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Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11891_low_3 (Length: 737)

Name: NF11891_low_3
Description: NF11891
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11891_low_3
NF11891_low_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (17-720)||(43365300-43366003)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 679; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 679; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 720
Target Start/End: Original strand, 43365300 - 43366003
Alignment:
Q  17 catcaacacaacaataactagcatgttggacacctaacttacaatgttggaaccacaaattttattaataaaattgaggcacacaattttgatgaaagct 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365300 catcaacacaacaataactagcatgttggacacctaacttacaatgttggaaccacaaattttattaataaaattgaggcacacaattttgatgaaagct 43365399  T
Q  117 tccaattagggacctttaatgaaacacttacacgtttcttgatcagcactggtaaaacacgaccctcgtagcatttgggggtgcatttccttggaacacg 216  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365400 tccaattagggacctttaattaaacacttacacgtttcttgatcagcactggtaaaacacgaccctcgtagcatttgggggtgcatttccttggaacacg 43365499  T
Q  217 cactgtatatggagtcgcaaatttctctcccatatttggtagttgctttacaactcttatgtcattccggagggatgttataaaccaatcggcatcaaat 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365500 cactgtatatggagtcgcaaatttctctcccatatttggtagttgctttacaactcttatgtcattccggagggatgttataaaccaatcggcatcaaat 43365599  T
Q  317 aattgagaaaaattgctgcaagaaaataataatcaaatattacttacaaattaaggggtacaatgaaaatgtgttctgctaccaaagaaaatattatatg 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365600 aattgagaaaaattgctgcaagaaaataataatcaaatattacttacaaattaaggggtacaatgaaaatgtgttctgctaccaaagaaaatattatatg 43365699  T
Q  417 tgatttaagagacattcttcctgatatgatagaagtaaattgtaaacacagacctgttgtctttccagaaagatgtatgatccaatgctggaataacaag 516  Q
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T  43365700 tgatttaagagacattcttcctgatatgatagaagtaaattgtaaacacagacctgttgtctttccagaaagatgtatgatccaatgctggaataacaag 43365799  T
Q  517 agtagcattcaaaagataggcagccacaacagcatcaattatctgcacccacaaacaatctgtattttttcaataccagaaatattgcatccacataaca 616  Q
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T  43365800 agtagcattcaaaagataggcagccacaacagcatcaattatctgcacccacaaacaatctgtattttttcaataccagaaatattgcatccacataaca 43365899  T
Q  617 ttatttatcattcatatttgtatcaccaatcattcatcaaattcgattgagaaaatcctaattgagnnnnnnnagccgaacggcacatacaaaatctgta 716  Q
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T  43365900 ttatttatcattcatatttgtatcaccaatcattcatcaaattcgattgagaaaatcctaattgagtttttttagccgaacggcacatacaaaatctgta 43365999  T
Q  717 tatc 720  Q
    ||||    
T  43366000 tatc 43366003  T

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