctgcttcggcttcttgcttgcgagcataaaatgttgcatctgctgacgctttctgtgct 481  Q
    |||||| || ||||||||||| ||| |||| |||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  37030347 ctttgcataaagctctgcttcagctgcttgtttgctagcataaaatgttgcatctgccgatgctttctgtgct 37030419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 50 - 171
Target Start/End: Original strand, 37030012 - 37030133
Alignment:
Q  50 aattaagggcttttctcagataaggctcccatccaagcaggaggcaacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtaga 149  Q
    ||||||| | |||| ||||  ||| |||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37030012 aattaagagtttttgtcaggcaagactcccatccaagcaggtggtaacattcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtaga 37030111  T
Q  150 caccagcaacttctttcatacc 171  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  37030112 caccagcaacttctttcatacc 37030133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 96 - 461
Target Start/End: Original strand, 26755869 - 26756231
Alignment:
Q  96 acatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggaaccttcagttttttcacc 195  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||  ||| ||||||||||| ||    
T  26755869 acatgcctgtttgctcatggactgtcttaaacagaggtggcaacatcttgtacacaccagcaacttctttcatacctatgccaccgtcagttttttcgcc 26755968  T
Q  196 accactatcactaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccattt 295  Q
    |||  ||||||   ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||    
T  26755969 accgttatcac---cattagtccaaatactaatcttaggttcaagtccgcgtatagcctcagcattaatcttcgcaatatctcgaaacatgccaccattt 26756065  T
Q  296 atcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcacaatcccct 395  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || |    ||||||||| |||||||| ||||||||| || | |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  26756066 atcatcaagtagtcccttacagctgtataatcacctccaagtgcgttgagaagggtacttacacacaccccttgaccattcccaagtgtcacgatcccct 26756165  T
Q  396 ctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcggcttcttgcttgcgagcataaaatgttgcat 461  Q
    | ||||| || |||||||| |||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||    
T  26756166 ccgcctccttcttctttgcatatagctctgcttcggctgcttgtttacgagcataaaatgttgcat 26756231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 79; Significance: 1e-36; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 20 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 52267497 - 52267388
Alignment:
Q  20 ataaacctaatacttgcattgcatcatcctaattaagggcttttctcagataaggctcccatccaagcaggaggcaacatgcccgtttgctcatggacag 119  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  52267497 ataaacctaatacttgc-ttgcatcctcctaattaagagcttttgtcggataaggttcccatccaagcaggaggcaacatgcctgtttgctcatggacag 52267399  T
Q  120 tcttaaacaaa 130  Q
    |||||||||||    
T  52267398 tcttaaacaaa 52267388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University