View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11888_low_13 (Length: 491)

Name: NF11888_low_13
Description: NF11888
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11888_low_13
NF11888_low_13
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (20-477)||(4191322-4191779)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (20-477)||(52210881-52211338)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (20-474)||(47715973-47716427)
chr4 (20-474)||(47857656-47858110)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 446; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 446; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 477
Target Start/End: Original strand, 4191322 - 4191779
Alignment:
Q  20 aagtgggcatcctgcatcagaattcttgatccaaaaacaggaaatacaacctgtcttttggagcttcaggatattgaggctgcattcagcgtatgcacag 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  4191322 aagtgggcatcctgcatcagaattcttgatccaaaaacaggaaatacaacctgtcttttggagcttcaggataatgaggctgcattcagcggatgcacag 4191421  T
Q  120 taaattttcatgataaagaatacggaactcttttagccgttggcacagcaaagggactgcaatttacgcccagaaggagtttaactgctggatttattca 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4191422 taaattttcatgataaagaatacggaactcttttagacgttggcacagcaaagggactgcaatttacgcccagaaggagtttaactgctggatttattca 4191521  T
Q  220 tatatataggtttctagaggatggaaggtctcttgaactacttcacaaaactcaggttgaaggtgttcctcttgctcttagtcagtttcagggaagatta 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4191522 tatatataggtttctagaggatggaaggtctcttgaactacttcacaaaactcaggttgaaggtgttcctcttgctcttagtcagtttcagggaagatta 4191621  T
Q  320 cttgcaggaataggacctgttctcaggttttatgatttgggaaaaagacggttattaaggaagtatgagaataagctattccccaacacaattgtctcta 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4191622 cttgcaggaataggacctgttctcaggttttatgatttgggaaaaagacggttattaaggaagtatgagaataagctattccccaacacaattgtctcta 4191721  T
Q  420 ttcaaacctaccgtgatcgaatttatgttggggacactcaagaggtatgtttctactc 477  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4191722 ttcaaacctaccgtgatcgaatttatgttggggacactcaagaggtatgtttctactc 4191779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 442; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 442; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 477
Target Start/End: Original strand, 52210881 - 52211338
Alignment:
Q  20 aagtgggcatcctgcatcagaattcttgatccaaaaacaggaaatacaacctgtcttttggagcttcaggatattgaggctgcattcagcgtatgcacag 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  52210881 aagtgggcatcctgcatcagaattcttgatccaaaaacaggaaatacaacctgtcttttggagcttcaggataatgaggctgcattcagcgtatgcacag 52210980  T
Q  120 taaattttcatgataaagaatacggaactcttttagccgttggcacagcaaagggactgcaatttacgcccagaaggagtttaactgctggatttattca 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52210981 taaattttcatgataaagaatacggaactcttttagccgttggcacagcaaagggactgcaatttacgcccagaaggagtttaactgctggatttattca 52211080  T
Q  220 tatatataggtttctagaggatggaaggtctcttgaactacttcacaaaactcaggttgaaggtgttcctcttgctcttagtcagtttcagggaagatta 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52211081 tatatataggtttctagaggatggaagttctcttgaactacttcacaaaactcaggttgaaggtgttcctcttgctcttagtcagtttcagggaagatta 52211180  T
Q  320 cttgcaggaataggacctgttctcaggttttatgatttgggaaaaagacggttattaaggaagtatgagaataagctattccccaacacaattgtctcta 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52211181 cttgcaggaataggacctgttctcaggttttatgatttgggaaaaagacggttattaaggaagtgtgagaataagctattccccaacacaattgtctcta 52211280  T
Q  420 ttcaaacctaccgtgatcgaatttatgttggggacactcaagaggtatgtttctactc 477  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  52211281 ttcaaacctaccgtgatcgaatttatgttggggacattcaagaggtatgtttctactc 52211338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 267; Significance: 1e-149; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 20 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 47716427 - 47715973
Alignment:
Q  20 aagtgggcatcctgcatcagaattcttgatccaaaaacaggaaatacaacctgtcttttggagcttcaggatattgaggctgcattcagcgtatgcacag 119  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||| |    
T  47716427 aagtgggtatcctgcatcagagttcttgatccaaggacaggaaatacgacctgtcttttggagcttcaggagaatgaggctgcattcagcatatgcactg 47716328  T
Q  120 taaattttcatgataaagaatacggaactcttttagccgttggcacagcaaagggactgcaatttacgcccagaaggagtttaactgctggatttattca 219  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  47716327 taaattttcatgacaaggaatacggaacccttttagctgttggtacagctaagggactgcagtttacacccaaaaggagtttaactgctggattcattca 47716228  T
Q  220 tatatataggtttctagaggatggaaggtctcttgaactacttcacaaaactcaggttgaaggtgttcctcttgctcttagtcagtttcagggaagatta 319  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  |||||||||| |||||||||    
T  47716227 tatatataggtttctagatgatggaaggtctcttgaacttctccacaaaactcaggttgagggtgttcctctcgctctatgtcagtttcaaggaagatta 47716128  T
Q  320 cttgcaggaataggacctgttctcaggttttatgatttgggaaaaagacggttattaaggaagtatgagaataagctattccccaacacaattgtctcta 419  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||| | |||||||||||||||||||| |||||||| || | ||||||||||  |||||||| | | ||||||||||    
T  47716127 cttgcaggaattggacctgtactcaggctatatgatttgggaaaaagacgattattaagaaaatgtgagaataagtcattccccagctccattgtctcta 47716028  T
Q  420 ttcaaacctaccgtgatcgaatttatgttggggacactcaagaggtatgtttcta 474  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||| || | ||  |||||||||||||||||    
T  47716027 ttcatgcctaccgtgatcgaatttatgtaggtggcatccaagaggtatgtttcta 47715973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 20 - 474
Target Start/End: Original strand, 47857656 - 47858110
Alignment:
Q  20 aagtgggcatcctgcatcagaattcttgatccaaaaacaggaaatacaacctgtcttttggagcttcaggatattgaggctgcattcagcgtatgcacag 119  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||| || |||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||| |    
T  47857656 aagtgggtatcctgcatcagagttcttgatccaaggacaggaaatacgacatgtcttctggagcttcaggagaatgaggctgcattcagcatatgcaccg 47857755  T
Q  120 taaattttcatgataaagaatacggaactcttttagccgttggcacagcaaagggactgcaatttacgcccagaaggagtttaactgctggatttattca 219  Q
    ||||||||||||| || || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  47857756 taaattttcatgacaaggagtacggaacccttttagctgttggcacagcaaaggggctgcagtttacacccaaaaggagtttaactgttggatttattca 47857855  T
Q  220 tatatataggtttctagaggatggaaggtctcttgaactacttcacaaaactcaggttgaaggtgttcctcttgctcttagtcagtttcagggaagatta 319  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||    
T  47857856 tatatataggtttctagatgatggaaggtctcttgaacttcttcacaaaactcaggttgagggtgttcctcttgctctatgtcagtttcaaggaagatta 47857955  T
Q  320 cttgcaggaataggacctgttctcaggttttatgatttgggaaaaagacggttattaaggaagtatgagaataagctattccccaacacaattgtctcta 419  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||| |||||||| || | ||||||||||  ||| ||||   | ||||||||||    
T  47857956 cttgcaggaataggacctgtgctcaggctatatgatttgggaaaaagacgattattaagaaaatgtgagaataagtcatttcccatttcgattgtctcta 47858055  T
Q  420 ttcaaacctaccgtgatcgaatttatgttggggacactcaagaggtatgtttcta 474  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||| || ||||  |||||||||||||||||    
T  47858056 ttcatgcctaccgtgatcgaatttatgtaggtgacatccaagaggtatgtttcta 47858110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University