View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11874_low_8 (Length: 571)

Name: NF11874_low_8
Description: NF11874
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11874_low_8
NF11874_low_8
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (19-560)||(45270945-45271486)
chr7 (19-519)||(45282760-45283260)
chr7 (19-521)||(45274517-45275019)
chr7 (19-505)||(45294162-45294648)
chr7 (19-505)||(45303122-45303608)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (374-445)||(38588231-38588302)
chr1 (394-439)||(38583244-38583289)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 482; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 482; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 45271486 - 45270945
Alignment:
Q  19 gtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaagatcaaggagcaattccatgttcagagtttgtacagcgtacaaaaggtcaccgccgttgc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  45271486 gtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaagatcaaggagcaattccatgttcagagtttgtacagcgtacaaaaggtcacagccgttgc 45271387  T
Q  119 ccttgacattgtgactggtttgtctgacatcctccagcaattcaacttgaactttgatatcaaacctccttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgact 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45271386 ccttgacattgtgactggtttgtctgacatcctccagcaattcaacttgaactttgatatcaaacctccttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgact 45271287  T
Q  219 gttgatgatcaaggatacccttcatggatctcttcttctggtcgcaagcttttggctaaaatgcaacgaaaaggatggagagaaaatattaggcctaatg 318  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  45271286 gttgacgatcaaggatacccttcatggatctcttcttctggtcgcaagcttttggctaaaatgcaacgaaaaggatggagagcaaatattaggcctaatg 45271187  T
Q  319 ttgttgttgccaaggatggtagcggccaatttaaaaccatccaggctgctcttgcctcttaccctaagggaaacaaaggcagatatgttatctacgttaa 418  Q
     |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  45271186 ctgttgttgccaatgatggtagcggccaatttaaaaccatccaggctgctcttgcctcttaccctaagggaaacaaagacagatatgttatctacgttaa 45271087  T
Q  419 ggccggtgtctatgacgaatacatcactgtccccaaggatgctgttaacattcttatgtatggtgatggccctgcaaaaaccattgtcactggtagtaag 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  45271086 ggccggtgtctatgacgaatacatcactgtccccaaggaggctgttaacattcttatgtatggtgatggccctgcaaagaccattgtcactggtagaaag 45270987  T
Q  519 aaccaaaacgccggtaccaatatacagaacagtgcccccttt 560  Q
    |||||||  ||||||||||| | |||||||| |||| |||||    
T  45270986 aaccaaatggccggtaccaacacacagaacactgccaccttt 45270945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 429; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 45283260 - 45282760
Alignment:
Q  19 gtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaagatcaaggagcaattccatgttcagagtttgtacagcgtacaaaaggtcaccgccgttgc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||    
T  45283260 gtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaagatcaaggagcaattccatgttcagagtttggacagcgtacaaaaggttaccgctgttgc 45283161  T
Q  119 ccttgacattgtgactggtttgtctgacatcctccagcaattcaacttgaactttgatatcaaacctccttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgact 218  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45283160 ccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaattcaacttgaagtttgatgtcaaacctgcttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgact 45283061  T
Q  219 gttgatgatcaaggatacccttcatggatctcttcttctggtcgcaagcttttggctaaaatgcaacgaaaaggatggagagaaaatattaggcctaatg 318  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| |||||||| ||||||||    
T  45283060 gttgacgatcaaggatacccttcatggatctcttcttctgatcgcaagcttttggctaaaatgcaacgaaaaaattggagagcaaatattatgcctaatg 45282961  T
Q  319 ttgttgttgccaaggatggtagcggccaatttaaaaccatccaggctgctcttgcctcttaccctaagggaaacaaaggcagatatgttatctacgttaa 418  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45282960 ctgttgttgccaaggatggtagcggccaatttaaaaccatccaggctgctcttgcctcttaccctaagggaaacaaaggcagatatgttatctacgttaa 45282861  T
Q  419 ggccggtgtctatgacgaatacatcactgtccccaaggatgctgttaacattcttatgtatggtgatggccctgcaaaaaccattgtcactggtagtaag 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||    
T  45282860 ggccggtgtctatgacgaatacatcactgtccccaaggatgctgttaacattcttatgtatggtgatggccctgcaaggaccattgtcactggtagaaag 45282761  T
Q  519 a 519  Q
    |    
T  45282760 a 45282760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 399; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 45275019 - 45274517
Alignment:
Q  19 gtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaagatcaaggagcaattccatgttcagagtttgtacagcgtacaaaaggtcaccgccgttgc 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||    
T  45275019 gtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaaaatcaaagagcaattccatgttcagagtttggacagcgtacaaaagatcaccgcggttgc 45274920  T
Q  119 ccttgacattgtgactggtttgtctgacatcctccagcaattcaacttgaactttgatatcaaacctccttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgact 218  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45274919 ccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaattcaacttgaagtttgatatcaaacctctttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgact 45274820  T
Q  219 gttgatgatcaaggatacccttcatggatctcttcttctggtcgcaagcttttggctaaaatgcaacgaaaaggatggagagaaaatattaggcctaatg 318  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||    
T  45274819 gttgacgatcaaggatacccttcatggatctctgcttctgatcgcaagcttttggctaaaatgcaacgaaaaaattggagagcaaatattaggcctaatg 45274720  T
Q  319 ttgttgttgccaaggatggtagcggccaatttaaaaccatccaggctgctcttgcctcttaccctaagggaaacaaaggcagatatgttatctacgttaa 418  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  45274719 ctgttgttgccaatgatggtagcggccaatttaaaaccatccaggctgctcttgcctcttatcctaagggaaacaaaggcaggtattttatctacgttaa 45274620  T
Q  419 ggccggtgtctatgacgaatacatcactgtccccaaggatgctgttaacattcttatgtatggtgatggccctgcaaaaaccattgtcactggtagtaag 518  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||| |||    
T  45274619 ggctggtgtctatgacgaatacatcactgtacccaaggatgctgttaacattcttatgtatggtgatggccctgcaaggaccattgtcaccggtagaaag 45274520  T
Q  519 aac 521  Q
    |||    
T  45274519 aac 45274517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 45294648 - 45294162
Alignment:
Q  19 gtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaagatcaaggagcaattccatgttcagagtttgtacagcgtacaaaaggtcaccgccgttgc 118  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||    
T  45294648 gtatggaaggatttgacgatgaaaatgacggtgagaagaagatcaaggagcaattagacgttcagagtttggacagcgtacaaaaggttaccgctgttgc 45294549  T
Q  119 ccttgacattgtgactggtttgtctgacatcctccagcaattcaacttgaactttgatatcaaacctccttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgact 218  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45294548 ccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaattcaacttgaagtttgatatcaaacctgcttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgact 45294449  T
Q  219 gttgatgatcaaggatacccttcatggatctcttcttctggtcgcaagcttttggctaaaatgcaacgaaaaggatggagagaaaatattaggcctaatg 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||| |||| || || ||||||    
T  45294448 gttgatgatcaaggatacccttcatggatctctgcttctgatcgcaagcttttggctaaaatgaaaggaaacggatggagagcaaatgttggggctaatg 45294349  T
Q  319 ttgttgttgccaaggatggtagcggccaatttaaaaccatccaggctgctcttgcctcttaccctaagggaaacaaaggcagatatgttatctacgttaa 418  Q
     |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||    
T  45294348 ctgttgttgccaaggatggtagcggtcaatttaaaaccatccaggctgctattgccgcttaccctaaggggaacaaaggcagatatactatctacgttaa 45294249  T
Q  419 ggccggtgtctatgacgaatacatcactgtccccaaggatgctgttaacattcttatgtatggtgatggccctgcaaaaaccattgt 505  Q
    ||| || |||||||| |||||||||||| | ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||    
T  45294248 ggctggcgtctatgatgaatacatcactattcccaaagacgctgttaacattcttatgtatggtgatggccccggaaagaccattgt 45294162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 45303608 - 45303122
Alignment:
Q  19 gtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaagatcaaggagcaattccatgttcagagtttgtacagcgtacaaaaggtcaccgccgttgc 118  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||    
T  45303608 gtatggaaggatttgacgatgaaaatgacggtgagaagaagatcaaggagcaattagacgttcagagtttggacagcgtacaaaaggttaccgctgttgc 45303509  T
Q  119 ccttgacattgtgactggtttgtctgacatcctccagcaattcaacttgaactttgatatcaaacctccttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgact 218  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45303508 ccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaattcaacttgaagtttgatatcaaacctgcttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgact 45303409  T
Q  219 gttgatgatcaaggatacccttcatggatctcttcttctggtcgcaagcttttggctaaaatgcaacgaaaaggatggagagaaaatattaggcctaatg 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||| |||| || || ||||||    
T  45303408 gttgatgatcaaggatacccttcatggatctctgcttctgatcgcaagcttttggctaaaatgaaaggaaacggatggagagcaaatgttggggctaatg 45303309  T
Q  319 ttgttgttgccaaggatggtagcggccaatttaaaaccatccaggctgctcttgcctcttaccctaagggaaacaaaggcagatatgttatctacgttaa 418  Q
     |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||    
T  45303308 ctgttgttgccaaggatggtagcggtcaatttaaaaccatccaggctgctattgccgcttaccctaaggggaacaaaggcagatatactatctacgttaa 45303209  T
Q  419 ggccggtgtctatgacgaatacatcactgtccccaaggatgctgttaacattcttatgtatggtgatggccctgcaaaaaccattgt 505  Q
    ||| || |||||||| |||||||||||| | ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||    
T  45303208 ggctggcgtctatgatgaatacatcactattcccaaagacgctgttaacattcttatgtatggtgatggccccggaaagaccattgt 45303122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 374 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 38588302 - 38588231
Alignment:
Q  374 ctcttaccctaagggaaacaaaggcagatatgttatctacgttaaggccggtgtctatgacgaatacatcac 445  Q
    |||||| |||||||||  ||||||||||||  ||||||| || ||||| || ||||||||||| ||||||||    
T  38588302 ctcttatcctaagggattcaaaggcagatacattatctatgtcaaggctggggtctatgacgagtacatcac 38588231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 394 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 38583289 - 38583244
Alignment:
Q  394 aaggcagatatgttatctacgttaaggccggtgtctatgacgaata 439  Q
    |||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  38583289 aaggtagatatgtcatctacgtcaaggctggtgtctatgacgaata 38583244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University