View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11880_low_1 (Length: 1550)

Name: NF11880_low_1
Description: NF11880
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11880_low_1
NF11880_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (13-1532)||(53361677-53363196)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 1488; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 1488; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 1532
Target Start/End: Original strand, 53361677 - 53363196
Alignment:
Q  13 atcaggatttgaaacatattgtatcataacagaaatgaaactccccgtgtgtcgttttataagtcgaaccctcaaaggcaaaggtgttaacttcggaagt 112  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53361677 atcagggtttgaaacatattgtatcataacagaaatgaaactccccgtgtgtcgttttataagtcgaaccctcaaaggcaaaggtgttaacttcggaagt 53361776  T
Q  113 aaactaaatttcataattggtataggctcctctgacgctgctgtcctaacatgaaacatcccattctcaaggctactaacacgagaactctgcaaagcaa 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53361777 aaactaaatttcataattggtataggctcctctgacgctgctgtcctaacatgaaacatcccattctcaaggctactaacacgagaactctgcaaagcaa 53361876  T
Q  213 atcgtttaacagcttttgttccctcaactcggaatgagaattcagtttctttatcaccatcagaacttttaggtggcaaagttttgatgtaaacaacacc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53361877 atcgtttaacagcttttgttccctcaactcggaatgagaattcagtttctttatcaccatcggaactttgaggtggcaaagttttgatgtaaacaacacc 53361976  T
Q  313 cataaatccaacccttgcaagcagtgattccctgaactctacactaatttcttccgagatatacatctcaggacccttcatttcggttttcttcaccaaa 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53361977 cataaatccaacccttgcaagcagtgattccctgaactctacactaatttcttccgagatatacatctcaggacccttcatttcggttttcttcaccaaa 53362076  T
Q  413 ttctcaagtgcaccaccttccccagctgttcccttaggtgcaacatctggccctgtctgcaagagctcaactccaccaagaccttgaggttttggtgcct 512  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53362077 ttctcaagtgcatcaccttccccagctgttcccttaggtgcaacatctggccctgtctgcaagagctcaactccaccaagaccttgaggttttggtgcct 53362176  T
Q  513 tggttggacccacaaactccgaagcatcaagtccaccaccccaagcatcattgaaaccttcaaaagcttcaccaattgaagcttgttccattccaaactc 612  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53362177 tggttggacccacaaactccgaagcatcgagtccaccaccccaagcatcattgaaaccttcaaaagcttcaccaattgaagcttgttccattccaaactc 53362276  T
Q  613 aactccaccataattcccttcaaatccctccacatttatatgagtcgattgtgttgcctctggaggcggcaatgtagtaacatcaagaccttccaaagct 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53362277 aactccaccataattcccttcaaatccctccacatttatatgagtcgattgtgttgcctctggaggcggcaatgtagtaacatcaagaccttccaaagct 53362376  T
Q  713 gtagccaaatcattggaagaaccatccttagtcttcttaaacccactcacaagctcttgaggtttgttaatggcatcactagccgcaaatggatcctttt 812  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53362377 gtagccaaatcattggaagaaccatccttagtcttcttaaacccactcacaagctcttgaggtttgttaatggcatcactagccgcaaatggatcctttt 53362476  T
Q  813 ccacttcaacctcttcctgtttctgcttctgttgaatctcttcattctgttcactggtcaccggagcagcaaggctagccaccacttcatcaccggcttc 912  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53362477 ccacttcaacctcttcctgtttctgcttctgttgaatctcttcattctgttcactggtcaccggagcagcaaggctagccaccacttcatcaccggcttc 53362576  T
Q  913 aagcgtctcctgaggcaattcaaatctagcatttgcaaatgcatcaatgctcgcttgatgttcgacggaatgcacctccgcggaagaccaattatccgca 1012  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53362577 aagcgtctcctgaggcaattcaaatctcgcatttgcaaatgcatcaatgctcgcttgatgttcgacggaatgcacctccgcggaagaccaattatccgca 53362676  T
Q  1013 ccacggatcttattctctgtatcaattgcagaatgcaccatcttagcaatactatcaccgtgcattgtggcaagcattgcggcaagacggatattgctaa 1112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  53362677 ccacggatcttattctctgtatcaattgcagaatgcaccatcttagcaatactatcaccgtgcattgtggcaagcatcgcggcaagacggatattgctaa 53362776  T
Q  1113 caccacgaagaacaatatcaagtgccatatagatctcggcgtatttccggccgagcttctccggcgtgacgtcaacgccacggcaagcggtgacgacgac 1212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53362777 caccacgaagaacaatatcaagtgccatatagatctcggcgtatttccggccgagcttctccggcgtgacgtcaacgccacggcaagcggtgacgacgac 53362876  T
Q  1213 actaacagcttgattaacaatatgaatgcattcgaaaacattgacggagttatcgtgatcggcgacggttattccaaggacgtagattccgttaactaaa 1312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53362877 actaacagcttgattaacaatatgaatgcattcgaaaacattgacggagttatcgtgatcggcgacggttattccaaggacgtagattccgttaactaaa 53362976  T
Q  1313 cgataaacgatgcggtaacggctttcgactccgacgatgacttgaccactggaagcggcgaggggatcgtcaccgatggattcggcggcgtaggcgtctt 1412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53362977 cgataaacgatgcggtaacggctttcgactccgacgatgacttgaccactggaagcggcgaggggatcgtcaccgatggattcggcggcgtaggcgtctt 53363076  T
Q  1413 cgggggcgttgtttttgttgttcttggttgcggcgaatgcgcggcgcgtgtgacggaaagcggaaagagcgccgagggcgcgtgagggtgggaaccactc 1512  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53363077 cgggggcgttgattttgttgttcttggttgcggcgaatgcgcggcgcgtgtgacggaaagcggaaagagcgccgagggcgcgtgagggtgggaaccactc 53363176  T
Q  1513 gcgggtttgaagaaggatat 1532  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  53363177 gcgggtttgaagaaggatat 53363196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University